ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 5, 7, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.047, 0.066, 0.085, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.066 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.022, 0.047, 0.071, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.047 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.053, 0.079, 0.104, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.079 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.058, 0.085, 0.111, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.085 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.047 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.032, 0.064, 0.095, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.064 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.021, 0.055, 0.089, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.055 std_dev=0.034
N1 B 0, 0.273, 0.482, 0.692, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.482 std_dev=0.209
C2 B 0, 0.158, 0.384, 0.611, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.384 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.302, 0.537, 0.771, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.537 std_dev=0.235
N3 B 0, 0.448, 0.715, 0.983, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.715 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.509, 0.797, 1.085, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.797 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.218, 0.514, 0.809, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.514 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.648, 0.956, 1.265, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.956 std_dev=0.309
O2 B 0, 0.190, 0.499, 0.808, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.499 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.540, 0.864, 1.188, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.864 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.518, 0.897, 1.276, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.897 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.575, 0.975, 1.375, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.975 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.846, 1.278, 1.710, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.278 std_dev=0.432
O3' B 0, 0.553, 1.000, 1.448, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.000 std_dev=0.447
C5' B 0, 0.534, 0.988, 1.442, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.988 std_dev=0.454
O4 B 0, 0.769, 1.233, 1.698, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.233 std_dev=0.465
C2' B 0, 0.782, 1.459, 2.136, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.459 std_dev=0.677
OP1 B 0, 0.435, 1.257, 2.079, 4.012 max_d=4.012 avg_d=1.257 std_dev=0.822
O4' A 0, 0.533, 1.412, 2.292, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.412 std_dev=0.880
P B 0, 1.173, 2.062, 2.951, 3.314 max_d=3.314 avg_d=2.062 std_dev=0.889
C2' A 0, 0.614, 1.559, 2.504, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.559 std_dev=0.945
C4' A 0, 0.826, 1.883, 2.939, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.883 std_dev=1.056
OP2 B 0, 2.408, 3.648, 4.888, 4.880 max_d=4.880 avg_d=3.648 std_dev=1.240
C3' A 0, 0.933, 2.328, 3.723, 3.540 max_d=3.540 avg_d=2.328 std_dev=1.395
O2' B 0, 1.096, 2.540, 3.983, 4.003 max_d=4.003 avg_d=2.540 std_dev=1.443
O2' A 0, 0.910, 2.437, 3.965, 3.774 max_d=3.774 avg_d=2.437 std_dev=1.528
O3' A 0, 1.310, 3.034, 4.758, 4.438 max_d=4.438 avg_d=3.034 std_dev=1.724
C5' A 0, 1.511, 3.721, 5.932, 5.902 max_d=5.902 avg_d=3.721 std_dev=2.211
O5' A 0, 1.727, 4.897, 8.067, 7.419 max_d=7.419 avg_d=4.897 std_dev=3.170
OP1 A 0, 1.929, 5.631, 9.334, 8.918 max_d=8.918 avg_d=5.631 std_dev=3.702
P A 0, 1.990, 6.182, 10.375, 9.535 max_d=9.535 avg_d=6.182 std_dev=4.192
OP2 A 0, 2.521, 7.845, 13.170, 12.039 max_d=12.039 avg_d=7.845 std_dev=5.325

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.03 0.35 0.01 0.11 0.24 0.24 0.15
C2 0.09 0.00 0.12 0.17 0.02 0.32 0.01 0.78 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.25 0.37 1.35 1.35 2.13 1.60
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.17 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10 0.07 0.04 0.01 0.04 0.02 0.60 0.63 0.87 0.63
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.24 0.01 0.39 0.02 0.37 0.47 0.27 0.13 0.44 0.50 0.27 0.03 0.01 0.03 0.43 0.60 0.54 0.51
C4 0.05 0.02 0.07 0.24 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.11 0.20 0.56 0.56 0.89 0.64
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.08 0.42 0.19 0.33 0.13 0.35 0.13 0.33 0.02 0.01 0.01 0.25 0.09 0.10
C5 0.03 0.01 0.08 0.39 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.15 0.08 0.25 0.34 0.43 0.34
C5' 0.04 0.78 0.17 0.02 0.26 0.01 0.16 0.00 0.18 0.70 0.51 0.75 0.18 0.60 0.17 0.15 0.22 0.02 0.01 0.23 0.16 0.02
C6 0.05 0.01 0.09 0.37 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.31 0.24 0.16 0.49 0.56 0.90 0.65
C8 0.02 0.02 0.07 0.47 0.01 0.42 0.01 0.70 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.09 0.26 0.79 0.73 0.77 0.82
N1 0.08 0.01 0.11 0.27 0.03 0.19 0.02 0.51 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.20 0.28 0.28 1.00 1.04 1.68 1.24
N3 0.09 0.01 0.11 0.13 0.00 0.33 0.01 0.75 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.37 1.27 1.20 1.86 1.41
N6 0.04 0.02 0.10 0.44 0.02 0.13 0.01 0.18 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.38 0.27 0.10 0.31 0.43 0.59 0.46
N7 0.02 0.02 0.07 0.50 0.01 0.35 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.11 0.15 0.62 0.60 0.57 0.64
N9 0.01 0.03 0.04 0.27 0.01 0.13 0.02 0.17 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.16 0.26 0.18 0.20
O2' 0.03 0.12 0.01 0.03 0.21 0.33 0.33 0.15 0.31 0.38 0.20 0.11 0.38 0.42 0.23 0.00 0.07 0.24 0.32 0.47 0.70 0.37
O3' 0.35 0.25 0.04 0.01 0.11 0.02 0.15 0.22 0.24 0.09 0.28 0.17 0.27 0.11 0.10 0.07 0.00 0.21 0.21 0.37 0.26 0.25
O4' 0.01 0.37 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.16 0.26 0.28 0.37 0.10 0.15 0.02 0.24 0.21 0.00 0.27 0.42 0.25 0.35
O5' 0.11 1.35 0.60 0.43 0.56 0.01 0.25 0.01 0.49 0.79 1.00 1.27 0.31 0.62 0.16 0.32 0.21 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 1.35 0.63 0.60 0.56 0.25 0.34 0.23 0.56 0.73 1.04 1.20 0.43 0.60 0.26 0.47 0.37 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 2.13 0.87 0.54 0.89 0.09 0.43 0.16 0.90 0.77 1.68 1.86 0.59 0.57 0.18 0.70 0.26 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.60 0.63 0.51 0.64 0.10 0.34 0.02 0.65 0.82 1.24 1.41 0.46 0.64 0.20 0.37 0.25 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.26 0.25 0.27 0.12 0.25 0.10 0.17 0.13 0.18 0.18 0.39 0.35 0.37 0.17 0.17 0.34 0.62 0.27
C2 0.14 0.14 0.19 0.28 0.16 0.12 0.15 0.12 0.11 0.11 0.10 0.22 0.53 0.25 0.25 0.13 0.23 0.36 0.72 0.35
C2' 0.13 0.13 0.17 0.20 0.23 0.13 0.21 0.14 0.15 0.11 0.16 0.19 0.50 0.37 0.32 0.14 0.24 0.37 0.68 0.36
C3' 0.28 0.28 0.29 0.21 0.27 0.24 0.26 0.17 0.24 0.25 0.27 0.35 0.87 0.70 0.32 0.27 0.12 0.33 0.54 0.22
C4 0.13 0.11 0.27 0.28 0.20 0.13 0.18 0.11 0.12 0.10 0.13 0.18 0.39 0.33 0.30 0.14 0.21 0.33 0.64 0.31
C4' 0.14 0.14 0.27 0.31 0.29 0.16 0.28 0.23 0.21 0.15 0.20 0.16 0.46 0.31 0.38 0.13 0.40 0.48 0.95 0.59
C5 0.15 0.10 0.35 0.29 0.20 0.15 0.16 0.13 0.10 0.10 0.14 0.17 0.33 0.36 0.30 0.15 0.21 0.30 0.57 0.28
C5' 0.32 0.40 0.46 0.54 0.78 0.39 0.78 0.56 0.62 0.45 0.57 0.25 0.39 0.24 0.96 0.32 0.81 0.87 1.46 1.06
C6 0.14 0.10 0.32 0.29 0.19 0.15 0.14 0.14 0.10 0.10 0.14 0.17 0.35 0.34 0.28 0.14 0.22 0.29 0.56 0.28
C8 0.17 0.10 0.40 0.31 0.21 0.16 0.17 0.14 0.11 0.10 0.14 0.17 0.31 0.39 0.31 0.15 0.22 0.30 0.56 0.28
N1 0.14 0.12 0.22 0.29 0.16 0.14 0.13 0.13 0.09 0.10 0.09 0.21 0.47 0.28 0.25 0.13 0.23 0.32 0.65 0.32
N3 0.13 0.12 0.21 0.28 0.18 0.12 0.17 0.11 0.12 0.10 0.11 0.21 0.48 0.28 0.27 0.12 0.22 0.37 0.72 0.35
N6 0.16 0.11 0.41 0.30 0.20 0.17 0.14 0.15 0.10 0.11 0.19 0.16 0.30 0.38 0.27 0.16 0.21 0.26 0.47 0.25
N7 0.17 0.11 0.43 0.31 0.21 0.17 0.16 0.15 0.11 0.11 0.16 0.17 0.31 0.40 0.30 0.16 0.22 0.29 0.52 0.27
N9 0.14 0.10 0.31 0.28 0.22 0.13 0.19 0.11 0.13 0.10 0.14 0.17 0.35 0.36 0.32 0.14 0.20 0.33 0.61 0.29
O2' 0.49 0.37 0.48 0.55 0.21 0.49 0.23 0.47 0.29 0.37 0.24 0.49 0.20 0.16 0.30 0.47 0.54 0.56 0.89 0.63
O3' 0.24 0.27 0.28 0.21 0.38 0.22 0.37 0.20 0.32 0.27 0.32 0.27 0.84 0.68 0.46 0.24 0.16 0.40 0.39 0.17
O4' 0.23 0.22 0.46 0.46 0.25 0.24 0.24 0.28 0.21 0.21 0.23 0.25 0.30 0.21 0.31 0.15 0.45 0.50 0.98 0.61
O5' 0.75 0.87 0.90 0.97 1.39 0.83 1.40 1.05 1.19 0.95 1.11 0.62 0.35 0.37 1.62 0.75 1.39 1.47 2.15 1.70
OP1 0.95 1.04 1.04 1.16 1.61 1.06 1.66 1.33 1.44 1.15 1.27 0.75 0.45 0.55 1.84 1.00 1.69 1.80 2.50 2.04
OP2 1.51 1.66 1.61 1.75 2.55 1.64 2.61 2.02 2.26 1.83 2.04 1.21 0.85 1.01 2.91 1.58 2.50 2.65 3.47 2.94
P 1.07 1.19 1.21 1.32 1.84 1.18 1.87 1.47 1.62 1.30 1.47 0.86 0.57 0.68 2.11 1.09 1.87 1.99 2.73 2.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.36 0.02 0.01 0.09 0.22 0.18 0.10
C2 0.03 0.00 0.16 0.26 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.21 0.01 0.07 0.20 0.26 0.48 0.26
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.22 0.14 0.02 0.11 0.28 0.01 0.03 0.03 0.02 0.49 0.59 0.71 0.60
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.41 0.01 0.42 0.02 0.35 0.25 0.34 0.19 0.02 0.01 0.43 0.02 0.15 0.34 0.31 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.41 0.00 0.18 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.43 0.16 0.01 0.03 0.41 0.55 0.99 0.59
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.19 0.11 0.12 0.06 0.32 0.03 0.18 0.01 0.02 0.14 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.42 0.01 0.21 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.23 0.01 0.06 0.47 0.61 1.03 0.64
C5' 0.05 0.10 0.22 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.21 0.10 0.16 0.07 0.10 0.20 0.24 0.02 0.01 0.10 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.35 0.01 0.19 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.16 0.02 0.07 0.39 0.46 0.72 0.47
N1 0.01 0.01 0.02 0.25 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.12 0.02 0.02 0.20 0.27 0.41 0.24
N3 0.03 0.01 0.11 0.34 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.12 0.01 0.06 0.30 0.39 0.74 0.42
O2 0.04 0.00 0.28 0.19 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.40 0.02 0.11 0.12 0.20 0.34 0.15
O2' 0.03 0.28 0.01 0.02 0.43 0.32 0.41 0.10 0.33 0.23 0.37 0.23 0.00 0.04 0.47 0.24 0.36 0.51 0.87 0.57
O3' 0.36 0.21 0.03 0.01 0.16 0.03 0.23 0.20 0.16 0.12 0.12 0.40 0.04 0.00 0.20 0.24 0.19 0.34 0.24 0.14
O4 0.02 0.01 0.03 0.43 0.01 0.18 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.47 0.20 0.00 0.04 0.44 0.62 1.13 0.66
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.11 0.24 0.24 0.04 0.00 0.15 0.18 0.17 0.16
O5' 0.09 0.20 0.49 0.15 0.41 0.02 0.47 0.01 0.39 0.20 0.30 0.12 0.36 0.19 0.44 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.26 0.59 0.34 0.55 0.14 0.61 0.10 0.46 0.27 0.39 0.20 0.51 0.34 0.62 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.48 0.71 0.31 0.99 0.20 1.03 0.22 0.72 0.41 0.74 0.34 0.87 0.24 1.13 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.26 0.60 0.21 0.59 0.04 0.64 0.02 0.47 0.24 0.42 0.15 0.57 0.14 0.66 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00