ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 5, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.021, 0.047, 0.073, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.047 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O4' B 0, 0.149, 0.490, 0.830, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.490 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.395, 0.771, 1.146, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.771 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.321, 0.703, 1.085, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.703 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.550, 0.955, 1.360, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.955 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.490, 0.896, 1.302, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.896 std_dev=0.406
O4 B 0, 0.366, 0.780, 1.194, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.780 std_dev=0.414
C2 B 0, 0.371, 0.790, 1.208, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.790 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.484, 0.905, 1.326, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.905 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.464, 0.908, 1.351, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.908 std_dev=0.444
O2 B 0, 0.414, 0.863, 1.312, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.863 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.529, 1.056, 1.583, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.056 std_dev=0.527
C5' B 0, 0.739, 1.654, 2.570, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.654 std_dev=0.916
C3' B 0, 0.758, 1.713, 2.668, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.713 std_dev=0.955
O4' A 0, 0.488, 1.486, 2.484, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.486 std_dev=0.998
C2' A 0, 0.522, 1.578, 2.634, 2.470 max_d=2.470 avg_d=1.578 std_dev=1.056
C2' B 0, 0.774, 1.834, 2.894, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.834 std_dev=1.060
O3' B 0, 0.905, 2.178, 3.451, 3.483 max_d=3.483 avg_d=2.178 std_dev=1.273
O2' A 0, 0.767, 2.066, 3.365, 3.097 max_d=3.097 avg_d=2.066 std_dev=1.299
O2' B 0, 0.923, 2.255, 3.587, 3.429 max_d=3.429 avg_d=2.255 std_dev=1.332
C4' A 0, 0.695, 2.074, 3.453, 3.248 max_d=3.248 avg_d=2.074 std_dev=1.379
C3' A 0, 0.829, 2.444, 4.060, 3.793 max_d=3.793 avg_d=2.444 std_dev=1.615
O5' B 0, 1.109, 2.917, 4.726, 5.478 max_d=5.478 avg_d=2.917 std_dev=1.809
O3' A 0, 1.209, 3.457, 5.705, 5.346 max_d=5.346 avg_d=3.457 std_dev=2.248
C5' A 0, 1.278, 3.761, 6.244, 5.770 max_d=5.770 avg_d=3.761 std_dev=2.483
OP1 B 0, 1.708, 4.265, 6.822, 7.098 max_d=7.098 avg_d=4.265 std_dev=2.557
P B 0, 1.691, 4.374, 7.058, 7.687 max_d=7.687 avg_d=4.374 std_dev=2.684
O5' A 0, 1.491, 4.351, 7.211, 6.783 max_d=6.783 avg_d=4.351 std_dev=2.860
OP2 B 0, 2.323, 6.106, 9.889, 10.164 max_d=10.164 avg_d=6.106 std_dev=3.783
P A 0, 2.130, 6.152, 10.174, 9.255 max_d=9.255 avg_d=6.152 std_dev=4.022
OP1 A 0, 2.170, 6.219, 10.268, 9.396 max_d=9.396 avg_d=6.219 std_dev=4.049
OP2 A 0, 2.444, 7.116, 11.788, 10.766 max_d=10.766 avg_d=7.116 std_dev=4.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.01 0.08 0.18 0.49 0.22
C2 0.05 0.00 0.20 0.54 0.02 0.59 0.03 0.95 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.49 0.47 0.40 1.27 1.34 1.58 1.58
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.09 0.09 0.10 0.15 0.22 0.08 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.44 0.79 0.46
C3' 0.03 0.54 0.01 0.00 0.20 0.00 0.16 0.02 0.16 0.48 0.35 0.56 0.17 0.40 0.16 0.02 0.00 0.01 0.07 0.37 0.49 0.22
C4 0.03 0.02 0.10 0.20 0.00 0.26 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.12 0.23 0.51 0.49 0.58 0.61
C4' 0.01 0.59 0.02 0.00 0.26 0.00 0.08 0.01 0.20 0.38 0.43 0.58 0.12 0.27 0.07 0.19 0.02 0.01 0.03 0.13 0.30 0.10
C5 0.03 0.03 0.06 0.16 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.12 0.12 0.14 0.18 0.34 0.21
C5' 0.03 0.95 0.09 0.02 0.39 0.01 0.12 0.00 0.34 0.59 0.71 0.89 0.18 0.42 0.07 0.12 0.11 0.02 0.01 0.08 0.16 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.16 0.01 0.20 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.08 0.20 0.44 0.51 0.38 0.59
C8 0.03 0.03 0.10 0.48 0.01 0.38 0.01 0.59 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.15 0.43 0.19 0.76 0.71 1.14 0.79
N1 0.04 0.01 0.15 0.35 0.01 0.43 0.02 0.71 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.42 0.27 0.32 0.95 1.06 1.10 1.23
N3 0.05 0.01 0.22 0.56 0.01 0.58 0.02 0.89 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.46 0.48 0.40 1.18 1.15 1.41 1.37
N6 0.04 0.03 0.08 0.17 0.02 0.12 0.01 0.18 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.29 0.16 0.15 0.22 0.30 0.26 0.32
N7 0.03 0.03 0.07 0.40 0.02 0.27 0.01 0.42 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.16 0.40 0.08 0.57 0.56 1.09 0.63
N9 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.13 0.02 0.08 0.13 0.45 0.15
O2' 0.01 0.49 0.00 0.02 0.28 0.19 0.24 0.12 0.32 0.15 0.42 0.46 0.29 0.16 0.11 0.00 0.05 0.15 0.15 0.49 0.88 0.46
O3' 0.15 0.47 0.02 0.00 0.12 0.02 0.12 0.11 0.08 0.43 0.27 0.48 0.16 0.40 0.13 0.05 0.00 0.10 0.17 0.51 0.36 0.13
O4' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.23 0.01 0.12 0.02 0.20 0.19 0.32 0.40 0.15 0.08 0.02 0.15 0.10 0.00 0.09 0.16 0.28 0.11
O5' 0.08 1.27 0.21 0.07 0.51 0.03 0.14 0.01 0.44 0.76 0.95 1.18 0.22 0.57 0.08 0.15 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 1.34 0.44 0.37 0.49 0.13 0.18 0.08 0.51 0.71 1.06 1.15 0.30 0.56 0.13 0.49 0.51 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.49 1.58 0.79 0.49 0.58 0.30 0.34 0.16 0.38 1.14 1.10 1.41 0.26 1.09 0.45 0.88 0.36 0.28 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.22 1.58 0.46 0.22 0.61 0.10 0.21 0.02 0.59 0.79 1.23 1.37 0.32 0.63 0.15 0.46 0.13 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.50 0.54 0.33 0.23 0.35 0.24 0.31 0.27 0.27 0.19 0.40 0.66 0.38 0.18 0.43 0.39 0.81 0.60
C2 0.25 0.21 0.42 0.43 0.26 0.22 0.29 0.22 0.29 0.26 0.22 0.18 0.36 0.50 0.27 0.21 0.42 0.32 0.79 0.59
C2' 0.31 0.31 0.40 0.45 0.46 0.33 0.48 0.38 0.43 0.35 0.36 0.23 0.31 0.50 0.52 0.32 0.61 0.56 1.07 0.82
C3' 0.31 0.37 0.43 0.56 0.65 0.37 0.65 0.50 0.54 0.41 0.49 0.26 0.21 0.57 0.79 0.29 0.87 0.90 1.48 1.16
C4 0.23 0.24 0.51 0.53 0.31 0.21 0.32 0.21 0.30 0.26 0.27 0.19 0.41 0.64 0.35 0.15 0.40 0.34 0.72 0.54
C4' 0.53 0.59 0.75 0.89 0.92 0.60 0.93 0.72 0.81 0.65 0.74 0.42 0.49 0.95 1.07 0.45 1.05 1.10 1.62 1.32
C5 0.23 0.24 0.57 0.59 0.31 0.20 0.31 0.20 0.29 0.26 0.28 0.20 0.46 0.70 0.35 0.11 0.34 0.32 0.58 0.45
C5' 0.84 0.94 1.05 1.27 1.51 0.97 1.53 1.17 1.32 1.05 1.19 0.65 0.68 1.29 1.74 0.81 1.53 1.68 2.20 1.85
C6 0.23 0.25 0.57 0.57 0.29 0.20 0.29 0.18 0.28 0.26 0.27 0.20 0.46 0.67 0.30 0.10 0.32 0.28 0.54 0.41
C8 0.23 0.25 0.59 0.63 0.34 0.22 0.33 0.22 0.30 0.26 0.29 0.20 0.47 0.77 0.39 0.11 0.36 0.36 0.60 0.46
N1 0.25 0.23 0.49 0.48 0.27 0.20 0.28 0.19 0.28 0.26 0.25 0.20 0.41 0.56 0.28 0.16 0.36 0.29 0.66 0.50
N3 0.24 0.22 0.43 0.45 0.28 0.22 0.31 0.23 0.30 0.26 0.23 0.18 0.36 0.54 0.31 0.20 0.43 0.35 0.82 0.61
N6 0.23 0.24 0.65 0.62 0.27 0.20 0.28 0.17 0.27 0.25 0.25 0.19 0.53 0.74 0.28 0.08 0.25 0.24 0.38 0.30
N7 0.23 0.25 0.62 0.65 0.33 0.22 0.33 0.21 0.30 0.26 0.29 0.20 0.49 0.79 0.37 0.10 0.32 0.33 0.52 0.40
N9 0.24 0.25 0.53 0.57 0.34 0.22 0.34 0.22 0.31 0.27 0.28 0.20 0.43 0.69 0.38 0.14 0.40 0.37 0.72 0.55
O2' 0.59 0.55 0.55 0.59 0.73 0.62 0.79 0.67 0.74 0.63 0.59 0.44 0.53 0.59 0.79 0.66 0.74 0.70 1.06 0.90
O3' 0.20 0.25 0.23 0.37 0.51 0.27 0.51 0.42 0.41 0.29 0.36 0.16 0.07 0.36 0.63 0.24 0.83 0.85 1.50 1.15
O4' 0.50 0.54 0.82 0.92 0.78 0.54 0.79 0.60 0.70 0.59 0.65 0.41 0.61 1.03 0.88 0.35 0.84 0.86 1.28 1.04
O5' 1.02 1.17 1.20 1.44 1.87 1.16 1.89 1.41 1.62 1.29 1.48 0.80 0.76 1.42 2.16 1.02 1.78 1.96 2.48 2.12
OP1 1.28 1.41 1.39 1.76 2.30 1.54 2.39 1.92 2.05 1.60 1.77 0.94 0.83 1.69 2.64 1.38 2.41 2.73 3.36 2.87
OP2 1.10 1.33 1.10 1.42 2.43 1.27 2.46 1.66 2.03 1.51 1.81 0.80 0.53 1.26 2.89 1.22 2.14 2.42 3.01 2.58
P 1.38 1.55 1.49 1.81 2.49 1.58 2.54 1.93 2.18 1.73 1.95 1.07 0.94 1.73 2.86 1.46 2.37 2.64 3.20 2.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.15 0.34 0.25
C2 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.02 0.10 0.34 0.24 0.65 0.45
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.13 0.29 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.21 0.47 0.26
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.02 0.08 0.09 0.19 0.22 0.02 0.01 0.17 0.01 0.32 0.24 0.50 0.26
C4 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.18 0.00 0.03 0.69 0.52 1.38 0.96
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.04 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.10 0.10 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.01 0.07 0.88 0.66 1.65 1.17
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.16 0.01 0.24 0.00 0.23 0.11 0.09 0.08 0.08 0.02 0.17 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.08 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.01 0.11 0.83 0.58 1.37 1.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.49 0.33 0.81 0.59
N3 0.01 0.01 0.13 0.19 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.02 0.08 0.47 0.34 0.95 0.66
O2 0.03 0.01 0.29 0.22 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.27 0.03 0.17 0.15 0.13 0.30 0.20
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.04 0.08 0.12 0.08 0.13 0.03 0.08 0.24 0.00 0.03 0.04 0.08 0.14 0.15 0.19 0.07
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.18 0.02 0.12 0.02 0.10 0.09 0.23 0.27 0.03 0.00 0.21 0.02 0.22 0.24 0.35 0.14
O4 0.02 0.02 0.05 0.17 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.21 0.00 0.03 0.71 0.56 1.50 1.03
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.11 0.01 0.08 0.17 0.08 0.02 0.03 0.00 0.12 0.10 0.11 0.12
O5' 0.23 0.34 0.29 0.32 0.69 0.02 0.88 0.01 0.83 0.49 0.47 0.15 0.14 0.22 0.71 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.24 0.21 0.24 0.52 0.07 0.66 0.07 0.58 0.33 0.34 0.13 0.15 0.24 0.56 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.65 0.47 0.50 1.38 0.05 1.65 0.07 1.37 0.81 0.95 0.30 0.19 0.35 1.50 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.45 0.26 0.26 0.96 0.03 1.17 0.01 1.02 0.59 0.66 0.20 0.07 0.14 1.03 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00