ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 B 0, 0.071, 0.411, 0.751, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.411 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.118, 0.491, 0.863, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.491 std_dev=0.372
C2 B 0, 0.006, 0.383, 0.760, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.383 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.006, 0.402, 0.798, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.402 std_dev=0.396
C5 B 0, 0.118, 0.515, 0.913, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.515 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.054, 0.452, 0.851, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.452 std_dev=0.398
O4' B 0, 0.060, 0.460, 0.861, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.460 std_dev=0.401
C1' B 0, 0.031, 0.440, 0.848, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.440 std_dev=0.408
O4 B 0, 0.013, 0.512, 1.011, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.512 std_dev=0.499
O2 B 0, -0.079, 0.422, 0.923, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.422 std_dev=0.501
C2' B 0, 0.008, 0.533, 1.057, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.533 std_dev=0.524
O5' B 0, 0.177, 0.721, 1.265, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.721 std_dev=0.544
C4' B 0, -0.029, 0.516, 1.061, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.516 std_dev=0.545
C5' B 0, 0.034, 0.642, 1.251, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.642 std_dev=0.608
C3' B 0, -0.072, 0.636, 1.345, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.636 std_dev=0.708
O4' A 0, -0.343, 0.417, 1.178, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.417 std_dev=0.761
C2' A 0, -0.375, 0.424, 1.224, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.424 std_dev=0.800
P B 0, 0.037, 0.866, 1.694, 3.011 max_d=3.011 avg_d=0.866 std_dev=0.828
OP2 B 0, 0.223, 1.059, 1.895, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.059 std_dev=0.836
O2' B 0, -0.187, 0.666, 1.518, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.666 std_dev=0.853
C4' A 0, -0.460, 0.603, 1.666, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.603 std_dev=1.063
C3' A 0, -0.445, 0.620, 1.686, 3.678 max_d=3.678 avg_d=0.620 std_dev=1.065
O3' B 0, -0.236, 0.842, 1.920, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.842 std_dev=1.078
O2' A 0, -0.491, 0.656, 1.804, 3.940 max_d=3.940 avg_d=0.656 std_dev=1.148
O3' A 0, -0.374, 0.788, 1.951, 3.865 max_d=3.865 avg_d=0.788 std_dev=1.163
OP1 B 0, -0.080, 1.097, 2.275, 4.284 max_d=4.284 avg_d=1.097 std_dev=1.178
C5' A 0, -0.882, 0.947, 2.776, 6.465 max_d=6.465 avg_d=0.947 std_dev=1.829
O5' A 0, -0.976, 0.998, 2.972, 7.076 max_d=7.076 avg_d=0.998 std_dev=1.974
P A 0, -1.100, 1.180, 3.460, 8.277 max_d=8.277 avg_d=1.180 std_dev=2.280
OP1 A 0, -1.000, 1.462, 3.925, 8.836 max_d=8.836 avg_d=1.462 std_dev=2.463
OP2 A 0, -1.033, 1.913, 4.860, 10.474 max_d=10.474 avg_d=1.913 std_dev=2.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.32 0.38 0.27 0.18
C2 0.03 0.00 0.35 0.73 0.01 0.49 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.65 0.18 0.32 0.48 0.88 0.50
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.07 0.16 0.15 0.19 0.26 0.36 0.10 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01 0.47 0.74 0.39 0.47
C3' 0.02 0.73 0.01 0.00 0.43 0.00 0.33 0.01 0.45 0.20 0.62 0.70 0.40 0.18 0.16 0.02 0.01 0.02 0.20 0.42 0.14 0.25
C4 0.02 0.01 0.18 0.43 0.00 0.25 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.31 0.10 0.22 0.53 0.56 0.23
C4' 0.01 0.49 0.02 0.00 0.25 0.00 0.14 0.01 0.24 0.20 0.39 0.47 0.18 0.11 0.05 0.24 0.01 0.00 0.02 0.21 0.15 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.33 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.23 0.05 0.40 0.78 0.61 0.28
C5' 0.07 0.73 0.16 0.01 0.33 0.01 0.17 0.00 0.34 0.34 0.59 0.67 0.24 0.21 0.06 0.12 0.17 0.02 0.00 0.31 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.45 0.00 0.24 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.37 0.08 0.26 0.72 0.69 0.24
C8 0.01 0.01 0.19 0.20 0.00 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.17 0.14 0.84 1.05 0.72 0.63
N1 0.03 0.00 0.26 0.62 0.01 0.39 0.00 0.59 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.55 0.14 0.18 0.55 0.82 0.36
N3 0.03 0.00 0.36 0.70 0.01 0.47 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.58 0.18 0.29 0.43 0.76 0.45
N6 0.01 0.01 0.10 0.40 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.33 0.06 0.36 0.88 0.72 0.28
N7 0.01 0.01 0.11 0.18 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.11 0.09 0.75 1.11 0.76 0.58
N9 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.03 0.45 0.62 0.45 0.27
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.14 0.24 0.21 0.12 0.21 0.25 0.17 0.14 0.24 0.27 0.15 0.00 0.02 0.16 0.25 0.59 0.38 0.32
O3' 0.20 0.65 0.03 0.01 0.31 0.01 0.23 0.17 0.37 0.17 0.55 0.58 0.33 0.11 0.09 0.02 0.00 0.14 0.17 0.29 0.31 0.21
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.14 0.14 0.18 0.06 0.09 0.03 0.16 0.14 0.00 0.14 0.14 0.21 0.21
O5' 0.32 0.32 0.47 0.20 0.22 0.02 0.40 0.00 0.26 0.84 0.18 0.29 0.36 0.75 0.45 0.25 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.38 0.48 0.74 0.42 0.53 0.21 0.78 0.31 0.72 1.05 0.55 0.43 0.88 1.11 0.62 0.59 0.29 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.88 0.39 0.14 0.56 0.15 0.61 0.28 0.69 0.72 0.82 0.76 0.72 0.76 0.45 0.38 0.31 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.50 0.47 0.25 0.23 0.08 0.28 0.01 0.24 0.63 0.36 0.45 0.28 0.58 0.27 0.32 0.21 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.32 0.31 0.43 0.09 0.41 0.10 0.30 0.18 0.29 0.14 0.29 0.34 0.55 0.16 0.17 0.51 0.19 0.14
C2 0.08 0.11 0.30 0.33 0.42 0.11 0.40 0.15 0.28 0.14 0.23 0.22 0.26 0.25 0.57 0.15 0.19 0.44 0.13 0.16
C2' 0.20 0.33 0.26 0.27 0.66 0.11 0.62 0.20 0.49 0.34 0.51 0.19 0.31 0.28 0.81 0.30 0.32 0.44 0.32 0.23
C3' 0.53 0.66 0.23 0.23 1.01 0.44 0.99 0.58 0.84 0.68 0.84 0.48 0.38 0.29 1.15 0.65 0.73 0.71 0.69 0.65
C4 0.06 0.15 0.32 0.30 0.44 0.07 0.41 0.11 0.29 0.16 0.30 0.13 0.28 0.32 0.56 0.16 0.17 0.47 0.14 0.14
C4' 0.32 0.41 0.22 0.22 0.79 0.28 0.79 0.42 0.64 0.47 0.59 0.22 0.37 0.38 0.93 0.41 0.58 0.79 0.55 0.57
C5 0.05 0.18 0.34 0.27 0.46 0.05 0.41 0.10 0.29 0.17 0.35 0.09 0.28 0.35 0.57 0.17 0.18 0.46 0.12 0.13
C5' 0.51 0.62 0.43 0.41 1.11 0.46 1.12 0.64 0.93 0.69 0.85 0.34 0.57 0.57 1.29 0.57 0.87 1.14 0.94 0.93
C6 0.05 0.16 0.35 0.27 0.45 0.06 0.40 0.12 0.28 0.16 0.35 0.10 0.28 0.32 0.55 0.16 0.19 0.43 0.10 0.13
C8 0.07 0.20 0.33 0.26 0.46 0.05 0.41 0.09 0.30 0.19 0.35 0.10 0.29 0.41 0.57 0.18 0.18 0.50 0.15 0.14
N1 0.07 0.10 0.32 0.31 0.45 0.09 0.40 0.14 0.28 0.14 0.28 0.21 0.25 0.26 0.56 0.15 0.19 0.41 0.10 0.14
N3 0.08 0.12 0.31 0.33 0.42 0.10 0.41 0.13 0.29 0.15 0.25 0.18 0.28 0.28 0.56 0.15 0.18 0.46 0.15 0.16
N6 0.07 0.20 0.38 0.25 0.44 0.07 0.39 0.13 0.28 0.18 0.37 0.07 0.33 0.38 0.51 0.18 0.20 0.42 0.11 0.14
N7 0.07 0.21 0.34 0.25 0.46 0.05 0.41 0.10 0.30 0.20 0.37 0.10 0.30 0.42 0.56 0.19 0.19 0.49 0.14 0.15
N9 0.06 0.17 0.32 0.29 0.44 0.07 0.41 0.09 0.29 0.18 0.31 0.11 0.29 0.35 0.56 0.16 0.17 0.50 0.16 0.14
O2' 0.44 0.39 0.74 0.75 0.52 0.48 0.54 0.43 0.48 0.43 0.41 0.40 0.75 0.74 0.62 0.35 0.41 0.77 0.60 0.53
O3' 0.49 0.59 0.18 0.15 0.95 0.40 0.94 0.54 0.80 0.63 0.76 0.41 0.43 0.23 1.09 0.62 0.68 0.65 0.71 0.63
O4' 0.11 0.15 0.26 0.25 0.46 0.10 0.46 0.19 0.34 0.20 0.30 0.07 0.34 0.40 0.58 0.18 0.32 0.65 0.24 0.31
O5' 0.16 0.27 0.27 0.27 0.75 0.16 0.75 0.16 0.53 0.29 0.49 0.27 0.30 0.42 0.96 0.21 0.38 0.74 0.55 0.49
OP1 0.66 0.45 0.97 0.97 0.53 0.82 0.56 0.67 0.44 0.45 0.36 0.69 0.94 1.08 0.72 0.61 0.58 1.20 0.70 0.71
OP2 1.07 1.18 0.87 0.94 1.65 1.02 1.69 1.16 1.50 1.25 1.38 0.98 1.08 1.12 1.81 1.13 1.38 1.46 1.54 1.49
P 0.36 0.50 0.27 0.29 1.00 0.30 1.02 0.41 0.80 0.55 0.73 0.33 0.46 0.53 1.20 0.42 0.65 0.96 0.84 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.26 0.03 0.00 0.15 0.33 0.15 0.17
C2 0.03 0.00 0.17 0.24 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.10 0.19 0.54 0.23 0.21
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.02 0.10 0.18 0.14 0.02 0.14 0.28 0.00 0.03 0.07 0.01 0.41 0.47 0.41 0.40
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.35 0.00 0.33 0.02 0.26 0.21 0.32 0.18 0.02 0.01 0.38 0.02 0.12 0.44 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.35 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.29 0.19 0.00 0.02 0.26 0.68 0.35 0.29
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.06 0.29 0.03 0.13 0.00 0.01 0.24 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.21 0.01 0.07 0.27 0.62 0.35 0.29
C5' 0.08 0.09 0.18 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.10 0.07 0.10 0.12 0.11 0.19 0.15 0.01 0.00 0.17 0.06 0.01
C6 0.02 0.00 0.14 0.26 0.01 0.14 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.14 0.01 0.10 0.22 0.51 0.25 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.06 0.02 0.01 0.17 0.46 0.20 0.19
N3 0.02 0.01 0.14 0.32 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.12 0.01 0.08 0.22 0.63 0.29 0.25
O2 0.05 0.00 0.28 0.18 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.24 0.02 0.18 0.18 0.50 0.20 0.19
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.29 0.29 0.33 0.11 0.30 0.17 0.20 0.12 0.00 0.05 0.30 0.20 0.27 0.50 0.43 0.33
O3' 0.26 0.12 0.03 0.01 0.19 0.03 0.21 0.19 0.14 0.06 0.12 0.24 0.05 0.00 0.24 0.18 0.17 0.74 0.32 0.34
O4 0.03 0.02 0.07 0.38 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.24 0.00 0.02 0.28 0.74 0.40 0.33
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.08 0.18 0.20 0.18 0.02 0.00 0.13 0.21 0.15 0.09
O5' 0.15 0.19 0.41 0.12 0.26 0.01 0.27 0.00 0.22 0.17 0.22 0.18 0.27 0.17 0.28 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.33 0.54 0.47 0.44 0.68 0.24 0.62 0.17 0.51 0.46 0.63 0.50 0.50 0.74 0.74 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.23 0.41 0.15 0.35 0.05 0.35 0.06 0.25 0.20 0.29 0.20 0.43 0.32 0.40 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.21 0.40 0.12 0.29 0.05 0.29 0.01 0.22 0.19 0.25 0.19 0.33 0.34 0.33 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00