ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.008, 0.043, 0.077, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.035
C5 A 0, 0.017, 0.059, 0.102, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.059 std_dev=0.042
N3 A 0, 0.017, 0.060, 0.103, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.060 std_dev=0.043
N1 A 0, 0.019, 0.067, 0.115, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.067 std_dev=0.048
C1' A 0, 0.016, 0.068, 0.120, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.068 std_dev=0.052
C4 A 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.079 std_dev=0.056
N6 A 0, 0.023, 0.083, 0.142, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.083 std_dev=0.059
N9 A 0, 0.026, 0.090, 0.155, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.090 std_dev=0.064
N7 A 0, 0.032, 0.111, 0.191, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.111 std_dev=0.080
C8 A 0, 0.041, 0.143, 0.245, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.143 std_dev=0.102
N3 B 0, 0.062, 0.221, 0.380, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.221 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.138, 0.507, 0.877, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.507 std_dev=0.369
C6 B 0, 0.121, 0.617, 1.112, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.617 std_dev=0.495
C2 B 0, 0.223, 0.768, 1.312, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.768 std_dev=0.544
O3' A 0, 0.257, 0.907, 1.556, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.907 std_dev=0.649
O4' B 0, 0.273, 1.018, 1.764, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.018 std_dev=0.746
C4 B 0, 0.211, 1.030, 1.849, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.030 std_dev=0.819
C3' A 0, 0.342, 1.190, 2.039, 1.915 max_d=1.915 avg_d=1.190 std_dev=0.848
O5' B 0, 0.296, 1.204, 2.113, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.204 std_dev=0.909
C1' B 0, 0.393, 1.346, 2.298, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.346 std_dev=0.952
C5 B 0, 0.292, 1.303, 2.314, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.303 std_dev=1.011
C2' A 0, 0.424, 1.463, 2.501, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.463 std_dev=1.039
O2 B 0, 0.461, 1.606, 2.751, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.606 std_dev=1.145
OP1 B 0, 0.474, 1.620, 2.766, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.620 std_dev=1.146
O4' A 0, 0.491, 1.684, 2.877, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.684 std_dev=1.193
C5' B 0, -0.009, 1.198, 2.405, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.198 std_dev=1.207
O4 B 0, 0.345, 1.561, 2.777, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.561 std_dev=1.216
C4' A 0, 0.521, 1.805, 3.090, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.805 std_dev=1.285
C4' B 0, 0.342, 1.649, 2.956, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.649 std_dev=1.307
P B 0, 0.548, 1.910, 3.272, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.910 std_dev=1.362
C2' B 0, 0.669, 2.338, 4.008, 3.787 max_d=3.787 avg_d=2.338 std_dev=1.669
C3' B 0, 0.670, 2.428, 4.186, 4.105 max_d=4.105 avg_d=2.428 std_dev=1.758
O2' A 0, 0.722, 2.489, 4.256, 3.927 max_d=3.927 avg_d=2.489 std_dev=1.767
OP2 B 0, 1.033, 3.528, 6.023, 5.296 max_d=5.296 avg_d=3.528 std_dev=2.495
O2' B 0, 0.937, 3.481, 6.024, 6.008 max_d=6.008 avg_d=3.481 std_dev=2.544
O3' B 0, 0.896, 3.491, 6.086, 6.218 max_d=6.218 avg_d=3.491 std_dev=2.595
C5' A 0, 1.065, 3.663, 6.261, 5.743 max_d=5.743 avg_d=3.663 std_dev=2.598
O5' A 0, 1.296, 4.437, 7.578, 6.846 max_d=6.846 avg_d=4.437 std_dev=3.141
P A 0, 1.857, 6.343, 10.828, 9.612 max_d=9.612 avg_d=6.343 std_dev=4.486
OP1 A 0, 2.024, 6.916, 11.808, 10.521 max_d=10.521 avg_d=6.916 std_dev=4.892
OP2 A 0, 2.070, 7.068, 12.065, 10.619 max_d=10.619 avg_d=7.068 std_dev=4.998

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.06 0.09 0.37 0.18
C2 0.06 0.00 0.10 0.19 0.01 0.36 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.06 0.30 0.98 1.02 0.70 0.97
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.12 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.00 0.03 0.02 0.30 0.48 0.36 0.35
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.06 0.16 0.18 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.40 0.59 0.28 0.44
C4 0.03 0.01 0.08 0.10 0.00 0.17 0.00 0.38 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.15 0.48 0.50 0.11 0.40
C4' 0.02 0.36 0.02 0.00 0.17 0.00 0.08 0.00 0.16 0.15 0.28 0.35 0.11 0.09 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.15 0.05 0.40 0.49 0.42 0.46
C5' 0.03 0.78 0.12 0.00 0.38 0.00 0.24 0.00 0.39 0.25 0.63 0.72 0.30 0.17 0.09 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.30 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.16 0.00 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.11 0.57 0.64 0.24 0.57
C8 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.02 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.20 0.17 0.46 0.60 1.08 0.77
N1 0.05 0.01 0.09 0.16 0.02 0.28 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.09 0.22 0.83 0.88 0.43 0.81
N3 0.06 0.01 0.09 0.18 0.00 0.35 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.07 0.31 0.88 0.87 0.55 0.80
N6 0.02 0.02 0.09 0.08 0.01 0.11 0.00 0.30 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.14 0.06 0.51 0.65 0.41 0.60
N7 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.19 0.11 0.40 0.62 0.98 0.72
N9 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.19 0.27 0.51 0.32
O2' 0.02 0.25 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.24 0.14 0.27 0.09 0.22 0.07 0.00 0.05 0.05 0.36 0.68 0.49 0.48
O3' 0.16 0.06 0.03 0.01 0.12 0.02 0.15 0.11 0.12 0.20 0.09 0.07 0.14 0.19 0.16 0.05 0.00 0.10 0.32 0.54 0.22 0.37
O4' 0.01 0.30 0.02 0.00 0.15 0.01 0.05 0.02 0.11 0.17 0.22 0.31 0.06 0.11 0.01 0.05 0.10 0.00 0.24 0.40 0.40 0.34
O5' 0.06 0.98 0.30 0.40 0.48 0.02 0.40 0.00 0.57 0.46 0.83 0.88 0.51 0.40 0.19 0.36 0.32 0.24 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 1.02 0.48 0.59 0.50 0.16 0.49 0.02 0.64 0.60 0.88 0.87 0.65 0.62 0.27 0.68 0.54 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.70 0.36 0.28 0.11 0.18 0.42 0.30 0.24 1.08 0.43 0.55 0.41 0.98 0.51 0.49 0.22 0.40 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.97 0.35 0.44 0.40 0.03 0.46 0.01 0.57 0.77 0.81 0.80 0.60 0.72 0.32 0.48 0.37 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.18 0.56 0.53 0.11 0.19 0.11 0.10 0.08 0.16 0.09 0.30 0.48 0.26 0.22 0.06 0.28 0.20 0.68 0.30
C2 0.18 0.16 0.39 0.56 0.19 0.26 0.19 0.25 0.18 0.18 0.15 0.18 0.20 0.27 0.22 0.08 0.40 0.12 0.73 0.28
C2' 0.22 0.19 0.43 0.45 0.34 0.19 0.37 0.27 0.30 0.23 0.22 0.20 0.25 0.11 0.42 0.24 0.39 0.45 0.97 0.57
C3' 0.14 0.14 0.36 0.41 0.43 0.12 0.45 0.24 0.33 0.19 0.24 0.15 0.30 0.10 0.56 0.21 0.36 0.53 1.06 0.64
C4 0.20 0.18 0.52 0.53 0.13 0.19 0.13 0.16 0.13 0.17 0.13 0.24 0.33 0.20 0.18 0.02 0.32 0.12 0.64 0.26
C4' 0.06 0.07 0.32 0.36 0.48 0.05 0.47 0.12 0.30 0.12 0.26 0.14 0.46 0.20 0.66 0.20 0.22 0.53 1.06 0.64
C5 0.21 0.19 0.59 0.53 0.10 0.19 0.09 0.16 0.13 0.18 0.14 0.23 0.34 0.17 0.10 0.05 0.31 0.05 0.53 0.20
C5' 0.35 0.46 0.06 0.21 0.96 0.32 0.96 0.50 0.75 0.52 0.69 0.24 0.50 0.08 1.19 0.53 0.58 0.98 1.52 1.09
C6 0.21 0.19 0.56 0.55 0.11 0.23 0.12 0.21 0.15 0.19 0.16 0.22 0.24 0.18 0.08 0.07 0.33 0.01 0.50 0.16
C8 0.23 0.20 0.66 0.54 0.11 0.17 0.10 0.13 0.12 0.18 0.14 0.27 0.49 0.21 0.15 0.06 0.29 0.09 0.53 0.22
N1 0.19 0.19 0.45 0.57 0.17 0.28 0.18 0.27 0.19 0.20 0.19 0.16 0.12 0.27 0.15 0.09 0.39 0.06 0.60 0.20
N3 0.19 0.16 0.43 0.54 0.17 0.22 0.18 0.20 0.16 0.16 0.13 0.22 0.27 0.23 0.24 0.05 0.37 0.15 0.75 0.31
N6 0.21 0.18 0.62 0.53 0.12 0.22 0.15 0.20 0.15 0.17 0.13 0.26 0.29 0.14 0.10 0.09 0.31 0.07 0.39 0.12
N7 0.23 0.20 0.67 0.53 0.08 0.17 0.07 0.14 0.12 0.18 0.14 0.26 0.47 0.17 0.09 0.08 0.29 0.04 0.47 0.19
N9 0.22 0.18 0.58 0.53 0.13 0.18 0.12 0.13 0.12 0.17 0.13 0.27 0.42 0.22 0.19 0.01 0.30 0.13 0.63 0.26
O2' 0.29 0.25 0.55 0.49 0.14 0.17 0.19 0.19 0.21 0.25 0.18 0.33 0.41 0.09 0.13 0.15 0.37 0.28 0.79 0.41
O3' 0.20 0.15 0.48 0.47 0.26 0.12 0.28 0.14 0.20 0.16 0.13 0.24 0.38 0.14 0.36 0.08 0.32 0.36 0.91 0.49
O4' 0.14 0.04 0.45 0.48 0.32 0.15 0.30 0.04 0.15 0.02 0.14 0.21 0.49 0.29 0.49 0.12 0.20 0.32 0.85 0.44
O5' 0.55 0.66 0.30 0.33 1.12 0.50 1.10 0.67 0.91 0.71 0.88 0.48 0.69 0.29 1.33 0.67 0.77 1.10 1.65 1.21
OP1 0.54 0.69 0.42 0.22 1.15 0.43 1.13 0.60 0.91 0.70 0.90 0.57 0.99 0.39 1.39 0.61 0.75 1.11 1.65 1.20
OP2 0.27 0.40 0.10 0.27 1.04 0.26 1.05 0.50 0.79 0.49 0.68 0.18 0.69 0.13 1.33 0.41 0.71 1.04 1.54 1.10
P 0.55 0.67 0.42 0.18 1.14 0.43 1.11 0.59 0.89 0.69 0.88 0.55 0.99 0.35 1.38 0.62 0.71 1.12 1.64 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.29 0.01 0.01 0.07 0.17 0.63 0.36
C2 0.01 0.00 0.20 0.34 0.00 0.11 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.12 0.00 0.06 0.13 0.15 0.71 0.33
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.20 0.11 0.02 0.17 0.32 0.01 0.03 0.09 0.01 0.46 0.39 0.91 0.65
C3' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.44 0.00 0.38 0.01 0.29 0.25 0.42 0.27 0.01 0.01 0.48 0.01 0.11 0.11 0.21 0.13
C4 0.01 0.00 0.07 0.44 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.30 0.00 0.03 0.29 0.21 0.74 0.30
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.00 0.14 0.01 0.12 0.09 0.14 0.08 0.31 0.04 0.17 0.01 0.01 0.18 0.17 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.28 0.01 0.02 0.30 0.25 0.74 0.31
C5' 0.06 0.08 0.20 0.01 0.15 0.01 0.14 0.00 0.10 0.06 0.13 0.06 0.11 0.19 0.17 0.02 0.01 0.21 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.17 0.01 0.03 0.22 0.23 0.72 0.34
N1 0.01 0.00 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01 0.01 0.10 0.18 0.69 0.35
N3 0.01 0.00 0.17 0.42 0.00 0.14 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.22 0.01 0.05 0.22 0.17 0.73 0.32
O2 0.02 0.00 0.32 0.27 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.08 0.08 0.11 0.68 0.33
O2' 0.03 0.18 0.01 0.01 0.29 0.31 0.31 0.11 0.26 0.19 0.24 0.13 0.00 0.09 0.31 0.22 0.34 0.22 0.96 0.54
O3' 0.29 0.12 0.03 0.01 0.30 0.04 0.28 0.19 0.17 0.10 0.22 0.14 0.09 0.00 0.36 0.22 0.11 0.51 0.04 0.16
O4 0.01 0.00 0.09 0.48 0.00 0.17 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.36 0.00 0.03 0.32 0.22 0.74 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.22 0.22 0.03 0.00 0.14 0.19 0.32 0.14
O5' 0.07 0.13 0.46 0.11 0.29 0.01 0.30 0.01 0.22 0.10 0.22 0.08 0.34 0.11 0.32 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.15 0.39 0.11 0.21 0.18 0.25 0.21 0.23 0.18 0.17 0.11 0.22 0.51 0.22 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.63 0.71 0.91 0.21 0.74 0.17 0.74 0.11 0.72 0.69 0.73 0.68 0.96 0.04 0.74 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.36 0.33 0.65 0.13 0.30 0.08 0.31 0.01 0.34 0.35 0.32 0.33 0.54 0.16 0.28 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00