ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 B 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5' B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O5' B 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 B 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4' B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C6 B 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C3' B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O3' B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
OP2 B 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
P B 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N3 B 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C5 B 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' B 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O3' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O4 B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C2 B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
OP1 B 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
P A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
OP2 A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O5' A 0, 0.000, 0.092, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O2 B 0, 0.000, 0.094, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP1 A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
N9 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O4' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
OP1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
OP2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
P 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O4 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00