ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 10, 18, 15, 22, 24, 14, 10, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.026 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.026, 0.056, 0.086, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.056 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.044, 0.092, 0.140, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.092 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.101, 0.212, 0.322, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.212 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.114, 0.241, 0.368, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.241 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.153, 0.304, 0.456, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.304 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.173, 0.348, 0.523, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.348 std_dev=0.175
C3' A 0, 0.173, 0.361, 0.549, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.361 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.498, 0.724, 0.950, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.724 std_dev=0.226
C4 B 0, 0.341, 0.576, 0.810, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.576 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.517, 0.757, 0.998, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.757 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.501, 0.747, 0.993, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.747 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.352, 0.613, 0.874, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.613 std_dev=0.261
N3 B 0, 0.249, 0.515, 0.780, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.515 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.247, 0.517, 0.788, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.517 std_dev=0.270
O3' A 0, 0.256, 0.529, 0.802, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.529 std_dev=0.273
C5' A 0, 0.273, 0.551, 0.829, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.551 std_dev=0.278
C8 B 0, 0.656, 0.940, 1.224, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.940 std_dev=0.284
N7 B 0, 0.682, 0.967, 1.253, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.967 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.604, 0.891, 1.178, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.891 std_dev=0.287
O6 B 0, 0.668, 0.987, 1.306, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.987 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.591, 0.950, 1.310, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.950 std_dev=0.360
O5' A 0, 0.211, 0.579, 0.946, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.579 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.283, 0.653, 1.024, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.653 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.810, 1.228, 1.646, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.228 std_dev=0.418
P A 0, 0.362, 0.838, 1.314, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.838 std_dev=0.476
C4' B 0, 0.632, 1.138, 1.644, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.138 std_dev=0.506
O5' B 0, 0.466, 0.978, 1.490, 4.784 max_d=4.784 avg_d=0.978 std_dev=0.512
C3' B 0, 0.743, 1.282, 1.821, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.282 std_dev=0.539
C5' B 0, 0.560, 1.121, 1.681, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.121 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.893, 1.506, 2.119, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.506 std_dev=0.613
P B 0, 0.278, 0.939, 1.600, 6.939 max_d=6.939 avg_d=0.939 std_dev=0.661
O3' B 0, 0.990, 1.701, 2.412, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.701 std_dev=0.711
OP2 B 0, 0.377, 1.104, 1.831, 7.611 max_d=7.611 avg_d=1.104 std_dev=0.727
OP2 A 0, 0.459, 1.224, 1.989, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.224 std_dev=0.765
OP1 A 0, 0.458, 1.224, 1.991, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.224 std_dev=0.766
OP1 B 0, 0.438, 1.221, 2.004, 8.109 max_d=8.109 avg_d=1.221 std_dev=0.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.27 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.21 0.47 0.34 0.21
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.11 0.19 0.16 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.08 0.12 0.02 0.01 0.11 0.01 0.14 0.21 0.15 0.13
C4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.04 0.30 0.69 0.52 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.02 0.16 0.21 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.04 0.32 0.69 0.51 0.34
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.12 0.02 0.01 0.25 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.04 0.28 0.55 0.38 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.21 0.43 0.30 0.19
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.02 0.03 0.26 0.59 0.44 0.27
O2 0.05 0.01 0.13 0.12 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.15 0.03 0.05 0.17 0.41 0.30 0.18
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.14 0.00 0.04 0.07 0.04 0.06 0.16 0.16 0.08
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.13 0.05 0.10 0.15 0.04 0.00 0.14 0.02 0.15 0.34 0.21 0.17
O4 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.14 0.00 0.04 0.32 0.75 0.58 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.09 0.24 0.29 0.13
O5' 0.10 0.21 0.11 0.14 0.30 0.02 0.32 0.01 0.28 0.21 0.26 0.17 0.06 0.15 0.32 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.47 0.19 0.21 0.69 0.16 0.69 0.25 0.55 0.43 0.59 0.41 0.16 0.34 0.75 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.34 0.16 0.15 0.52 0.21 0.51 0.27 0.38 0.30 0.44 0.30 0.16 0.21 0.58 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.21 0.09 0.13 0.33 0.06 0.34 0.02 0.26 0.19 0.27 0.18 0.08 0.17 0.36 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.15 0.18 0.17 0.24 0.22 0.28 0.28 0.18 0.27 0.27 0.21 0.25 0.14 0.22 0.22 0.23 0.22 0.34 0.20 0.15 0.18
C2 0.21 0.26 0.19 0.18 0.14 0.23 0.17 0.25 0.23 0.18 0.26 0.30 0.22 0.20 0.13 0.29 0.28 0.22 0.21 0.27 0.13 0.21 0.14
C2' 0.19 0.22 0.16 0.23 0.18 0.30 0.24 0.36 0.28 0.21 0.25 0.24 0.20 0.28 0.15 0.19 0.25 0.27 0.29 0.33 0.30 0.18 0.27
C3' 0.21 0.22 0.20 0.27 0.19 0.33 0.25 0.40 0.30 0.19 0.27 0.23 0.20 0.27 0.17 0.15 0.29 0.31 0.36 0.37 0.48 0.38 0.46
C4 0.23 0.28 0.22 0.24 0.15 0.21 0.12 0.23 0.19 0.23 0.27 0.34 0.23 0.21 0.19 0.26 0.24 0.22 0.23 0.25 0.21 0.35 0.24
C4' 0.20 0.24 0.17 0.23 0.19 0.28 0.25 0.35 0.32 0.19 0.29 0.25 0.20 0.27 0.16 0.14 0.26 0.27 0.30 0.40 0.45 0.36 0.40
C5 0.22 0.30 0.19 0.28 0.18 0.22 0.17 0.25 0.27 0.23 0.32 0.34 0.24 0.20 0.19 0.21 0.22 0.22 0.28 0.33 0.30 0.41 0.32
C5' 0.22 0.27 0.22 0.29 0.23 0.31 0.29 0.37 0.37 0.23 0.34 0.28 0.23 0.30 0.20 0.18 0.32 0.29 0.37 0.46 0.57 0.53 0.51
C6 0.21 0.28 0.17 0.26 0.18 0.23 0.21 0.27 0.30 0.20 0.31 0.31 0.23 0.21 0.17 0.19 0.21 0.23 0.28 0.36 0.30 0.36 0.31
N1 0.20 0.26 0.15 0.19 0.16 0.21 0.20 0.25 0.27 0.17 0.28 0.29 0.21 0.21 0.13 0.22 0.20 0.21 0.22 0.33 0.19 0.23 0.19
N3 0.23 0.26 0.22 0.20 0.13 0.22 0.13 0.24 0.20 0.21 0.25 0.32 0.22 0.19 0.16 0.29 0.29 0.23 0.21 0.25 0.15 0.27 0.17
O2 0.23 0.27 0.24 0.23 0.17 0.30 0.19 0.31 0.23 0.20 0.26 0.32 0.24 0.22 0.15 0.36 0.40 0.26 0.26 0.26 0.18 0.23 0.18
O2' 0.22 0.24 0.22 0.27 0.20 0.34 0.25 0.41 0.28 0.24 0.25 0.26 0.23 0.29 0.19 0.28 0.33 0.29 0.27 0.33 0.26 0.09 0.18
O3' 0.24 0.21 0.25 0.30 0.20 0.39 0.26 0.49 0.30 0.22 0.26 0.21 0.20 0.29 0.19 0.17 0.36 0.35 0.43 0.37 0.62 0.42 0.57
O4 0.26 0.30 0.27 0.27 0.20 0.23 0.17 0.24 0.16 0.28 0.25 0.38 0.26 0.27 0.24 0.30 0.28 0.24 0.25 0.23 0.23 0.38 0.25
O4' 0.18 0.25 0.14 0.18 0.18 0.23 0.24 0.28 0.31 0.18 0.30 0.28 0.21 0.25 0.14 0.17 0.19 0.22 0.22 0.39 0.30 0.26 0.26
O5' 0.32 0.38 0.34 0.41 0.33 0.38 0.36 0.43 0.43 0.30 0.42 0.39 0.34 0.33 0.31 0.31 0.42 0.36 0.44 0.50 0.60 0.64 0.57
OP1 0.51 0.66 0.55 0.61 0.59 0.51 0.63 0.55 0.70 0.55 0.70 0.68 0.60 0.60 0.54 0.51 0.65 0.50 0.59 0.75 0.85 0.83 0.75
OP2 0.49 0.67 0.50 0.50 0.59 0.45 0.67 0.48 0.76 0.54 0.74 0.68 0.60 0.63 0.53 0.52 0.48 0.45 0.54 0.85 0.70 0.80 0.66
P 0.34 0.42 0.36 0.45 0.36 0.40 0.39 0.45 0.47 0.34 0.47 0.44 0.37 0.36 0.33 0.35 0.46 0.38 0.49 0.55 0.67 0.73 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.21 0.01 0.17 0.03 0.17 0.26 0.18
C2 0.05 0.00 0.18 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.29 0.11 0.21 0.02 0.23 0.39 0.25
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.09 0.13 0.12 0.09 0.16 0.21 0.17 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.28 0.12 0.32 0.37 0.30
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.16 0.01 0.23 0.02 0.24 0.24 0.20 0.17 0.14 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.13 0.26 0.18 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.06 0.22 0.02 0.24 0.37 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.15 0.06 0.10 0.07 0.14 0.06 0.19 0.03 0.00 0.02 0.11 0.11 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.23 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.16 0.05 0.27 0.02 0.31 0.45 0.33
C5' 0.06 0.11 0.13 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.17 0.20 0.14 0.12 0.10 0.22 0.11 0.09 0.14 0.02 0.01 0.21 0.12 0.11 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.24 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.19 0.07 0.28 0.01 0.34 0.49 0.36
C8 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.15 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.07 0.28 0.03 0.31 0.40 0.32
N1 0.04 0.01 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.09 0.25 0.02 0.29 0.45 0.31
N2 0.06 0.01 0.21 0.17 0.02 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.36 0.13 0.20 0.03 0.22 0.38 0.24
N3 0.05 0.01 0.17 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.29 0.11 0.20 0.02 0.21 0.35 0.23
N7 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.20 0.06 0.31 0.02 0.37 0.48 0.38
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.21 0.03 0.22 0.33 0.24
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.16 0.19 0.22 0.09 0.23 0.20 0.21 0.20 0.16 0.24 0.13 0.00 0.06 0.13 0.19 0.26 0.25 0.39 0.24
O3' 0.21 0.29 0.03 0.01 0.17 0.03 0.16 0.14 0.19 0.17 0.23 0.36 0.29 0.20 0.10 0.06 0.00 0.15 0.23 0.21 0.35 0.29 0.27
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.09 0.13 0.11 0.06 0.02 0.13 0.15 0.00 0.13 0.07 0.13 0.19 0.14
O5' 0.17 0.21 0.28 0.13 0.22 0.02 0.27 0.01 0.28 0.28 0.25 0.20 0.20 0.31 0.21 0.19 0.23 0.13 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.26 0.02 0.11 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.26 0.21 0.07 0.31 0.00 0.40 0.54 0.41
OP1 0.17 0.23 0.32 0.18 0.24 0.11 0.31 0.12 0.34 0.31 0.29 0.22 0.21 0.37 0.22 0.25 0.35 0.13 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.39 0.37 0.14 0.37 0.09 0.45 0.11 0.49 0.40 0.45 0.38 0.35 0.48 0.33 0.39 0.29 0.19 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.30 0.12 0.26 0.03 0.33 0.02 0.36 0.32 0.31 0.24 0.23 0.38 0.24 0.24 0.27 0.14 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00