ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48941

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 8, 3, 4, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.008, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.004, 0.039, 0.073, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.039 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.013, 0.057, 0.101, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.057 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.050, 0.183, 0.317, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.183 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.023, 0.161, 0.298, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.161 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.099, 0.245, 0.392, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.245 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.191, 0.347, 0.503, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.347 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.199, 0.363, 0.526, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.363 std_dev=0.163
N9 B 0, 0.186, 0.377, 0.569, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.377 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.214, 0.406, 0.598, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.406 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.038, 0.249, 0.460, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.249 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.056, 0.279, 0.501, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.279 std_dev=0.222
N7 B 0, 0.245, 0.489, 0.733, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.489 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.314, 0.562, 0.811, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.562 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.233, 0.489, 0.746, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.489 std_dev=0.257
O6 B 0, 0.225, 0.488, 0.750, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.488 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.277, 0.544, 0.810, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.544 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.194, 0.476, 0.758, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.476 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.351, 0.652, 0.953, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.652 std_dev=0.301
C5' A 0, 0.112, 0.436, 0.760, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.436 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.181, 0.513, 0.845, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.513 std_dev=0.332
O3' A 0, 0.066, 0.410, 0.755, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.410 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.153, 0.527, 0.902, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.527 std_dev=0.374
O4' B 0, 0.149, 0.545, 0.941, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.545 std_dev=0.396
N2 B 0, 0.467, 0.915, 1.362, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.915 std_dev=0.448
P B 0, 0.049, 0.501, 0.953, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.501 std_dev=0.452
O3' B 0, 0.183, 0.665, 1.147, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.665 std_dev=0.482
C4' B 0, 0.105, 0.600, 1.096, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.600 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.181, 0.682, 1.184, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.682 std_dev=0.501
OP2 B 0, 0.034, 0.548, 1.061, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.548 std_dev=0.513
O5' B 0, 0.115, 0.629, 1.144, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.629 std_dev=0.515
OP1 B 0, 0.086, 0.636, 1.185, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.636 std_dev=0.549
C5' B 0, 0.064, 0.701, 1.338, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.701 std_dev=0.637
O5' A 0, 0.738, 1.643, 2.549, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.643 std_dev=0.905
P A 0, 1.186, 2.599, 4.011, 4.060 max_d=4.060 avg_d=2.599 std_dev=1.412
OP1 A 0, 1.444, 3.076, 4.707, 4.789 max_d=4.789 avg_d=3.076 std_dev=1.631
OP2 A 0, 1.612, 3.257, 4.903, 4.903 max_d=4.903 avg_d=3.257 std_dev=1.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.20 0.15 0.34 0.19
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.44 0.25 0.86 0.56
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.14 0.00 0.02 0.06 0.01 0.29 0.19 0.34 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.05 0.08 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.38 0.17 0.30 0.25
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.70 0.72 1.40 1.01
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.24 0.17 0.11
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.01 0.04 0.74 0.81 1.41 1.07
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.10 0.01 0.01 0.14 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.12 0.01 0.05 0.65 0.59 1.08 0.84
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.45 0.27 0.78 0.55
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.57 0.47 1.15 0.79
O2 0.05 0.00 0.14 0.12 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.32 0.12 0.67 0.38
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.14 0.00 0.04 0.06 0.05 0.07 0.50 0.13 0.17
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.12 0.05 0.10 0.14 0.04 0.00 0.13 0.03 0.28 0.21 0.24 0.14
O4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.74 0.84 1.55 1.11
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.20 0.12 0.09
O5' 0.20 0.44 0.29 0.38 0.70 0.02 0.74 0.01 0.65 0.45 0.57 0.32 0.07 0.28 0.74 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.25 0.19 0.17 0.72 0.24 0.81 0.14 0.59 0.27 0.47 0.12 0.50 0.21 0.84 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.86 0.34 0.30 1.40 0.17 1.41 0.30 1.08 0.78 1.15 0.67 0.13 0.24 1.55 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.56 0.19 0.25 1.01 0.11 1.07 0.02 0.84 0.55 0.79 0.38 0.17 0.14 1.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.34 0.21 0.17 0.22 0.20 0.21 0.28 0.27 0.22 0.32 0.40 0.30 0.24 0.17 0.31 0.22 0.21 0.28 0.29 0.08 0.13 0.07
C2 0.17 0.38 0.16 0.17 0.19 0.20 0.19 0.27 0.26 0.28 0.35 0.45 0.31 0.27 0.14 0.21 0.20 0.19 0.31 0.26 0.12 0.23 0.14
C2' 0.22 0.31 0.18 0.15 0.23 0.16 0.23 0.30 0.27 0.22 0.29 0.35 0.29 0.26 0.17 0.30 0.19 0.19 0.30 0.29 0.14 0.13 0.12
C3' 0.25 0.30 0.17 0.13 0.25 0.15 0.28 0.15 0.31 0.22 0.31 0.33 0.29 0.29 0.21 0.29 0.11 0.27 0.14 0.35 0.07 0.12 0.02
C4 0.18 0.36 0.16 0.20 0.17 0.21 0.15 0.26 0.27 0.26 0.37 0.43 0.28 0.24 0.16 0.19 0.17 0.22 0.33 0.30 0.20 0.31 0.21
C4' 0.24 0.32 0.17 0.12 0.24 0.13 0.26 0.18 0.31 0.19 0.32 0.35 0.29 0.26 0.19 0.30 0.12 0.23 0.11 0.35 0.17 0.18 0.08
C5 0.24 0.34 0.20 0.23 0.20 0.27 0.19 0.31 0.29 0.26 0.35 0.39 0.27 0.20 0.19 0.25 0.21 0.29 0.35 0.33 0.21 0.29 0.22
C5' 0.26 0.32 0.20 0.16 0.26 0.18 0.28 0.14 0.34 0.21 0.34 0.35 0.30 0.28 0.22 0.30 0.13 0.28 0.12 0.39 0.31 0.29 0.19
C6 0.27 0.33 0.23 0.22 0.22 0.27 0.20 0.28 0.29 0.23 0.34 0.38 0.29 0.20 0.20 0.29 0.22 0.30 0.33 0.32 0.17 0.23 0.18
N1 0.23 0.35 0.20 0.17 0.21 0.20 0.20 0.24 0.27 0.24 0.33 0.41 0.30 0.23 0.17 0.27 0.20 0.22 0.29 0.29 0.09 0.19 0.11
N3 0.17 0.39 0.15 0.17 0.16 0.19 0.16 0.24 0.26 0.28 0.37 0.47 0.30 0.27 0.14 0.18 0.17 0.19 0.32 0.27 0.15 0.28 0.18
O2 0.18 0.38 0.18 0.21 0.19 0.27 0.20 0.36 0.25 0.31 0.34 0.47 0.32 0.29 0.16 0.23 0.27 0.25 0.33 0.25 0.16 0.24 0.16
O2' 0.25 0.33 0.23 0.23 0.25 0.25 0.25 0.48 0.27 0.27 0.30 0.38 0.31 0.28 0.22 0.36 0.30 0.21 0.38 0.28 0.22 0.15 0.19
O3' 0.27 0.30 0.21 0.19 0.28 0.19 0.31 0.21 0.33 0.29 0.31 0.30 0.29 0.34 0.26 0.32 0.17 0.30 0.06 0.38 0.08 0.07 0.00
O4 0.18 0.37 0.15 0.21 0.16 0.21 0.15 0.27 0.26 0.27 0.38 0.45 0.27 0.27 0.16 0.18 0.17 0.21 0.35 0.29 0.24 0.35 0.25
O4' 0.23 0.34 0.18 0.12 0.23 0.15 0.23 0.22 0.30 0.18 0.33 0.40 0.30 0.23 0.17 0.31 0.16 0.21 0.19 0.33 0.12 0.18 0.04
O5' 0.50 0.64 0.54 0.54 0.63 0.45 0.75 0.41 0.80 0.70 0.73 0.62 0.59 0.81 0.59 0.48 0.54 0.46 0.56 0.89 0.24 0.56 0.38
OP1 0.33 0.53 0.33 0.30 0.49 0.34 0.68 0.31 0.81 0.53 0.70 0.50 0.43 0.73 0.40 0.36 0.30 0.39 0.37 0.99 0.40 0.66 0.30
OP2 0.76 1.26 0.81 0.73 1.14 0.56 1.35 0.51 1.52 1.09 1.44 1.25 1.11 1.34 0.98 0.68 0.69 0.61 0.55 1.70 0.41 0.57 0.31
P 0.49 0.82 0.53 0.48 0.76 0.37 0.95 0.31 1.07 0.78 0.98 0.79 0.71 0.98 0.65 0.45 0.46 0.42 0.44 1.23 0.30 0.56 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.14 0.04 0.17 0.19 0.10
C2 0.06 0.00 0.15 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.20 0.06 0.30 0.02 0.27 0.37 0.26
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.11 0.07 0.08 0.12 0.19 0.15 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.06 0.24 0.20 0.12
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.03 0.18 0.16 0.18 0.20 0.17 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.30 0.26 0.20
C4 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.03 0.32 0.02 0.27 0.35 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.04 0.14 0.03 0.00 0.02 0.08 0.21 0.21 0.08
C5 0.03 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.02 0.41 0.02 0.37 0.46 0.36
C5' 0.05 0.11 0.11 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.13 0.11 0.09 0.17 0.09 0.05 0.09 0.01 0.01 0.18 0.18 0.27 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.04 0.43 0.00 0.40 0.51 0.40
C8 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.13 0.03 0.42 0.02 0.34 0.38 0.34
N1 0.05 0.01 0.12 0.18 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.17 0.05 0.37 0.02 0.34 0.45 0.34
N2 0.07 0.00 0.19 0.20 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.25 0.08 0.26 0.03 0.25 0.35 0.23
N3 0.06 0.00 0.15 0.17 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.18 0.06 0.26 0.01 0.23 0.32 0.21
N7 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.03 0.46 0.03 0.42 0.50 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.30 0.03 0.24 0.28 0.22
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.12 0.14 0.15 0.05 0.17 0.12 0.18 0.21 0.16 0.14 0.08 0.00 0.04 0.10 0.08 0.18 0.23 0.17 0.13
O3' 0.13 0.20 0.02 0.01 0.11 0.03 0.11 0.09 0.14 0.13 0.17 0.25 0.18 0.14 0.06 0.04 0.00 0.11 0.25 0.16 0.36 0.31 0.23
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.10 0.11 0.00 0.11 0.04 0.20 0.24 0.17
O5' 0.14 0.30 0.18 0.27 0.32 0.02 0.41 0.01 0.43 0.42 0.37 0.26 0.26 0.46 0.30 0.08 0.25 0.11 0.00 0.48 0.02 0.04 0.00
O6 0.04 0.02 0.06 0.19 0.02 0.08 0.02 0.18 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.18 0.16 0.04 0.48 0.00 0.47 0.58 0.47
OP1 0.17 0.27 0.24 0.30 0.27 0.21 0.37 0.18 0.40 0.34 0.34 0.25 0.23 0.42 0.24 0.23 0.36 0.20 0.02 0.47 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.37 0.20 0.26 0.35 0.21 0.46 0.27 0.51 0.38 0.45 0.35 0.32 0.50 0.28 0.17 0.31 0.24 0.04 0.58 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.26 0.12 0.20 0.26 0.08 0.36 0.02 0.40 0.34 0.34 0.23 0.21 0.42 0.22 0.13 0.23 0.17 0.00 0.47 0.01 0.01 0.00