Doublet Group distance statistics: 48942

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 4, 5, 6, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.016, 0.026, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.010
O2	A	0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.047 std_dev=0.024
O4	A	0, 0.037, 0.083, 0.130, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.083 std_dev=0.047
O4'	A	0, 0.213, 0.355, 0.496, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.355 std_dev=0.142
C2'	A	0, 0.297, 0.459, 0.621, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.459 std_dev=0.162
O6	B	0, 0.348, 0.524, 0.699, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.524 std_dev=0.176
C5	B	0, 0.335, 0.525, 0.715, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.525 std_dev=0.190
C4'	A	0, 0.347, 0.551, 0.755, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.551 std_dev=0.204
C6	B	0, 0.237, 0.442, 0.647, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.442 std_dev=0.205
O2'	A	0, 0.388, 0.595, 0.803, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.595 std_dev=0.207
N9	B	0, 0.457, 0.668, 0.879, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.668 std_dev=0.211
N7	B	0, 0.485, 0.697, 0.910, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.697 std_dev=0.212
C4	B	0, 0.315, 0.533, 0.751, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.533 std_dev=0.218
C8	B	0, 0.540, 0.760, 0.979, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.760 std_dev=0.219
C3'	A	0, 0.424, 0.658, 0.892, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.658 std_dev=0.234
N3	B	0, 0.322, 0.557, 0.792, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.557 std_dev=0.235
C2	B	0, 0.256, 0.508, 0.761, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.508 std_dev=0.252
C1'	B	0, 0.534, 0.786, 1.039, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.786 std_dev=0.253
N1	B	0, 0.152, 0.406, 0.659, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.406 std_dev=0.253
C2'	B	0, 0.311, 0.602, 0.893, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.602 std_dev=0.291
N2	B	0, 0.366, 0.658, 0.950, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.658 std_dev=0.292
O5'	B	0, 0.798, 1.120, 1.441, 1.900 max_d=1.900 avg_d=1.120 std_dev=0.321
O3'	A	0, 0.619, 0.953, 1.286, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.953 std_dev=0.333
C5'	A	0, 0.578, 0.935, 1.291, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.935 std_dev=0.356
O4'	B	0, 0.731, 1.091, 1.451, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.091 std_dev=0.360
OP2	B	0, 0.570, 0.941, 1.311, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.941 std_dev=0.371
P	B	0, 0.638, 1.026, 1.415, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.026 std_dev=0.389
O5'	A	0, 0.359, 0.753, 1.147, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.753 std_dev=0.394
C4'	B	0, 0.912, 1.424, 1.936, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.424 std_dev=0.512
O2'	B	0, 0.586, 1.109, 1.632, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.109 std_dev=0.523
C3'	B	0, 0.498, 1.036, 1.574, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.036 std_dev=0.538
P	A	0, 0.397, 0.967, 1.536, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.967 std_dev=0.569
OP1	B	0, 1.291, 1.893, 2.494, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.893 std_dev=0.602
C5'	B	0, 1.276, 1.895, 2.514, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.895 std_dev=0.619
OP1	A	0, 0.626, 1.273, 1.921, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.273 std_dev=0.648
OP2	A	0, 0.127, 1.036, 1.945, 4.288 max_d=4.288 avg_d=1.036 std_dev=0.909
O3'	B	0, 0.298, 1.234, 2.169, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.234 std_dev=0.936

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.00	0.09	0.37	0.17	0.15
C2	0.02	0.00	0.06	0.06	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.07	0.01	0.03	0.18	0.45	0.41	0.26
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.04	0.10	0.00	0.02	0.04	0.01	0.13	0.22	0.21	0.13
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.07	0.03	0.06	0.10	0.02	0.01	0.07	0.01	0.17	0.15	0.24	0.15
C4	0.02	0.01	0.03	0.06	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.04	0.27	0.50	0.67	0.39
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.05	0.05	0.02	0.05	0.00	0.02	0.13	0.11	0.05
C5	0.02	0.01	0.05	0.07	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.05	0.29	0.50	0.67	0.40
C5'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.09	0.01	0.10	0.00	0.09	0.05	0.06	0.04	0.05	0.04	0.09	0.02	0.01	0.06	0.17	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.07	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.01	0.04	0.25	0.48	0.51	0.33
N1	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.18	0.44	0.37	0.25
N3	0.02	0.00	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.07	0.01	0.04	0.23	0.48	0.55	0.33
O2	0.03	0.00	0.10	0.10	0.01	0.05	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.12	0.01	0.04	0.15	0.43	0.33	0.22
O2'	0.02	0.05	0.00	0.02	0.04	0.05	0.04	0.05	0.03	0.02	0.05	0.09	0.00	0.05	0.04	0.04	0.06	0.21	0.09	0.07
O3'	0.02	0.07	0.02	0.01	0.07	0.02	0.09	0.04	0.08	0.04	0.07	0.12	0.05	0.00	0.08	0.02	0.15	0.21	0.23	0.14
O4	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.04	0.29	0.51	0.74	0.42
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.04	0.02	0.04	0.00	0.06	0.37	0.13	0.15
O5'	0.09	0.18	0.13	0.17	0.27	0.02	0.29	0.01	0.25	0.18	0.23	0.15	0.06	0.15	0.29	0.06	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.37	0.45	0.22	0.15	0.50	0.13	0.50	0.06	0.48	0.44	0.48	0.43	0.21	0.21	0.51	0.37	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.17	0.41	0.21	0.24	0.67	0.11	0.67	0.17	0.51	0.37	0.55	0.33	0.09	0.23	0.74	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.26	0.13	0.15	0.39	0.05	0.40	0.02	0.33	0.25	0.33	0.22	0.07	0.14	0.42	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.21	0.15	0.17	0.19	0.20	0.28	0.30	0.29	0.34	0.25	0.23	0.17	0.37	0.21	0.30	0.19	0.14	0.21	0.34	0.08	0.09	0.05
C2	0.22	0.20	0.22	0.20	0.16	0.30	0.26	0.34	0.27	0.29	0.24	0.24	0.15	0.33	0.18	0.39	0.35	0.22	0.22	0.32	0.11	0.12	0.08
C2'	0.19	0.23	0.12	0.15	0.24	0.16	0.32	0.29	0.31	0.38	0.27	0.24	0.21	0.41	0.25	0.26	0.16	0.13	0.25	0.35	0.13	0.10	0.11
C3'	0.18	0.22	0.18	0.12	0.19	0.15	0.25	0.16	0.27	0.26	0.24	0.23	0.20	0.32	0.17	0.20	0.16	0.21	0.08	0.31	0.02	0.07	0.01
C4	0.28	0.17	0.27	0.24	0.13	0.28	0.17	0.25	0.21	0.24	0.18	0.24	0.16	0.26	0.21	0.35	0.30	0.29	0.20	0.30	0.09	0.17	0.09
C4'	0.17	0.21	0.17	0.11	0.17	0.13	0.23	0.17	0.25	0.23	0.23	0.23	0.18	0.29	0.15	0.20	0.15	0.18	0.05	0.31	0.08	0.17	0.07
C5	0.27	0.16	0.24	0.25	0.13	0.26	0.16	0.23	0.20	0.26	0.17	0.22	0.15	0.27	0.21	0.31	0.23	0.29	0.21	0.29	0.12	0.20	0.12
C5'	0.21	0.19	0.25	0.15	0.16	0.18	0.19	0.15	0.22	0.17	0.21	0.22	0.18	0.22	0.15	0.26	0.20	0.24	0.10	0.28	0.20	0.30	0.17
C6	0.24	0.16	0.20	0.23	0.11	0.24	0.20	0.23	0.23	0.27	0.19	0.21	0.13	0.31	0.17	0.28	0.20	0.25	0.19	0.31	0.10	0.18	0.11
N1	0.21	0.19	0.18	0.19	0.15	0.24	0.25	0.28	0.27	0.30	0.23	0.22	0.14	0.34	0.18	0.31	0.23	0.20	0.19	0.32	0.07	0.12	0.05
N3	0.25	0.18	0.27	0.22	0.12	0.30	0.22	0.30	0.25	0.25	0.22	0.25	0.14	0.29	0.18	0.40	0.38	0.27	0.20	0.31	0.10	0.13	0.07
O2	0.20	0.23	0.22	0.23	0.19	0.34	0.28	0.41	0.29	0.31	0.26	0.26	0.18	0.34	0.20	0.46	0.45	0.22	0.26	0.33	0.19	0.13	0.14
O2'	0.26	0.25	0.18	0.23	0.28	0.22	0.34	0.39	0.33	0.42	0.28	0.25	0.24	0.42	0.31	0.36	0.23	0.23	0.34	0.36	0.22	0.12	0.18
O3'	0.19	0.22	0.23	0.13	0.20	0.16	0.24	0.16	0.25	0.24	0.23	0.23	0.21	0.29	0.18	0.20	0.22	0.25	0.02	0.29	0.02	0.02	0.00
O4	0.29	0.19	0.30	0.26	0.19	0.28	0.18	0.23	0.20	0.24	0.17	0.27	0.21	0.23	0.24	0.36	0.32	0.30	0.19	0.28	0.10	0.18	0.10
O4'	0.17	0.21	0.14	0.13	0.16	0.16	0.23	0.23	0.27	0.25	0.24	0.24	0.17	0.31	0.15	0.23	0.15	0.14	0.12	0.32	0.04	0.16	0.03
O5'	0.24	0.42	0.35	0.28	0.38	0.21	0.45	0.24	0.50	0.36	0.47	0.42	0.37	0.47	0.31	0.32	0.30	0.23	0.26	0.56	0.24	0.36	0.25
OP1	0.29	0.46	0.42	0.28	0.35	0.23	0.37	0.24	0.45	0.27	0.48	0.50	0.40	0.33	0.29	0.49	0.36	0.28	0.27	0.49	0.44	0.44	0.34
OP2	0.55	0.85	0.70	0.58	0.79	0.42	0.90	0.40	0.99	0.74	0.94	0.84	0.77	0.90	0.69	0.71	0.59	0.43	0.46	1.08	0.37	0.52	0.38
P	0.29	0.52	0.44	0.31	0.45	0.22	0.53	0.22	0.61	0.40	0.59	0.53	0.45	0.52	0.37	0.46	0.34	0.25	0.26	0.68	0.27	0.38	0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.02	0.22	0.01	0.14	0.02	0.14	0.22	0.13
C2	0.04	0.00	0.21	0.17	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.15	0.26	0.13	0.16	0.01	0.15	0.22	0.16
C2'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.11	0.02	0.07	0.14	0.11	0.11	0.17	0.25	0.20	0.08	0.03	0.00	0.03	0.02	0.32	0.10	0.37	0.40	0.33
C3'	0.02	0.17	0.00	0.00	0.19	0.01	0.26	0.03	0.27	0.28	0.22	0.16	0.14	0.31	0.18	0.02	0.01	0.02	0.16	0.31	0.21	0.19	0.13
C4	0.02	0.01	0.11	0.19	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.15	0.14	0.07	0.17	0.01	0.14	0.21	0.15
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.05	0.00	0.10	0.01	0.09	0.17	0.05	0.11	0.07	0.16	0.07	0.22	0.05	0.00	0.02	0.11	0.08	0.15	0.04
C5	0.01	0.01	0.07	0.26	0.00	0.10	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.23	0.15	0.03	0.21	0.01	0.19	0.24	0.20
C5'	0.06	0.10	0.14	0.03	0.09	0.01	0.14	0.00	0.14	0.19	0.11	0.13	0.10	0.20	0.09	0.09	0.17	0.02	0.01	0.17	0.10	0.18	0.02
C6	0.02	0.00	0.11	0.27	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.22	0.16	0.05	0.22	0.00	0.21	0.26	0.22
C8	0.01	0.01	0.11	0.28	0.01	0.17	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.27	0.20	0.08	0.23	0.02	0.19	0.21	0.19
N1	0.03	0.00	0.17	0.22	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.17	0.18	0.09	0.19	0.01	0.17	0.24	0.19
N2	0.04	0.00	0.25	0.16	0.01	0.11	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.19	0.34	0.15	0.16	0.01	0.15	0.22	0.16
N3	0.03	0.01	0.20	0.14	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.27	0.12	0.16	0.01	0.14	0.20	0.15
N7	0.01	0.01	0.08	0.31	0.00	0.16	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.29	0.23	0.05	0.26	0.02	0.23	0.26	0.24
N9	0.00	0.02	0.03	0.18	0.01	0.07	0.01	0.09	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.16	0.09	0.01	0.16	0.02	0.13	0.20	0.14
O2'	0.02	0.15	0.00	0.02	0.15	0.22	0.23	0.09	0.22	0.27	0.17	0.19	0.14	0.29	0.16	0.00	0.07	0.15	0.20	0.26	0.26	0.41	0.24
O3'	0.22	0.26	0.03	0.01	0.14	0.05	0.15	0.17	0.16	0.20	0.18	0.34	0.27	0.23	0.09	0.07	0.00	0.15	0.24	0.20	0.37	0.36	0.29
O4'	0.01	0.13	0.02	0.02	0.07	0.00	0.03	0.02	0.05	0.08	0.09	0.15	0.12	0.05	0.01	0.15	0.15	0.00	0.09	0.05	0.10	0.23	0.15
O5'	0.14	0.16	0.32	0.16	0.17	0.02	0.21	0.01	0.22	0.23	0.19	0.16	0.16	0.26	0.16	0.20	0.24	0.09	0.00	0.25	0.02	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.10	0.31	0.01	0.11	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.26	0.20	0.05	0.25	0.00	0.25	0.30	0.26
OP1	0.14	0.15	0.37	0.21	0.14	0.08	0.19	0.10	0.21	0.19	0.17	0.15	0.14	0.23	0.13	0.26	0.37	0.10	0.02	0.25	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.22	0.40	0.19	0.21	0.15	0.24	0.18	0.26	0.21	0.24	0.22	0.20	0.26	0.20	0.41	0.36	0.23	0.02	0.30	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.16	0.33	0.13	0.15	0.04	0.20	0.02	0.22	0.19	0.19	0.16	0.15	0.24	0.14	0.24	0.29	0.15	0.01	0.26	0.01	0.01	0.00