ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 7, 1, 2, 6, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.018, 0.027, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.026, 0.035, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.025, 0.035, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.027, 0.038, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.026, 0.038, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.065, 0.090, 0.115, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.090 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.059, 0.093, 0.127, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.093 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.139, 0.248, 0.357, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.248 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.087, 0.197, 0.307, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.197 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.282, 0.425, 0.567, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.425 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.129, 0.312, 0.495, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.312 std_dev=0.183
C3' A 0, 0.138, 0.330, 0.523, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.330 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.284, 0.483, 0.681, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.483 std_dev=0.199
O6 B 0, 0.325, 0.531, 0.736, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.531 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.298, 0.529, 0.760, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.529 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.219, 0.453, 0.686, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.453 std_dev=0.234
N7 B 0, 0.282, 0.517, 0.751, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.517 std_dev=0.234
N9 B 0, 0.296, 0.549, 0.803, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.549 std_dev=0.254
C8 B 0, 0.299, 0.554, 0.809, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.554 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.226, 0.484, 0.743, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.484 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.298, 0.568, 0.838, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.568 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.289, 0.559, 0.830, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.559 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.408, 0.681, 0.953, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.681 std_dev=0.273
C5' A 0, 0.194, 0.475, 0.756, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.475 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.451, 0.740, 1.029, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.740 std_dev=0.289
O3' A 0, 0.240, 0.533, 0.826, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.533 std_dev=0.293
P B 0, 0.428, 0.721, 1.014, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.721 std_dev=0.293
O5' A 0, 0.170, 0.476, 0.781, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.476 std_dev=0.306
O5' B 0, 0.435, 0.745, 1.055, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.745 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.538, 0.858, 1.178, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.858 std_dev=0.320
N2 B 0, 0.340, 0.681, 1.023, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.681 std_dev=0.342
O4' B 0, 0.335, 0.693, 1.051, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.693 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.594, 0.966, 1.338, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.966 std_dev=0.372
P A 0, 0.258, 0.631, 1.005, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.631 std_dev=0.374
OP1 B 0, 0.552, 0.927, 1.303, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.927 std_dev=0.375
OP2 A 0, 0.219, 0.599, 0.979, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.599 std_dev=0.380
C4' B 0, 0.443, 0.850, 1.256, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.850 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.633, 1.076, 1.519, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.076 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.366, 0.831, 1.296, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.831 std_dev=0.465
O3' B 0, 0.800, 1.312, 1.823, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.312 std_dev=0.511
OP1 A 0, 0.310, 0.854, 1.397, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.854 std_dev=0.543

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.12 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.08 0.16 0.14 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.13 0.06 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.05 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.16 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.11 0.20 0.19 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.03 0.13 0.20 0.20 0.17
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.04 0.12 0.18 0.16 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.15 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.10 0.18 0.17 0.15
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.05 0.07 0.15 0.13 0.10
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.06 0.12 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.14 0.06 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.10 0.03 0.06 0.12 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.26 0.15 0.13
O4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.11 0.20 0.20 0.17
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.14 0.10 0.08
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.07 0.03 0.06 0.11 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.16 0.13 0.16 0.20 0.09 0.20 0.06 0.18 0.15 0.18 0.15 0.14 0.26 0.20 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.06 0.08 0.19 0.03 0.20 0.05 0.16 0.13 0.17 0.13 0.06 0.15 0.20 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.06 0.08 0.17 0.03 0.17 0.01 0.15 0.11 0.15 0.10 0.05 0.13 0.17 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.26 0.13 0.12 0.20 0.12 0.21 0.23 0.25 0.22 0.27 0.29 0.23 0.22 0.18 0.22 0.12 0.12 0.20 0.26 0.07 0.08 0.05
C2 0.12 0.28 0.11 0.11 0.17 0.16 0.17 0.25 0.22 0.20 0.27 0.33 0.23 0.19 0.14 0.18 0.18 0.12 0.20 0.22 0.10 0.09 0.08
C2' 0.17 0.25 0.14 0.13 0.22 0.13 0.23 0.24 0.25 0.23 0.26 0.27 0.23 0.24 0.20 0.19 0.13 0.14 0.23 0.26 0.11 0.07 0.10
C3' 0.19 0.27 0.22 0.15 0.24 0.13 0.27 0.18 0.29 0.24 0.29 0.28 0.25 0.27 0.22 0.18 0.15 0.18 0.08 0.31 0.02 0.07 0.01
C4 0.15 0.29 0.17 0.22 0.15 0.13 0.17 0.18 0.23 0.25 0.30 0.34 0.21 0.25 0.16 0.15 0.15 0.13 0.20 0.24 0.12 0.14 0.11
C4' 0.18 0.27 0.19 0.14 0.23 0.13 0.26 0.20 0.29 0.23 0.29 0.28 0.24 0.26 0.20 0.17 0.15 0.16 0.07 0.32 0.07 0.16 0.06
C5 0.18 0.28 0.18 0.27 0.18 0.15 0.20 0.17 0.26 0.26 0.30 0.32 0.22 0.24 0.19 0.17 0.19 0.14 0.23 0.28 0.15 0.18 0.15
C5' 0.20 0.29 0.24 0.16 0.25 0.14 0.29 0.18 0.33 0.25 0.32 0.30 0.26 0.30 0.23 0.20 0.18 0.18 0.07 0.37 0.17 0.27 0.14
C6 0.19 0.28 0.16 0.23 0.20 0.13 0.22 0.16 0.27 0.25 0.30 0.31 0.23 0.23 0.19 0.19 0.16 0.14 0.22 0.29 0.14 0.17 0.14
N1 0.16 0.27 0.13 0.14 0.19 0.10 0.20 0.19 0.24 0.22 0.28 0.31 0.23 0.21 0.17 0.19 0.10 0.10 0.19 0.25 0.08 0.10 0.07
N3 0.13 0.29 0.14 0.15 0.15 0.14 0.17 0.21 0.22 0.22 0.28 0.35 0.22 0.22 0.14 0.16 0.16 0.13 0.20 0.22 0.11 0.10 0.09
O2 0.12 0.29 0.11 0.15 0.17 0.25 0.17 0.34 0.21 0.19 0.27 0.34 0.24 0.18 0.13 0.21 0.32 0.19 0.22 0.20 0.15 0.11 0.12
O2' 0.21 0.25 0.18 0.20 0.22 0.21 0.23 0.33 0.24 0.24 0.25 0.27 0.24 0.24 0.21 0.27 0.22 0.19 0.28 0.25 0.17 0.09 0.14
O3' 0.22 0.26 0.27 0.20 0.25 0.18 0.26 0.21 0.28 0.24 0.28 0.27 0.25 0.27 0.23 0.21 0.22 0.22 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00
O4 0.15 0.28 0.18 0.24 0.14 0.15 0.18 0.18 0.22 0.26 0.29 0.36 0.19 0.27 0.17 0.15 0.18 0.15 0.20 0.25 0.13 0.14 0.12
O4' 0.16 0.27 0.14 0.11 0.20 0.11 0.23 0.20 0.27 0.21 0.28 0.29 0.23 0.23 0.17 0.18 0.11 0.12 0.13 0.30 0.04 0.14 0.03
O5' 0.22 0.32 0.26 0.16 0.28 0.14 0.32 0.15 0.36 0.27 0.35 0.32 0.28 0.32 0.24 0.26 0.19 0.19 0.12 0.40 0.17 0.28 0.15
OP1 0.24 0.36 0.33 0.25 0.31 0.21 0.36 0.24 0.41 0.29 0.40 0.36 0.31 0.36 0.27 0.33 0.34 0.20 0.26 0.47 0.35 0.35 0.29
OP2 0.20 0.37 0.27 0.22 0.30 0.15 0.35 0.16 0.42 0.25 0.42 0.39 0.31 0.32 0.24 0.32 0.28 0.17 0.23 0.48 0.24 0.31 0.22
P 0.22 0.35 0.27 0.18 0.30 0.14 0.35 0.14 0.41 0.28 0.40 0.36 0.31 0.35 0.26 0.29 0.23 0.19 0.16 0.46 0.20 0.27 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.13 0.03 0.13 0.19 0.14
C2 0.04 0.00 0.18 0.19 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.22 0.08 0.20 0.01 0.19 0.22 0.21
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.10 0.10 0.10 0.15 0.22 0.18 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.27 0.10 0.28 0.30 0.26
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.24 0.22 0.22 0.20 0.17 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.19 0.26 0.23 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.21 0.02 0.19 0.21 0.20
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.19 0.02 0.00 0.02 0.08 0.10 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.03 0.26 0.02 0.24 0.25 0.24
C5' 0.04 0.06 0.10 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.12 0.01 0.01 0.09 0.10 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.24 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.18 0.05 0.27 0.01 0.25 0.27 0.26
C8 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.05 0.27 0.03 0.23 0.22 0.23
N1 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.07 0.24 0.01 0.23 0.25 0.24
N2 0.05 0.00 0.22 0.20 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.29 0.10 0.18 0.02 0.18 0.22 0.20
N3 0.04 0.00 0.18 0.17 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.21 0.08 0.18 0.02 0.17 0.21 0.19
N7 0.01 0.01 0.07 0.25 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.21 0.03 0.29 0.03 0.26 0.26 0.27
N9 0.00 0.02 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.20 0.03 0.18 0.20 0.18
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.13 0.19 0.17 0.10 0.18 0.17 0.15 0.16 0.13 0.19 0.11 0.00 0.04 0.13 0.14 0.20 0.16 0.29 0.16
O3' 0.15 0.22 0.01 0.01 0.12 0.02 0.15 0.12 0.18 0.18 0.19 0.29 0.21 0.21 0.06 0.04 0.00 0.11 0.22 0.22 0.38 0.27 0.25
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.13 0.11 0.00 0.10 0.05 0.11 0.20 0.13
O5' 0.13 0.20 0.27 0.19 0.21 0.02 0.26 0.01 0.27 0.27 0.24 0.18 0.18 0.29 0.20 0.14 0.22 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.26 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.20 0.22 0.05 0.30 0.00 0.28 0.30 0.29
OP1 0.13 0.19 0.28 0.23 0.19 0.10 0.24 0.10 0.25 0.23 0.23 0.18 0.17 0.26 0.18 0.16 0.38 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.22 0.30 0.13 0.21 0.15 0.25 0.18 0.27 0.22 0.25 0.22 0.21 0.26 0.20 0.29 0.27 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.26 0.14 0.20 0.03 0.24 0.01 0.26 0.23 0.24 0.20 0.19 0.27 0.18 0.16 0.25 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00