ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 3, 5, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.019, 0.044, 0.068, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.044 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.025, 0.073, 0.121, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.073 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.014, 0.204, 0.394, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.204 std_dev=0.190
C2' A 0, 0.011, 0.211, 0.411, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.211 std_dev=0.200
O2' A 0, 0.050, 0.279, 0.508, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.279 std_dev=0.229
C4' A 0, 0.020, 0.316, 0.612, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.316 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.189, 0.504, 0.819, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.504 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.031, 0.347, 0.662, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.347 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.227, 0.561, 0.896, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.561 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.338, 0.688, 1.038, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.688 std_dev=0.350
N9 B 0, 0.272, 0.638, 1.004, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.638 std_dev=0.366
C4' B 0, 0.285, 0.655, 1.025, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.655 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.367, 0.746, 1.125, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.746 std_dev=0.379
P B 0, 0.222, 0.606, 0.990, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.606 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.293, 0.685, 1.078, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.685 std_dev=0.392
C5' B 0, 0.400, 0.794, 1.189, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.794 std_dev=0.395
OP1 B 0, 0.286, 0.711, 1.136, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.711 std_dev=0.425
N7 B 0, 0.307, 0.742, 1.177, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.742 std_dev=0.435
O3' A 0, 0.077, 0.534, 0.991, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.534 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.166, 0.623, 1.080, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.623 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.347, 0.806, 1.266, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.806 std_dev=0.460
O6 B 0, 0.386, 0.857, 1.328, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.471
C8 B 0, 0.358, 0.838, 1.318, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.838 std_dev=0.480
O4' B 0, 0.359, 0.843, 1.328, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.843 std_dev=0.484
C5' A 0, 0.040, 0.534, 1.028, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.534 std_dev=0.494
N1 B 0, 0.462, 0.958, 1.454, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.958 std_dev=0.496
C2 B 0, 0.433, 0.942, 1.451, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.942 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.061, 0.633, 1.205, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.633 std_dev=0.572
O5' B 0, 0.345, 0.957, 1.569, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.957 std_dev=0.612
C2' B 0, 0.454, 1.085, 1.715, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.085 std_dev=0.630
P A 0, 0.127, 0.840, 1.553, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.840 std_dev=0.713
N2 B 0, 0.536, 1.274, 2.011, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.274 std_dev=0.738
OP2 A 0, 0.153, 0.921, 1.689, 3.199 max_d=3.199 avg_d=0.921 std_dev=0.768
OP1 A 0, 0.173, 1.005, 1.838, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.005 std_dev=0.832
O3' B 0, 0.515, 1.418, 2.321, 3.004 max_d=3.004 avg_d=1.418 std_dev=0.903
O2' B 0, 0.915, 2.013, 3.111, 3.407 max_d=3.407 avg_d=2.013 std_dev=1.098

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.22 0.21 0.29 0.16
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.07 0.32 0.29 0.39 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.06 0.13 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.21 0.34 0.15
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.15 0.02 0.15 0.07 0.08 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.22 0.35 0.18
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.00 0.06 0.39 0.40 0.47 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.02 0.16 0.26 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.06 0.40 0.41 0.47 0.39
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.16 0.11 0.15 0.10 0.07 0.05 0.19 0.02 0.01 0.25 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.01 0.06 0.37 0.34 0.42 0.33
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.31 0.28 0.37 0.25
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.36 0.34 0.43 0.32
O2 0.03 0.01 0.13 0.10 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.10 0.28 0.26 0.36 0.23
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.06 0.02 0.07 0.16 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.19 0.32 0.12
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.14 0.02 0.19 0.05 0.17 0.07 0.10 0.13 0.05 0.00 0.16 0.02 0.22 0.28 0.39 0.26
O4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.00 0.06 0.40 0.44 0.49 0.42
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.10 0.05 0.02 0.06 0.00 0.24 0.23 0.24 0.16
O5' 0.22 0.32 0.11 0.09 0.39 0.02 0.40 0.01 0.37 0.31 0.36 0.28 0.06 0.22 0.40 0.24 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.29 0.21 0.22 0.40 0.16 0.41 0.25 0.34 0.28 0.34 0.26 0.19 0.28 0.44 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.39 0.34 0.35 0.47 0.26 0.47 0.24 0.42 0.37 0.43 0.36 0.32 0.39 0.49 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.15 0.18 0.38 0.04 0.39 0.02 0.33 0.25 0.32 0.23 0.12 0.26 0.42 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.39 0.21 0.25 0.19 0.25 0.17 0.38 0.26 0.32 0.35 0.48 0.34 0.29 0.16 0.31 0.26 0.24 0.32 0.28 0.08 0.15 0.10
C2 0.25 0.46 0.22 0.29 0.22 0.27 0.15 0.38 0.29 0.33 0.43 0.54 0.38 0.26 0.20 0.28 0.31 0.27 0.39 0.28 0.13 0.21 0.14
C2' 0.17 0.36 0.17 0.19 0.20 0.20 0.21 0.36 0.26 0.33 0.31 0.43 0.33 0.34 0.12 0.22 0.23 0.19 0.33 0.30 0.13 0.24 0.16
C3' 0.25 0.35 0.37 0.19 0.26 0.21 0.26 0.30 0.30 0.23 0.32 0.40 0.34 0.32 0.19 0.24 0.22 0.29 0.15 0.36 0.06 0.08 0.01
C4 0.25 0.38 0.26 0.37 0.24 0.30 0.19 0.41 0.27 0.30 0.38 0.44 0.31 0.25 0.24 0.36 0.33 0.29 0.49 0.27 0.19 0.26 0.23
C4' 0.19 0.36 0.30 0.18 0.22 0.19 0.23 0.33 0.29 0.21 0.33 0.42 0.33 0.28 0.14 0.20 0.22 0.22 0.11 0.35 0.14 0.15 0.07
C5 0.25 0.34 0.30 0.37 0.22 0.32 0.18 0.43 0.27 0.26 0.35 0.39 0.29 0.20 0.22 0.39 0.35 0.31 0.48 0.31 0.22 0.30 0.27
C5' 0.25 0.36 0.42 0.20 0.26 0.21 0.26 0.30 0.33 0.16 0.35 0.41 0.34 0.26 0.19 0.30 0.22 0.28 0.09 0.39 0.30 0.34 0.20
C6 0.24 0.35 0.28 0.33 0.21 0.30 0.16 0.41 0.27 0.23 0.34 0.40 0.30 0.18 0.19 0.33 0.31 0.31 0.43 0.32 0.18 0.24 0.22
N1 0.23 0.40 0.22 0.29 0.21 0.27 0.16 0.38 0.27 0.29 0.37 0.47 0.34 0.24 0.17 0.27 0.28 0.27 0.37 0.29 0.10 0.17 0.13
N3 0.25 0.44 0.23 0.33 0.23 0.28 0.16 0.38 0.28 0.31 0.43 0.51 0.35 0.25 0.23 0.29 0.32 0.28 0.45 0.28 0.15 0.22 0.18
O2 0.28 0.53 0.26 0.28 0.24 0.29 0.18 0.40 0.31 0.37 0.48 0.64 0.43 0.29 0.22 0.37 0.38 0.29 0.36 0.30 0.16 0.27 0.15
O2' 0.25 0.38 0.18 0.22 0.21 0.21 0.24 0.43 0.26 0.43 0.33 0.48 0.34 0.39 0.22 0.47 0.24 0.20 0.44 0.29 0.25 0.31 0.25
O3' 0.30 0.33 0.44 0.28 0.27 0.25 0.29 0.33 0.32 0.28 0.31 0.38 0.34 0.37 0.23 0.24 0.28 0.32 0.02 0.38 0.03 0.03 0.00
O4 0.28 0.38 0.29 0.43 0.27 0.33 0.25 0.44 0.27 0.33 0.38 0.44 0.32 0.32 0.28 0.41 0.38 0.31 0.54 0.25 0.23 0.30 0.27
O4' 0.21 0.38 0.23 0.19 0.21 0.21 0.19 0.35 0.28 0.25 0.35 0.46 0.34 0.26 0.14 0.27 0.23 0.22 0.21 0.32 0.09 0.12 0.03
O5' 0.38 0.59 0.59 0.32 0.51 0.29 0.57 0.35 0.65 0.42 0.64 0.61 0.53 0.54 0.42 0.51 0.33 0.36 0.28 0.73 0.36 0.47 0.29
OP1 0.50 0.61 0.75 0.48 0.57 0.42 0.62 0.46 0.68 0.54 0.66 0.61 0.57 0.62 0.52 0.71 0.52 0.45 0.42 0.76 0.52 0.69 0.45
OP2 0.60 0.70 0.77 0.54 0.66 0.53 0.70 0.55 0.76 0.62 0.74 0.70 0.66 0.68 0.62 0.83 0.60 0.59 0.52 0.83 0.45 0.64 0.46
P 0.45 0.59 0.67 0.41 0.54 0.37 0.59 0.41 0.67 0.48 0.65 0.60 0.55 0.58 0.48 0.65 0.45 0.42 0.37 0.75 0.43 0.60 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.17 0.02 0.19 0.56 0.25
C2 0.03 0.00 0.32 0.28 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.17 0.37 0.01 0.31 0.46 0.28
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.15 0.13 0.19 0.24 0.39 0.33 0.13 0.04 0.00 0.04 0.03 0.46 0.10 0.41 0.54 0.41
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.30 0.01 0.39 0.02 0.40 0.37 0.35 0.25 0.24 0.43 0.26 0.02 0.01 0.02 0.33 0.44 0.39 0.31 0.23
C4 0.01 0.01 0.17 0.30 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.14 0.09 0.39 0.02 0.30 0.46 0.27
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.16 0.28 0.09 0.11 0.07 0.28 0.13 0.29 0.04 0.00 0.01 0.20 0.15 0.42 0.10
C5 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.18 0.05 0.53 0.02 0.40 0.46 0.36
C5' 0.04 0.13 0.15 0.02 0.17 0.01 0.30 0.00 0.30 0.36 0.20 0.12 0.10 0.41 0.18 0.14 0.18 0.01 0.01 0.36 0.18 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.07 0.56 0.01 0.44 0.49 0.40
C8 0.01 0.01 0.19 0.37 0.00 0.28 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.25 0.15 0.53 0.02 0.36 0.43 0.31
N1 0.02 0.00 0.24 0.35 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.12 0.47 0.01 0.38 0.47 0.34
N2 0.04 0.00 0.39 0.25 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.36 0.21 0.32 0.02 0.29 0.46 0.28
N3 0.03 0.01 0.33 0.24 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.28 0.17 0.31 0.02 0.27 0.47 0.26
N7 0.01 0.01 0.13 0.43 0.01 0.28 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.29 0.11 0.62 0.02 0.45 0.45 0.43
N9 0.00 0.01 0.04 0.26 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.04 0.35 0.02 0.26 0.48 0.23
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.22 0.29 0.35 0.14 0.35 0.40 0.27 0.30 0.22 0.44 0.23 0.00 0.08 0.20 0.25 0.42 0.27 0.53 0.26
O3' 0.30 0.26 0.04 0.01 0.14 0.04 0.18 0.18 0.19 0.25 0.19 0.36 0.28 0.29 0.12 0.08 0.00 0.19 0.34 0.25 0.64 0.45 0.39
O4' 0.01 0.17 0.03 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.15 0.12 0.21 0.17 0.11 0.04 0.20 0.19 0.00 0.09 0.06 0.17 0.64 0.31
O5' 0.17 0.37 0.46 0.33 0.39 0.01 0.53 0.01 0.56 0.53 0.47 0.32 0.31 0.62 0.35 0.25 0.34 0.09 0.00 0.63 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.44 0.02 0.20 0.02 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.42 0.25 0.06 0.63 0.00 0.51 0.54 0.48
OP1 0.19 0.31 0.41 0.39 0.30 0.15 0.40 0.18 0.44 0.36 0.38 0.29 0.27 0.45 0.26 0.27 0.64 0.17 0.01 0.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.46 0.54 0.31 0.46 0.42 0.46 0.37 0.49 0.43 0.47 0.46 0.47 0.45 0.48 0.53 0.45 0.64 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.28 0.41 0.23 0.27 0.10 0.36 0.02 0.40 0.31 0.34 0.28 0.26 0.43 0.23 0.26 0.39 0.31 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00