ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48946

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 5, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.021, 0.039, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.038, 0.076, 0.114, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.076 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.041, 0.153, 0.265, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.153 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.079, 0.204, 0.330, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.204 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.118, 0.275, 0.433, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.275 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.150, 0.311, 0.473, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.311 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.184, 0.357, 0.531, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.357 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.126, 0.316, 0.507, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.316 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.110, 0.303, 0.496, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.303 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.166, 0.365, 0.564, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.365 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.232, 0.447, 0.663, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.447 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.201, 0.420, 0.640, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.420 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.203, 0.427, 0.650, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.427 std_dev=0.223
N9 B 0, 0.224, 0.463, 0.703, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.463 std_dev=0.239
C5' A 0, 0.211, 0.483, 0.755, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.483 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.265, 0.539, 0.814, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.539 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.226, 0.514, 0.803, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.514 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.289, 0.577, 0.866, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.577 std_dev=0.289
O6 B 0, 0.258, 0.579, 0.901, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.579 std_dev=0.321
N2 B 0, 0.306, 0.628, 0.950, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.628 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.294, 0.624, 0.954, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.624 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.211, 0.557, 0.902, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.557 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.245, 0.592, 0.939, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.592 std_dev=0.347
O5' B 0, 0.360, 0.780, 1.199, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.780 std_dev=0.419
P B 0, 0.365, 0.798, 1.231, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.798 std_dev=0.433
P A 0, 0.329, 0.767, 1.205, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.767 std_dev=0.438
OP2 B 0, 0.473, 0.937, 1.401, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.937 std_dev=0.464
C2' B 0, 0.392, 0.878, 1.365, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.878 std_dev=0.486
C4' B 0, 0.304, 0.808, 1.311, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.808 std_dev=0.503
C3' B 0, 0.492, 1.070, 1.648, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.070 std_dev=0.578
C5' B 0, 0.208, 0.791, 1.375, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.791 std_dev=0.583
OP2 A 0, 0.364, 0.964, 1.564, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.964 std_dev=0.600
OP1 B 0, 0.363, 1.045, 1.728, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.045 std_dev=0.682
OP1 A 0, 0.196, 1.060, 1.924, 3.688 max_d=3.688 avg_d=1.060 std_dev=0.864
O2' B 0, 0.687, 1.578, 2.468, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.578 std_dev=0.890
O3' B 0, 0.768, 1.735, 2.701, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.735 std_dev=0.967

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.27 0.44 0.22
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.24 0.39 0.49 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.03 0.05 0.13 0.01 0.02 0.06 0.01 0.15 0.17 0.29 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.15 0.06 0.08 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.19 0.28 0.19 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.03 0.36 0.48 0.56 0.25
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.11 0.33 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.04 0.38 0.47 0.55 0.26
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.15 0.02 0.01 0.18 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.05 0.33 0.40 0.50 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.23 0.36 0.47 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03 0.30 0.44 0.53 0.22
O2 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.18 0.36 0.47 0.21
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.15 0.00 0.06 0.05 0.04 0.06 0.14 0.32 0.14
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.02 0.20 0.03 0.18 0.06 0.09 0.15 0.06 0.00 0.17 0.02 0.16 0.45 0.21 0.18
O4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.03 0.38 0.51 0.59 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.32 0.49 0.30
O5' 0.12 0.24 0.15 0.19 0.36 0.02 0.38 0.01 0.33 0.23 0.30 0.18 0.06 0.16 0.38 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.39 0.17 0.28 0.48 0.11 0.47 0.18 0.40 0.36 0.44 0.36 0.14 0.45 0.51 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.49 0.29 0.19 0.56 0.33 0.55 0.31 0.50 0.47 0.53 0.47 0.32 0.21 0.59 0.49 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.20 0.09 0.08 0.25 0.12 0.26 0.02 0.21 0.20 0.22 0.21 0.14 0.18 0.28 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.21 0.25 0.17 0.13 0.19 0.17 0.24 0.17 0.32 0.16 0.30 0.22 0.32 0.20 0.40 0.20 0.22 0.15 0.25 0.06 0.15 0.04
C2 0.35 0.25 0.32 0.23 0.15 0.22 0.15 0.27 0.14 0.34 0.19 0.35 0.21 0.28 0.27 0.53 0.38 0.21 0.27 0.17 0.14 0.27 0.14
C2' 0.27 0.17 0.24 0.17 0.13 0.19 0.22 0.25 0.19 0.41 0.11 0.27 0.19 0.41 0.23 0.39 0.18 0.23 0.17 0.28 0.10 0.16 0.08
C3' 0.14 0.14 0.39 0.14 0.11 0.14 0.24 0.20 0.27 0.30 0.16 0.20 0.17 0.40 0.10 0.24 0.14 0.17 0.08 0.38 0.02 0.09 0.01
C4 0.25 0.19 0.26 0.26 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.24 0.19 0.23 0.17 0.22 0.22 0.25 0.35 0.17 0.33 0.18 0.23 0.46 0.28
C4' 0.17 0.19 0.41 0.14 0.15 0.13 0.22 0.20 0.25 0.23 0.18 0.24 0.21 0.33 0.13 0.29 0.13 0.17 0.08 0.36 0.06 0.16 0.08
C5 0.22 0.17 0.21 0.26 0.16 0.19 0.14 0.18 0.14 0.23 0.16 0.20 0.18 0.21 0.20 0.25 0.25 0.21 0.32 0.19 0.29 0.51 0.32
C5' 0.29 0.26 0.61 0.28 0.26 0.21 0.28 0.20 0.31 0.26 0.26 0.28 0.29 0.33 0.26 0.56 0.25 0.25 0.18 0.41 0.13 0.28 0.14
C6 0.25 0.19 0.25 0.24 0.16 0.21 0.14 0.19 0.17 0.23 0.16 0.23 0.21 0.23 0.20 0.28 0.22 0.23 0.26 0.24 0.24 0.43 0.27
N1 0.28 0.21 0.24 0.20 0.14 0.19 0.15 0.21 0.15 0.30 0.16 0.29 0.21 0.28 0.22 0.35 0.25 0.19 0.21 0.21 0.10 0.28 0.14
N3 0.34 0.25 0.35 0.26 0.17 0.22 0.16 0.23 0.15 0.30 0.22 0.33 0.20 0.24 0.27 0.47 0.42 0.21 0.31 0.17 0.17 0.36 0.20
O2 0.42 0.27 0.39 0.27 0.16 0.29 0.16 0.37 0.14 0.38 0.21 0.40 0.22 0.30 0.30 0.74 0.46 0.27 0.28 0.16 0.24 0.20 0.16
O2' 0.37 0.20 0.30 0.24 0.16 0.26 0.23 0.29 0.18 0.45 0.11 0.32 0.21 0.42 0.28 0.62 0.27 0.32 0.23 0.27 0.18 0.11 0.11
O3' 0.11 0.11 0.39 0.13 0.14 0.11 0.33 0.18 0.35 0.40 0.20 0.16 0.13 0.50 0.15 0.19 0.22 0.15 0.02 0.48 0.02 0.02 0.00
O4 0.26 0.18 0.32 0.30 0.19 0.18 0.20 0.18 0.22 0.23 0.21 0.21 0.18 0.23 0.23 0.25 0.39 0.18 0.37 0.26 0.28 0.51 0.32
O4' 0.20 0.21 0.30 0.11 0.15 0.15 0.22 0.21 0.25 0.25 0.20 0.27 0.22 0.32 0.15 0.28 0.13 0.18 0.10 0.34 0.03 0.13 0.03
O5' 0.60 0.41 0.86 0.46 0.48 0.47 0.38 0.38 0.31 0.50 0.32 0.42 0.50 0.40 0.55 0.91 0.43 0.56 0.34 0.31 0.24 0.33 0.24
OP1 0.74 0.36 1.11 0.72 0.50 0.64 0.39 0.60 0.29 0.67 0.30 0.36 0.47 0.48 0.65 1.28 0.70 0.66 0.63 0.32 0.74 0.76 0.64
OP2 0.78 0.73 1.05 0.55 0.78 0.48 0.76 0.30 0.71 0.84 0.71 0.73 0.77 0.81 0.81 1.31 0.56 0.61 0.30 0.68 0.39 0.41 0.27
P 0.62 0.36 0.94 0.50 0.48 0.44 0.41 0.34 0.30 0.60 0.29 0.34 0.46 0.48 0.58 1.10 0.48 0.52 0.35 0.29 0.38 0.43 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.18 0.03 0.16 0.27 0.13
C2 0.05 0.00 0.27 0.20 0.01 0.15 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.46 0.25 0.28 0.01 0.21 0.41 0.22
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.01 0.07 0.21 0.11 0.17 0.20 0.33 0.27 0.11 0.04 0.01 0.04 0.03 0.50 0.08 0.51 0.59 0.50
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.27 0.00 0.39 0.02 0.38 0.43 0.30 0.16 0.16 0.47 0.26 0.03 0.01 0.02 0.20 0.44 0.26 0.14 0.13
C4 0.03 0.01 0.15 0.27 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.28 0.12 0.32 0.01 0.27 0.40 0.27
C4' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.13 0.35 0.06 0.25 0.17 0.32 0.13 0.34 0.03 0.01 0.01 0.19 0.10 0.22 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.17 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.23 0.04 0.49 0.01 0.49 0.61 0.48
C5' 0.06 0.13 0.21 0.02 0.13 0.01 0.29 0.00 0.27 0.45 0.14 0.22 0.15 0.48 0.18 0.13 0.22 0.01 0.01 0.37 0.13 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.38 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.27 0.08 0.50 0.00 0.53 0.69 0.52
C8 0.02 0.01 0.17 0.43 0.01 0.35 0.01 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.50 0.26 0.18 0.55 0.02 0.52 0.51 0.49
N1 0.04 0.00 0.20 0.30 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.35 0.17 0.39 0.01 0.37 0.57 0.38
N2 0.06 0.00 0.33 0.16 0.01 0.25 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.58 0.31 0.25 0.01 0.17 0.36 0.16
N3 0.05 0.01 0.27 0.16 0.00 0.17 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.47 0.26 0.25 0.01 0.17 0.32 0.16
N7 0.02 0.01 0.11 0.47 0.01 0.32 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.55 0.30 0.13 0.63 0.02 0.66 0.72 0.63
N9 0.01 0.01 0.04 0.26 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.18 0.02 0.30 0.02 0.26 0.33 0.23
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.22 0.34 0.41 0.13 0.39 0.50 0.25 0.23 0.16 0.55 0.27 0.00 0.05 0.24 0.31 0.48 0.33 0.65 0.37
O3' 0.36 0.46 0.04 0.01 0.28 0.03 0.23 0.22 0.27 0.26 0.35 0.58 0.47 0.30 0.18 0.05 0.00 0.22 0.25 0.29 0.44 0.32 0.30
O4' 0.01 0.25 0.03 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.18 0.17 0.31 0.26 0.13 0.02 0.24 0.22 0.00 0.07 0.06 0.07 0.30 0.13
O5' 0.18 0.28 0.50 0.20 0.32 0.01 0.49 0.01 0.50 0.55 0.39 0.25 0.25 0.63 0.30 0.31 0.25 0.07 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.44 0.01 0.19 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.29 0.06 0.60 0.00 0.68 0.84 0.66
OP1 0.16 0.21 0.51 0.26 0.27 0.10 0.49 0.13 0.53 0.52 0.37 0.17 0.17 0.66 0.26 0.33 0.44 0.07 0.02 0.68 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.41 0.59 0.14 0.40 0.22 0.61 0.23 0.69 0.51 0.57 0.36 0.32 0.72 0.33 0.65 0.32 0.30 0.02 0.84 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.50 0.13 0.27 0.05 0.48 0.02 0.52 0.49 0.38 0.16 0.16 0.63 0.23 0.37 0.30 0.13 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00