ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 4, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.045, 0.074, 0.103, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.074 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.020, 0.068, 0.115, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.068 std_dev=0.048
C4 B 0, 0.111, 0.276, 0.442, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.276 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.107, 0.282, 0.458, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.282 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.131, 0.333, 0.536, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.333 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.107, 0.315, 0.523, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.315 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.115, 0.338, 0.561, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.338 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.156, 0.405, 0.655, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.405 std_dev=0.250
N7 B 0, 0.137, 0.387, 0.637, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.387 std_dev=0.250
C8 B 0, 0.129, 0.379, 0.628, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.379 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.144, 0.398, 0.651, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.398 std_dev=0.254
N2 B 0, 0.116, 0.410, 0.704, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.410 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.069, 0.365, 0.661, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.365 std_dev=0.296
O6 B 0, 0.188, 0.512, 0.836, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.512 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.086, 0.449, 0.812, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.449 std_dev=0.363
O4' B 0, -0.002, 0.417, 0.836, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.417 std_dev=0.419
O4' A 0, -0.180, 0.287, 0.754, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.287 std_dev=0.467
O2' B 0, 0.074, 0.567, 1.060, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.567 std_dev=0.493
C2' A 0, -0.183, 0.317, 0.817, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.317 std_dev=0.500
O5' A 0, -0.117, 0.487, 1.092, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.487 std_dev=0.605
O2' A 0, -0.202, 0.499, 1.200, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.499 std_dev=0.701
C3' A 0, -0.300, 0.431, 1.163, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.431 std_dev=0.732
C4' B 0, -0.121, 0.632, 1.385, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.632 std_dev=0.753
C5' B 0, -0.064, 0.690, 1.444, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.690 std_dev=0.754
C4' A 0, -0.326, 0.445, 1.215, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.445 std_dev=0.770
O5' B 0, -0.121, 0.717, 1.555, 2.718 max_d=2.718 avg_d=0.717 std_dev=0.838
OP2 A 0, -0.115, 0.783, 1.681, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.783 std_dev=0.898
O3' A 0, -0.379, 0.539, 1.457, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.539 std_dev=0.918
P A 0, -0.207, 0.754, 1.715, 3.052 max_d=3.052 avg_d=0.754 std_dev=0.961
OP1 B 0, -0.126, 0.848, 1.822, 3.250 max_d=3.250 avg_d=0.848 std_dev=0.974
C3' B 0, -0.270, 0.760, 1.789, 3.227 max_d=3.227 avg_d=0.760 std_dev=1.030
C5' A 0, -0.415, 0.649, 1.712, 3.604 max_d=3.604 avg_d=0.649 std_dev=1.063
OP1 A 0, -0.314, 1.011, 2.336, 4.739 max_d=4.739 avg_d=1.011 std_dev=1.325
P B 0, -0.351, 1.033, 2.418, 4.297 max_d=4.297 avg_d=1.033 std_dev=1.384
O3' B 0, -0.616, 1.049, 2.714, 4.970 max_d=4.970 avg_d=1.049 std_dev=1.665
OP2 B 0, -0.759, 1.521, 3.800, 6.991 max_d=6.991 avg_d=1.521 std_dev=2.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.25 0.02 0.00 0.24 0.23 0.23 0.27
C2 0.02 0.00 0.22 0.25 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.12 0.18 0.22 0.23 0.24
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.06 0.01 0.13 0.16 0.18 0.03 0.17 0.36 0.00 0.03 0.07 0.01 0.55 0.47 0.48 0.51
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.31 0.00 0.26 0.04 0.19 0.18 0.30 0.23 0.03 0.01 0.34 0.01 0.24 0.36 0.11 0.17
C4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.12 0.01 0.02 0.12 0.18 0.29 0.22
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.18 0.09 0.09 0.05 0.19 0.02 0.14 0.00 0.02 0.15 0.19 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.26 0.01 0.18 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.12 0.01 0.08 0.10 0.16 0.32 0.21
C5' 0.06 0.15 0.16 0.04 0.26 0.01 0.29 0.00 0.24 0.15 0.21 0.11 0.03 0.18 0.28 0.01 0.01 0.23 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.19 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.02 0.35 0.06 0.01 0.13 0.13 0.17 0.31 0.24
N1 0.00 0.01 0.03 0.18 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.08 0.01 0.00 0.18 0.21 0.25 0.25
N3 0.01 0.00 0.17 0.30 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.01 0.10 0.15 0.20 0.26 0.24
O2 0.03 0.01 0.36 0.23 0.02 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.18 0.20 0.24 0.19 0.24
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.25 0.19 0.36 0.03 0.35 0.16 0.12 0.23 0.00 0.08 0.25 0.14 0.42 0.35 0.51 0.43
O3' 0.25 0.08 0.03 0.01 0.12 0.02 0.12 0.18 0.06 0.08 0.07 0.16 0.08 0.00 0.16 0.17 0.08 0.51 0.43 0.28
O4 0.02 0.02 0.07 0.34 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.16 0.00 0.04 0.11 0.17 0.31 0.21
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.13 0.00 0.10 0.18 0.14 0.17 0.04 0.00 0.04 0.10 0.05 0.08
O5' 0.24 0.18 0.55 0.24 0.12 0.02 0.10 0.01 0.13 0.18 0.15 0.20 0.42 0.08 0.11 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.22 0.47 0.36 0.18 0.15 0.16 0.23 0.17 0.21 0.20 0.24 0.35 0.51 0.17 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.23 0.48 0.11 0.29 0.19 0.32 0.27 0.31 0.25 0.26 0.19 0.51 0.43 0.31 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.24 0.51 0.17 0.22 0.02 0.21 0.02 0.24 0.25 0.24 0.24 0.43 0.28 0.21 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.08 0.06 0.15 0.09 0.21 0.09 0.24 0.15 0.21 0.15 0.13 0.21 0.12 0.15 0.25 0.08 0.29 0.28 0.24 0.89 0.69
C2 0.18 0.15 0.21 0.36 0.18 0.38 0.20 0.28 0.19 0.20 0.17 0.13 0.15 0.21 0.19 0.12 0.75 0.29 0.14 0.21 0.14 0.30 0.24
C2' 0.29 0.18 0.27 0.50 0.14 0.49 0.32 0.57 0.41 0.17 0.32 0.14 0.09 0.37 0.10 0.47 0.40 0.40 0.62 0.54 0.47 1.09 0.94
C3' 0.77 0.42 0.78 1.03 0.54 0.91 0.42 1.01 0.30 0.63 0.33 0.41 0.53 0.45 0.66 0.90 0.91 0.82 1.28 0.20 1.02 1.94 1.68
C4 0.21 0.18 0.20 0.33 0.18 0.33 0.17 0.23 0.18 0.14 0.18 0.18 0.19 0.15 0.17 0.20 0.84 0.28 0.10 0.18 0.13 0.40 0.22
C4' 0.56 0.31 0.57 0.77 0.45 0.62 0.43 0.80 0.33 0.62 0.29 0.26 0.38 0.53 0.55 0.65 0.56 0.55 1.18 0.29 1.14 2.14 1.75
C5 0.14 0.22 0.13 0.14 0.18 0.19 0.19 0.12 0.21 0.12 0.22 0.22 0.19 0.15 0.14 0.17 0.57 0.18 0.16 0.22 0.14 0.78 0.45
C5' 0.77 0.52 0.82 1.05 0.70 0.83 0.71 1.00 0.58 0.93 0.51 0.45 0.60 0.87 0.80 0.81 0.81 0.72 1.44 0.54 1.38 2.64 2.02
C6 0.10 0.21 0.11 0.08 0.17 0.13 0.20 0.10 0.24 0.11 0.23 0.21 0.17 0.17 0.12 0.10 0.41 0.13 0.24 0.26 0.20 0.95 0.60
N1 0.11 0.17 0.13 0.13 0.17 0.19 0.21 0.10 0.23 0.16 0.20 0.16 0.15 0.20 0.15 0.09 0.46 0.15 0.16 0.25 0.13 0.71 0.50
N3 0.23 0.15 0.24 0.45 0.18 0.44 0.18 0.33 0.17 0.19 0.16 0.14 0.17 0.18 0.20 0.14 0.94 0.34 0.18 0.18 0.18 0.20 0.13
O2 0.20 0.14 0.24 0.46 0.18 0.48 0.20 0.40 0.19 0.24 0.16 0.12 0.15 0.23 0.21 0.18 0.81 0.32 0.25 0.21 0.23 0.16 0.17
O2' 0.33 0.63 0.38 0.17 0.65 0.17 0.84 0.18 0.88 0.79 0.77 0.57 0.55 0.93 0.59 0.14 0.16 0.22 0.20 0.97 0.16 0.38 0.31
O3' 0.68 0.42 0.73 1.01 0.52 0.85 0.46 1.03 0.38 0.63 0.37 0.40 0.49 0.51 0.62 0.88 0.99 0.69 1.36 0.31 1.30 2.01 1.92
O4 0.22 0.17 0.21 0.40 0.16 0.37 0.14 0.27 0.16 0.12 0.16 0.17 0.19 0.13 0.16 0.26 0.97 0.29 0.15 0.16 0.16 0.29 0.15
O4' 0.18 0.07 0.16 0.25 0.15 0.14 0.16 0.31 0.13 0.27 0.09 0.06 0.10 0.24 0.20 0.27 0.08 0.14 0.67 0.14 0.67 1.52 1.20
O5' 0.34 0.19 0.39 0.66 0.30 0.44 0.33 0.61 0.26 0.48 0.20 0.15 0.22 0.46 0.37 0.34 0.43 0.32 1.01 0.27 0.97 2.30 1.57
OP1 0.65 0.30 0.81 1.17 0.54 0.88 0.60 1.10 0.46 0.86 0.32 0.21 0.39 0.84 0.67 0.68 0.98 0.64 1.54 0.47 1.62 3.08 2.18
OP2 0.58 0.38 0.72 1.09 0.51 0.79 0.56 0.94 0.45 0.76 0.39 0.35 0.42 0.75 0.61 0.53 0.89 0.57 1.31 0.43 1.26 2.69 1.79
P 0.45 0.21 0.57 0.90 0.39 0.62 0.47 0.82 0.36 0.68 0.24 0.16 0.26 0.69 0.50 0.42 0.66 0.43 1.25 0.38 1.25 2.68 1.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.13 0.02 0.15 0.13 0.13
C2 0.04 0.00 0.12 0.13 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.28 0.06 0.04 0.01 0.13 0.35 0.06
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.17 0.09 0.02 0.11 0.13 0.10 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.38 0.09 0.34 0.63 0.51
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.19 0.01 0.30 0.02 0.30 0.35 0.22 0.09 0.09 0.38 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.09 0.44 0.15
C4 0.02 0.01 0.08 0.19 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.13 0.04 0.03 0.01 0.12 0.40 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.06 0.05 0.04 0.15 0.07 0.24 0.02 0.00 0.02 0.12 0.07 0.30 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.30 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.09 0.03 0.12 0.01 0.10 0.72 0.21
C5' 0.07 0.04 0.17 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.06 0.05 0.11 0.03 0.07 0.19 0.01 0.01 0.10 0.08 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.09 0.04 0.12 0.00 0.10 0.79 0.23
C8 0.01 0.01 0.02 0.35 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.04 0.15 0.02 0.10 0.67 0.23
N1 0.03 0.00 0.11 0.22 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.15 0.06 0.06 0.01 0.11 0.59 0.14
N2 0.04 0.01 0.13 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.39 0.08 0.07 0.01 0.15 0.25 0.08
N3 0.04 0.00 0.10 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.32 0.06 0.06 0.01 0.14 0.22 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.38 0.00 0.15 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.23 0.03 0.20 0.01 0.10 0.92 0.32
N9 0.00 0.01 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01 0.03 0.02 0.12 0.30 0.06
O2' 0.01 0.30 0.00 0.02 0.24 0.24 0.26 0.07 0.30 0.15 0.32 0.30 0.27 0.21 0.15 0.00 0.05 0.17 0.28 0.31 0.23 0.72 0.48
O3' 0.27 0.28 0.03 0.01 0.13 0.02 0.09 0.19 0.09 0.19 0.15 0.39 0.32 0.23 0.07 0.05 0.00 0.21 0.18 0.15 0.43 0.30 0.11
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.17 0.21 0.00 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10
O5' 0.13 0.04 0.38 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.12 0.15 0.06 0.07 0.06 0.20 0.03 0.28 0.18 0.05 0.00 0.18 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.35 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.15 0.05 0.18 0.00 0.10 0.98 0.31
OP1 0.15 0.13 0.34 0.09 0.12 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.15 0.14 0.10 0.12 0.23 0.43 0.07 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.35 0.63 0.44 0.40 0.30 0.72 0.28 0.79 0.67 0.59 0.25 0.22 0.92 0.30 0.72 0.30 0.07 0.02 0.98 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.06 0.51 0.15 0.08 0.03 0.21 0.01 0.23 0.23 0.14 0.08 0.07 0.32 0.06 0.48 0.11 0.10 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00