ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48951

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.011, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.013 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.013, 0.054, 0.094, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.054 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.070, 0.126, 0.183, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.126 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.091, 0.152, 0.213, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.152 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.119, 0.199, 0.278, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.199 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.137, 0.221, 0.305, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.221 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.146, 0.242, 0.337, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.242 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.198, 0.332, 0.467, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.332 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.198, 0.337, 0.476, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.337 std_dev=0.139
N7 B 0, 0.247, 0.422, 0.596, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.422 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.219, 0.406, 0.593, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.406 std_dev=0.187
O6 B 0, 0.214, 0.409, 0.603, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.409 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.225, 0.425, 0.624, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.425 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.230, 0.435, 0.641, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.435 std_dev=0.206
C8 B 0, 0.389, 0.608, 0.827, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.608 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.326, 0.546, 0.766, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.546 std_dev=0.220
P A 0, 0.281, 0.504, 0.726, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.504 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.369, 0.609, 0.848, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.609 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.400, 0.646, 0.893, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.646 std_dev=0.247
OP2 A 0, 0.363, 0.610, 0.858, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.610 std_dev=0.247
OP1 A 0, 0.237, 0.490, 0.744, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.490 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.451, 0.710, 0.970, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.710 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.437, 0.701, 0.966, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.701 std_dev=0.265
N2 B 0, 0.497, 0.767, 1.038, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.767 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.549, 0.826, 1.104, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.826 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.550, 0.842, 1.134, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.842 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.581, 0.905, 1.230, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.905 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.608, 0.937, 1.267, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.937 std_dev=0.330
C5' B 0, 0.640, 0.985, 1.331, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.985 std_dev=0.345
C4' B 0, 0.674, 1.049, 1.424, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.049 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.658, 1.050, 1.442, 1.786 max_d=1.786 avg_d=1.050 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.694, 1.104, 1.513, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.104 std_dev=0.410
P B 0, 0.756, 1.172, 1.588, 1.673 max_d=1.673 avg_d=1.172 std_dev=0.416
OP1 B 0, 0.710, 1.179, 1.647, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.179 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.775, 1.244, 1.713, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.244 std_dev=0.469
OP2 B 0, 0.803, 1.377, 1.950, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.377 std_dev=0.574

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.09 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.05
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06 0.05
O4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.09 0.06 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O5' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.02 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.16 0.21 0.05
C2 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.05 0.06 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.17 0.09 0.27 0.22 0.12
C2' 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.13 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.08 0.16 0.25 0.05
C3' 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06 0.14 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.12 0.07 0.12 0.28 0.08
C4 0.08 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.22 0.09 0.28 0.33 0.16
C4' 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.14 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.13 0.08 0.14 0.27 0.09
C5 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.10 0.10 0.06 0.18 0.09 0.21 0.29 0.12
C5' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.15 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.18 0.08 0.22 0.27 0.12
C6 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.12 0.10 0.06 0.13 0.07 0.18 0.22 0.07
N1 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.20 0.20 0.07
N3 0.09 0.04 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.05 0.04 0.05 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.22 0.09 0.30 0.27 0.15
O2 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.12 0.16 0.11 0.30 0.22 0.13
O2' 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.08 0.14 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.12 0.10 0.10 0.16 0.28 0.06
O3' 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.11 0.06 0.16 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.12 0.18 0.07 0.14 0.36 0.14
O4 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.10 0.10 0.07 0.05 0.11 0.08 0.06 0.07 0.08 0.23 0.12 0.31 0.43 0.20
O4' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.09 0.08 0.07 0.08 0.13 0.22 0.05
O5' 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.28 0.25 0.11
OP1 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.15 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.11 0.09 0.08 0.25 0.07 0.42 0.32 0.19
OP2 0.05 0.06 0.06 0.09 0.04 0.09 0.04 0.12 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.04 0.10 0.09 0.06 0.12 0.05 0.30 0.32 0.11
P 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.13 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05 0.04 0.10 0.09 0.07 0.16 0.05 0.32 0.29 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.02 0.12 0.55 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.07 0.24 0.01 0.38 0.22 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.18 0.41 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.26 0.40 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.31 0.01 0.31 0.42 0.20
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.46 0.09
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.37 0.01 0.40 0.43 0.25
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.37 0.00 0.48 0.34 0.27
C8 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.36 0.02 0.29 0.56 0.23
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.31 0.01 0.47 0.24 0.23
N2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.08 0.16 0.02 0.35 0.20 0.11
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.07 0.23 0.01 0.28 0.31 0.14
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.40 0.02 0.38 0.51 0.27
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.30 0.02 0.23 0.52 0.19
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.12 0.10 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.21 0.43 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.12 0.03 0.29 0.48 0.10
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.19 0.04 0.08 0.60 0.16
O5' 0.18 0.24 0.09 0.07 0.31 0.01 0.37 0.01 0.37 0.36 0.31 0.16 0.23 0.40 0.30 0.07 0.12 0.19 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.40 0.00 0.53 0.35 0.30
OP1 0.12 0.38 0.18 0.26 0.31 0.16 0.40 0.16 0.48 0.29 0.47 0.35 0.28 0.38 0.23 0.21 0.29 0.08 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.22 0.41 0.40 0.42 0.46 0.43 0.26 0.34 0.56 0.24 0.20 0.31 0.51 0.52 0.43 0.48 0.60 0.02 0.35 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.08 0.06 0.20 0.09 0.25 0.01 0.27 0.23 0.23 0.11 0.14 0.27 0.19 0.07 0.10 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00