ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48952

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 6, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.012, 0.018, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.021, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.016, 0.024, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.017, 0.025, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.030, 0.048, 0.066, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.048 std_dev=0.018
O4 A 0, -0.011, 0.050, 0.112, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.050 std_dev=0.062
N2 B 0, 0.364, 0.532, 0.701, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.532 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.370, 0.546, 0.722, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.546 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.474, 0.683, 0.893, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.683 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.429, 0.641, 0.853, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.641 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.452, 0.670, 0.888, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.670 std_dev=0.218
N7 B 0, 0.429, 0.649, 0.870, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.649 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.462, 0.683, 0.905, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.683 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.485, 0.712, 0.939, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.712 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.535, 0.771, 1.007, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.771 std_dev=0.236
C8 B 0, 0.466, 0.706, 0.946, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.706 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.565, 0.826, 1.087, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.826 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.568, 0.845, 1.121, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.845 std_dev=0.277
O5' A 0, 0.816, 1.174, 1.532, 1.383 max_d=1.383 avg_d=1.174 std_dev=0.358
O6 B 0, 0.810, 1.171, 1.532, 1.382 max_d=1.382 avg_d=1.171 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.803, 1.169, 1.534, 1.390 max_d=1.390 avg_d=1.169 std_dev=0.366
P A 0, 0.833, 1.208, 1.583, 1.490 max_d=1.490 avg_d=1.208 std_dev=0.375
C1' B 0, 0.838, 1.232, 1.625, 1.671 max_d=1.671 avg_d=1.232 std_dev=0.393
O2' A 0, 0.939, 1.348, 1.757, 1.549 max_d=1.549 avg_d=1.348 std_dev=0.409
C4' A 0, 0.967, 1.388, 1.809, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.388 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.976, 1.406, 1.836, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.406 std_dev=0.430
C4' B 0, 1.112, 1.610, 2.109, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.610 std_dev=0.499
OP2 A 0, 1.195, 1.723, 2.251, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.723 std_dev=0.528
C3' A 0, 1.231, 1.765, 2.298, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.765 std_dev=0.534
O3' A 0, 2.168, 3.105, 4.042, 3.490 max_d=3.490 avg_d=3.105 std_dev=0.937
C2' B 0, 2.267, 3.260, 4.254, 3.899 max_d=3.899 avg_d=3.260 std_dev=0.994
C3' B 0, 2.301, 3.305, 4.309, 3.848 max_d=3.848 avg_d=3.305 std_dev=1.004
OP1 A 0, 2.476, 3.553, 4.631, 4.048 max_d=4.048 avg_d=3.553 std_dev=1.077
C5' B 0, 2.892, 4.151, 5.410, 4.814 max_d=4.814 avg_d=4.151 std_dev=1.259
O3' B 0, 2.957, 4.255, 5.553, 4.995 max_d=4.995 avg_d=4.255 std_dev=1.298
O2' B 0, 3.543, 5.085, 6.627, 5.948 max_d=5.948 avg_d=5.085 std_dev=1.542
O5' B 0, 3.715, 5.325, 6.934, 6.049 max_d=6.049 avg_d=5.325 std_dev=1.610
P B 0, 5.548, 7.948, 10.348, 8.981 max_d=8.981 avg_d=7.948 std_dev=2.400
OP1 B 0, 5.555, 7.963, 10.372, 9.167 max_d=9.167 avg_d=7.963 std_dev=2.408
OP2 B 0, 6.791, 9.726, 12.661, 10.925 max_d=10.925 avg_d=9.726 std_dev=2.935

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.13 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.18 0.09 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.11 0.14 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.11 0.25 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.12 0.25 0.11 0.09
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.10 0.21 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.17 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.10 0.22 0.10 0.07
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.03 0.06 0.16 0.08 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.06 0.04 0.07 0.12 0.13 0.08
O3' 0.07 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.10 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.12 0.26 0.11 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.16 0.04 0.05
O5' 0.05 0.08 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.18 0.11 0.08 0.25 0.09 0.25 0.07 0.21 0.17 0.22 0.16 0.12 0.07 0.26 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.14 0.03 0.11 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.09 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.09 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.16 0.20 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.13 0.18 0.09 0.12 0.12 0.09 0.12 0.09
C2 0.08 0.05 0.16 0.17 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.05 0.06 0.06 0.11 0.08 0.15 0.16 0.10 0.17 0.09 0.14 0.20 0.15
C2' 0.07 0.07 0.13 0.20 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.16 0.07 0.11 0.16 0.10 0.13 0.10
C3' 0.15 0.19 0.07 0.09 0.18 0.07 0.19 0.05 0.21 0.17 0.21 0.18 0.17 0.18 0.17 0.09 0.06 0.18 0.14 0.21 0.10 0.12 0.09
C4 0.08 0.05 0.18 0.17 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.11 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.18 0.16 0.11 0.19 0.07 0.17 0.21 0.18
C4' 0.09 0.14 0.12 0.17 0.12 0.04 0.14 0.07 0.16 0.12 0.16 0.14 0.12 0.13 0.11 0.08 0.15 0.13 0.12 0.17 0.09 0.13 0.09
C5 0.08 0.06 0.20 0.22 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.10 0.05 0.07 0.08 0.10 0.09 0.19 0.20 0.10 0.14 0.07 0.11 0.13 0.10
C5' 0.09 0.14 0.13 0.18 0.12 0.05 0.13 0.08 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.09 0.17 0.13 0.11 0.15 0.09 0.17 0.11
C6 0.07 0.06 0.19 0.22 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.16 0.20 0.09 0.12 0.08 0.09 0.12 0.09
N1 0.07 0.06 0.17 0.20 0.08 0.06 0.09 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06 0.10 0.08 0.15 0.18 0.09 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10
N3 0.08 0.05 0.16 0.16 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.10 0.04 0.05 0.06 0.11 0.08 0.16 0.15 0.11 0.20 0.07 0.18 0.25 0.20
O2 0.08 0.06 0.15 0.16 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.06 0.11 0.09 0.14 0.15 0.11 0.18 0.10 0.16 0.23 0.17
O2' 0.10 0.10 0.20 0.26 0.10 0.15 0.10 0.18 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.22 0.07 0.14 0.10 0.17 0.18 0.17
O3' 0.15 0.22 0.06 0.08 0.17 0.08 0.17 0.05 0.20 0.14 0.23 0.24 0.19 0.15 0.15 0.10 0.04 0.17 0.13 0.19 0.10 0.11 0.08
O4 0.09 0.07 0.18 0.15 0.07 0.09 0.05 0.13 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.20 0.15 0.13 0.24 0.08 0.22 0.28 0.24
O4' 0.07 0.09 0.18 0.22 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.09 0.15 0.20 0.10 0.13 0.13 0.09 0.13 0.10
O5' 0.11 0.13 0.10 0.16 0.12 0.06 0.13 0.09 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.06 0.14 0.15 0.12 0.13 0.11 0.18 0.13
OP1 0.26 0.18 0.10 0.09 0.23 0.19 0.22 0.12 0.20 0.25 0.17 0.14 0.21 0.24 0.25 0.13 0.14 0.30 0.16 0.19 0.14 0.11 0.10
OP2 0.11 0.13 0.27 0.35 0.12 0.20 0.11 0.29 0.10 0.11 0.11 0.15 0.14 0.10 0.12 0.23 0.33 0.10 0.27 0.08 0.28 0.45 0.34
P 0.11 0.10 0.10 0.17 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.17 0.14 0.10 0.10 0.09 0.23 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.17 0.01 0.22 0.26 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.04 0.20 0.19 0.15
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.11 0.03 0.15 0.19 0.16 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.19 0.10 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.10 0.10
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.09 0.14 0.11 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.11 0.08
C5' 0.02 0.21 0.04 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.07 0.16 0.26 0.19 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.08 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.09 0.00 0.14 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.16 0.01 0.14 0.24 0.15
N1 0.02 0.00 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.13 0.01 0.20 0.19 0.20
N2 0.02 0.00 0.09 0.19 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.06 0.23 0.01 0.29 0.37 0.33
N3 0.02 0.00 0.07 0.16 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.15 0.01 0.19 0.20 0.20
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.04 0.14 0.01 0.11 0.21 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.12 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.07 0.18 0.18 0.13
O3' 0.08 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.05 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.15 0.09 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05
O5' 0.07 0.17 0.14 0.08 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.16 0.13 0.23 0.15 0.14 0.09 0.08 0.03 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.09 0.00 0.13 0.11 0.11
OP1 0.10 0.22 0.20 0.19 0.12 0.09 0.10 0.08 0.14 0.14 0.20 0.29 0.19 0.11 0.09 0.18 0.15 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.19 0.10 0.10 0.04 0.11 0.06 0.11 0.24 0.19 0.37 0.20 0.21 0.12 0.18 0.09 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.24 0.15 0.10 0.10 0.02 0.08 0.01 0.12 0.15 0.20 0.33 0.20 0.12 0.07 0.13 0.06 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00