ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48953

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.042 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.041, 0.264, 0.488, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.264 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.215, 0.502, 0.789, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.502 std_dev=0.287
O4' A 0, 0.064, 0.352, 0.639, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.352 std_dev=0.288
C2' A 0, 0.057, 0.365, 0.673, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.365 std_dev=0.308
N7 B 0, 0.207, 0.529, 0.850, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.529 std_dev=0.322
C3' A 0, 0.032, 0.365, 0.698, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.365 std_dev=0.333
N9 B 0, 0.218, 0.551, 0.884, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.551 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.175, 0.508, 0.842, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.508 std_dev=0.333
C4 B 0, 0.184, 0.534, 0.884, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.534 std_dev=0.350
C4' A 0, 0.044, 0.412, 0.780, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.412 std_dev=0.368
C6 B 0, 0.168, 0.559, 0.949, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.559 std_dev=0.390
N1 B 0, 0.122, 0.534, 0.946, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.534 std_dev=0.412
O2' B 0, 0.258, 0.679, 1.100, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.679 std_dev=0.421
C1' B 0, 0.252, 0.677, 1.102, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.677 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.183, 0.616, 1.050, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.616 std_dev=0.433
C2 B 0, 0.109, 0.552, 0.996, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.552 std_dev=0.443
C2' B 0, 0.247, 0.702, 1.158, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.702 std_dev=0.455
O6 B 0, 0.218, 0.687, 1.157, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.687 std_dev=0.470
O2' A 0, 0.087, 0.586, 1.085, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.586 std_dev=0.499
N2 B 0, 0.065, 0.601, 1.136, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.601 std_dev=0.535
O4' B 0, 0.286, 0.855, 1.424, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.855 std_dev=0.569
O5' A 0, -0.048, 0.540, 1.128, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.540 std_dev=0.588
C5' A 0, 0.032, 0.662, 1.293, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.662 std_dev=0.630
C3' B 0, 0.270, 0.904, 1.538, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.904 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.303, 0.976, 1.650, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.976 std_dev=0.673
O3' B 0, 0.353, 1.046, 1.739, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.046 std_dev=0.693
O5' B 0, 0.300, 1.078, 1.856, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.078 std_dev=0.778
C5' B 0, 0.331, 1.120, 1.909, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.120 std_dev=0.789
P A 0, -0.127, 0.670, 1.467, 2.941 max_d=2.941 avg_d=0.670 std_dev=0.797
OP2 B 0, 0.212, 1.031, 1.850, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.031 std_dev=0.819
P B 0, 0.283, 1.153, 2.023, 3.214 max_d=3.214 avg_d=1.153 std_dev=0.870
OP1 A 0, -0.148, 0.745, 1.638, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.745 std_dev=0.893
OP1 B 0, 0.321, 1.304, 2.286, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.304 std_dev=0.982
OP2 A 0, -0.223, 0.877, 1.978, 3.929 max_d=3.929 avg_d=0.877 std_dev=1.100

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.22 0.45 0.20
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.09 0.07 0.39 0.61 0.31
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.25 0.32 0.21
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.09 0.25 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.12 0.57 0.59 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.12 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.15 0.56 0.52 0.32
C5' 0.02 0.09 0.03 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.10 0.06 0.11 0.11 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.22 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.14 0.46 0.49 0.27
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.08 0.36 0.54 0.27
N3 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.10 0.01 0.08 0.09 0.49 0.63 0.35
O2 0.02 0.00 0.14 0.08 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.16 0.01 0.14 0.05 0.33 0.60 0.29
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.10 0.04 0.17 0.29 0.00 0.04 0.09 0.02 0.11 0.33 0.32 0.24
O3' 0.05 0.11 0.02 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.10 0.16 0.04 0.00 0.06 0.04 0.09 0.09 0.27 0.11
O4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.00 0.03 0.13 0.62 0.59 0.38
O4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.14 0.02 0.04 0.03 0.00 0.08 0.08 0.41 0.11
O5' 0.04 0.07 0.08 0.09 0.12 0.01 0.15 0.01 0.14 0.08 0.09 0.05 0.11 0.09 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.39 0.25 0.09 0.57 0.12 0.56 0.22 0.46 0.36 0.49 0.33 0.33 0.09 0.62 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.61 0.32 0.25 0.59 0.29 0.52 0.19 0.49 0.54 0.63 0.60 0.32 0.27 0.59 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.31 0.21 0.12 0.36 0.06 0.32 0.01 0.27 0.27 0.35 0.29 0.24 0.11 0.38 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.22 0.16 0.15 0.23 0.19 0.24 0.19 0.25 0.23 0.24 0.19 0.22 0.24 0.22 0.18 0.12 0.23 0.19 0.26 0.16 0.15 0.17
C2 0.14 0.15 0.09 0.07 0.19 0.12 0.22 0.12 0.24 0.21 0.19 0.11 0.16 0.23 0.18 0.17 0.12 0.17 0.12 0.27 0.11 0.10 0.11
C2' 0.27 0.32 0.21 0.21 0.32 0.27 0.33 0.27 0.34 0.31 0.34 0.30 0.31 0.32 0.30 0.20 0.18 0.32 0.27 0.33 0.22 0.24 0.25
C3' 0.26 0.34 0.21 0.21 0.31 0.27 0.32 0.29 0.33 0.29 0.35 0.34 0.32 0.30 0.29 0.19 0.19 0.32 0.29 0.33 0.27 0.29 0.29
C4 0.11 0.06 0.07 0.06 0.12 0.06 0.16 0.07 0.12 0.21 0.06 0.14 0.05 0.22 0.15 0.17 0.13 0.10 0.10 0.14 0.15 0.19 0.14
C4' 0.21 0.29 0.18 0.18 0.26 0.23 0.26 0.26 0.28 0.24 0.29 0.30 0.27 0.25 0.24 0.17 0.15 0.27 0.26 0.28 0.27 0.27 0.27
C5 0.16 0.12 0.13 0.10 0.16 0.11 0.18 0.08 0.16 0.22 0.14 0.17 0.11 0.22 0.19 0.20 0.11 0.15 0.09 0.17 0.13 0.19 0.14
C5' 0.19 0.27 0.15 0.17 0.23 0.22 0.22 0.25 0.24 0.20 0.26 0.30 0.26 0.21 0.20 0.16 0.17 0.25 0.26 0.24 0.31 0.30 0.29
C6 0.18 0.13 0.16 0.14 0.19 0.15 0.21 0.12 0.19 0.23 0.16 0.10 0.15 0.22 0.20 0.20 0.13 0.19 0.11 0.20 0.08 0.11 0.10
N1 0.17 0.16 0.13 0.12 0.20 0.15 0.22 0.14 0.22 0.22 0.19 0.10 0.17 0.23 0.20 0.18 0.10 0.20 0.14 0.24 0.10 0.09 0.11
N3 0.11 0.08 0.08 0.06 0.15 0.08 0.20 0.08 0.19 0.20 0.11 0.09 0.10 0.23 0.15 0.17 0.16 0.12 0.09 0.21 0.11 0.12 0.10
O2 0.13 0.20 0.09 0.07 0.20 0.12 0.24 0.14 0.28 0.19 0.24 0.17 0.18 0.23 0.17 0.17 0.14 0.17 0.15 0.33 0.14 0.14 0.14
O2' 0.30 0.33 0.23 0.22 0.35 0.28 0.37 0.27 0.39 0.36 0.38 0.28 0.32 0.38 0.34 0.23 0.20 0.35 0.27 0.40 0.21 0.22 0.24
O3' 0.27 0.32 0.22 0.22 0.32 0.27 0.33 0.28 0.35 0.31 0.35 0.31 0.31 0.33 0.30 0.21 0.19 0.32 0.28 0.36 0.25 0.26 0.27
O4 0.08 0.16 0.09 0.11 0.08 0.08 0.13 0.13 0.10 0.21 0.11 0.22 0.13 0.21 0.12 0.17 0.20 0.06 0.18 0.12 0.23 0.27 0.23
O4' 0.19 0.24 0.17 0.17 0.23 0.20 0.23 0.22 0.24 0.21 0.24 0.24 0.23 0.22 0.21 0.18 0.13 0.23 0.23 0.25 0.22 0.21 0.22
O5' 0.31 0.33 0.28 0.29 0.32 0.33 0.30 0.34 0.28 0.30 0.30 0.34 0.34 0.29 0.31 0.24 0.32 0.36 0.34 0.26 0.35 0.34 0.35
OP1 0.37 0.31 0.40 0.39 0.34 0.36 0.34 0.33 0.32 0.36 0.31 0.29 0.33 0.35 0.36 0.47 0.42 0.33 0.34 0.31 0.28 0.29 0.30
OP2 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.18 0.18 0.28 0.20 0.18 0.14 0.18 0.12 0.22 0.12 0.25 0.21 0.14 0.30 0.26 0.49 0.37 0.38
P 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.09 0.05 0.10 0.06 0.19 0.19 0.08 0.11 0.13 0.21 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.07 0.07 0.01 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.10 0.05 0.10 0.13 0.11
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.04 0.07 0.01 0.06 0.06 0.06
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07
C5' 0.02 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.13 0.04 0.09 0.00 0.07 0.06 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.25 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.05 0.08 0.00 0.06 0.05 0.06
N2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.08 0.06 0.01 0.04 0.04 0.04
N3 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.07 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.22 0.02 0.08 0.01 0.07 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.17 0.13 0.05 0.04 0.00 0.11 0.01 0.11 0.11 0.12 0.18 0.13
O3' 0.21 0.06 0.08 0.01 0.13 0.05 0.16 0.08 0.13 0.25 0.08 0.08 0.07 0.22 0.20 0.11 0.00 0.15 0.12 0.15 0.21 0.14 0.14
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.15 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04
O5' 0.05 0.07 0.10 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.12 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.09 0.00 0.07 0.06 0.07
OP1 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.12 0.21 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.13 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.18 0.14 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.11 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.13 0.14 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00