ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.019, 0.053, 0.086, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.053 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.033, 0.098, 0.162, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.098 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.013, 0.085, 0.156, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.085 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.020, 0.099, 0.179, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.099 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.048, 0.164, 0.279, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.164 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.035, 0.160, 0.284, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.160 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.015, 0.151, 0.287, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.151 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.068, 0.231, 0.394, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.231 std_dev=0.163
N9 B 0, 0.056, 0.221, 0.385, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.221 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.080, 0.248, 0.416, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.248 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.112, 0.288, 0.465, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.288 std_dev=0.177
C8 B 0, 0.089, 0.269, 0.449, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.269 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.117, 0.299, 0.481, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.299 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.057, 0.247, 0.437, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.247 std_dev=0.190
C4' B 0, 0.131, 0.340, 0.549, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.340 std_dev=0.209
O3' A 0, 0.028, 0.240, 0.452, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.240 std_dev=0.212
C5' B 0, 0.116, 0.328, 0.541, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.328 std_dev=0.213
N7 B 0, 0.087, 0.302, 0.518, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.302 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.080, 0.295, 0.511, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.295 std_dev=0.216
P A 0, 0.142, 0.378, 0.613, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.378 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.072, 0.308, 0.543, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.308 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.142, 0.379, 0.616, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.379 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.093, 0.330, 0.568, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.330 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.199, 0.440, 0.682, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.440 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.107, 0.351, 0.596, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.351 std_dev=0.245
P B 0, 0.058, 0.305, 0.553, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.305 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.128, 0.393, 0.658, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.393 std_dev=0.265
O6 B 0, 0.102, 0.374, 0.645, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.374 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.129, 0.406, 0.683, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.406 std_dev=0.277
OP2 B 0, 0.086, 0.390, 0.694, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.390 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.111, 0.418, 0.724, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.418 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.072, 0.396, 0.721, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.396 std_dev=0.324
O3' B 0, 0.144, 0.559, 0.975, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.559 std_dev=0.416
O2' B 0, 0.021, 0.494, 0.966, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.494 std_dev=0.472
N2 B 0, 0.104, 0.581, 1.058, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.581 std_dev=0.477
O5' B 0, -0.016, 0.466, 0.947, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.466 std_dev=0.481

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.14 0.11 0.09 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.12 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.06 0.13 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.21 0.17 0.14 0.17
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.22 0.17 0.13 0.17
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.12 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.19 0.14 0.09 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.14 0.11 0.08 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.17 0.14 0.11 0.14
O2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.02 0.03 0.11 0.10 0.08 0.09
O2' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06 0.08 0.11 0.07
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.09 0.04 0.00 0.10 0.02 0.18 0.13 0.16 0.15
O4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.22 0.19 0.17 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.14 0.07
O5' 0.06 0.14 0.04 0.09 0.21 0.02 0.22 0.01 0.19 0.14 0.17 0.11 0.06 0.18 0.22 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.11 0.04 0.06 0.17 0.06 0.17 0.07 0.14 0.11 0.14 0.10 0.08 0.13 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.09 0.12 0.13 0.14 0.09 0.13 0.05 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.16 0.17 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.06 0.09 0.17 0.04 0.17 0.03 0.12 0.09 0.14 0.09 0.07 0.15 0.19 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.18 0.13 0.03 0.07 0.06 0.07 0.19 0.11 0.16 0.14 0.24 0.16 0.16 0.08 0.24 0.06 0.11 0.12 0.15 0.02 0.12 0.05
C2 0.19 0.27 0.22 0.14 0.14 0.15 0.13 0.21 0.17 0.12 0.22 0.33 0.25 0.14 0.10 0.33 0.17 0.14 0.15 0.19 0.09 0.20 0.09
C2' 0.15 0.13 0.11 0.04 0.08 0.05 0.09 0.20 0.09 0.18 0.10 0.16 0.13 0.16 0.11 0.20 0.04 0.12 0.17 0.13 0.03 0.17 0.08
C3' 0.10 0.08 0.06 0.12 0.06 0.05 0.11 0.20 0.12 0.19 0.09 0.10 0.07 0.19 0.09 0.09 0.11 0.10 0.03 0.16 0.01 0.06 0.01
C4 0.11 0.26 0.12 0.09 0.11 0.10 0.13 0.17 0.19 0.12 0.24 0.32 0.21 0.15 0.06 0.18 0.08 0.10 0.19 0.21 0.10 0.16 0.08
C4' 0.11 0.09 0.05 0.10 0.04 0.04 0.12 0.20 0.14 0.20 0.10 0.13 0.07 0.22 0.08 0.13 0.10 0.10 0.03 0.20 0.04 0.10 0.04
C5 0.11 0.20 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.17 0.16 0.12 0.19 0.24 0.16 0.17 0.05 0.14 0.08 0.10 0.21 0.21 0.10 0.14 0.10
C5' 0.08 0.11 0.08 0.15 0.10 0.05 0.19 0.17 0.22 0.23 0.17 0.12 0.07 0.28 0.11 0.08 0.16 0.09 0.06 0.29 0.06 0.21 0.06
C6 0.14 0.18 0.10 0.08 0.07 0.09 0.09 0.18 0.14 0.14 0.16 0.23 0.16 0.17 0.06 0.18 0.08 0.11 0.15 0.19 0.08 0.13 0.08
N1 0.16 0.21 0.14 0.06 0.09 0.09 0.09 0.19 0.14 0.13 0.17 0.27 0.19 0.15 0.06 0.25 0.08 0.11 0.09 0.17 0.05 0.15 0.05
N3 0.16 0.30 0.20 0.13 0.16 0.14 0.14 0.19 0.19 0.12 0.25 0.36 0.27 0.15 0.10 0.29 0.15 0.13 0.14 0.20 0.10 0.19 0.08
O2 0.24 0.28 0.29 0.21 0.17 0.21 0.14 0.24 0.17 0.12 0.23 0.35 0.27 0.14 0.14 0.42 0.26 0.19 0.24 0.18 0.13 0.24 0.15
O2' 0.21 0.15 0.18 0.09 0.12 0.10 0.10 0.18 0.10 0.19 0.11 0.20 0.17 0.16 0.16 0.28 0.12 0.18 0.34 0.12 0.07 0.16 0.12
O3' 0.08 0.10 0.12 0.20 0.10 0.11 0.13 0.24 0.14 0.17 0.12 0.10 0.09 0.18 0.11 0.05 0.20 0.09 0.03 0.18 0.02 0.02 0.01
O4 0.07 0.25 0.10 0.09 0.09 0.07 0.14 0.16 0.20 0.14 0.24 0.31 0.16 0.17 0.07 0.14 0.08 0.09 0.22 0.22 0.12 0.13 0.09
O4' 0.16 0.17 0.10 0.03 0.06 0.05 0.05 0.19 0.09 0.17 0.13 0.23 0.15 0.17 0.09 0.21 0.03 0.12 0.06 0.14 0.02 0.05 0.02
O5' 0.11 0.17 0.08 0.11 0.14 0.06 0.23 0.05 0.27 0.23 0.23 0.17 0.12 0.29 0.13 0.10 0.13 0.13 0.08 0.34 0.19 0.02 0.09
OP1 0.05 0.19 0.11 0.17 0.15 0.05 0.23 0.08 0.28 0.17 0.25 0.18 0.13 0.25 0.11 0.06 0.21 0.09 0.19 0.35 0.16 0.25 0.09
OP2 0.15 0.20 0.12 0.14 0.17 0.10 0.23 0.08 0.29 0.18 0.25 0.20 0.17 0.24 0.15 0.12 0.18 0.18 0.17 0.37 0.15 0.07 0.06
P 0.11 0.19 0.10 0.13 0.16 0.06 0.24 0.06 0.29 0.20 0.25 0.19 0.14 0.27 0.13 0.09 0.17 0.13 0.14 0.37 0.16 0.12 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.06 0.34 0.06
C2 0.04 0.00 0.16 0.15 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.19 0.06 0.26 0.01 0.11 0.21 0.07
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.07 0.13 0.20 0.15 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.18 0.24 0.08
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.11 0.07 0.14 0.18 0.14 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.26 0.10 0.24 0.18 0.13
C4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.04 0.28 0.01 0.10 0.23 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.31 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.37 0.01 0.13 0.16 0.13
C5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.01 0.04 0.11 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.38 0.01 0.14 0.13 0.15
C8 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.03 0.37 0.02 0.12 0.22 0.11
N1 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.05 0.33 0.01 0.13 0.16 0.12
N2 0.05 0.00 0.20 0.18 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.07 0.22 0.01 0.10 0.22 0.06
N3 0.04 0.00 0.15 0.14 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.06 0.22 0.01 0.10 0.24 0.05
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.42 0.02 0.14 0.14 0.16
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.25 0.02 0.09 0.27 0.05
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.15 0.22 0.16 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.10 0.13 0.28 0.02
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.12 0.03 0.11 0.06 0.15 0.09 0.18 0.24 0.17 0.10 0.06 0.04 0.00 0.02 0.20 0.15 0.29 0.12 0.15
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.42 0.14
O5' 0.10 0.26 0.20 0.26 0.28 0.01 0.37 0.01 0.38 0.37 0.33 0.22 0.22 0.42 0.25 0.05 0.20 0.05 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.15 0.04 0.43 0.00 0.17 0.12 0.20
OP1 0.06 0.11 0.18 0.24 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.10 0.10 0.14 0.09 0.13 0.29 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.21 0.24 0.18 0.23 0.31 0.16 0.30 0.13 0.22 0.16 0.22 0.24 0.14 0.27 0.28 0.12 0.42 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.08 0.13 0.07 0.04 0.13 0.01 0.15 0.11 0.12 0.06 0.05 0.16 0.05 0.02 0.15 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00