ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48955

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.012, 0.044, 0.077, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.035, 0.092, 0.150, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.092 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.017, 0.100, 0.183, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.100 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.032, 0.118, 0.204, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.118 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.023, 0.137, 0.250, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.137 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.027, 0.154, 0.282, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.154 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.036, 0.202, 0.368, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.048, 0.234, 0.420, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.234 std_dev=0.186
OP2 B 0, 0.188, 0.451, 0.714, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.451 std_dev=0.263
P B 0, 0.176, 0.447, 0.718, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.447 std_dev=0.271
O5' A 0, 0.076, 0.363, 0.651, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.363 std_dev=0.288
C5 B 0, 0.197, 0.490, 0.784, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.490 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.203, 0.498, 0.792, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.498 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.190, 0.491, 0.792, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.491 std_dev=0.301
C4 B 0, 0.200, 0.507, 0.814, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.507 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.209, 0.521, 0.833, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.521 std_dev=0.312
C8 B 0, 0.200, 0.517, 0.834, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.517 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.226, 0.547, 0.867, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.547 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.219, 0.541, 0.863, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.541 std_dev=0.322
O6 B 0, 0.179, 0.502, 0.825, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.502 std_dev=0.323
N9 B 0, 0.187, 0.515, 0.843, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.515 std_dev=0.328
N2 B 0, 0.253, 0.601, 0.949, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.601 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.187, 0.536, 0.885, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.536 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.195, 0.548, 0.901, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.548 std_dev=0.353
O2' B 0, 0.091, 0.445, 0.798, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.445 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.168, 0.525, 0.882, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.525 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.191, 0.548, 0.905, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.548 std_dev=0.357
P A 0, 0.127, 0.495, 0.863, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.495 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.156, 0.531, 0.906, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.531 std_dev=0.375
C3' B 0, 0.203, 0.585, 0.966, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.585 std_dev=0.382
O5' B 0, 0.187, 0.592, 0.998, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.592 std_dev=0.406
OP1 A 0, 0.166, 0.596, 1.027, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.596 std_dev=0.430
OP2 A 0, 0.082, 0.518, 0.955, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.518 std_dev=0.437
OP1 B 0, 0.155, 0.632, 1.109, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.632 std_dev=0.477
O3' B 0, 0.153, 0.651, 1.149, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.651 std_dev=0.498

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.10 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.02 0.10 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.05 0.11 0.10
C4 0.05 0.03 0.07 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.08 0.01 0.05 0.10 0.06 0.13 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.14 0.10 0.13 0.13
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.03 0.14 0.10 0.09 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.05 0.08 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.12 0.07
O2 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.11 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.15 0.10 0.13 0.13
O4 0.05 0.05 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.08 0.00 0.05 0.10 0.08 0.15 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.14 0.05 0.08
O5' 0.05 0.05 0.05 0.11 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.07 0.06 0.03 0.05 0.15 0.10 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.10 0.11 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02 0.10 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.10 0.11 0.13 0.03 0.13 0.01 0.09 0.08 0.12 0.11 0.08 0.13 0.15 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.06 0.10 0.10 0.01 0.13 0.01 0.11 0.06 0.07 0.05 0.05 0.13 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.16 0.12 0.10 0.12 0.10 0.08 0.15 0.08 0.17 0.17 0.12 0.04 0.11 0.25 0.12 0.16 0.25 0.17 0.04 0.08 0.05
C2 0.16 0.16 0.15 0.14 0.06 0.13 0.11 0.15 0.20 0.07 0.21 0.17 0.09 0.05 0.09 0.21 0.13 0.14 0.29 0.23 0.08 0.10 0.07
C2' 0.20 0.19 0.17 0.11 0.14 0.11 0.12 0.08 0.15 0.08 0.18 0.20 0.17 0.06 0.13 0.25 0.12 0.18 0.26 0.15 0.11 0.04 0.09
C3' 0.22 0.17 0.19 0.15 0.16 0.16 0.13 0.06 0.14 0.12 0.16 0.19 0.17 0.09 0.16 0.25 0.15 0.24 0.12 0.13 0.03 0.07 0.00
C4 0.23 0.07 0.22 0.23 0.14 0.19 0.08 0.17 0.05 0.20 0.09 0.08 0.11 0.13 0.20 0.23 0.23 0.20 0.28 0.12 0.11 0.14 0.11
C4' 0.21 0.16 0.18 0.15 0.14 0.16 0.11 0.08 0.14 0.12 0.16 0.18 0.16 0.08 0.15 0.26 0.15 0.22 0.09 0.14 0.12 0.10 0.05
C5 0.25 0.08 0.23 0.24 0.15 0.21 0.11 0.18 0.06 0.24 0.08 0.09 0.11 0.17 0.23 0.26 0.25 0.23 0.29 0.08 0.16 0.18 0.15
C5' 0.22 0.13 0.19 0.17 0.13 0.19 0.10 0.13 0.10 0.15 0.11 0.14 0.14 0.09 0.17 0.25 0.18 0.24 0.03 0.10 0.26 0.14 0.13
C6 0.24 0.09 0.21 0.21 0.11 0.20 0.07 0.16 0.08 0.21 0.11 0.11 0.09 0.12 0.20 0.26 0.22 0.22 0.28 0.12 0.14 0.16 0.14
N1 0.20 0.13 0.18 0.16 0.08 0.15 0.07 0.13 0.14 0.13 0.16 0.15 0.10 0.03 0.14 0.24 0.16 0.18 0.28 0.17 0.07 0.09 0.07
N3 0.20 0.10 0.19 0.19 0.06 0.16 0.03 0.16 0.16 0.13 0.16 0.12 0.06 0.05 0.15 0.21 0.18 0.16 0.29 0.22 0.08 0.11 0.08
O2 0.09 0.26 0.08 0.09 0.16 0.11 0.21 0.18 0.28 0.09 0.29 0.26 0.19 0.16 0.06 0.16 0.08 0.12 0.31 0.29 0.14 0.12 0.11
O2' 0.21 0.22 0.19 0.12 0.16 0.11 0.13 0.07 0.17 0.06 0.21 0.25 0.21 0.07 0.13 0.30 0.11 0.17 0.23 0.16 0.18 0.02 0.12
O3' 0.26 0.18 0.24 0.21 0.17 0.23 0.12 0.15 0.12 0.13 0.15 0.20 0.20 0.09 0.19 0.28 0.20 0.29 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00
O4 0.22 0.07 0.21 0.23 0.15 0.19 0.11 0.17 0.02 0.19 0.06 0.07 0.12 0.15 0.20 0.21 0.24 0.18 0.26 0.09 0.12 0.15 0.12
O4' 0.19 0.15 0.16 0.12 0.11 0.12 0.10 0.03 0.15 0.11 0.16 0.16 0.13 0.07 0.13 0.25 0.13 0.18 0.17 0.16 0.08 0.12 0.02
O5' 0.14 0.09 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.14 0.07 0.15 0.21 0.12 0.07 0.07 0.08
OP1 0.11 0.13 0.10 0.08 0.12 0.08 0.16 0.07 0.20 0.12 0.17 0.13 0.12 0.17 0.11 0.09 0.04 0.15 0.13 0.24 0.21 0.16 0.09
OP2 0.16 0.19 0.13 0.13 0.18 0.12 0.21 0.11 0.23 0.18 0.22 0.18 0.18 0.21 0.17 0.14 0.16 0.15 0.22 0.27 0.14 0.08 0.07
P 0.13 0.11 0.08 0.06 0.11 0.08 0.14 0.06 0.15 0.13 0.13 0.10 0.11 0.15 0.13 0.13 0.08 0.15 0.18 0.19 0.12 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.18 0.09
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.12 0.03 0.04 0.14 0.04
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.04 0.09 0.14 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.14 0.07
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.11 0.04 0.13 0.15 0.12 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.07 0.11 0.10 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.12 0.01 0.04 0.15 0.04
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.15 0.01 0.04 0.12 0.03
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.04 0.05 0.09 0.05 0.09 0.06 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.15 0.01 0.04 0.11 0.03
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.14 0.01 0.03 0.15 0.04
N1 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.14 0.03 0.04 0.12 0.03
N2 0.03 0.01 0.14 0.15 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.11 0.05 0.04 0.15 0.05
N3 0.02 0.00 0.12 0.12 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.12 0.04 0.11 0.02 0.05 0.15 0.05
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.02 0.03 0.12 0.02
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.02 0.03 0.16 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03 0.09 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.03 0.03 0.11 0.13 0.08
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.06 0.13 0.05 0.15 0.16 0.12 0.08 0.05 0.06 0.00 0.02 0.12 0.14 0.13 0.08 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.19 0.12
O5' 0.05 0.12 0.05 0.07 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.11 0.11 0.16 0.10 0.03 0.12 0.05 0.00 0.15 0.00 0.02 0.00
O6 0.02 0.03 0.05 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.02 0.15 0.00 0.03 0.09 0.03
OP1 0.04 0.04 0.08 0.10 0.04 0.10 0.04 0.12 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.13 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.14 0.14 0.10 0.15 0.09 0.12 0.02 0.11 0.15 0.12 0.15 0.15 0.12 0.16 0.13 0.08 0.19 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00