ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.043 std_dev=0.032
N1 B 0, 0.086, 0.292, 0.499, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.292 std_dev=0.207
O4' A 0, 0.087, 0.296, 0.506, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.296 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.088, 0.301, 0.514, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.301 std_dev=0.213
O6 B 0, 0.091, 0.309, 0.528, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.309 std_dev=0.219
C2' A 0, 0.098, 0.335, 0.572, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.335 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.106, 0.363, 0.619, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.363 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.117, 0.398, 0.680, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.398 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.120, 0.411, 0.701, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.411 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.122, 0.416, 0.710, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.416 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.125, 0.428, 0.730, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.428 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.131, 0.446, 0.762, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.446 std_dev=0.316
C4' A 0, 0.132, 0.452, 0.771, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.452 std_dev=0.319
C3' A 0, 0.133, 0.455, 0.776, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.455 std_dev=0.321
O2' A 0, 0.133, 0.455, 0.776, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.455 std_dev=0.322
N2 B 0, 0.137, 0.469, 0.800, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.469 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.139, 0.476, 0.812, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.476 std_dev=0.336
N9 B 0, 0.141, 0.480, 0.820, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.480 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.145, 0.494, 0.843, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.494 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.157, 0.537, 0.916, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.537 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.170, 0.580, 0.989, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.580 std_dev=0.410
O4' B 0, 0.203, 0.695, 1.186, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.695 std_dev=0.491
P B 0, 0.241, 0.824, 1.407, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.824 std_dev=0.583
C5' A 0, 0.264, 0.902, 1.540, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.902 std_dev=0.638
C4' B 0, 0.266, 0.910, 1.553, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.910 std_dev=0.643
C5' B 0, 0.272, 0.929, 1.587, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.929 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.364, 1.244, 2.124, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.244 std_dev=0.880
O5' B 0, 0.399, 1.361, 2.324, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.361 std_dev=0.963
O2' B 0, 0.399, 1.362, 2.326, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.362 std_dev=0.963
OP2 B 0, 0.535, 1.827, 3.119, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.827 std_dev=1.292
O3' B 0, 0.645, 2.203, 3.762, 3.307 max_d=3.307 avg_d=2.203 std_dev=1.558
O5' A 0, 0.726, 2.478, 4.229, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.478 std_dev=1.752
P A 0, 1.162, 3.968, 6.774, 5.956 max_d=5.956 avg_d=3.968 std_dev=2.806
OP1 A 0, 1.268, 4.330, 7.391, 6.499 max_d=6.499 avg_d=4.330 std_dev=3.062
OP2 A 0, 1.506, 5.142, 8.778, 7.716 max_d=7.716 avg_d=5.142 std_dev=3.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.26 0.19 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.23 0.02 0.54 0.18
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.20 0.19 0.28 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.26 0.07 0.29 0.11
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.34 0.31 0.89 0.48
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.04 0.15
C5 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.34 0.36 0.90 0.53
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.29 0.21 0.69 0.39
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.01 0.49 0.18
N3 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.30 0.14 0.73 0.33
O2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.03 0.19 0.17 0.41 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.42 0.07 0.16
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.15 0.18 0.04
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.36 0.39 0.99 0.55
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.31 0.01 0.16
O5' 0.09 0.23 0.20 0.26 0.34 0.00 0.34 0.01 0.29 0.22 0.30 0.19 0.09 0.22 0.36 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.02 0.19 0.07 0.31 0.31 0.36 0.07 0.21 0.01 0.14 0.17 0.42 0.15 0.39 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.54 0.28 0.29 0.89 0.04 0.90 0.03 0.69 0.49 0.73 0.41 0.07 0.18 0.99 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.03 0.11 0.48 0.15 0.53 0.00 0.39 0.18 0.33 0.05 0.16 0.04 0.55 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.15 0.11 0.18 0.12 0.08 0.03 0.08 0.02 0.01 0.09 0.18 0.18 0.05 0.11 0.14 0.01 0.10 0.12 0.05 0.12 0.02 0.01
C2 0.06 0.11 0.05 0.12 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.06 0.15 0.11 0.10 0.02 0.02 0.10 0.00 0.13 0.09 0.14 0.15 0.08
C2' 0.16 0.12 0.13 0.19 0.13 0.09 0.06 0.10 0.03 0.05 0.07 0.13 0.15 0.01 0.13 0.18 0.00 0.11 0.13 0.02 0.05 0.03 0.00
C3' 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.03 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.00 0.03 0.11 0.11 0.10 0.02 0.00
C4 0.05 0.09 0.04 0.20 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.11 0.09 0.03 0.04 0.12 0.03 0.03 0.25 0.05 0.17 0.10 0.03
C4' 0.05 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.10 0.00 0.09 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.04 0.03 0.12 0.21 0.13 0.03
C5 0.09 0.11 0.06 0.25 0.09 0.11 0.05 0.10 0.04 0.03 0.08 0.12 0.12 0.01 0.08 0.08 0.12 0.07 0.30 0.02 0.17 0.01 0.01
C5' 0.05 0.04 0.15 0.03 0.08 0.03 0.15 0.03 0.15 0.19 0.09 0.01 0.03 0.23 0.10 0.06 0.00 0.02 0.03 0.20 0.30 0.20 0.04
C6 0.11 0.13 0.08 0.25 0.11 0.12 0.06 0.11 0.04 0.04 0.08 0.14 0.14 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.27 0.03 0.16 0.05 0.03
N1 0.11 0.14 0.08 0.19 0.10 0.08 0.03 0.07 0.02 0.00 0.08 0.16 0.15 0.05 0.08 0.04 0.01 0.07 0.19 0.05 0.15 0.04 0.02
N3 0.04 0.09 0.04 0.14 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.12 0.09 0.08 0.01 0.10 0.07 0.01 0.17 0.10 0.16 0.16 0.07
O2 0.03 0.10 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.03 0.15 0.10 0.13 0.01 0.01 0.22 0.05 0.03 0.11 0.13 0.21 0.12
O2' 0.31 0.25 0.28 0.23 0.24 0.16 0.14 0.14 0.11 0.13 0.17 0.27 0.29 0.07 0.24 0.41 0.01 0.22 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01
O3' 0.03 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O4 0.04 0.07 0.03 0.20 0.04 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.02 0.03 0.17 0.04 0.02 0.27 0.03 0.17 0.12 0.03
O4' 0.10 0.12 0.04 0.15 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.15 0.13 0.09 0.06 0.10 0.01 0.07 0.09 0.08 0.20 0.11 0.02
O5' 0.46 0.44 0.61 0.39 0.53 0.40 0.62 0.40 0.59 0.70 0.50 0.38 0.44 0.75 0.55 0.54 0.40 0.39 0.27 0.64 0.47 0.24 0.33
OP1 0.23 0.24 0.48 0.28 0.35 0.18 0.52 0.28 0.52 0.60 0.37 0.14 0.21 0.70 0.38 0.32 0.22 0.11 0.20 0.64 0.27 0.26 0.17
OP2 0.77 0.94 1.00 0.69 1.00 0.57 1.18 0.54 1.21 1.14 1.07 0.86 0.89 1.30 0.96 0.95 0.65 0.58 0.35 1.33 0.35 0.39 0.34
P 0.41 0.45 0.62 0.39 0.55 0.33 0.71 0.37 0.71 0.76 0.57 0.36 0.42 0.87 0.56 0.52 0.37 0.29 0.25 0.82 0.37 0.29 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.08 0.02 0.11 0.45 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.03 0.15 0.00 0.01 0.39 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.58 0.15
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.16 0.23 0.10 0.01 0.03 0.24 0.14 0.01 0.00 0.02 0.14 0.18 0.21 0.31 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.09 0.02 0.19 0.01 0.01 0.41 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.19 0.02 0.00 0.01 0.03 0.21 0.33 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.03 0.02 0.24 0.01 0.09 0.38 0.09
C5' 0.05 0.04 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.00 0.01 0.22 0.28 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.03 0.23 0.00 0.11 0.35 0.10
C8 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.14 0.00 0.27 0.02 0.09 0.44 0.11
N1 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.11 0.04 0.19 0.00 0.06 0.37 0.09
N2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.30 0.04 0.12 0.00 0.04 0.39 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.23 0.03 0.14 0.01 0.04 0.40 0.07
N7 0.01 0.01 0.00 0.24 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.15 0.01 0.29 0.02 0.15 0.37 0.10
N9 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01 0.19 0.02 0.01 0.44 0.09
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.19 0.19 0.21 0.07 0.24 0.13 0.24 0.20 0.19 0.18 0.12 0.00 0.03 0.13 0.16 0.26 0.27 0.49 0.00
O3' 0.18 0.21 0.01 0.00 0.09 0.02 0.03 0.12 0.00 0.14 0.11 0.30 0.23 0.15 0.03 0.03 0.00 0.13 0.14 0.05 0.30 0.22 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.13 0.00 0.04 0.04 0.16 0.36 0.05
O5' 0.08 0.15 0.04 0.14 0.19 0.01 0.24 0.00 0.23 0.27 0.19 0.12 0.14 0.29 0.19 0.16 0.14 0.04 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.05 0.04 0.25 0.00 0.17 0.32 0.11
OP1 0.11 0.01 0.05 0.21 0.01 0.21 0.09 0.22 0.11 0.09 0.06 0.04 0.04 0.15 0.01 0.27 0.30 0.16 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 0.39 0.58 0.31 0.41 0.33 0.38 0.28 0.35 0.44 0.37 0.39 0.40 0.37 0.44 0.49 0.22 0.36 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.15 0.02 0.08 0.03 0.09 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.00 0.06 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00