ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48958

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.005, 0.044, 0.084, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.017, 0.060, 0.102, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.060 std_dev=0.042
C2 B 0, 0.033, 0.164, 0.296, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.164 std_dev=0.131
N2 B 0, 0.041, 0.174, 0.307, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.174 std_dev=0.133
N1 B 0, 0.036, 0.182, 0.327, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.182 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.073, 0.258, 0.442, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.258 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.077, 0.265, 0.453, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.265 std_dev=0.188
O6 B 0, 0.081, 0.315, 0.549, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.315 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.086, 0.321, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.321 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.092, 0.335, 0.578, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.335 std_dev=0.243
O4' A 0, 0.093, 0.359, 0.626, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.359 std_dev=0.266
C2' A 0, 0.097, 0.412, 0.726, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.412 std_dev=0.314
N9 B 0, 0.086, 0.405, 0.725, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.405 std_dev=0.320
N7 B 0, 0.113, 0.453, 0.793, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.453 std_dev=0.340
C1' B 0, 0.031, 0.391, 0.751, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.391 std_dev=0.360
C8 B 0, 0.116, 0.492, 0.867, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.492 std_dev=0.376
C4' A 0, 0.130, 0.518, 0.905, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.518 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.072, 0.473, 0.874, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.473 std_dev=0.401
C2' B 0, 0.075, 0.509, 0.943, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.509 std_dev=0.434
O2' A 0, 0.109, 0.566, 1.022, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.566 std_dev=0.456
C3' A 0, 0.146, 0.618, 1.089, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.618 std_dev=0.472
O2' B 0, 0.068, 0.546, 1.023, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.546 std_dev=0.477
P A 0, 0.206, 0.750, 1.293, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.750 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.111, 0.691, 1.272, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.691 std_dev=0.580
C4' B 0, 0.031, 0.618, 1.206, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.618 std_dev=0.588
OP2 A 0, 0.159, 0.750, 1.341, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.750 std_dev=0.591
O5' A 0, 0.255, 0.871, 1.487, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.871 std_dev=0.616
OP1 A 0, 0.115, 0.744, 1.372, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.744 std_dev=0.629
O3' A 0, 0.182, 0.839, 1.496, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.839 std_dev=0.657
C5' B 0, 0.114, 0.791, 1.468, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.791 std_dev=0.677
O5' B 0, 0.113, 0.796, 1.480, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.796 std_dev=0.684
C5' A 0, 0.246, 0.955, 1.665, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.955 std_dev=0.710
O3' B 0, 0.129, 0.930, 1.732, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.930 std_dev=0.802
P B 0, -0.063, 0.811, 1.686, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.811 std_dev=0.874
OP2 B 0, -0.115, 0.884, 1.883, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.884 std_dev=0.999
OP1 B 0, -0.213, 0.921, 2.055, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.921 std_dev=1.134

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.16 0.12 0.39 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.00 0.32 0.10 0.35 0.01
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.26 0.30 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.02 0.14 0.05 0.04 0.13 0.02 0.01 0.08 0.00 0.27 0.34 0.28 0.16
C4 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.36 0.10 0.35 0.10
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.02 0.17 0.36 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.14 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.17 0.01 0.03 0.32 0.16 0.41 0.14
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.15 0.00 0.20 0.00 0.18 0.08 0.09 0.06 0.02 0.04 0.16 0.01 0.01 0.19 0.34 0.02
C6 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.04 0.28 0.10 0.44 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.27 0.06 0.39 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.01 0.36 0.05 0.34 0.04
O2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.03 0.33 0.19 0.31 0.06
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.16 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.20 0.34 0.02
O3' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.02 0.17 0.04 0.15 0.05 0.05 0.15 0.02 0.00 0.11 0.01 0.20 0.41 0.30 0.20
O4 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.00 0.02 0.39 0.12 0.31 0.12
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.11 0.44 0.17
O5' 0.16 0.32 0.22 0.27 0.36 0.02 0.32 0.01 0.28 0.27 0.36 0.33 0.04 0.20 0.39 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.10 0.26 0.34 0.10 0.17 0.16 0.19 0.10 0.06 0.05 0.19 0.20 0.41 0.12 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.35 0.30 0.28 0.35 0.36 0.41 0.34 0.44 0.39 0.34 0.31 0.34 0.30 0.31 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.01 0.07 0.16 0.10 0.04 0.14 0.02 0.11 0.04 0.04 0.06 0.02 0.20 0.12 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.07 0.13 0.15 0.10 0.13 0.19 0.20 0.22 0.18 0.15 0.06 0.09 0.25 0.12 0.20 0.14 0.14 0.20 0.30 0.07 0.20 0.05
C2 0.09 0.05 0.09 0.12 0.09 0.11 0.17 0.22 0.19 0.16 0.12 0.04 0.07 0.22 0.10 0.13 0.11 0.09 0.20 0.23 0.12 0.18 0.03
C2' 0.14 0.07 0.11 0.14 0.10 0.11 0.19 0.20 0.21 0.21 0.14 0.04 0.07 0.26 0.11 0.18 0.13 0.13 0.24 0.26 0.14 0.11 0.10
C3' 0.15 0.02 0.05 0.04 0.02 0.10 0.13 0.02 0.16 0.10 0.10 0.00 0.02 0.19 0.02 0.15 0.05 0.21 0.08 0.22 0.02 0.15 0.04
C4 0.11 0.07 0.13 0.13 0.09 0.08 0.07 0.13 0.12 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.11 0.13 0.13 0.06 0.15 0.15 0.13 0.40 0.19
C4' 0.14 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.12 0.03 0.17 0.07 0.11 0.01 0.03 0.17 0.03 0.14 0.05 0.17 0.04 0.24 0.12 0.29 0.11
C5 0.17 0.08 0.17 0.17 0.11 0.14 0.09 0.15 0.14 0.15 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.18 0.18 0.14 0.21 0.20 0.24 0.52 0.29
C5' 0.18 0.04 0.10 0.09 0.06 0.14 0.09 0.08 0.13 0.07 0.07 0.04 0.07 0.13 0.09 0.16 0.09 0.23 0.10 0.20 0.27 0.42 0.22
C6 0.18 0.08 0.17 0.17 0.10 0.15 0.12 0.16 0.19 0.13 0.14 0.07 0.10 0.13 0.14 0.20 0.17 0.16 0.20 0.26 0.21 0.47 0.26
N1 0.15 0.07 0.13 0.13 0.09 0.11 0.17 0.16 0.21 0.14 0.15 0.05 0.08 0.21 0.11 0.18 0.12 0.11 0.17 0.27 0.07 0.29 0.11
N3 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.10 0.13 0.17 0.15 0.09 0.11 0.05 0.08 0.14 0.08 0.11 0.10 0.08 0.15 0.18 0.07 0.26 0.06
O2 0.06 0.02 0.05 0.16 0.09 0.20 0.19 0.34 0.18 0.24 0.10 0.05 0.04 0.27 0.12 0.11 0.15 0.19 0.31 0.22 0.30 0.06 0.17
O2' 0.16 0.11 0.17 0.22 0.15 0.21 0.22 0.31 0.23 0.25 0.18 0.08 0.11 0.28 0.16 0.21 0.21 0.17 0.30 0.28 0.23 0.08 0.15
O3' 0.20 0.03 0.10 0.03 0.04 0.17 0.07 0.08 0.09 0.05 0.05 0.05 0.07 0.12 0.07 0.18 0.03 0.26 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01
O4 0.09 0.07 0.13 0.13 0.09 0.08 0.07 0.12 0.04 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.14 0.05 0.16 0.05 0.15 0.42 0.21
O4' 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.18 0.11 0.24 0.13 0.17 0.04 0.05 0.24 0.05 0.15 0.08 0.13 0.10 0.33 0.06 0.28 0.07
O5' 0.35 0.60 0.46 0.49 0.58 0.29 0.71 0.29 0.77 0.60 0.70 0.57 0.54 0.75 0.50 0.35 0.48 0.23 0.34 0.85 0.12 0.09 0.12
OP1 0.19 0.23 0.35 0.43 0.26 0.27 0.31 0.32 0.32 0.31 0.27 0.20 0.22 0.36 0.25 0.28 0.47 0.14 0.34 0.37 0.22 0.19 0.27
OP2 0.32 0.12 0.23 0.24 0.18 0.32 0.15 0.31 0.19 0.21 0.13 0.12 0.18 0.18 0.24 0.27 0.27 0.39 0.32 0.32 0.50 0.57 0.44
P 0.13 0.24 0.24 0.30 0.24 0.15 0.34 0.19 0.39 0.28 0.32 0.22 0.21 0.38 0.21 0.16 0.33 0.09 0.23 0.48 0.22 0.25 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.12 0.07
C2 0.06 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.08 0.12 0.01 0.11 0.20 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.18 0.11 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.11 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.12 0.13 0.24 0.21 0.15
C4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.11 0.03 0.10 0.18 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.08 0.13 0.01 0.01
C5 0.04 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.05 0.13 0.01 0.12 0.21 0.11
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.02
C6 0.05 0.00 0.08 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.14 0.06 0.14 0.01 0.13 0.22 0.12
C8 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.12 0.17 0.10
N1 0.06 0.01 0.08 0.10 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.13 0.08 0.13 0.01 0.12 0.21 0.11
N2 0.06 0.00 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.09 0.12 0.01 0.11 0.19 0.09
N3 0.05 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.11 0.02 0.11 0.18 0.09
N7 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.13 0.01 0.13 0.21 0.12
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.10 0.03 0.09 0.15 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.20 0.09 0.05
O3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.03 0.12 0.03 0.14 0.09 0.13 0.09 0.07 0.12 0.05 0.05 0.00 0.03 0.12 0.17 0.32 0.31 0.21
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.08 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.20 0.13
O5' 0.03 0.12 0.09 0.12 0.11 0.03 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.07 0.12 0.04 0.00 0.14 0.02 0.03 0.01
O6 0.05 0.01 0.09 0.13 0.03 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.17 0.05 0.14 0.00 0.15 0.24 0.13
OP1 0.06 0.11 0.18 0.24 0.10 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.09 0.20 0.32 0.01 0.02 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.20 0.11 0.21 0.18 0.01 0.21 0.03 0.22 0.17 0.21 0.19 0.18 0.21 0.15 0.09 0.31 0.20 0.03 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.08 0.15 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.05 0.21 0.13 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00