ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48961

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 17, 28, 33, 26, 13, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.007, 0.060, 0.113, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.060 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.074, 0.172, 0.270, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.172 std_dev=0.098
O4' A 0, 0.052, 0.152, 0.253, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.152 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.107, 0.236, 0.365, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.236 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.128, 0.276, 0.423, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.276 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.133, 0.286, 0.439, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.286 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.329, 0.489, 0.650, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.489 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.271, 0.447, 0.623, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.447 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.371, 0.549, 0.727, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.549 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.336, 0.527, 0.717, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.527 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.285, 0.494, 0.704, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.494 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.346, 0.557, 0.769, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.557 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.357, 0.571, 0.784, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.571 std_dev=0.213
O4' B 0, 0.250, 0.481, 0.711, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.481 std_dev=0.230
O3' A 0, 0.185, 0.417, 0.649, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.417 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.317, 0.574, 0.831, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.574 std_dev=0.257
C5' A 0, 0.277, 0.537, 0.798, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.537 std_dev=0.261
O2 B 0, 0.372, 0.635, 0.898, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.635 std_dev=0.263
C4' B 0, 0.278, 0.548, 0.817, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.548 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.310, 0.583, 0.856, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.583 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.243, 0.534, 0.825, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.534 std_dev=0.291
N4 B 0, 0.373, 0.665, 0.957, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.665 std_dev=0.292
P B 0, 0.218, 0.518, 0.817, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.518 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.370, 0.688, 1.005, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.688 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.253, 0.585, 0.917, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.585 std_dev=0.332
O3' B 0, 0.363, 0.709, 1.056, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.709 std_dev=0.347
OP2 B 0, 0.209, 0.563, 0.917, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.563 std_dev=0.354
OP1 B 0, 0.277, 0.684, 1.090, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.684 std_dev=0.407
O5' A 0, 1.346, 1.828, 2.311, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.828 std_dev=0.482
P A 0, 1.732, 2.368, 3.004, 4.193 max_d=4.193 avg_d=2.368 std_dev=0.636
OP2 A 0, 1.326, 2.102, 2.878, 5.218 max_d=5.218 avg_d=2.102 std_dev=0.776
OP1 A 0, 2.775, 3.687, 4.599, 5.386 max_d=5.386 avg_d=3.687 std_dev=0.912

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.24 0.35 0.19
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.03 0.32 0.36 0.46 0.30
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.26 0.23 0.14
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.09 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.24 0.31 0.21 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.03 0.46 0.54 0.65 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.00 0.02 0.21 0.28 0.10
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.04 0.48 0.54 0.66 0.46
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.14 0.09 0.06 0.05 0.18 0.02 0.01 0.24 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.04 0.42 0.42 0.54 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.31 0.32 0.44 0.28
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.03 0.40 0.46 0.56 0.37
O2 0.05 0.01 0.13 0.13 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.15 0.02 0.05 0.26 0.32 0.41 0.25
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.13 0.00 0.05 0.07 0.05 0.07 0.29 0.25 0.13
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.05 0.13 0.06 0.11 0.15 0.05 0.00 0.16 0.02 0.21 0.42 0.29 0.22
O4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.04 0.48 0.60 0.72 0.49
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.13 0.24 0.41 0.23
O5' 0.16 0.32 0.18 0.24 0.46 0.02 0.48 0.01 0.42 0.31 0.40 0.26 0.07 0.21 0.48 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 0.36 0.26 0.31 0.54 0.21 0.54 0.24 0.42 0.32 0.46 0.32 0.29 0.42 0.60 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.46 0.23 0.21 0.65 0.28 0.66 0.28 0.54 0.44 0.56 0.41 0.25 0.29 0.72 0.41 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.30 0.14 0.17 0.45 0.10 0.46 0.02 0.37 0.28 0.37 0.25 0.13 0.22 0.49 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.29 0.17 0.15 0.29 0.17 0.23 0.23 0.18 0.19 0.33 0.34 0.35 0.22 0.16 0.18 0.18 0.06 0.10 0.05
C2 0.19 0.27 0.18 0.16 0.22 0.21 0.19 0.24 0.19 0.14 0.31 0.28 0.35 0.23 0.17 0.21 0.23 0.14 0.22 0.14
C2' 0.20 0.28 0.15 0.15 0.29 0.16 0.26 0.25 0.21 0.21 0.30 0.32 0.31 0.20 0.15 0.17 0.20 0.10 0.10 0.09
C3' 0.22 0.28 0.17 0.13 0.34 0.12 0.32 0.13 0.26 0.24 0.32 0.37 0.29 0.21 0.13 0.20 0.08 0.03 0.07 0.02
C4 0.22 0.25 0.20 0.20 0.16 0.22 0.22 0.24 0.24 0.19 0.28 0.25 0.32 0.24 0.19 0.24 0.28 0.21 0.34 0.23
C4' 0.21 0.29 0.16 0.13 0.36 0.13 0.33 0.15 0.25 0.23 0.34 0.42 0.31 0.20 0.13 0.19 0.10 0.10 0.16 0.08
C5 0.21 0.27 0.18 0.19 0.25 0.20 0.19 0.24 0.21 0.19 0.33 0.34 0.32 0.21 0.19 0.22 0.27 0.23 0.34 0.24
C5' 0.26 0.36 0.23 0.20 0.46 0.19 0.43 0.16 0.34 0.31 0.43 0.54 0.36 0.24 0.20 0.24 0.19 0.20 0.27 0.17
C6 0.19 0.28 0.17 0.17 0.29 0.19 0.20 0.22 0.18 0.18 0.34 0.37 0.33 0.20 0.17 0.20 0.24 0.18 0.28 0.19
N1 0.18 0.28 0.16 0.14 0.27 0.17 0.19 0.21 0.17 0.17 0.33 0.33 0.34 0.21 0.14 0.18 0.21 0.10 0.19 0.12
N3 0.22 0.24 0.20 0.19 0.17 0.23 0.22 0.25 0.24 0.16 0.27 0.26 0.33 0.25 0.19 0.24 0.26 0.18 0.29 0.19
O2 0.21 0.29 0.22 0.20 0.24 0.25 0.21 0.29 0.22 0.17 0.32 0.28 0.38 0.27 0.22 0.24 0.25 0.18 0.21 0.16
O2' 0.26 0.30 0.23 0.24 0.28 0.27 0.26 0.37 0.24 0.25 0.30 0.30 0.35 0.28 0.26 0.25 0.26 0.17 0.08 0.13
O3' 0.22 0.25 0.17 0.16 0.31 0.15 0.32 0.15 0.26 0.23 0.28 0.35 0.25 0.22 0.16 0.23 0.02 0.02 0.02 0.01
O4 0.26 0.25 0.24 0.24 0.16 0.25 0.29 0.27 0.29 0.23 0.25 0.21 0.33 0.28 0.24 0.26 0.30 0.26 0.38 0.26
O4' 0.20 0.30 0.15 0.12 0.34 0.14 0.28 0.18 0.20 0.20 0.35 0.40 0.34 0.21 0.12 0.17 0.11 0.07 0.13 0.04
O5' 0.38 0.50 0.39 0.37 0.60 0.30 0.55 0.26 0.47 0.45 0.57 0.66 0.49 0.35 0.36 0.34 0.32 0.31 0.41 0.30
OP1 0.48 0.62 0.52 0.53 0.76 0.45 0.70 0.45 0.57 0.55 0.71 0.88 0.59 0.49 0.56 0.44 0.52 0.60 0.66 0.55
OP2 0.40 0.59 0.44 0.43 0.74 0.33 0.63 0.33 0.50 0.49 0.70 0.87 0.58 0.39 0.45 0.34 0.36 0.50 0.51 0.40
P 0.35 0.50 0.38 0.37 0.63 0.29 0.56 0.27 0.44 0.42 0.59 0.73 0.48 0.33 0.38 0.31 0.32 0.37 0.46 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.13 0.20 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.19 0.19 0.31 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.07 0.15 0.00 0.02 0.01 0.12 0.16 0.16 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.12 0.13 0.15 0.02 0.01 0.01 0.17 0.19 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.04 0.27 0.29 0.43 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.15 0.14 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.04 0.28 0.30 0.42 0.32
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.18 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.14 0.05 0.24 0.22 0.33 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.17 0.16 0.27 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.23 0.24 0.38 0.26
N4 0.03 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.16 0.04 0.29 0.34 0.49 0.35
O2 0.05 0.01 0.15 0.15 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.18 0.07 0.16 0.17 0.28 0.17
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.13 0.00 0.06 0.05 0.06 0.21 0.14 0.10
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.04 0.14 0.06 0.13 0.16 0.18 0.06 0.00 0.02 0.17 0.26 0.17 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.07 0.16 0.22 0.14
O5' 0.08 0.19 0.12 0.17 0.27 0.02 0.28 0.01 0.24 0.17 0.23 0.29 0.16 0.06 0.17 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.19 0.16 0.19 0.29 0.15 0.30 0.10 0.22 0.16 0.24 0.34 0.17 0.21 0.26 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.31 0.16 0.16 0.43 0.14 0.42 0.15 0.33 0.27 0.38 0.49 0.28 0.14 0.17 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.09 0.12 0.31 0.07 0.32 0.02 0.24 0.17 0.26 0.35 0.17 0.10 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00