ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48963

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 4, 14, 4, 10, 6, 6, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.012, 0.051, 0.090, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.051 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.068, 0.210, 0.352, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.210 std_dev=0.142
C2' A 0, 0.074, 0.218, 0.363, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.218 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.086, 0.262, 0.437, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.262 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.225, 0.413, 0.600, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.413 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.229, 0.425, 0.622, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.425 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.294, 0.499, 0.703, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.499 std_dev=0.204
C4' A 0, 0.127, 0.335, 0.542, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.335 std_dev=0.207
N4 B 0, 0.253, 0.476, 0.699, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.476 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.135, 0.360, 0.586, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.360 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.280, 0.509, 0.738, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.509 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.320, 0.579, 0.839, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.579 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.310, 0.578, 0.847, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.578 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.319, 0.592, 0.865, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.592 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.221, 0.534, 0.848, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.534 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.282, 0.615, 0.948, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.615 std_dev=0.333
P B 0, 0.239, 0.582, 0.925, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.582 std_dev=0.343
O2 B 0, 0.361, 0.705, 1.048, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.705 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.385, 0.745, 1.106, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.745 std_dev=0.360
C5' B 0, 0.286, 0.646, 1.007, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.646 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.221, 0.586, 0.951, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.586 std_dev=0.365
C4' B 0, 0.282, 0.672, 1.062, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.672 std_dev=0.390
C5' A 0, 0.179, 0.573, 0.968, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.573 std_dev=0.394
OP1 B 0, 0.266, 0.708, 1.150, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.708 std_dev=0.442
O5' A 0, 0.118, 0.584, 1.050, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.584 std_dev=0.466
C3' B 0, 0.411, 0.909, 1.407, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.909 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.466, 0.977, 1.487, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.977 std_dev=0.510
O2' B 0, 0.617, 1.231, 1.845, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.231 std_dev=0.614
O3' B 0, 0.605, 1.282, 1.960, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.282 std_dev=0.678
P A 0, 0.172, 0.891, 1.611, 3.528 max_d=3.528 avg_d=0.891 std_dev=0.719
OP1 A 0, 0.244, 1.057, 1.869, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.057 std_dev=0.813
OP2 A 0, 0.077, 0.949, 1.822, 4.600 max_d=4.600 avg_d=0.949 std_dev=0.873

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.21 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.03 0.26 0.23 0.30 0.25
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.17 0.23 0.22 0.14
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.06 0.09 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.22 0.29 0.24 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.04 0.36 0.35 0.43 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.10 0.00 0.02 0.12 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.05 0.37 0.36 0.42 0.39
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.12 0.17 0.09 0.05 0.04 0.23 0.02 0.01 0.11 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.05 0.32 0.27 0.32 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.24 0.20 0.26 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.01 0.03 0.32 0.29 0.37 0.33
O2 0.04 0.01 0.11 0.11 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.13 0.02 0.05 0.23 0.20 0.29 0.22
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.09 0.14 0.00 0.05 0.08 0.04 0.08 0.22 0.24 0.11
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.04 0.13 0.05 0.10 0.13 0.05 0.00 0.14 0.02 0.20 0.38 0.36 0.28
O4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.00 0.04 0.39 0.40 0.48 0.43
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.10 0.10 0.27 0.15
O5' 0.12 0.26 0.17 0.22 0.36 0.02 0.37 0.01 0.32 0.24 0.32 0.23 0.08 0.20 0.39 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.23 0.23 0.29 0.35 0.12 0.36 0.11 0.27 0.20 0.29 0.20 0.22 0.38 0.40 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.30 0.22 0.24 0.43 0.21 0.42 0.23 0.32 0.26 0.37 0.29 0.24 0.36 0.48 0.27 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.14 0.20 0.39 0.04 0.39 0.02 0.30 0.22 0.33 0.22 0.11 0.28 0.43 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.19 0.17 0.18 0.20 0.16 0.28 0.17 0.19 0.22 0.21 0.27 0.24 0.18 0.21 0.25 0.05 0.11 0.07
C2 0.23 0.23 0.21 0.18 0.16 0.21 0.13 0.27 0.18 0.19 0.23 0.21 0.28 0.25 0.18 0.23 0.28 0.11 0.20 0.13
C2' 0.23 0.22 0.18 0.15 0.18 0.17 0.17 0.28 0.17 0.19 0.21 0.20 0.26 0.22 0.16 0.20 0.28 0.11 0.13 0.13
C3' 0.28 0.28 0.22 0.14 0.24 0.15 0.24 0.16 0.25 0.27 0.26 0.24 0.29 0.23 0.14 0.26 0.09 0.03 0.07 0.01
C4 0.19 0.19 0.16 0.16 0.15 0.17 0.13 0.23 0.16 0.17 0.21 0.21 0.23 0.20 0.15 0.19 0.28 0.20 0.30 0.20
C4' 0.24 0.26 0.19 0.13 0.26 0.14 0.26 0.18 0.25 0.24 0.27 0.28 0.28 0.21 0.14 0.22 0.07 0.14 0.19 0.09
C5 0.18 0.20 0.16 0.16 0.18 0.17 0.15 0.23 0.16 0.17 0.22 0.23 0.23 0.19 0.16 0.19 0.27 0.22 0.31 0.22
C5' 0.31 0.37 0.27 0.20 0.42 0.18 0.42 0.15 0.37 0.35 0.40 0.44 0.36 0.25 0.19 0.28 0.12 0.26 0.36 0.21
C6 0.20 0.22 0.17 0.16 0.20 0.18 0.16 0.24 0.17 0.18 0.23 0.24 0.25 0.19 0.17 0.20 0.25 0.18 0.25 0.18
N1 0.22 0.23 0.18 0.15 0.18 0.19 0.15 0.25 0.17 0.19 0.23 0.22 0.27 0.22 0.15 0.20 0.25 0.08 0.17 0.10
N3 0.22 0.21 0.20 0.18 0.16 0.20 0.14 0.25 0.18 0.18 0.23 0.22 0.26 0.24 0.17 0.22 0.28 0.15 0.25 0.16
O2 0.28 0.25 0.27 0.24 0.17 0.27 0.15 0.31 0.21 0.21 0.25 0.21 0.32 0.32 0.25 0.28 0.31 0.17 0.20 0.16
O2' 0.25 0.23 0.23 0.24 0.20 0.26 0.20 0.38 0.21 0.21 0.22 0.21 0.27 0.29 0.26 0.23 0.34 0.18 0.15 0.17
O3' 0.28 0.26 0.22 0.16 0.23 0.18 0.23 0.16 0.24 0.26 0.24 0.22 0.27 0.22 0.18 0.30 0.02 0.03 0.03 0.01
O4 0.19 0.19 0.17 0.18 0.15 0.17 0.16 0.22 0.18 0.17 0.19 0.21 0.22 0.21 0.16 0.19 0.29 0.24 0.33 0.23
O4' 0.23 0.23 0.18 0.13 0.22 0.17 0.21 0.23 0.20 0.20 0.23 0.25 0.27 0.23 0.14 0.21 0.15 0.09 0.13 0.03
O5' 0.32 0.39 0.35 0.33 0.47 0.25 0.47 0.26 0.41 0.37 0.43 0.51 0.37 0.29 0.35 0.27 0.31 0.23 0.39 0.26
OP1 0.41 0.47 0.47 0.50 0.55 0.40 0.54 0.43 0.48 0.45 0.51 0.60 0.45 0.42 0.55 0.37 0.45 0.48 0.57 0.45
OP2 0.56 0.64 0.62 0.60 0.70 0.50 0.69 0.49 0.62 0.61 0.68 0.74 0.63 0.58 0.63 0.50 0.53 0.56 0.60 0.51
P 0.40 0.49 0.44 0.43 0.58 0.34 0.57 0.35 0.50 0.46 0.54 0.64 0.47 0.39 0.47 0.34 0.39 0.40 0.50 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.04 0.15 0.12 0.25 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.05 0.10 0.02 0.08 0.06 0.18 0.00 0.02 0.01 0.14 0.18 0.21 0.13
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.15 0.10 0.16 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.15 0.21 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.03 0.24 0.21 0.29 0.21
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.12 0.03 0.01 0.01 0.09 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.18 0.03 0.27 0.22 0.28 0.22
C5' 0.02 0.08 0.05 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.11 0.15 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.09 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.13 0.16 0.04 0.22 0.17 0.25 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.14 0.11 0.24 0.14
N3 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.15 0.04 0.20 0.17 0.27 0.18
N4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.18 0.04 0.26 0.25 0.31 0.23
O2 0.03 0.01 0.18 0.17 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.19 0.06 0.11 0.10 0.25 0.13
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.14 0.12 0.15 0.08 0.13 0.07 0.12 0.15 0.14 0.00 0.05 0.09 0.07 0.16 0.22 0.10
O3' 0.07 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.08 0.16 0.08 0.15 0.18 0.19 0.05 0.00 0.05 0.17 0.33 0.19 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.05 0.00 0.08 0.10 0.28 0.17
O5' 0.06 0.15 0.14 0.15 0.24 0.01 0.27 0.01 0.22 0.14 0.20 0.26 0.11 0.07 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.12 0.18 0.21 0.21 0.09 0.22 0.09 0.17 0.11 0.17 0.25 0.10 0.16 0.33 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.25 0.21 0.12 0.29 0.18 0.28 0.15 0.25 0.24 0.27 0.31 0.25 0.22 0.19 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.13 0.09 0.21 0.05 0.22 0.02 0.17 0.14 0.18 0.23 0.13 0.10 0.19 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00