ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48964

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 7, 15, 7, 1, 2, 1, 2, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.008, 0.052, 0.097, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.052 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.079, 0.208, 0.336, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.208 std_dev=0.129
O4' A 0, 0.040, 0.188, 0.337, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.188 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.110, 0.268, 0.426, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.268 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.327, 0.504, 0.681, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.504 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.479, 0.663, 0.847, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.663 std_dev=0.184
C3' A 0, 0.148, 0.355, 0.562, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.355 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.361, 0.569, 0.776, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.569 std_dev=0.208
C4' A 0, 0.113, 0.322, 0.530, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.322 std_dev=0.209
N4 B 0, 0.379, 0.668, 0.957, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.668 std_dev=0.289
N3 B 0, 0.231, 0.525, 0.819, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.525 std_dev=0.294
O3' A 0, 0.217, 0.515, 0.812, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.515 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.130, 0.474, 0.818, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.474 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.260, 0.621, 0.982, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.621 std_dev=0.361
C5' A 0, 0.163, 0.529, 0.896, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.529 std_dev=0.366
P B 0, 0.295, 0.686, 1.077, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.686 std_dev=0.391
OP2 B 0, 0.356, 0.781, 1.207, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.781 std_dev=0.425
O5' A 0, 0.302, 0.742, 1.181, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.742 std_dev=0.440
O5' B 0, 0.289, 0.744, 1.199, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.744 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.268, 0.730, 1.191, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.730 std_dev=0.462
C1' B 0, 0.202, 0.676, 1.149, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.676 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.390, 0.887, 1.383, 2.313 max_d=2.313 avg_d=0.887 std_dev=0.497
O2 B 0, 0.482, 0.993, 1.504, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.993 std_dev=0.511
C4' B 0, 0.316, 0.831, 1.347, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.831 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.265, 0.802, 1.339, 2.341 max_d=2.341 avg_d=0.802 std_dev=0.537
OP1 B 0, 0.374, 0.914, 1.453, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.914 std_dev=0.540
C2' B 0, 0.197, 0.758, 1.320, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.758 std_dev=0.562
P A 0, 0.474, 1.049, 1.623, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.049 std_dev=0.575
O3' B 0, 0.340, 0.971, 1.601, 3.127 max_d=3.127 avg_d=0.971 std_dev=0.631
OP2 A 0, 0.594, 1.282, 1.970, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.282 std_dev=0.688
O2' B 0, 0.231, 0.935, 1.639, 3.098 max_d=3.098 avg_d=0.935 std_dev=0.704
OP1 A 0, 0.515, 1.316, 2.116, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.316 std_dev=0.800

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.15 0.36 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.03 0.23 0.33 0.41 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01 0.16 0.22 0.23 0.12
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.03 0.13 0.06 0.10 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.21 0.29 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.03 0.32 0.49 0.49 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.14 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.33 0.48 0.49 0.31
C5' 0.03 0.09 0.02 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.08 0.06 0.04 0.16 0.02 0.01 0.19 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.05 0.30 0.37 0.44 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.22 0.29 0.40 0.20
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01 0.03 0.28 0.43 0.46 0.27
O2 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.18 0.02 0.05 0.20 0.29 0.40 0.20
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.06 0.06 0.05 0.07 0.21 0.25 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.04 0.15 0.05 0.11 0.18 0.06 0.00 0.13 0.02 0.18 0.39 0.25 0.21
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.04 0.33 0.54 0.52 0.33
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.10 0.10 0.42 0.17
O5' 0.12 0.23 0.16 0.21 0.32 0.02 0.33 0.01 0.30 0.22 0.28 0.20 0.07 0.18 0.33 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.33 0.22 0.29 0.49 0.14 0.48 0.19 0.37 0.29 0.43 0.29 0.21 0.39 0.54 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.41 0.23 0.19 0.49 0.28 0.49 0.28 0.44 0.40 0.46 0.40 0.25 0.25 0.52 0.42 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.22 0.12 0.17 0.31 0.05 0.31 0.02 0.25 0.20 0.27 0.20 0.07 0.21 0.33 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.22 0.14 0.17 0.19 0.21 0.19 0.33 0.16 0.16 0.22 0.22 0.28 0.18 0.19 0.16 0.32 0.05 0.09 0.08
C2 0.29 0.27 0.28 0.25 0.16 0.27 0.22 0.31 0.24 0.24 0.22 0.22 0.36 0.32 0.25 0.28 0.35 0.12 0.17 0.13
C2' 0.21 0.26 0.15 0.15 0.20 0.17 0.19 0.33 0.18 0.21 0.24 0.21 0.31 0.19 0.17 0.15 0.35 0.11 0.12 0.14
C3' 0.34 0.36 0.26 0.19 0.31 0.16 0.31 0.17 0.33 0.35 0.35 0.29 0.39 0.28 0.17 0.29 0.13 0.06 0.08 0.02
C4 0.27 0.33 0.26 0.22 0.19 0.22 0.22 0.27 0.22 0.25 0.31 0.19 0.41 0.30 0.22 0.24 0.35 0.19 0.27 0.19
C4' 0.28 0.32 0.22 0.18 0.32 0.15 0.32 0.21 0.30 0.30 0.33 0.33 0.34 0.24 0.17 0.23 0.08 0.20 0.20 0.11
C5 0.21 0.30 0.19 0.19 0.22 0.19 0.17 0.28 0.17 0.21 0.32 0.25 0.37 0.22 0.20 0.18 0.35 0.23 0.29 0.22
C5' 0.35 0.42 0.30 0.25 0.46 0.21 0.45 0.18 0.42 0.39 0.44 0.47 0.41 0.30 0.22 0.30 0.12 0.37 0.36 0.24
C6 0.18 0.27 0.16 0.18 0.22 0.19 0.17 0.30 0.15 0.19 0.29 0.25 0.33 0.18 0.20 0.16 0.35 0.20 0.24 0.20
N1 0.20 0.25 0.18 0.18 0.18 0.21 0.18 0.30 0.17 0.19 0.24 0.22 0.32 0.21 0.19 0.19 0.34 0.09 0.15 0.12
N3 0.32 0.32 0.31 0.26 0.16 0.27 0.25 0.29 0.26 0.28 0.26 0.22 0.42 0.36 0.26 0.29 0.36 0.15 0.23 0.16
O2 0.35 0.25 0.34 0.31 0.18 0.35 0.23 0.36 0.27 0.26 0.19 0.25 0.35 0.40 0.32 0.35 0.37 0.18 0.17 0.16
O2' 0.20 0.24 0.18 0.23 0.21 0.26 0.21 0.45 0.20 0.19 0.24 0.22 0.29 0.20 0.26 0.16 0.40 0.18 0.14 0.18
O3' 0.39 0.37 0.31 0.25 0.30 0.25 0.29 0.19 0.33 0.37 0.34 0.27 0.40 0.33 0.21 0.40 0.03 0.02 0.03 0.01
O4 0.29 0.35 0.29 0.23 0.21 0.23 0.23 0.26 0.23 0.27 0.33 0.20 0.45 0.33 0.24 0.24 0.34 0.22 0.31 0.21
O4' 0.20 0.26 0.16 0.14 0.26 0.15 0.25 0.26 0.22 0.21 0.27 0.28 0.30 0.19 0.16 0.15 0.19 0.15 0.15 0.05
O5' 0.33 0.47 0.33 0.32 0.53 0.22 0.49 0.23 0.41 0.40 0.52 0.57 0.47 0.30 0.32 0.26 0.27 0.33 0.33 0.24
OP1 0.49 0.67 0.53 0.55 0.80 0.43 0.73 0.45 0.61 0.59 0.77 0.89 0.66 0.49 0.58 0.42 0.48 0.63 0.57 0.48
OP2 0.48 0.64 0.47 0.44 0.72 0.35 0.64 0.33 0.54 0.55 0.71 0.79 0.64 0.46 0.46 0.39 0.36 0.51 0.45 0.37
P 0.38 0.54 0.39 0.39 0.63 0.28 0.57 0.28 0.48 0.47 0.60 0.69 0.53 0.36 0.40 0.30 0.31 0.43 0.41 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.11 0.24 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.18 0.14 0.26 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.13 0.01 0.02 0.01 0.13 0.13 0.17 0.11
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.11 0.05 0.09 0.10 0.13 0.02 0.01 0.02 0.18 0.21 0.14 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.26 0.19 0.28 0.21
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.11 0.19 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.27 0.19 0.27 0.21
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.15 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.24 0.16 0.25 0.19
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.18 0.13 0.25 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.22 0.16 0.27 0.19
N4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04 0.27 0.21 0.29 0.22
O2 0.03 0.01 0.13 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.05 0.15 0.13 0.26 0.18
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.06 0.13 0.00 0.05 0.04 0.06 0.11 0.18 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.13 0.05 0.11 0.13 0.16 0.05 0.00 0.02 0.18 0.31 0.17 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.11 0.17 0.27 0.21
O5' 0.09 0.18 0.13 0.18 0.26 0.01 0.27 0.01 0.24 0.18 0.22 0.27 0.15 0.06 0.18 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.14 0.13 0.21 0.19 0.11 0.19 0.15 0.16 0.13 0.16 0.21 0.13 0.11 0.31 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.26 0.17 0.14 0.28 0.19 0.27 0.20 0.25 0.25 0.27 0.29 0.26 0.18 0.17 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.18 0.11 0.12 0.21 0.08 0.21 0.02 0.19 0.18 0.19 0.22 0.18 0.10 0.16 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00