ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48967

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.055 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.013, 0.077, 0.140, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.077 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.044, 0.163, 0.283, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.163 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.104, 0.242, 0.381, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.242 std_dev=0.139
O2' A 0, 0.203, 0.408, 0.614, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.408 std_dev=0.206
C4' A 0, 0.115, 0.328, 0.541, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.328 std_dev=0.213
C3' A 0, 0.113, 0.346, 0.579, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.346 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.298, 0.545, 0.793, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.545 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.373, 0.630, 0.888, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.630 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.367, 0.634, 0.900, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.634 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.274, 0.544, 0.815, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.544 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.395, 0.711, 1.026, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.711 std_dev=0.316
N4 B 0, 0.385, 0.708, 1.032, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.708 std_dev=0.324
O4' B 0, 0.334, 0.671, 1.008, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.671 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.389, 0.736, 1.083, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.736 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.427, 0.782, 1.137, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.782 std_dev=0.355
O3' A 0, 0.192, 0.550, 0.908, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.550 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.410, 0.782, 1.153, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.782 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.170, 0.569, 0.968, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.569 std_dev=0.399
O5' A 0, 0.254, 0.698, 1.141, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.698 std_dev=0.444
C4' B 0, 0.252, 0.710, 1.169, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.710 std_dev=0.458
C5' B 0, 0.230, 0.724, 1.218, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.724 std_dev=0.494
O2 B 0, 0.463, 0.979, 1.496, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.979 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.276, 0.798, 1.321, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.798 std_dev=0.522
P B 0, 0.199, 0.753, 1.307, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.753 std_dev=0.554
O5' B 0, 0.205, 0.761, 1.317, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.761 std_dev=0.556
OP1 B 0, 0.222, 0.889, 1.556, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.889 std_dev=0.667
P A 0, 0.153, 0.822, 1.491, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.822 std_dev=0.669
O2' B 0, 0.364, 1.060, 1.757, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.060 std_dev=0.697
OP2 B 0, 0.172, 0.932, 1.692, 3.021 max_d=3.021 avg_d=0.932 std_dev=0.760
OP1 A 0, 0.252, 1.188, 2.123, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.188 std_dev=0.935
O3' B 0, 0.156, 1.097, 2.039, 3.852 max_d=3.852 avg_d=1.097 std_dev=0.941
OP2 A 0, 0.151, 1.226, 2.300, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.226 std_dev=1.074

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.44 0.32 0.18
C2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.07 0.02 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.02 0.03 0.34 0.66 0.56 0.18
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.08 0.17 0.00 0.01 0.07 0.01 0.17 0.27 0.26 0.12
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.02 0.17 0.08 0.10 0.12 0.02 0.01 0.15 0.02 0.10 0.20 0.25 0.16
C4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.16 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.04 0.33 0.83 0.82 0.19
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.19 0.10 0.11 0.05 0.04 0.02 0.17 0.01 0.02 0.24 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.18 0.01 0.20 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.06 0.32 0.81 0.82 0.20
C5' 0.07 0.23 0.03 0.02 0.39 0.01 0.42 0.00 0.37 0.24 0.31 0.15 0.04 0.07 0.41 0.02 0.01 0.34 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.19 0.00 0.37 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.01 0.06 0.33 0.69 0.65 0.19
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.02 0.34 0.60 0.51 0.18
N3 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.11 0.02 0.05 0.35 0.76 0.71 0.19
O2 0.04 0.01 0.17 0.12 0.01 0.05 0.02 0.15 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.16 0.03 0.05 0.34 0.61 0.47 0.18
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.12 0.21 0.00 0.03 0.08 0.07 0.07 0.18 0.21 0.13
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.15 0.02 0.21 0.07 0.19 0.07 0.11 0.16 0.03 0.00 0.18 0.02 0.24 0.26 0.40 0.32
O4 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.17 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.18 0.00 0.04 0.32 0.87 0.89 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.32 0.44 0.26 0.25
O5' 0.30 0.34 0.17 0.10 0.33 0.02 0.32 0.01 0.33 0.34 0.35 0.34 0.07 0.24 0.32 0.32 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.44 0.66 0.27 0.20 0.83 0.24 0.81 0.34 0.69 0.60 0.76 0.61 0.18 0.26 0.87 0.44 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.32 0.56 0.26 0.25 0.82 0.23 0.82 0.35 0.65 0.51 0.71 0.47 0.21 0.40 0.89 0.26 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.18 0.18 0.12 0.16 0.19 0.05 0.20 0.02 0.19 0.18 0.19 0.18 0.13 0.32 0.19 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.22 0.19 0.28 0.21 0.25 0.17 0.28 0.17 0.16 0.25 0.29 0.29 0.32 0.21 0.27 0.24 0.12 0.12 0.07
C2 0.27 0.32 0.25 0.26 0.22 0.20 0.18 0.21 0.23 0.24 0.33 0.25 0.40 0.30 0.25 0.21 0.29 0.19 0.15 0.16
C2' 0.19 0.19 0.12 0.26 0.23 0.23 0.21 0.27 0.18 0.14 0.24 0.28 0.23 0.26 0.22 0.22 0.26 0.15 0.07 0.13
C3' 0.13 0.26 0.13 0.25 0.35 0.19 0.33 0.25 0.24 0.19 0.33 0.41 0.25 0.11 0.28 0.17 0.08 0.02 0.14 0.03
C4 0.23 0.30 0.24 0.32 0.22 0.22 0.22 0.25 0.25 0.23 0.33 0.26 0.37 0.20 0.27 0.20 0.26 0.21 0.33 0.22
C4' 0.14 0.26 0.11 0.25 0.37 0.20 0.33 0.25 0.21 0.17 0.35 0.46 0.27 0.13 0.27 0.19 0.08 0.08 0.23 0.06
C5 0.21 0.23 0.19 0.36 0.20 0.27 0.20 0.32 0.24 0.19 0.29 0.29 0.29 0.18 0.25 0.23 0.30 0.26 0.43 0.28
C5' 0.17 0.38 0.20 0.27 0.52 0.20 0.44 0.26 0.30 0.27 0.48 0.62 0.37 0.18 0.31 0.18 0.09 0.23 0.39 0.20
C6 0.22 0.21 0.18 0.36 0.20 0.29 0.15 0.34 0.21 0.17 0.26 0.31 0.26 0.19 0.26 0.26 0.27 0.21 0.38 0.24
N1 0.24 0.25 0.20 0.30 0.21 0.24 0.15 0.27 0.19 0.18 0.28 0.29 0.31 0.25 0.20 0.24 0.23 0.12 0.20 0.11
N3 0.27 0.35 0.27 0.29 0.23 0.21 0.21 0.22 0.25 0.26 0.37 0.26 0.43 0.25 0.31 0.20 0.27 0.18 0.22 0.17
O2 0.32 0.36 0.30 0.26 0.23 0.23 0.19 0.23 0.23 0.27 0.35 0.25 0.47 0.41 0.34 0.24 0.40 0.31 0.18 0.26
O2' 0.27 0.19 0.20 0.26 0.20 0.26 0.20 0.27 0.20 0.17 0.20 0.25 0.23 0.44 0.26 0.27 0.38 0.31 0.15 0.25
O3' 0.15 0.26 0.18 0.25 0.37 0.22 0.37 0.26 0.28 0.22 0.33 0.42 0.24 0.12 0.39 0.19 0.03 0.02 0.03 0.01
O4 0.24 0.31 0.26 0.33 0.22 0.22 0.26 0.25 0.26 0.24 0.33 0.26 0.39 0.23 0.32 0.19 0.29 0.25 0.38 0.26
O4' 0.20 0.22 0.12 0.26 0.30 0.23 0.25 0.26 0.17 0.14 0.29 0.40 0.27 0.24 0.21 0.23 0.16 0.08 0.23 0.02
O5' 0.24 0.44 0.30 0.32 0.60 0.21 0.53 0.25 0.39 0.35 0.55 0.70 0.42 0.28 0.37 0.19 0.21 0.28 0.43 0.25
OP1 0.55 0.91 0.66 0.30 1.14 0.23 0.96 0.28 0.73 0.73 1.09 1.32 0.89 0.77 0.37 0.32 0.31 0.60 0.58 0.44
OP2 0.44 0.58 0.40 0.58 0.66 0.45 0.56 0.42 0.48 0.50 0.65 0.74 0.59 0.40 0.64 0.45 0.44 0.42 0.56 0.40
P 0.33 0.51 0.52 0.25 0.67 0.17 0.61 0.19 0.47 0.44 0.61 0.77 0.49 0.60 0.29 0.18 0.22 0.29 0.32 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.21 0.01 0.09 0.13 0.40 0.19
C2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.18 0.06 0.16 0.20 0.37 0.25
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.17 0.12 0.03 0.09 0.06 0.19 0.01 0.02 0.02 0.10 0.24 0.62 0.31
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.30 0.01 0.33 0.02 0.29 0.18 0.23 0.33 0.13 0.04 0.01 0.02 0.24 0.17 0.19 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.30 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.03 0.27 0.31 0.40 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.16 0.07 0.07 0.14 0.06 0.23 0.02 0.01 0.02 0.05 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.26 0.07 0.30 0.32 0.39 0.33
C5' 0.06 0.09 0.17 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.20 0.08 0.06 0.17 0.01 0.01 0.04 0.24 0.03
C6 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.21 0.09 0.24 0.25 0.36 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.09 0.02 0.15 0.18 0.37 0.23
N3 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.15 0.05 0.21 0.26 0.38 0.29
N4 0.01 0.02 0.06 0.33 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.23 0.03 0.29 0.36 0.44 0.36
O2 0.04 0.01 0.19 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.34 0.12 0.14 0.18 0.38 0.23
O2' 0.02 0.16 0.01 0.04 0.26 0.23 0.28 0.06 0.25 0.15 0.21 0.28 0.15 0.00 0.06 0.16 0.07 0.16 0.65 0.22
O3' 0.21 0.18 0.02 0.01 0.19 0.02 0.26 0.17 0.21 0.09 0.15 0.23 0.34 0.06 0.00 0.14 0.35 0.46 0.16 0.31
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.12 0.16 0.14 0.00 0.13 0.08 0.29 0.14
O5' 0.09 0.16 0.10 0.24 0.27 0.02 0.30 0.01 0.24 0.15 0.21 0.29 0.14 0.07 0.35 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.20 0.24 0.17 0.31 0.05 0.32 0.04 0.25 0.18 0.26 0.36 0.18 0.16 0.46 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.40 0.37 0.62 0.19 0.40 0.23 0.39 0.24 0.36 0.37 0.38 0.44 0.38 0.65 0.16 0.29 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.19 0.25 0.31 0.12 0.32 0.04 0.33 0.03 0.27 0.23 0.29 0.36 0.23 0.22 0.31 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00