ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48980

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 4, 8, 8, 11, 7, 12, 10, 6, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.036, 0.042, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.042 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.031, 0.038, 0.045, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.047, 0.054, 0.062, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.054 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.030, 0.038, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.041, 0.050, 0.058, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.050 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.032, 0.042, 0.051, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.061, 0.080, 0.099, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.080 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.061, 0.113, 0.166, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.113 std_dev=0.053
P B 0, 0.443, 0.640, 0.837, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.640 std_dev=0.197
O4' B 0, 0.263, 0.474, 0.685, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.474 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.464, 0.678, 0.893, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.678 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.475, 0.708, 0.940, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.708 std_dev=0.232
OP2 B 0, 0.433, 0.682, 0.931, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.682 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.690, 0.948, 1.205, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.948 std_dev=0.258
N7 B 0, 0.629, 0.899, 1.169, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.899 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.621, 0.895, 1.169, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.895 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.713, 0.988, 1.263, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.988 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.609, 0.887, 1.166, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.887 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.678, 0.960, 1.243, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.960 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.572, 0.856, 1.140, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.856 std_dev=0.284
O4' A 0, 0.012, 0.298, 0.583, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.298 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.431, 0.725, 1.020, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.725 std_dev=0.294
C8 B 0, 0.553, 0.848, 1.142, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.848 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.337, 0.645, 0.954, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.645 std_dev=0.308
C2' A 0, -0.093, 0.219, 0.530, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.219 std_dev=0.311
N6 B 0, 0.713, 1.027, 1.341, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.027 std_dev=0.314
N9 B 0, 0.505, 0.830, 1.155, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.830 std_dev=0.325
O2' A 0, -0.147, 0.218, 0.582, 3.190 max_d=3.190 avg_d=0.218 std_dev=0.365
C4' A 0, 0.022, 0.437, 0.852, 3.859 max_d=3.859 avg_d=0.437 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.405, 0.824, 1.244, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.824 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.579, 1.012, 1.445, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.012 std_dev=0.433
C3' A 0, -0.022, 0.451, 0.923, 4.380 max_d=4.380 avg_d=0.451 std_dev=0.472
O3' B 0, 0.445, 1.003, 1.561, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.003 std_dev=0.558
O3' A 0, 0.006, 0.669, 1.331, 6.159 max_d=6.159 avg_d=0.669 std_dev=0.662
C5' A 0, -0.093, 0.644, 1.381, 6.759 max_d=6.759 avg_d=0.644 std_dev=0.737
C2' B 0, 0.599, 1.346, 2.093, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.346 std_dev=0.747
O5' A 0, -0.390, 0.626, 1.641, 7.610 max_d=7.610 avg_d=0.626 std_dev=1.015
O2' B 0, 0.676, 1.885, 3.095, 3.657 max_d=3.657 avg_d=1.885 std_dev=1.209
P A 0, -0.463, 0.831, 2.125, 10.192 max_d=10.192 avg_d=0.831 std_dev=1.294
OP2 A 0, 0.777, 2.133, 3.489, 11.565 max_d=11.565 avg_d=2.133 std_dev=1.356
OP1 A 0, 0.693, 2.088, 3.483, 11.298 max_d=11.298 avg_d=2.088 std_dev=1.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.82 0.24 0.24
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.08 0.02 0.11 0.36 1.10 0.70 0.44
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.11 0.00 0.03 0.06 0.01 0.19 0.46 0.25 0.19
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.08 0.13 0.02 0.01 0.08 0.01 0.23 0.26 0.19 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.45 1.28 1.00 0.53
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.09 0.21 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.23 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.09 0.52 1.32 0.99 0.61
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.12 0.01 0.21 0.00 0.22 0.07 0.15 0.34 0.06 0.03 0.12 0.02 0.01 0.16 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.11 0.48 1.23 0.74 0.54
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.31 1.05 0.54 0.37
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.07 0.41 1.20 0.89 0.50
O2 0.03 0.01 0.11 0.13 0.02 0.21 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.12 0.03 0.20 0.44 1.07 0.72 0.56
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.02 0.08 0.18 0.00 0.05 0.07 0.05 0.10 0.36 0.12 0.11
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.10 0.05 0.09 0.12 0.05 0.00 0.10 0.02 0.17 0.41 0.16 0.18
O4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.10 0.00 0.03 0.47 1.30 1.11 0.57
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.02 0.11 0.01 0.07 0.20 0.05 0.02 0.03 0.00 0.07 0.79 0.19 0.23
O5' 0.16 0.36 0.19 0.23 0.45 0.02 0.52 0.01 0.48 0.31 0.41 0.44 0.10 0.17 0.47 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.82 1.10 0.46 0.26 1.28 0.23 1.32 0.16 1.23 1.05 1.20 1.07 0.36 0.41 1.30 0.79 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.70 0.25 0.19 1.00 0.22 0.99 0.40 0.74 0.54 0.89 0.72 0.12 0.16 1.11 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.44 0.19 0.19 0.53 0.07 0.61 0.02 0.54 0.37 0.50 0.56 0.11 0.18 0.57 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.33 0.17 0.20 0.17 0.18 0.22 0.20 0.33 0.19 0.38 0.23 0.38 0.17 0.14 0.38 0.23 0.21 0.14 0.05 0.09 0.05
C2 0.40 0.33 0.38 0.30 0.12 0.25 0.16 0.21 0.32 0.26 0.39 0.20 0.37 0.15 0.24 0.57 0.34 0.27 0.17 0.09 0.16 0.10
C2' 0.30 0.39 0.29 0.25 0.31 0.25 0.32 0.21 0.38 0.24 0.41 0.35 0.39 0.26 0.26 0.36 0.26 0.30 0.24 0.27 0.28 0.28
C3' 0.25 0.38 0.32 0.29 0.34 0.23 0.39 0.24 0.43 0.33 0.43 0.33 0.47 0.38 0.29 0.20 0.25 0.26 0.37 0.47 0.56 0.51
C4 0.42 0.22 0.42 0.43 0.19 0.29 0.10 0.23 0.23 0.34 0.31 0.18 0.34 0.22 0.34 0.42 0.23 0.29 0.20 0.13 0.20 0.13
C4' 0.15 0.32 0.18 0.16 0.21 0.13 0.30 0.08 0.38 0.19 0.38 0.23 0.45 0.28 0.13 0.20 0.12 0.19 0.14 0.28 0.42 0.31
C5 0.35 0.23 0.29 0.41 0.15 0.26 0.11 0.23 0.26 0.30 0.31 0.17 0.37 0.18 0.27 0.29 0.18 0.28 0.21 0.14 0.20 0.14
C5' 0.18 0.33 0.25 0.23 0.23 0.19 0.34 0.10 0.43 0.21 0.41 0.24 0.54 0.34 0.14 0.29 0.23 0.23 0.19 0.36 0.57 0.40
C6 0.30 0.27 0.22 0.35 0.13 0.23 0.16 0.22 0.31 0.25 0.34 0.18 0.38 0.15 0.21 0.28 0.18 0.26 0.19 0.12 0.17 0.12
N1 0.32 0.31 0.24 0.28 0.13 0.22 0.18 0.21 0.33 0.23 0.37 0.20 0.38 0.15 0.19 0.40 0.23 0.25 0.16 0.07 0.14 0.08
N3 0.45 0.28 0.47 0.37 0.14 0.28 0.11 0.23 0.28 0.31 0.37 0.17 0.35 0.18 0.32 0.57 0.32 0.29 0.19 0.11 0.18 0.11
O2 0.39 0.36 0.42 0.26 0.16 0.26 0.20 0.22 0.33 0.24 0.41 0.24 0.37 0.16 0.22 0.72 0.48 0.25 0.18 0.12 0.17 0.12
O2' 0.31 0.39 0.30 0.26 0.30 0.29 0.29 0.24 0.35 0.21 0.39 0.35 0.37 0.23 0.25 0.47 0.31 0.31 0.20 0.22 0.15 0.19
O3' 0.35 0.42 0.51 0.42 0.41 0.37 0.44 0.42 0.46 0.43 0.45 0.39 0.48 0.45 0.39 0.33 0.43 0.34 0.55 0.71 0.70 0.71
O4 0.47 0.19 0.51 0.50 0.29 0.33 0.20 0.26 0.14 0.39 0.22 0.27 0.27 0.29 0.40 0.47 0.23 0.31 0.23 0.15 0.21 0.14
O4' 0.29 0.29 0.24 0.29 0.16 0.29 0.21 0.27 0.33 0.20 0.35 0.21 0.40 0.18 0.18 0.39 0.28 0.30 0.13 0.05 0.18 0.07
O5' 0.47 0.59 0.51 0.40 0.55 0.36 0.63 0.27 0.68 0.55 0.65 0.54 0.75 0.64 0.50 0.54 0.34 0.44 0.41 0.44 0.73 0.52
OP1 0.69 0.90 0.64 0.43 0.78 0.44 0.80 0.35 0.88 0.66 0.91 0.85 0.92 0.76 0.69 0.74 0.41 0.63 0.49 0.95 1.05 0.80
OP2 0.74 1.26 0.91 0.42 1.08 0.43 1.24 0.32 1.42 0.89 1.39 1.12 1.59 1.16 0.88 1.06 0.47 0.54 0.43 0.50 0.77 0.54
P 0.51 0.61 0.56 0.39 0.56 0.38 0.65 0.25 0.71 0.55 0.67 0.57 0.82 0.66 0.51 0.66 0.36 0.48 0.34 0.47 0.73 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.24 0.23 0.34 0.25
C2 0.02 0.00 0.29 0.23 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.31 0.18 0.22 0.28 0.41 0.31
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.15 0.01 0.07 0.24 0.13 0.15 0.22 0.29 0.09 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.47 0.51 0.60 0.50
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.02 0.35 0.34 0.30 0.19 0.40 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.15 0.11
C4 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.19 0.10 0.21 0.26 0.40 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.17 0.05 0.05 0.11 0.15 0.08 0.31 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.10 0.06 0.20 0.29 0.42 0.31
C5' 0.10 0.14 0.24 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.14 0.13 0.17 0.16 0.10 0.08 0.24 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.11 0.10 0.21 0.31 0.43 0.33
C8 0.01 0.01 0.15 0.34 0.01 0.17 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.36 0.17 0.09 0.19 0.27 0.39 0.27
N1 0.02 0.00 0.22 0.30 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.15 0.22 0.30 0.43 0.32
N3 0.02 0.01 0.29 0.19 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.36 0.17 0.22 0.26 0.39 0.29
N6 0.02 0.01 0.09 0.40 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.14 0.08 0.22 0.34 0.43 0.34
N7 0.01 0.01 0.09 0.39 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.39 0.20 0.04 0.20 0.30 0.41 0.30
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.13 0.02 0.21 0.25 0.38 0.27
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.18 0.31 0.29 0.08 0.27 0.36 0.19 0.14 0.33 0.39 0.21 0.00 0.07 0.22 0.33 0.37 0.64 0.39
O3' 0.37 0.31 0.03 0.01 0.19 0.03 0.10 0.24 0.11 0.17 0.19 0.36 0.14 0.20 0.13 0.07 0.00 0.28 0.30 0.51 0.35 0.36
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.10 0.09 0.15 0.17 0.08 0.04 0.02 0.22 0.28 0.00 0.10 0.08 0.16 0.12
O5' 0.24 0.22 0.47 0.09 0.21 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.22 0.22 0.22 0.20 0.21 0.33 0.30 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.28 0.51 0.13 0.26 0.08 0.29 0.07 0.31 0.27 0.30 0.26 0.34 0.30 0.25 0.37 0.51 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.41 0.60 0.15 0.40 0.05 0.42 0.02 0.43 0.39 0.43 0.39 0.43 0.41 0.38 0.64 0.35 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.31 0.50 0.11 0.29 0.03 0.31 0.01 0.33 0.27 0.32 0.29 0.34 0.30 0.27 0.39 0.36 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00