ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48982

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 12, 11, 7, 6, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.028, 0.053, 0.077, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.053 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.078, 0.147, 0.215, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.147 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.020, 0.117, 0.214, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.117 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.079, 0.190, 0.300, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.190 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.013, 0.130, 0.246, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.130 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.037, 0.161, 0.285, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.161 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.031, 0.157, 0.282, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.157 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.157, 0.334, 0.510, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.334 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.030, 0.214, 0.399, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.214 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.092, 0.277, 0.462, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.277 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.095, 0.285, 0.476, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.285 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.115, 0.318, 0.521, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.318 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.073, 0.276, 0.479, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.276 std_dev=0.203
N7 B 0, 0.113, 0.319, 0.524, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.319 std_dev=0.205
N6 B 0, 0.168, 0.376, 0.584, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.376 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.106, 0.315, 0.525, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.315 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.034, 0.244, 0.454, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.244 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.149, 0.361, 0.574, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.361 std_dev=0.212
C8 B 0, 0.075, 0.299, 0.522, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.299 std_dev=0.224
O5' A 0, 0.034, 0.266, 0.498, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.266 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.107, 0.340, 0.573, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.340 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.103, 0.351, 0.599, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.351 std_dev=0.248
O2' B 0, 0.175, 0.425, 0.675, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.425 std_dev=0.250
OP2 B 0, 0.207, 0.458, 0.710, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.458 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.123, 0.376, 0.628, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.376 std_dev=0.252
P A 0, 0.056, 0.309, 0.562, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.309 std_dev=0.253
OP1 A 0, 0.106, 0.361, 0.616, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.361 std_dev=0.255
P B 0, 0.189, 0.457, 0.725, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.457 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.185, 0.481, 0.778, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.481 std_dev=0.297
OP1 B 0, 0.203, 0.507, 0.811, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.507 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.113, 0.418, 0.724, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.418 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.119, 0.425, 0.731, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.425 std_dev=0.306
OP2 A 0, 0.052, 0.372, 0.693, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.372 std_dev=0.320
C5' B 0, 0.125, 0.487, 0.849, 2.331 max_d=2.331 avg_d=0.487 std_dev=0.362
O3' B 0, 0.159, 0.524, 0.889, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.524 std_dev=0.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.08 0.16 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.04 0.13 0.14 0.09 0.08
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.11 0.14 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.11 0.12 0.05
C4 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.07 0.01 0.02 0.17 0.13 0.11 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.06 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.01 0.04 0.17 0.14 0.11 0.11
C5' 0.03 0.08 0.05 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.08 0.05 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.16 0.15 0.10 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.13 0.15 0.08 0.08
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.03 0.15 0.13 0.09 0.08
O2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.02 0.07 0.12 0.15 0.09 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.05 0.09 0.03 0.08 0.13 0.00 0.04 0.09 0.01 0.10 0.11 0.19 0.11
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.07 0.04 0.05 0.13 0.11 0.05
O4 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.07 0.00 0.03 0.18 0.13 0.11 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.21 0.06 0.11
O5' 0.08 0.13 0.09 0.04 0.17 0.01 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.12 0.10 0.05 0.18 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.14 0.11 0.11 0.13 0.14 0.14 0.07 0.15 0.15 0.13 0.15 0.11 0.13 0.13 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.14 0.12 0.11 0.06 0.11 0.06 0.10 0.08 0.09 0.09 0.19 0.11 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.01 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.05 0.11 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.16 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.08 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.16 0.10
C2 0.09 0.14 0.13 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.10 0.07 0.16 0.12 0.09 0.14 0.17 0.18 0.14
C2' 0.08 0.16 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.14 0.12 0.11 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.14 0.13 0.09
C3' 0.08 0.16 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11 0.14 0.13 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.14 0.08
C4 0.11 0.10 0.12 0.10 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11 0.09 0.10 0.10 0.15 0.12 0.07 0.16 0.11 0.11 0.16 0.18 0.19 0.15
C4' 0.08 0.16 0.09 0.07 0.10 0.10 0.11 0.15 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.13 0.09 0.13 0.09 0.13 0.13 0.13 0.15 0.08
C5 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.13 0.16 0.17 0.11 0.15 0.11 0.13 0.16 0.16 0.18 0.12
C5' 0.07 0.16 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.16 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.10 0.14 0.08 0.13 0.13 0.14 0.14 0.08
C6 0.11 0.15 0.11 0.10 0.14 0.12 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.16 0.12 0.14 0.10 0.14 0.15 0.14 0.17 0.11
N1 0.07 0.15 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.08 0.13 0.09 0.11 0.13 0.15 0.17 0.11
N3 0.11 0.12 0.14 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.17 0.13 0.10 0.15 0.18 0.20 0.16
O2 0.10 0.16 0.15 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.18 0.16 0.10 0.14 0.17 0.19 0.14
O2' 0.13 0.17 0.15 0.15 0.11 0.15 0.11 0.16 0.13 0.12 0.16 0.14 0.13 0.11 0.12 0.18 0.18 0.17 0.15 0.18 0.14 0.13
O3' 0.09 0.14 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.09 0.14 0.13 0.13 0.11 0.14 0.13 0.09
O4 0.16 0.13 0.17 0.14 0.12 0.14 0.10 0.15 0.13 0.09 0.12 0.14 0.16 0.10 0.13 0.19 0.14 0.14 0.18 0.21 0.21 0.19
O4' 0.09 0.15 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.16 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.10 0.14 0.10 0.14 0.15 0.16 0.18 0.12
O5' 0.10 0.17 0.10 0.07 0.14 0.11 0.15 0.17 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.13 0.14 0.07 0.14 0.14 0.14 0.15 0.09
OP1 0.10 0.13 0.11 0.09 0.09 0.12 0.11 0.18 0.11 0.15 0.10 0.12 0.13 0.16 0.10 0.17 0.09 0.13 0.15 0.21 0.15 0.13
OP2 0.08 0.16 0.12 0.07 0.09 0.08 0.09 0.15 0.09 0.11 0.12 0.15 0.10 0.11 0.08 0.19 0.09 0.10 0.11 0.19 0.11 0.10
P 0.07 0.13 0.10 0.06 0.07 0.10 0.08 0.16 0.08 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.07 0.16 0.07 0.11 0.13 0.16 0.12 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.12 0.06 0.09
C2 0.06 0.00 0.12 0.11 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.14 0.05 0.10 0.12 0.13 0.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.09 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.10 0.04
C4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.09 0.11 0.12 0.10
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.11 0.15 0.11
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.10 0.11 0.16 0.11
C8 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.11 0.11 0.12 0.10
N1 0.05 0.00 0.10 0.09 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.12 0.04 0.11 0.11 0.15 0.12
N3 0.06 0.01 0.11 0.10 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.13 0.05 0.10 0.13 0.11 0.12
N6 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.11 0.12 0.18 0.12
N7 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.11 0.16 0.11
N9 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.10 0.10
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.07 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.12 0.13 0.07 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.07 0.13 0.12 0.08
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.17 0.07 0.12
O5' 0.05 0.10 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.08 0.03 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.12 0.05 0.07 0.11 0.07 0.11 0.05 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.07 0.13 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.09 0.10 0.12 0.03 0.15 0.02 0.16 0.12 0.15 0.11 0.18 0.16 0.10 0.07 0.12 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.04 0.04 0.10 0.04 0.11 0.01 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.05 0.08 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00