ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48983

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 10, 10, 7, 3, 3, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.020, 0.027, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.016, 0.024, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.018, 0.027, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.018, 0.027, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.019, 0.031, 0.043, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.046, 0.070, 0.095, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.070 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.019, 0.067, 0.116, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.067 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.027, 0.103, 0.179, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.103 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.036, 0.145, 0.255, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.145 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.065, 0.177, 0.289, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.177 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.023, 0.143, 0.263, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.143 std_dev=0.120
C4' B 0, 0.222, 0.355, 0.487, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.355 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.190, 0.328, 0.467, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.328 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.233, 0.397, 0.561, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.397 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.218, 0.386, 0.553, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.386 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.059, 0.231, 0.404, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.231 std_dev=0.172
N9 B 0, 0.110, 0.290, 0.470, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.290 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.170, 0.351, 0.531, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.351 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.162, 0.344, 0.525, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.344 std_dev=0.181
P B 0, 0.147, 0.351, 0.556, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.351 std_dev=0.204
C8 B 0, 0.088, 0.301, 0.513, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.301 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.030, 0.243, 0.456, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.243 std_dev=0.213
P A 0, 0.267, 0.480, 0.694, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.480 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.242, 0.458, 0.674, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.458 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.167, 0.388, 0.609, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.388 std_dev=0.221
N7 B 0, 0.115, 0.337, 0.559, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.337 std_dev=0.222
OP1 B 0, 0.157, 0.390, 0.623, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.390 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.239, 0.476, 0.712, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.476 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.266, 0.505, 0.744, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.505 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.066, 0.311, 0.556, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.311 std_dev=0.245
C6 B 0, 0.170, 0.416, 0.661, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.416 std_dev=0.245
N1 B 0, 0.216, 0.471, 0.727, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.471 std_dev=0.256
O5' B 0, 0.097, 0.384, 0.671, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.384 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.514, 0.820, 1.125, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.820 std_dev=0.305
O3' B 0, 0.184, 0.495, 0.806, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.495 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.061, 0.378, 0.694, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.378 std_dev=0.317
N6 B 0, 0.167, 0.498, 0.830, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.498 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.705, 1.039, 1.373, 1.546 max_d=1.546 avg_d=1.039 std_dev=0.334
C2' B 0, -0.025, 0.440, 0.905, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.440 std_dev=0.465
O2' B 0, -0.291, 0.635, 1.560, 3.601 max_d=3.601 avg_d=0.635 std_dev=0.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.28 0.09 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.05 0.15 0.27 0.08 0.10
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01 0.29 0.34 0.21 0.24
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.23 0.29 0.15 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.17 0.21 0.09 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.23 0.12 0.05
C5 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.06 0.18 0.22 0.11 0.12
C5' 0.03 0.05 0.04 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.15 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.13 0.01 0.01 0.24 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.07 0.17 0.24 0.10 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.14 0.27 0.09 0.11
N3 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.16 0.24 0.08 0.09
O2 0.03 0.01 0.09 0.05 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.07 0.02 0.10 0.14 0.30 0.10 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.10 0.03 0.07 0.17 0.00 0.03 0.05 0.01 0.31 0.34 0.27 0.27
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.15 0.25 0.12 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.18 0.20 0.10 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.04 0.00 0.11 0.25 0.12 0.10
O5' 0.12 0.15 0.29 0.23 0.17 0.01 0.18 0.01 0.17 0.14 0.16 0.14 0.31 0.15 0.18 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.28 0.27 0.34 0.29 0.21 0.23 0.22 0.24 0.24 0.27 0.24 0.30 0.34 0.25 0.20 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.08 0.21 0.15 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.09 0.08 0.10 0.27 0.12 0.10 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.10 0.24 0.16 0.10 0.05 0.12 0.01 0.12 0.11 0.09 0.12 0.27 0.11 0.11 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.15 0.13 0.10 0.20 0.15 0.35 0.16 0.16 0.09 0.14 0.28 0.20 0.11 0.26 0.16 0.19 0.20 0.15 0.10 0.12
C2 0.14 0.19 0.14 0.16 0.10 0.20 0.10 0.32 0.08 0.16 0.12 0.17 0.17 0.19 0.11 0.17 0.17 0.16 0.21 0.15 0.10 0.13
C2' 0.14 0.15 0.20 0.14 0.11 0.22 0.11 0.35 0.12 0.12 0.09 0.15 0.21 0.14 0.11 0.33 0.18 0.22 0.20 0.16 0.10 0.12
C3' 0.16 0.17 0.23 0.16 0.11 0.22 0.12 0.36 0.13 0.12 0.09 0.18 0.24 0.15 0.12 0.39 0.17 0.21 0.19 0.15 0.10 0.12
C4 0.16 0.14 0.13 0.14 0.10 0.19 0.15 0.37 0.14 0.19 0.12 0.13 0.18 0.21 0.13 0.26 0.15 0.14 0.18 0.14 0.11 0.11
C4' 0.21 0.19 0.26 0.18 0.13 0.21 0.12 0.37 0.13 0.14 0.09 0.21 0.26 0.17 0.14 0.46 0.18 0.19 0.18 0.14 0.12 0.12
C5 0.19 0.15 0.19 0.13 0.15 0.20 0.19 0.40 0.20 0.20 0.16 0.15 0.24 0.23 0.17 0.42 0.15 0.17 0.16 0.15 0.12 0.12
C5' 0.32 0.26 0.41 0.28 0.21 0.27 0.14 0.40 0.12 0.18 0.13 0.30 0.21 0.17 0.23 0.67 0.28 0.23 0.21 0.18 0.15 0.16
C6 0.17 0.15 0.19 0.13 0.14 0.20 0.19 0.38 0.21 0.18 0.16 0.15 0.27 0.22 0.15 0.40 0.15 0.18 0.17 0.15 0.12 0.12
N1 0.14 0.15 0.15 0.14 0.10 0.20 0.15 0.35 0.16 0.16 0.10 0.15 0.26 0.21 0.12 0.27 0.16 0.18 0.19 0.15 0.10 0.12
N3 0.15 0.17 0.15 0.17 0.09 0.20 0.09 0.33 0.09 0.16 0.12 0.16 0.14 0.18 0.11 0.17 0.17 0.16 0.21 0.15 0.10 0.13
O2 0.15 0.22 0.17 0.17 0.13 0.19 0.11 0.29 0.09 0.17 0.17 0.19 0.13 0.19 0.13 0.17 0.19 0.17 0.24 0.16 0.11 0.14
O2' 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.23 0.14 0.33 0.15 0.13 0.12 0.13 0.21 0.15 0.12 0.18 0.24 0.26 0.23 0.19 0.10 0.14
O3' 0.12 0.14 0.15 0.13 0.11 0.22 0.16 0.35 0.18 0.16 0.11 0.14 0.30 0.21 0.11 0.25 0.19 0.23 0.22 0.17 0.10 0.14
O4 0.18 0.15 0.12 0.15 0.13 0.18 0.17 0.38 0.15 0.22 0.14 0.14 0.17 0.23 0.16 0.23 0.15 0.11 0.17 0.14 0.12 0.11
O4' 0.17 0.17 0.20 0.15 0.11 0.20 0.14 0.37 0.16 0.17 0.09 0.18 0.29 0.21 0.12 0.37 0.15 0.17 0.18 0.14 0.12 0.12
O5' 0.17 0.18 0.22 0.19 0.19 0.28 0.27 0.46 0.32 0.24 0.27 0.15 0.41 0.30 0.19 0.47 0.26 0.28 0.24 0.22 0.20 0.20
OP1 0.22 0.20 0.29 0.27 0.18 0.36 0.24 0.58 0.30 0.20 0.27 0.18 0.39 0.26 0.17 0.58 0.29 0.31 0.21 0.19 0.15 0.16
OP2 0.21 0.17 0.33 0.21 0.16 0.30 0.22 0.50 0.27 0.19 0.24 0.16 0.35 0.23 0.17 0.68 0.28 0.27 0.18 0.16 0.10 0.12
P 0.19 0.15 0.27 0.22 0.14 0.31 0.20 0.51 0.26 0.17 0.23 0.13 0.34 0.22 0.14 0.59 0.27 0.28 0.18 0.17 0.10 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.11 0.16 0.07 0.08
C2 0.03 0.00 0.17 0.03 0.01 0.17 0.02 0.23 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.26 0.21 0.22 0.17 0.17 0.12 0.12
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.09 0.07 0.12 0.13 0.17 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.50 0.36 0.43
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.07 0.11 0.04 0.03 0.09 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.27 0.37 0.15 0.28
C4 0.01 0.01 0.09 0.05 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.12 0.16 0.14 0.11 0.09
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.13 0.16 0.06 0.09 0.03 0.14 0.04 0.01 0.02 0.09 0.15 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.06 0.16 0.12 0.13 0.08
C5' 0.02 0.23 0.09 0.03 0.11 0.01 0.06 0.00 0.11 0.15 0.19 0.21 0.10 0.11 0.04 0.05 0.12 0.02 0.01 0.09 0.19 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.10 0.16 0.12 0.14 0.09
C8 0.01 0.02 0.12 0.11 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.31 0.06 0.13 0.14 0.11 0.14 0.09
N1 0.02 0.00 0.13 0.04 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.18 0.17 0.14 0.13 0.10
N3 0.03 0.00 0.17 0.03 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.21 0.22 0.17 0.18 0.11 0.12
N6 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.11 0.08 0.17 0.11 0.15 0.09
N7 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.27 0.06 0.08 0.14 0.11 0.16 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.14 0.13 0.10 0.08
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.08 0.14 0.11 0.05 0.09 0.31 0.16 0.26 0.12 0.27 0.11 0.00 0.04 0.08 0.31 0.48 0.38 0.37
O3' 0.17 0.21 0.02 0.01 0.15 0.04 0.11 0.12 0.13 0.06 0.18 0.21 0.11 0.06 0.12 0.04 0.00 0.11 0.12 0.23 0.09 0.14
O4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.18 0.22 0.08 0.08 0.01 0.08 0.11 0.00 0.11 0.10 0.28 0.15
O5' 0.11 0.17 0.42 0.27 0.16 0.02 0.16 0.01 0.16 0.14 0.17 0.17 0.17 0.14 0.14 0.31 0.12 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.17 0.50 0.37 0.14 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.14 0.18 0.11 0.11 0.13 0.48 0.23 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.36 0.15 0.11 0.15 0.13 0.19 0.14 0.14 0.13 0.11 0.15 0.16 0.10 0.38 0.09 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.43 0.28 0.09 0.02 0.08 0.03 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.37 0.14 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00