ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48986

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 9, 8, 1, 0, 5, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.068, 0.105, 0.141, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.105 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.052 std_dev=0.038
C5 B 0, 0.222, 0.402, 0.582, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.402 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.251, 0.438, 0.625, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.438 std_dev=0.187
N7 B 0, 0.388, 0.577, 0.766, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.577 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.297, 0.506, 0.715, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.506 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.127, 0.345, 0.563, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.345 std_dev=0.218
C8 B 0, 0.538, 0.769, 1.000, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.769 std_dev=0.231
C2' A 0, 0.084, 0.333, 0.582, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.333 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.331, 0.585, 0.840, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.585 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.460, 0.727, 0.993, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.727 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.297, 0.566, 0.835, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.566 std_dev=0.269
N6 B 0, 0.265, 0.538, 0.811, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.538 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.326, 0.601, 0.876, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.601 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.201, 0.494, 0.787, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.494 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.082, 0.390, 0.698, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.390 std_dev=0.308
C3' A 0, 0.180, 0.544, 0.908, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.544 std_dev=0.364
O4' B 0, 0.367, 0.772, 1.177, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.772 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.504, 0.954, 1.404, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.954 std_dev=0.450
O5' B 0, 0.359, 0.865, 1.371, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.865 std_dev=0.506
O3' A 0, 0.273, 0.791, 1.309, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.791 std_dev=0.518
C5' A 0, 0.338, 0.872, 1.407, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.872 std_dev=0.535
O5' A 0, 0.398, 0.937, 1.476, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.937 std_dev=0.539
P B 0, 0.356, 0.898, 1.440, 2.336 max_d=2.336 avg_d=0.898 std_dev=0.542
C4' B 0, 0.407, 0.991, 1.576, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.991 std_dev=0.585
C5' B 0, 0.336, 0.944, 1.551, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.944 std_dev=0.608
OP2 B 0, 0.333, 0.964, 1.595, 2.960 max_d=2.960 avg_d=0.964 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.463, 1.105, 1.748, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.105 std_dev=0.642
P A 0, 0.302, 0.946, 1.591, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.946 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.633, 1.304, 1.974, 2.916 max_d=2.916 avg_d=1.304 std_dev=0.671
C2' B 0, 0.592, 1.271, 1.949, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.271 std_dev=0.678
OP1 B 0, 0.348, 1.061, 1.774, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.061 std_dev=0.713
OP2 A 0, 0.303, 1.016, 1.730, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.016 std_dev=0.714
O2' B 0, 0.861, 1.676, 2.491, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.676 std_dev=0.815
O3' B 0, 0.840, 1.815, 2.790, 3.876 max_d=3.876 avg_d=1.815 std_dev=0.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.12 0.35 0.18
C2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.04 0.20 0.19 0.44 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.07 0.19 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.17 0.25 0.08
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.16 0.06 0.08 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.16 0.25 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.00 0.04 0.28 0.33 0.53 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.05 0.02 0.08 0.00 0.03 0.17 0.20 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.16 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.01 0.06 0.30 0.35 0.53 0.37
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.14 0.10 0.06 0.04 0.19 0.02 0.01 0.17 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.18 0.01 0.06 0.25 0.26 0.47 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.19 0.18 0.42 0.25
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.01 0.03 0.25 0.26 0.50 0.32
O2 0.06 0.01 0.19 0.16 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.21 0.03 0.07 0.18 0.17 0.42 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.08 0.19 0.00 0.06 0.06 0.04 0.07 0.23 0.22 0.07
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.12 0.02 0.19 0.04 0.18 0.06 0.10 0.21 0.06 0.00 0.13 0.02 0.20 0.40 0.23 0.22
O4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.13 0.00 0.04 0.30 0.37 0.55 0.39
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.13 0.17 0.35 0.21
O5' 0.10 0.20 0.11 0.16 0.28 0.03 0.30 0.01 0.25 0.19 0.25 0.18 0.07 0.20 0.30 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.19 0.17 0.25 0.33 0.17 0.35 0.17 0.26 0.18 0.26 0.17 0.23 0.40 0.37 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.44 0.25 0.19 0.53 0.20 0.53 0.12 0.47 0.42 0.50 0.42 0.22 0.23 0.55 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.08 0.11 0.37 0.06 0.37 0.02 0.31 0.25 0.32 0.24 0.07 0.22 0.39 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.21 0.17 0.21 0.19 0.19 0.20 0.29 0.20 0.27 0.20 0.21 0.22 0.26 0.22 0.23 0.22 0.21 0.27 0.18 0.19 0.07
C2 0.25 0.23 0.19 0.20 0.17 0.20 0.17 0.28 0.21 0.24 0.23 0.21 0.24 0.22 0.19 0.29 0.18 0.20 0.30 0.26 0.28 0.13
C2' 0.25 0.21 0.18 0.21 0.21 0.17 0.22 0.31 0.21 0.30 0.20 0.22 0.24 0.29 0.24 0.22 0.23 0.23 0.29 0.23 0.15 0.12
C3' 0.29 0.22 0.25 0.17 0.24 0.15 0.25 0.14 0.24 0.29 0.21 0.24 0.28 0.30 0.27 0.25 0.19 0.31 0.11 0.07 0.16 0.02
C4 0.18 0.20 0.13 0.23 0.14 0.18 0.14 0.28 0.19 0.16 0.20 0.18 0.25 0.19 0.14 0.20 0.17 0.16 0.36 0.24 0.42 0.22
C4' 0.27 0.21 0.23 0.18 0.22 0.14 0.23 0.17 0.22 0.29 0.20 0.22 0.26 0.29 0.25 0.23 0.20 0.27 0.08 0.16 0.24 0.10
C5 0.17 0.19 0.15 0.27 0.15 0.21 0.16 0.32 0.19 0.17 0.20 0.17 0.24 0.19 0.15 0.20 0.26 0.17 0.39 0.25 0.46 0.27
C5' 0.32 0.27 0.32 0.21 0.29 0.19 0.30 0.13 0.30 0.34 0.28 0.28 0.34 0.34 0.31 0.31 0.23 0.32 0.15 0.29 0.38 0.21
C6 0.19 0.19 0.16 0.26 0.17 0.20 0.18 0.30 0.20 0.20 0.20 0.18 0.24 0.22 0.18 0.19 0.26 0.19 0.38 0.22 0.40 0.24
N1 0.21 0.21 0.15 0.20 0.17 0.16 0.18 0.26 0.20 0.23 0.20 0.20 0.23 0.24 0.19 0.20 0.18 0.17 0.31 0.19 0.28 0.13
N3 0.23 0.21 0.18 0.21 0.15 0.19 0.15 0.26 0.21 0.19 0.23 0.20 0.27 0.20 0.17 0.26 0.16 0.19 0.33 0.25 0.34 0.16
O2 0.31 0.27 0.28 0.26 0.18 0.29 0.18 0.35 0.23 0.27 0.27 0.23 0.26 0.22 0.23 0.41 0.27 0.29 0.30 0.34 0.25 0.18
O2' 0.34 0.27 0.28 0.34 0.27 0.33 0.27 0.48 0.25 0.36 0.25 0.28 0.25 0.32 0.31 0.35 0.36 0.34 0.34 0.30 0.10 0.15
O3' 0.32 0.24 0.30 0.23 0.26 0.22 0.27 0.21 0.26 0.30 0.24 0.26 0.31 0.32 0.28 0.26 0.27 0.36 0.02 0.01 0.02 0.01
O4 0.18 0.21 0.14 0.25 0.14 0.20 0.14 0.30 0.19 0.16 0.21 0.19 0.30 0.20 0.14 0.21 0.19 0.17 0.37 0.26 0.45 0.24
O4' 0.24 0.19 0.18 0.16 0.19 0.14 0.20 0.21 0.19 0.26 0.19 0.20 0.23 0.26 0.22 0.21 0.18 0.22 0.16 0.13 0.25 0.05
O5' 0.31 0.27 0.35 0.25 0.27 0.26 0.29 0.27 0.31 0.30 0.29 0.27 0.38 0.31 0.29 0.38 0.30 0.33 0.31 0.27 0.37 0.24
OP1 0.36 0.38 0.47 0.34 0.37 0.34 0.40 0.39 0.44 0.37 0.42 0.36 0.50 0.40 0.36 0.51 0.41 0.36 0.38 0.53 0.49 0.41
OP2 0.48 0.53 0.55 0.35 0.51 0.36 0.52 0.36 0.54 0.49 0.54 0.51 0.57 0.50 0.50 0.64 0.38 0.44 0.35 0.37 0.51 0.32
P 0.36 0.38 0.43 0.26 0.37 0.27 0.39 0.28 0.42 0.37 0.41 0.37 0.46 0.39 0.37 0.48 0.30 0.35 0.30 0.33 0.42 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.18 0.01 0.14 0.35 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.20 0.17 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.22 0.12 0.22 0.29 0.37 0.17
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.11 0.10 0.11 0.16 0.20 0.08 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.40 0.33 0.28
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.16 0.01 0.21 0.02 0.22 0.23 0.19 0.15 0.25 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.22 0.29 0.16 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.07 0.23 0.25 0.35 0.17
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.05 0.06 0.11 0.16 0.07 0.18 0.04 0.00 0.03 0.27 0.18 0.11
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.10 0.05 0.31 0.24 0.49 0.27
C5' 0.04 0.08 0.11 0.02 0.09 0.01 0.16 0.00 0.16 0.21 0.12 0.07 0.20 0.23 0.10 0.09 0.13 0.01 0.01 0.11 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.11 0.07 0.32 0.26 0.54 0.29
C8 0.02 0.02 0.11 0.23 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.18 0.08 0.31 0.21 0.42 0.24
N1 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.15 0.10 0.27 0.26 0.47 0.24
N3 0.03 0.00 0.20 0.15 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.23 0.12 0.19 0.30 0.30 0.15
N6 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01 0.11 0.02 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.22 0.14 0.07 0.37 0.31 0.65 0.37
N7 0.02 0.01 0.07 0.25 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.18 0.06 0.36 0.27 0.55 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.08 0.03 0.21 0.24 0.30 0.15
O2' 0.03 0.20 0.00 0.02 0.15 0.18 0.19 0.09 0.20 0.22 0.19 0.19 0.22 0.23 0.13 0.00 0.06 0.14 0.16 0.47 0.36 0.25
O3' 0.18 0.22 0.03 0.01 0.11 0.04 0.10 0.13 0.11 0.18 0.15 0.23 0.14 0.18 0.08 0.06 0.00 0.12 0.27 0.43 0.30 0.28
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.12 0.07 0.06 0.03 0.14 0.12 0.00 0.10 0.37 0.25 0.23
O5' 0.14 0.22 0.27 0.22 0.23 0.03 0.31 0.01 0.32 0.31 0.27 0.19 0.37 0.36 0.21 0.16 0.27 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.35 0.29 0.40 0.29 0.25 0.27 0.24 0.11 0.26 0.21 0.26 0.30 0.31 0.27 0.24 0.47 0.43 0.37 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.37 0.33 0.16 0.35 0.18 0.49 0.20 0.54 0.42 0.47 0.30 0.65 0.55 0.30 0.36 0.30 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.17 0.28 0.16 0.17 0.11 0.27 0.02 0.29 0.24 0.24 0.15 0.37 0.33 0.15 0.25 0.28 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00