ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48987

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 6, 7, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.033, 0.073, 0.113, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.073 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.060, 0.116, 0.171, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.116 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.017, 0.079, 0.142, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.079 std_dev=0.063
O2' A 0, 0.052, 0.115, 0.179, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.115 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.058, 0.131, 0.203, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.131 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.042, 0.121, 0.199, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.121 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.095, 0.199, 0.304, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.199 std_dev=0.104
O4' B 0, 0.132, 0.244, 0.356, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.244 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.074, 0.188, 0.301, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.188 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.051, 0.174, 0.297, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.174 std_dev=0.123
P B 0, 0.124, 0.250, 0.376, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.250 std_dev=0.126
O5' B 0, 0.134, 0.261, 0.389, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.261 std_dev=0.128
P A 0, 0.123, 0.253, 0.382, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.253 std_dev=0.130
OP2 B 0, 0.134, 0.264, 0.394, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.264 std_dev=0.130
C5' B 0, 0.156, 0.288, 0.419, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.288 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.127, 0.259, 0.392, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.259 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.118, 0.254, 0.389, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.254 std_dev=0.135
N9 B 0, 0.126, 0.263, 0.400, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.263 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.156, 0.294, 0.432, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.294 std_dev=0.138
C1' B 0, 0.136, 0.276, 0.417, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.276 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.159, 0.301, 0.443, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.301 std_dev=0.142
C4' B 0, 0.152, 0.294, 0.436, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.294 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.174, 0.320, 0.467, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.320 std_dev=0.146
C8 B 0, 0.158, 0.306, 0.454, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.306 std_dev=0.148
C5 B 0, 0.132, 0.284, 0.437, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.284 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.153, 0.313, 0.472, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.313 std_dev=0.160
OP2 A 0, 0.167, 0.326, 0.486, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.326 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.146, 0.314, 0.482, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.314 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.162, 0.339, 0.516, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.339 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.167, 0.346, 0.524, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.346 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.176, 0.362, 0.549, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.362 std_dev=0.186
N6 B 0, 0.157, 0.354, 0.551, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.354 std_dev=0.197
O3' B 0, 0.193, 0.414, 0.635, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.414 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.200, 0.432, 0.664, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.432 std_dev=0.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.08 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.06 0.07 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05
O2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.00 0.09 0.01 0.03 0.09 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.09 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.03 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.15 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.15 0.13 0.13 0.10 0.14 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03
C2 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.15 0.11 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.05 0.09 0.05
C2' 0.07 0.14 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.10 0.13 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.04 0.05 0.04
C3' 0.06 0.13 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.10 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.05 0.02
C4 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.17 0.10 0.09 0.15 0.18 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.15 0.09
C4' 0.06 0.14 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12 0.07 0.07 0.05 0.08 0.03 0.05 0.06 0.03
C5 0.09 0.14 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.08 0.16 0.12 0.11 0.11 0.17 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.16 0.11
C5' 0.07 0.15 0.08 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.13 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.08 0.09 0.06 0.08 0.03 0.08 0.08 0.05
C6 0.07 0.15 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.14 0.13 0.12 0.09 0.15 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.14 0.09
N1 0.07 0.15 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.15 0.12 0.12 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.10 0.05
N3 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.16 0.10 0.09 0.13 0.16 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07
O2 0.11 0.15 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.15 0.12 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.06 0.07 0.04
O2' 0.10 0.15 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.12 0.13 0.14 0.14 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.07 0.06 0.06
O3' 0.06 0.12 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.09 0.06 0.07 0.05 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01
O4 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.19 0.13 0.19 0.20 0.16 0.14 0.22 0.21 0.16 0.16 0.16 0.13 0.13 0.12 0.18 0.12
O4' 0.07 0.14 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.15 0.13 0.12 0.10 0.15 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02
O5' 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.14 0.14 0.16 0.12 0.15 0.14 0.08 0.11 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05
OP1 0.08 0.17 0.10 0.07 0.11 0.06 0.13 0.07 0.17 0.10 0.19 0.14 0.20 0.12 0.09 0.14 0.07 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08
OP2 0.07 0.17 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07 0.16 0.10 0.19 0.13 0.18 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06
P 0.06 0.16 0.08 0.05 0.09 0.05 0.11 0.04 0.15 0.10 0.18 0.12 0.17 0.11 0.07 0.11 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.07 0.11 0.12 0.16 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.10 0.10 0.14 0.10
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.12 0.16 0.11
C5' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.12 0.13 0.17 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.10 0.09 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.12 0.13 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.07 0.10 0.10 0.15 0.10
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.12 0.15 0.18 0.14
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.11 0.12 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.08 0.12 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.11 0.13 0.10
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.06
O5' 0.06 0.11 0.06 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.08 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.08 0.05 0.10 0.04 0.12 0.05 0.13 0.09 0.13 0.10 0.15 0.12 0.08 0.11 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.16 0.10 0.06 0.14 0.05 0.16 0.02 0.17 0.12 0.17 0.15 0.18 0.14 0.12 0.13 0.07 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.07 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.13 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.07 0.10 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00