ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 4, 4, 4, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.005, 0.017, 0.039, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.017 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.009, 0.054, 0.099, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.054 std_dev=0.045
N9 B 0, 0.257, 0.426, 0.594, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.426 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.251, 0.455, 0.660, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.237, 0.448, 0.660, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.448 std_dev=0.212
O4' A 0, -0.026, 0.232, 0.489, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.232 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.264, 0.529, 0.794, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.529 std_dev=0.265
C2' A 0, -0.027, 0.248, 0.524, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.248 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.160, 0.440, 0.721, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.440 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.249, 0.533, 0.816, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.533 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.266, 0.553, 0.839, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.553 std_dev=0.287
C2' B 0, 0.211, 0.509, 0.807, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.509 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.276, 0.591, 0.906, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.591 std_dev=0.315
C4' A 0, 0.004, 0.325, 0.645, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.325 std_dev=0.321
O2' A 0, -0.043, 0.337, 0.717, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.337 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.296, 0.690, 1.084, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.690 std_dev=0.394
C6 B 0, 0.266, 0.664, 1.061, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.664 std_dev=0.397
C3' A 0, -0.019, 0.395, 0.809, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.395 std_dev=0.414
N1 B 0, 0.303, 0.741, 1.180, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.741 std_dev=0.438
C4' B 0, 0.087, 0.541, 0.995, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.541 std_dev=0.454
N6 B 0, 0.269, 0.799, 1.330, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.799 std_dev=0.530
C3' B 0, 0.052, 0.587, 1.121, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.587 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.040, 0.597, 1.154, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.597 std_dev=0.557
C5' B 0, 0.051, 0.619, 1.186, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.619 std_dev=0.568
O3' A 0, -0.011, 0.568, 1.147, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.568 std_dev=0.579
OP2 B 0, 0.118, 0.735, 1.352, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.735 std_dev=0.617
P B 0, 0.048, 0.671, 1.294, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.671 std_dev=0.623
C5' A 0, 0.010, 0.642, 1.274, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.642 std_dev=0.632
O5' A 0, 0.018, 0.755, 1.492, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.755 std_dev=0.737
OP1 B 0, 0.067, 0.830, 1.592, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.830 std_dev=0.763
O2' B 0, 0.042, 0.809, 1.577, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.809 std_dev=0.767
O3' B 0, -0.066, 0.858, 1.783, 3.851 max_d=3.851 avg_d=0.858 std_dev=0.924
P A 0, 0.072, 1.000, 1.928, 3.351 max_d=3.351 avg_d=1.000 std_dev=0.928
OP2 A 0, 0.089, 1.069, 2.049, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.069 std_dev=0.980
OP1 A 0, 0.057, 1.238, 2.418, 3.996 max_d=3.996 avg_d=1.238 std_dev=1.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.52 0.19 0.21
C2 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.01 0.03 0.16 0.68 0.32 0.27
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.07 0.22 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.35 0.10 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.01 0.20 0.03 0.21 0.06 0.07 0.19 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.21 0.10 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.22 0.75 0.46 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.03 0.18 0.16 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.07 0.25 0.75 0.43 0.26
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.15 0.07 0.10 0.08 0.06 0.04 0.15 0.02 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.07 0.22 0.71 0.30 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.14 0.65 0.26 0.24
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.01 0.03 0.19 0.73 0.40 0.28
O2 0.04 0.00 0.22 0.19 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.24 0.01 0.06 0.16 0.64 0.30 0.27
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.11 0.24 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04 0.28 0.08 0.09
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.03 0.24 0.04 0.23 0.06 0.08 0.24 0.05 0.00 0.14 0.03 0.14 0.24 0.20 0.15
O4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.23 0.76 0.51 0.30
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.05 0.00 0.11 0.48 0.25 0.23
O5' 0.09 0.16 0.07 0.09 0.22 0.03 0.25 0.01 0.22 0.14 0.19 0.16 0.04 0.14 0.23 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.52 0.68 0.35 0.21 0.75 0.18 0.75 0.13 0.71 0.65 0.73 0.64 0.28 0.24 0.76 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.32 0.10 0.10 0.46 0.16 0.43 0.20 0.30 0.26 0.40 0.30 0.08 0.20 0.51 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.27 0.14 0.10 0.28 0.08 0.26 0.02 0.23 0.24 0.28 0.27 0.09 0.15 0.30 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.29 0.23 0.27 0.15 0.27 0.24 0.30 0.34 0.28 0.35 0.22 0.43 0.32 0.16 0.31 0.24 0.28 0.25 0.04 0.07 0.08
C2 0.20 0.33 0.19 0.18 0.13 0.18 0.20 0.19 0.28 0.34 0.33 0.25 0.34 0.35 0.17 0.24 0.28 0.19 0.18 0.06 0.19 0.09
C2' 0.16 0.26 0.16 0.22 0.16 0.22 0.23 0.30 0.30 0.24 0.31 0.19 0.34 0.25 0.14 0.21 0.20 0.19 0.28 0.11 0.11 0.14
C3' 0.20 0.34 0.25 0.11 0.29 0.11 0.35 0.10 0.40 0.31 0.38 0.28 0.44 0.37 0.25 0.14 0.14 0.18 0.08 0.02 0.06 0.01
C4 0.22 0.40 0.22 0.28 0.16 0.24 0.16 0.27 0.26 0.32 0.41 0.29 0.33 0.33 0.21 0.28 0.25 0.24 0.32 0.26 0.38 0.27
C4' 0.16 0.35 0.19 0.10 0.28 0.11 0.40 0.13 0.48 0.35 0.44 0.26 0.57 0.45 0.22 0.13 0.13 0.16 0.06 0.13 0.25 0.11
C5 0.25 0.40 0.25 0.35 0.20 0.31 0.20 0.36 0.36 0.32 0.45 0.29 0.44 0.31 0.23 0.28 0.27 0.30 0.41 0.35 0.44 0.37
C5' 0.26 0.48 0.36 0.19 0.43 0.14 0.57 0.09 0.64 0.48 0.59 0.40 0.75 0.61 0.37 0.26 0.20 0.21 0.18 0.25 0.45 0.24
C6 0.26 0.37 0.25 0.35 0.19 0.32 0.23 0.38 0.38 0.30 0.43 0.27 0.47 0.30 0.21 0.26 0.27 0.31 0.40 0.30 0.36 0.33
N1 0.23 0.34 0.21 0.26 0.16 0.25 0.23 0.29 0.34 0.31 0.38 0.25 0.42 0.33 0.17 0.24 0.24 0.26 0.27 0.12 0.19 0.16
N3 0.20 0.36 0.20 0.21 0.12 0.18 0.18 0.19 0.24 0.33 0.35 0.26 0.31 0.35 0.18 0.25 0.29 0.20 0.21 0.13 0.27 0.15
O2 0.19 0.30 0.19 0.13 0.15 0.15 0.23 0.15 0.26 0.35 0.29 0.25 0.31 0.35 0.19 0.30 0.37 0.13 0.12 0.15 0.17 0.13
O2' 0.27 0.23 0.29 0.34 0.15 0.36 0.18 0.43 0.24 0.23 0.26 0.19 0.29 0.21 0.18 0.46 0.31 0.31 0.35 0.16 0.11 0.16
O3' 0.24 0.32 0.29 0.13 0.29 0.15 0.32 0.07 0.35 0.28 0.34 0.29 0.37 0.32 0.26 0.15 0.18 0.24 0.02 0.02 0.03 0.01
O4 0.21 0.41 0.21 0.27 0.17 0.21 0.16 0.24 0.21 0.30 0.41 0.29 0.27 0.32 0.20 0.32 0.25 0.23 0.31 0.28 0.42 0.29
O4' 0.17 0.35 0.15 0.16 0.22 0.18 0.37 0.21 0.48 0.33 0.45 0.24 0.60 0.44 0.16 0.21 0.15 0.19 0.13 0.08 0.18 0.05
O5' 0.36 0.59 0.50 0.25 0.55 0.21 0.67 0.16 0.74 0.56 0.69 0.52 0.83 0.70 0.47 0.46 0.26 0.27 0.26 0.22 0.38 0.24
OP1 0.61 1.11 0.72 0.47 0.93 0.36 1.07 0.27 1.23 0.76 1.23 0.96 1.36 0.98 0.75 0.72 0.46 0.45 0.36 0.37 0.48 0.31
OP2 0.46 0.78 0.63 0.36 0.69 0.27 0.80 0.21 0.91 0.61 0.88 0.69 1.03 0.77 0.57 0.71 0.39 0.32 0.28 0.28 0.31 0.25
P 0.45 0.80 0.60 0.34 0.70 0.26 0.84 0.18 0.95 0.64 0.91 0.69 1.08 0.83 0.58 0.60 0.34 0.32 0.28 0.20 0.37 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.15 0.15 0.20 0.18
C2 0.02 0.00 0.19 0.18 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.42 0.29 0.11 0.18 0.21 0.32 0.25
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.05 0.15 0.09 0.11 0.15 0.19 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.28 0.30 0.35 0.31
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.18 0.01 0.27 0.02 0.26 0.33 0.21 0.16 0.30 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.15 0.10
C4 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.15 0.08 0.18 0.20 0.29 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.16 0.06 0.04 0.12 0.15 0.07 0.25 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.27 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.14 0.07 0.22 0.27 0.35 0.28
C5' 0.06 0.10 0.15 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.20 0.11 0.09 0.18 0.21 0.10 0.10 0.17 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.16 0.09 0.22 0.29 0.37 0.29
C8 0.02 0.02 0.11 0.33 0.01 0.16 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.20 0.06 0.26 0.24 0.30 0.25
N1 0.02 0.00 0.15 0.21 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.21 0.11 0.19 0.25 0.35 0.28
N3 0.02 0.00 0.19 0.16 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.39 0.30 0.10 0.17 0.19 0.29 0.23
N6 0.03 0.02 0.07 0.30 0.02 0.12 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.35 0.19 0.09 0.25 0.34 0.41 0.33
N7 0.02 0.02 0.08 0.34 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.22 0.05 0.28 0.31 0.38 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.08 0.03 0.17 0.18 0.25 0.20
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.29 0.25 0.30 0.10 0.35 0.21 0.40 0.39 0.35 0.26 0.17 0.00 0.05 0.18 0.17 0.20 0.36 0.22
O3' 0.23 0.29 0.03 0.01 0.15 0.04 0.14 0.17 0.16 0.20 0.21 0.30 0.19 0.22 0.08 0.05 0.00 0.17 0.25 0.34 0.30 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.11 0.10 0.09 0.05 0.03 0.18 0.17 0.00 0.09 0.12 0.13 0.14
O5' 0.15 0.18 0.28 0.11 0.18 0.02 0.22 0.01 0.22 0.26 0.19 0.17 0.25 0.28 0.17 0.17 0.25 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.21 0.30 0.12 0.20 0.05 0.27 0.06 0.29 0.24 0.25 0.19 0.34 0.31 0.18 0.20 0.34 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.32 0.35 0.15 0.29 0.05 0.35 0.03 0.37 0.30 0.35 0.29 0.41 0.38 0.25 0.36 0.30 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.31 0.10 0.23 0.05 0.28 0.03 0.29 0.25 0.28 0.23 0.33 0.31 0.20 0.22 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00