ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.002, 0.008, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.007, 0.007, 0.021, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.007 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.012 std_dev=0.015
O2 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.025 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.060 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.004, 0.054, 0.104, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.054 std_dev=0.050
C2' A 0, -0.002, 0.076, 0.155, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.076 std_dev=0.078
O4' B 0, 0.120, 0.208, 0.296, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.208 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.027, 0.116, 0.205, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.116 std_dev=0.089
C5 B 0, 0.060, 0.159, 0.259, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.159 std_dev=0.099
C4' B 0, 0.130, 0.242, 0.354, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.242 std_dev=0.112
N7 B 0, 0.050, 0.162, 0.274, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.162 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.072, 0.184, 0.296, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.112
N9 B 0, 0.071, 0.183, 0.295, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.183 std_dev=0.112
N6 B 0, 0.080, 0.193, 0.307, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.193 std_dev=0.114
C4 B 0, 0.063, 0.178, 0.293, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.178 std_dev=0.115
C1' B 0, 0.098, 0.217, 0.336, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.012, 0.135, 0.258, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.135 std_dev=0.123
C3' B 0, 0.124, 0.249, 0.374, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.249 std_dev=0.125
O2' A 0, -0.010, 0.124, 0.257, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.124 std_dev=0.134
C8 B 0, 0.034, 0.170, 0.305, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.170 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.087, 0.227, 0.366, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.227 std_dev=0.140
C5' B 0, 0.114, 0.260, 0.406, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.260 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.086, 0.232, 0.379, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.232 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.098, 0.248, 0.398, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.248 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.026, 0.176, 0.327, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.176 std_dev=0.151
O5' B 0, 0.071, 0.225, 0.378, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.225 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.096, 0.252, 0.407, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.252 std_dev=0.156
O3' B 0, 0.147, 0.308, 0.469, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.308 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.022, 0.187, 0.352, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.187 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.126, 0.303, 0.480, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.303 std_dev=0.177
O3' A 0, -0.014, 0.202, 0.418, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.202 std_dev=0.216
P B 0, 0.000, 0.253, 0.505, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.253 std_dev=0.253
OP2 B 0, -0.009, 0.304, 0.617, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.304 std_dev=0.313
P A 0, -0.051, 0.279, 0.609, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.279 std_dev=0.330
OP1 B 0, -0.083, 0.316, 0.715, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.316 std_dev=0.399
OP2 A 0, -0.064, 0.336, 0.737, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.336 std_dev=0.401
OP1 A 0, -0.087, 0.328, 0.744, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.328 std_dev=0.415

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.08 0.19 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.07 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.12 0.20 0.30 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.00 0.05 0.13 0.21 0.30 0.22
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.00 0.05 0.11 0.15 0.22 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.08 0.16 0.12
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.09 0.14 0.25 0.17
O2 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.04 0.04 0.16 0.09
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.09 0.09 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.09 0.03 0.04 0.08 0.04 0.00 0.09 0.01 0.05 0.09 0.09 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.13 0.23 0.33 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.07 0.09 0.04 0.04 0.05 0.13 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.20 0.06 0.21 0.05 0.15 0.08 0.14 0.04 0.09 0.09 0.23 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02
OP2 0.10 0.19 0.09 0.08 0.30 0.04 0.30 0.03 0.22 0.16 0.25 0.16 0.09 0.09 0.33 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.05 0.04 0.22 0.02 0.22 0.01 0.17 0.12 0.17 0.09 0.05 0.05 0.24 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.10 0.11 0.05 0.12 0.06 0.16 0.07 0.15 0.08 0.06 0.08 0.13 0.09 0.07 0.11 0.09 0.12 0.03 0.09 0.05
C2 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.13 0.07 0.13 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.06 0.09 0.07 0.12 0.06 0.18 0.09
C2' 0.06 0.07 0.08 0.11 0.05 0.10 0.07 0.16 0.06 0.16 0.07 0.05 0.07 0.14 0.08 0.05 0.11 0.05 0.13 0.04 0.11 0.07
C3' 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.11 0.06 0.04 0.08 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01
C4 0.08 0.16 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.13 0.08 0.16 0.13 0.14 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.15 0.16 0.27 0.17
C4' 0.05 0.08 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.12 0.06 0.12 0.07 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03
C5 0.06 0.14 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.15 0.13 0.08 0.15 0.11 0.14 0.09 0.07 0.06 0.10 0.06 0.15 0.18 0.26 0.18
C5' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.09 0.14 0.07
C6 0.06 0.11 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.16 0.10 0.10 0.12 0.08 0.11 0.11 0.06 0.05 0.11 0.06 0.14 0.14 0.21 0.15
N1 0.07 0.09 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.15 0.08 0.13 0.10 0.07 0.09 0.13 0.08 0.05 0.10 0.06 0.13 0.07 0.16 0.09
N3 0.08 0.14 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.13 0.10 0.10 0.14 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.14 0.11 0.23 0.13
O2 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.14 0.05
O2' 0.14 0.07 0.16 0.19 0.08 0.19 0.09 0.23 0.06 0.21 0.07 0.06 0.07 0.16 0.14 0.12 0.18 0.15 0.18 0.07 0.10 0.07
O3' 0.07 0.08 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.13 0.07 0.08 0.09 0.13 0.08 0.06 0.08 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01
O4 0.10 0.19 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.14 0.16 0.08 0.20 0.16 0.17 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.16 0.19 0.29 0.19
O4' 0.08 0.09 0.08 0.09 0.04 0.11 0.05 0.15 0.08 0.12 0.10 0.06 0.10 0.10 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.04 0.05 0.02
O5' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.08 0.02
OP1 0.13 0.07 0.14 0.16 0.07 0.15 0.07 0.13 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.09 0.15 0.18 0.17 0.18 0.19 0.27 0.19
OP2 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.14 0.07 0.14 0.09 0.17 0.10 0.07 0.10 0.11 0.13 0.13 0.14 0.17 0.13
P 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.09 0.05 0.07 0.10 0.09 0.10 0.12 0.18 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.04 0.11 0.10 0.23 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.08 0.13 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.11 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.12 0.11 0.22 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.14 0.17 0.27 0.17
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.06 0.04 0.10 0.12 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.14 0.17 0.29 0.17
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.15 0.17 0.23 0.17
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.03 0.13 0.14 0.27 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.10 0.08 0.21 0.10
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.15 0.21 0.31 0.19
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.16 0.21 0.29 0.20
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.10 0.19 0.11
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.13 0.14 0.11
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.06 0.11 0.07 0.07 0.12 0.02 0.14 0.01 0.14 0.15 0.13 0.10 0.15 0.16 0.11 0.05 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.10 0.08 0.10 0.11 0.02 0.17 0.04 0.17 0.17 0.14 0.08 0.21 0.21 0.10 0.05 0.13 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.11 0.23 0.13 0.11 0.22 0.04 0.27 0.02 0.29 0.23 0.27 0.21 0.31 0.29 0.19 0.10 0.14 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.07 0.08 0.12 0.02 0.17 0.01 0.17 0.17 0.14 0.10 0.19 0.20 0.11 0.05 0.11 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00