ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.008, 0.039, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.007, 0.044, 0.081, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.044 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.012, 0.121, 0.229, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.121 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.039, 0.163, 0.288, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.163 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.085, 0.230, 0.374, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.230 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.038, 0.204, 0.371, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.204 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.188, 0.358, 0.528, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.358 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.058, 0.246, 0.433, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.246 std_dev=0.188
N7 B 0, 0.149, 0.381, 0.613, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.381 std_dev=0.232
C8 B 0, 0.112, 0.360, 0.609, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.360 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.156, 0.409, 0.663, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.409 std_dev=0.253
OP2 B 0, 0.116, 0.381, 0.646, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.381 std_dev=0.265
O3' A 0, 0.083, 0.349, 0.614, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.349 std_dev=0.265
N6 B 0, 0.291, 0.566, 0.840, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.566 std_dev=0.275
P B 0, 0.089, 0.367, 0.644, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.367 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.213, 0.492, 0.770, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.492 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.092, 0.375, 0.659, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.375 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.112, 0.406, 0.701, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.406 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.139, 0.434, 0.729, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.434 std_dev=0.295
OP2 A 0, 0.205, 0.536, 0.868, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.536 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.072, 0.404, 0.735, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.404 std_dev=0.332
N1 B 0, 0.225, 0.561, 0.896, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.561 std_dev=0.335
N3 B 0, 0.210, 0.548, 0.886, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.548 std_dev=0.338
P A 0, 0.243, 0.590, 0.937, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.590 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.236, 0.588, 0.939, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.588 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.098, 0.450, 0.803, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.450 std_dev=0.352
C5' B 0, 0.128, 0.489, 0.851, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.489 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.137, 0.499, 0.861, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.499 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.093, 0.464, 0.835, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.464 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.096, 0.467, 0.838, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.467 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.103, 0.485, 0.867, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.485 std_dev=0.382
O3' B 0, 0.150, 0.534, 0.917, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.534 std_dev=0.384
C2' B 0, 0.164, 0.563, 0.962, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.563 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.229, 0.721, 1.214, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.721 std_dev=0.492
OP1 A 0, 0.085, 0.850, 1.614, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.850 std_dev=0.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.14 0.13 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.02 0.15 0.34 0.23 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.13 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.17 0.14 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.17 0.16 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.01 0.18 0.46 0.31 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.18 0.43 0.30 0.26
C5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.09 0.05 0.04 0.12 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.16 0.33 0.23 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.28 0.19 0.17
N3 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.01 0.17 0.42 0.28 0.24
O2 0.05 0.01 0.13 0.12 0.02 0.08 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.14 0.03 0.04 0.15 0.32 0.22 0.18
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.12 0.12 0.08
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.07 0.04 0.10 0.14 0.02 0.00 0.10 0.02 0.09 0.21 0.21 0.13
O4 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.10 0.00 0.02 0.19 0.52 0.34 0.29
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.10 0.09 0.12 0.11
O5' 0.09 0.15 0.06 0.07 0.18 0.03 0.18 0.02 0.16 0.14 0.17 0.15 0.07 0.09 0.19 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.14 0.34 0.17 0.17 0.46 0.04 0.43 0.09 0.33 0.28 0.42 0.32 0.12 0.21 0.52 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.23 0.14 0.16 0.31 0.04 0.30 0.02 0.23 0.19 0.28 0.22 0.12 0.21 0.34 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.08 0.09 0.26 0.03 0.26 0.02 0.21 0.17 0.24 0.18 0.08 0.13 0.29 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.26 0.25 0.20 0.27 0.20 0.26 0.24 0.24 0.27 0.24 0.28 0.23 0.28 0.27 0.28 0.18 0.25 0.25 0.06 0.05 0.07
C2 0.22 0.27 0.21 0.16 0.24 0.16 0.22 0.24 0.23 0.17 0.24 0.28 0.24 0.21 0.20 0.25 0.15 0.16 0.31 0.16 0.13 0.15
C2' 0.26 0.23 0.21 0.18 0.25 0.17 0.25 0.24 0.23 0.28 0.23 0.25 0.22 0.28 0.26 0.23 0.16 0.23 0.27 0.11 0.05 0.11
C3' 0.22 0.20 0.15 0.12 0.22 0.12 0.24 0.12 0.22 0.24 0.21 0.21 0.22 0.27 0.22 0.19 0.13 0.23 0.11 0.03 0.06 0.03
C4 0.17 0.22 0.16 0.14 0.15 0.16 0.12 0.21 0.14 0.12 0.18 0.22 0.19 0.14 0.14 0.19 0.14 0.16 0.30 0.16 0.17 0.17
C4' 0.24 0.22 0.17 0.13 0.22 0.13 0.23 0.13 0.22 0.23 0.21 0.23 0.22 0.26 0.22 0.22 0.12 0.23 0.09 0.12 0.15 0.06
C5 0.18 0.22 0.15 0.13 0.18 0.15 0.16 0.19 0.17 0.14 0.19 0.22 0.19 0.16 0.16 0.18 0.13 0.16 0.27 0.12 0.15 0.14
C5' 0.21 0.19 0.15 0.13 0.19 0.13 0.21 0.11 0.20 0.20 0.19 0.19 0.23 0.23 0.19 0.19 0.17 0.23 0.10 0.24 0.27 0.16
C6 0.21 0.23 0.17 0.13 0.22 0.14 0.21 0.19 0.20 0.18 0.21 0.24 0.21 0.22 0.19 0.21 0.13 0.18 0.25 0.08 0.11 0.11
N1 0.25 0.26 0.21 0.16 0.25 0.16 0.24 0.22 0.23 0.22 0.24 0.27 0.23 0.25 0.24 0.25 0.15 0.19 0.27 0.09 0.08 0.11
N3 0.17 0.24 0.17 0.14 0.17 0.16 0.15 0.23 0.19 0.11 0.21 0.24 0.22 0.15 0.13 0.21 0.14 0.16 0.32 0.18 0.16 0.17
O2 0.27 0.31 0.26 0.20 0.28 0.19 0.25 0.28 0.27 0.21 0.28 0.33 0.26 0.23 0.25 0.30 0.19 0.21 0.34 0.20 0.16 0.18
O2' 0.34 0.27 0.32 0.30 0.29 0.31 0.27 0.35 0.25 0.31 0.25 0.29 0.22 0.29 0.31 0.34 0.28 0.35 0.29 0.15 0.06 0.13
O3' 0.24 0.19 0.18 0.16 0.20 0.18 0.21 0.12 0.20 0.22 0.19 0.21 0.20 0.24 0.21 0.23 0.17 0.28 0.02 0.01 0.02 0.01
O4 0.18 0.22 0.18 0.17 0.16 0.19 0.11 0.22 0.10 0.16 0.16 0.22 0.16 0.16 0.16 0.20 0.18 0.19 0.30 0.19 0.19 0.19
O4' 0.26 0.24 0.20 0.15 0.24 0.15 0.23 0.18 0.22 0.23 0.22 0.26 0.21 0.25 0.24 0.25 0.13 0.23 0.17 0.08 0.14 0.04
O5' 0.22 0.19 0.16 0.14 0.19 0.16 0.20 0.14 0.21 0.20 0.20 0.19 0.23 0.22 0.20 0.20 0.17 0.25 0.14 0.20 0.25 0.15
OP1 0.37 0.48 0.40 0.39 0.46 0.30 0.53 0.28 0.57 0.47 0.54 0.44 0.63 0.54 0.43 0.36 0.42 0.33 0.38 0.34 0.50 0.34
OP2 0.35 0.29 0.34 0.35 0.30 0.35 0.29 0.34 0.29 0.33 0.29 0.29 0.31 0.30 0.32 0.35 0.38 0.39 0.36 0.38 0.46 0.35
P 0.23 0.21 0.20 0.20 0.20 0.20 0.23 0.19 0.25 0.22 0.24 0.20 0.30 0.24 0.21 0.21 0.25 0.26 0.25 0.26 0.35 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.13 0.15 0.12
C2 0.06 0.00 0.12 0.11 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.15 0.13 0.06 0.18 0.21 0.23 0.18
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.11 0.11 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.13 0.08
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.10 0.17 0.13 0.10
C4 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.03 0.18 0.20 0.22 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.06 0.05
C5 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.10 0.02 0.21 0.24 0.27 0.22
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.13 0.09 0.07 0.09 0.14 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.10 0.12 0.03 0.20 0.23 0.27 0.21
C8 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.22 0.23 0.23 0.21
N1 0.06 0.00 0.11 0.11 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.13 0.13 0.05 0.20 0.23 0.25 0.20
N3 0.06 0.01 0.11 0.10 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.12 0.06 0.17 0.19 0.21 0.17
N6 0.05 0.01 0.08 0.09 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.09 0.12 0.04 0.19 0.23 0.26 0.21
N7 0.03 0.04 0.05 0.09 0.02 0.07 0.02 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.11 0.02 0.24 0.26 0.29 0.25
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.19 0.20 0.17
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.04 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.11 0.11 0.07
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.12 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.05 0.04 0.00 0.02 0.17 0.23 0.18 0.16
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.15 0.18 0.16
O5' 0.11 0.18 0.06 0.10 0.18 0.02 0.21 0.01 0.20 0.22 0.20 0.17 0.19 0.24 0.17 0.04 0.17 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.21 0.15 0.17 0.20 0.10 0.24 0.10 0.23 0.23 0.23 0.19 0.23 0.26 0.19 0.11 0.23 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.23 0.13 0.13 0.22 0.06 0.27 0.02 0.27 0.23 0.25 0.21 0.26 0.29 0.20 0.11 0.18 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.08 0.10 0.18 0.05 0.22 0.02 0.21 0.21 0.20 0.17 0.21 0.25 0.17 0.07 0.16 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00