Doublet Group distance statistics: 48993

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.020, 0.034, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.017, 0.032, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.018, 0.062, 0.106, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.062 std_dev=0.044
O4 A 0, 0.014, 0.070, 0.127, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.070 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.087, 0.221, 0.355, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.221 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.124, 0.284, 0.445, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.284 std_dev=0.161
C2' A 0, 0.081, 0.245, 0.409, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.245 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.131, 0.356, 0.581, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.356 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.154, 0.382, 0.611, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.382 std_dev=0.228
C4' A 0, 0.174, 0.403, 0.632, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.403 std_dev=0.229
N7 B 0, 0.200, 0.438, 0.676, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.438 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.159, 0.419, 0.679, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.419 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.221, 0.497, 0.773, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.497 std_dev=0.276
N1 B 0, 0.220, 0.518, 0.816, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.518 std_dev=0.298
C6 B 0, 0.119, 0.417, 0.715, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.417 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.161, 0.469, 0.777, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.469 std_dev=0.308
N6 B 0, 0.303, 0.612, 0.920, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.612 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.203, 0.530, 0.858, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.530 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.230, 0.559, 0.888, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.559 std_dev=0.329
C5' A 0, 0.376, 0.721, 1.066, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.721 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.324, 0.692, 1.060, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.692 std_dev=0.368
O3' A 0, 0.184, 0.555, 0.925, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.555 std_dev=0.371
C3' B 0, 0.419, 0.794, 1.169, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.794 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.240, 0.624, 1.008, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.624 std_dev=0.384
P B 0, 0.260, 0.660, 1.059, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.660 std_dev=0.399
C5' B 0, 0.347, 0.753, 1.158, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.753 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.404, 0.817, 1.229, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.817 std_dev=0.413
C1' B 0, 0.352, 0.783, 1.213, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.783 std_dev=0.430
C2' B 0, 0.460, 0.893, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.893 std_dev=0.433
O3' B 0, 0.465, 0.944, 1.423, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.944 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.303, 0.806, 1.309, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.806 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.594, 1.132, 1.669, 1.696 max_d=1.696 avg_d=1.132 std_dev=0.537
OP1 B 0, 0.294, 0.841, 1.389, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.841 std_dev=0.548
O5' A 0, 0.622, 1.217, 1.813, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.217 std_dev=0.596
P A 0, 0.790, 1.425, 2.060, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.425 std_dev=0.635
OP2 A 0, 1.036, 2.229, 3.423, 3.993 max_d=3.993 avg_d=2.229 std_dev=1.193
OP1 A 0, 0.865, 2.127, 3.390, 4.348 max_d=4.348 avg_d=2.127 std_dev=1.263

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.65 0.57 0.21
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.03 0.30 0.85 0.79 0.30
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.22 0.45 0.42 0.15
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.10 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.30 0.33 0.31 0.16
C4 0.04 0.01 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.05 0.42 0.93 0.94 0.34
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.25 0.34 0.07
C5 0.03 0.03 0.07 0.11 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.13 0.03 0.05 0.43 0.92 0.94 0.34
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.13 0.08 0.06 0.03 0.16 0.01 0.01 0.20 0.35 0.01
C6 0.03 0.03 0.08 0.12 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.13 0.03 0.05 0.38 0.87 0.84 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.28 0.81 0.74 0.28
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.12 0.03 0.03 0.37 0.91 0.88 0.33
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.10 0.18 0.05 0.07 0.27 0.81 0.72 0.29
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.06 0.03 0.08 0.38 0.37 0.11
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.13 0.04 0.12 0.18 0.04 0.00 0.12 0.02 0.27 0.37 0.31 0.18
O4 0.04 0.03 0.07 0.10 0.01 0.08 0.03 0.16 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.12 0.00 0.06 0.46 0.95 0.96 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.03 0.02 0.06 0.00 0.12 0.58 0.50 0.20
O5' 0.15 0.30 0.22 0.30 0.42 0.02 0.43 0.01 0.38 0.28 0.37 0.27 0.08 0.27 0.46 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.65 0.85 0.45 0.33 0.93 0.25 0.92 0.20 0.87 0.81 0.91 0.81 0.38 0.37 0.95 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.79 0.42 0.31 0.94 0.34 0.94 0.35 0.84 0.74 0.88 0.72 0.37 0.31 0.96 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.30 0.15 0.16 0.34 0.07 0.34 0.01 0.31 0.28 0.33 0.29 0.11 0.18 0.36 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.29 0.29 0.19 0.26 0.21 0.22 0.12 0.23 0.23 0.25 0.31 0.26 0.24 0.27 0.37 0.17 0.32 0.14 0.05 0.07 0.06
C2 0.24 0.31 0.24 0.16 0.23 0.11 0.23 0.21 0.26 0.22 0.28 0.30 0.28 0.26 0.21 0.33 0.16 0.14 0.24 0.17 0.16 0.16
C2' 0.34 0.27 0.29 0.20 0.25 0.23 0.21 0.14 0.22 0.21 0.24 0.30 0.25 0.23 0.26 0.35 0.18 0.34 0.15 0.07 0.09 0.08
C3' 0.29 0.21 0.22 0.16 0.21 0.19 0.21 0.08 0.22 0.21 0.21 0.23 0.27 0.24 0.23 0.26 0.14 0.33 0.06 0.03 0.06 0.03
C4 0.20 0.25 0.21 0.16 0.15 0.10 0.19 0.18 0.26 0.11 0.27 0.22 0.31 0.18 0.14 0.30 0.16 0.10 0.23 0.17 0.25 0.18
C4' 0.32 0.23 0.24 0.16 0.24 0.19 0.24 0.08 0.25 0.26 0.23 0.25 0.31 0.29 0.27 0.28 0.14 0.34 0.05 0.06 0.11 0.05
C5 0.28 0.24 0.25 0.17 0.23 0.14 0.20 0.12 0.23 0.17 0.23 0.26 0.27 0.16 0.24 0.33 0.17 0.21 0.20 0.19 0.29 0.20
C5' 0.36 0.31 0.29 0.24 0.32 0.22 0.35 0.11 0.36 0.37 0.33 0.31 0.42 0.39 0.34 0.30 0.24 0.37 0.12 0.10 0.18 0.10
C6 0.34 0.26 0.29 0.19 0.27 0.19 0.23 0.13 0.23 0.22 0.24 0.29 0.27 0.21 0.29 0.36 0.18 0.29 0.20 0.18 0.26 0.19
N1 0.32 0.29 0.28 0.17 0.25 0.15 0.22 0.11 0.24 0.21 0.25 0.30 0.27 0.24 0.26 0.35 0.16 0.25 0.17 0.09 0.14 0.10
N3 0.19 0.30 0.21 0.17 0.20 0.13 0.23 0.24 0.28 0.20 0.31 0.26 0.31 0.25 0.17 0.31 0.16 0.12 0.27 0.19 0.21 0.18
O2 0.25 0.32 0.26 0.21 0.23 0.18 0.24 0.29 0.26 0.27 0.29 0.30 0.28 0.29 0.22 0.35 0.21 0.19 0.28 0.24 0.16 0.20
O2' 0.36 0.30 0.33 0.26 0.26 0.30 0.22 0.21 0.23 0.21 0.25 0.33 0.25 0.23 0.27 0.40 0.26 0.37 0.16 0.07 0.07 0.08
O3' 0.21 0.18 0.15 0.11 0.16 0.15 0.20 0.09 0.22 0.18 0.20 0.17 0.28 0.24 0.16 0.18 0.12 0.27 0.02 0.02 0.02 0.02
O4 0.19 0.18 0.21 0.20 0.08 0.16 0.15 0.23 0.26 0.11 0.26 0.13 0.34 0.15 0.12 0.29 0.20 0.15 0.27 0.20 0.28 0.21
O4' 0.34 0.25 0.27 0.18 0.25 0.19 0.23 0.09 0.24 0.27 0.23 0.28 0.29 0.28 0.28 0.33 0.15 0.33 0.09 0.04 0.07 0.03
O5' 0.76 0.61 0.69 0.59 0.66 0.61 0.58 0.46 0.51 0.69 0.54 0.67 0.41 0.58 0.72 0.71 0.54 0.76 0.52 0.33 0.46 0.40
OP1 0.69 0.69 0.58 0.56 0.64 0.53 0.57 0.45 0.56 0.58 0.63 0.70 0.52 0.53 0.64 0.64 0.62 0.68 0.47 0.63 0.63 0.53
OP2 0.57 0.97 0.57 0.50 0.84 0.36 0.95 0.29 1.08 0.70 1.07 0.86 1.17 0.88 0.71 0.54 0.49 0.42 0.30 0.39 0.25 0.27
P 0.53 0.45 0.46 0.39 0.47 0.39 0.44 0.27 0.41 0.50 0.42 0.47 0.41 0.46 0.51 0.49 0.39 0.53 0.32 0.27 0.29 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.10 0.13 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.15 0.16 0.06 0.16 0.18 0.25 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.14 0.11 0.07
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.19 0.01 0.19 0.20 0.16 0.11 0.22 0.22 0.11 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.16 0.12
C4 0.02 0.02 0.07 0.13 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.16 0.16 0.21 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.15 0.08 0.04 0.13 0.15 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.08 0.19 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.22 0.03 0.23 0.24 0.28 0.23
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.22 0.16 0.08 0.23 0.25 0.12 0.06 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.24 0.04 0.25 0.27 0.32 0.26
C8 0.02 0.03 0.08 0.20 0.02 0.15 0.02 0.22 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.23 0.03 0.23 0.21 0.21 0.19
N1 0.04 0.01 0.10 0.16 0.02 0.08 0.02 0.16 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.12 0.20 0.06 0.21 0.23 0.30 0.23
N3 0.04 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.13 0.06 0.13 0.13 0.20 0.13
N6 0.04 0.02 0.10 0.22 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.28 0.04 0.29 0.32 0.37 0.31
N7 0.02 0.02 0.08 0.22 0.01 0.15 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.27 0.03 0.28 0.28 0.29 0.27
N9 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.11 0.01 0.13 0.12 0.16 0.11
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.07 0.15 0.09 0.06
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.14 0.03 0.22 0.03 0.24 0.23 0.20 0.13 0.28 0.27 0.11 0.07 0.00 0.02 0.18 0.30 0.29 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.11 0.19 0.16
O5' 0.05 0.16 0.06 0.11 0.16 0.01 0.23 0.00 0.25 0.23 0.21 0.13 0.29 0.28 0.13 0.07 0.18 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.18 0.14 0.18 0.16 0.09 0.24 0.08 0.27 0.21 0.23 0.13 0.32 0.28 0.12 0.15 0.30 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.25 0.11 0.16 0.21 0.04 0.28 0.02 0.32 0.21 0.30 0.20 0.37 0.29 0.16 0.09 0.29 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.07 0.12 0.15 0.02 0.23 0.01 0.26 0.19 0.23 0.13 0.31 0.27 0.11 0.06 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00