ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48994

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.035, 0.086, 0.138, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.086 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.064, 0.123, 0.182, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.123 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.022, 0.094, 0.166, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.094 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.042, 0.124, 0.205, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.124 std_dev=0.082
C8 B 0, 0.114, 0.227, 0.340, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.227 std_dev=0.113
N7 B 0, 0.089, 0.210, 0.331, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.210 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.029, 0.156, 0.282, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.156 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.003, 0.134, 0.264, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.134 std_dev=0.131
C5 B 0, 0.102, 0.241, 0.381, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.241 std_dev=0.139
N9 B 0, 0.115, 0.256, 0.398, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.256 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.126, 0.276, 0.427, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.276 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.095, 0.260, 0.426, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.260 std_dev=0.165
C6 B 0, 0.135, 0.303, 0.470, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.303 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.124, 0.296, 0.467, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.296 std_dev=0.172
O4' B 0, 0.093, 0.267, 0.440, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.267 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.204, 0.389, 0.575, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.389 std_dev=0.186
N3 B 0, 0.179, 0.365, 0.552, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.365 std_dev=0.186
N6 B 0, 0.134, 0.326, 0.518, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.326 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.218, 0.413, 0.608, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.413 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.048, 0.254, 0.460, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.254 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.151, 0.359, 0.567, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.359 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.160, 0.376, 0.592, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.376 std_dev=0.216
P A 0, 0.155, 0.372, 0.589, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.372 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.189, 0.407, 0.626, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.407 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.104, 0.325, 0.546, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.325 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.284, 0.527, 0.770, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.527 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.184, 0.428, 0.672, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.428 std_dev=0.244
C4' B 0, 0.147, 0.391, 0.635, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.391 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.165, 0.430, 0.696, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.430 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.176, 0.451, 0.726, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.451 std_dev=0.275
P B 0, 0.232, 0.511, 0.791, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.511 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.258, 0.540, 0.823, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.540 std_dev=0.282
O3' B 0, 0.267, 0.619, 0.972, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.619 std_dev=0.352
OP2 B 0, 0.375, 0.753, 1.130, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.753 std_dev=0.377

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.07 0.11 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.12 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.11 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.09 0.04
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03
O4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.08 0.13 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.08 0.06 0.04 0.11 0.07 0.12 0.06 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10
C2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05
C2' 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.12 0.11 0.12 0.12
C3' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10
C4 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
C4' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.10 0.09 0.10 0.09
C5 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07
C5' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.10 0.10 0.11 0.10
C6 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08
N1 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07
N3 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
O2 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08
O2' 0.10 0.07 0.10 0.12 0.07 0.14 0.08 0.16 0.07 0.12 0.06 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.12 0.13 0.16 0.14 0.16 0.16
O3' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06 0.10 0.09 0.11 0.10
O4 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10
O4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10
O5' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.10 0.08
OP1 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.10 0.08 0.13 0.08 0.09 0.06 0.04 0.11 0.10 0.06 0.06 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10
OP2 0.07 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.07 0.06 0.14 0.12 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08
P 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.10 0.08 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.09 0.07 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.11 0.08 0.09
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.08 0.10 0.07 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.13 0.10 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.09 0.08 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.02 0.11 0.05 0.10 0.07 0.13 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.05 0.10 0.08 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.10 0.08 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00