ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48999

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.001, 0.035, 0.070, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.024, 0.084, 0.145, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.084 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.072, 0.202, 0.333, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.202 std_dev=0.131
O4' A 0, 0.066, 0.207, 0.347, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.207 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.099, 0.270, 0.441, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.270 std_dev=0.171
C4' A 0, 0.099, 0.271, 0.444, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.271 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.150, 0.356, 0.562, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.356 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.112, 0.321, 0.530, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.321 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.101, 0.316, 0.530, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.316 std_dev=0.214
C4 B 0, 0.079, 0.295, 0.511, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.295 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.095, 0.312, 0.528, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.312 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.137, 0.354, 0.571, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.354 std_dev=0.217
N9 B 0, 0.096, 0.316, 0.536, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.316 std_dev=0.220
P A 0, 0.118, 0.345, 0.572, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.345 std_dev=0.227
C8 B 0, 0.092, 0.320, 0.547, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.320 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.117, 0.354, 0.591, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.354 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.039, 0.281, 0.523, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.281 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.120, 0.364, 0.607, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.364 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.069, 0.315, 0.561, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.315 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.153, 0.405, 0.658, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.405 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.030, 0.284, 0.538, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.284 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.050, 0.336, 0.621, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.336 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.130, 0.429, 0.728, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.429 std_dev=0.299
N6 B 0, -0.006, 0.307, 0.620, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.307 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.163, 0.491, 0.819, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.491 std_dev=0.328
OP2 A 0, 0.142, 0.478, 0.815, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.478 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.132, 0.470, 0.809, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.470 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.134, 0.501, 0.869, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.501 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.104, 0.490, 0.877, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.490 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.124, 0.515, 0.906, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.515 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.176, 0.622, 1.068, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.622 std_dev=0.446
P B 0, 0.208, 0.658, 1.107, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.658 std_dev=0.450
OP2 B 0, 0.207, 0.794, 1.381, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.794 std_dev=0.587
OP1 B 0, 0.259, 0.848, 1.438, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.848 std_dev=0.590

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.20 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.19 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.18 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.10 0.11 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00 0.02 0.13 0.09 0.17 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.03 0.13 0.10 0.17 0.05
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.14 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07 0.19 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.20 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.12 0.06 0.18 0.04
O2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.18 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.09 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.00 0.02 0.10 0.03 0.05 0.09 0.17 0.03
O3' 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.17 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.02 0.14 0.11 0.16 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.22 0.07
O5' 0.06 0.10 0.05 0.03 0.13 0.02 0.13 0.01 0.12 0.10 0.12 0.09 0.05 0.03 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.14 0.07 0.03 0.06 0.02 0.09 0.17 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.19 0.18 0.11 0.17 0.14 0.17 0.07 0.19 0.20 0.18 0.18 0.17 0.08 0.16 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.17 0.06 0.06 0.12 0.05 0.15 0.06 0.18 0.08 0.19 0.13 0.19 0.12 0.08 0.05 0.06 0.05 0.13 0.05 0.31 0.13
C2 0.15 0.05 0.14 0.15 0.06 0.18 0.03 0.16 0.04 0.11 0.07 0.04 0.06 0.06 0.12 0.17 0.16 0.17 0.08 0.12 0.14 0.06
C2' 0.16 0.27 0.17 0.16 0.25 0.12 0.27 0.12 0.28 0.20 0.28 0.24 0.28 0.24 0.21 0.15 0.15 0.12 0.19 0.08 0.35 0.17
C3' 0.17 0.21 0.18 0.19 0.21 0.18 0.23 0.20 0.24 0.20 0.23 0.20 0.24 0.23 0.20 0.17 0.19 0.17 0.24 0.14 0.38 0.21
C4 0.16 0.06 0.16 0.14 0.12 0.17 0.08 0.13 0.02 0.13 0.03 0.11 0.02 0.10 0.15 0.20 0.15 0.17 0.06 0.05 0.18 0.04
C4' 0.13 0.16 0.13 0.15 0.15 0.14 0.18 0.17 0.19 0.15 0.18 0.15 0.20 0.17 0.14 0.11 0.15 0.13 0.22 0.14 0.38 0.21
C5 0.09 0.09 0.07 0.06 0.05 0.09 0.02 0.06 0.05 0.07 0.11 0.06 0.07 0.04 0.08 0.11 0.06 0.10 0.05 0.07 0.28 0.10
C5' 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.17 0.13 0.11 0.12 0.09 0.14 0.12 0.10 0.09 0.13 0.13 0.20 0.16 0.37 0.21
C6 0.05 0.14 0.03 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04 0.13 0.02 0.16 0.08 0.14 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.31 0.12
N1 0.06 0.12 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.06 0.12 0.03 0.14 0.07 0.12 0.03 0.03 0.07 0.05 0.09 0.05 0.01 0.24 0.07
N3 0.20 0.04 0.19 0.19 0.12 0.22 0.08 0.19 0.02 0.15 0.03 0.11 0.02 0.11 0.17 0.23 0.21 0.21 0.11 0.11 0.13 0.08
O2 0.19 0.04 0.18 0.20 0.07 0.23 0.04 0.21 0.03 0.13 0.06 0.05 0.05 0.08 0.14 0.20 0.22 0.21 0.13 0.21 0.09 0.13
O2' 0.32 0.34 0.32 0.30 0.35 0.25 0.34 0.23 0.33 0.32 0.34 0.34 0.31 0.32 0.34 0.32 0.28 0.28 0.30 0.16 0.40 0.25
O3' 0.27 0.26 0.28 0.30 0.27 0.29 0.27 0.31 0.26 0.28 0.25 0.26 0.24 0.28 0.28 0.28 0.29 0.28 0.34 0.19 0.41 0.28
O4 0.19 0.10 0.19 0.18 0.15 0.20 0.12 0.16 0.07 0.16 0.06 0.16 0.04 0.13 0.17 0.24 0.19 0.19 0.09 0.07 0.17 0.06
O4' 0.08 0.14 0.07 0.09 0.11 0.09 0.14 0.11 0.17 0.09 0.17 0.11 0.18 0.13 0.09 0.06 0.09 0.08 0.16 0.09 0.35 0.16
O5' 0.09 0.06 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.09 0.07 0.08 0.07 0.13 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.17 0.16 0.40 0.21
OP1 0.08 0.21 0.10 0.11 0.14 0.07 0.17 0.09 0.25 0.08 0.25 0.16 0.30 0.13 0.09 0.09 0.13 0.07 0.13 0.16 0.41 0.19
OP2 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09 0.04 0.10 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.28 0.10
P 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.05 0.12 0.08 0.13 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.12 0.12 0.36 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.11 0.22 0.32 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.16 0.11 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.07 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.12 0.20 0.30 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.22 0.35 0.21
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.13 0.24 0.36 0.21
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.17 0.29 0.18
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.12 0.24 0.35 0.21
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.11 0.20 0.28 0.17
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.13 0.25 0.38 0.22
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.13 0.20 0.35 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.17 0.26 0.16
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.16 0.10 0.10
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.03 0.09
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.04
O5' 0.07 0.11 0.04 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.22 0.16 0.17 0.20 0.06 0.22 0.00 0.24 0.17 0.24 0.20 0.25 0.20 0.17 0.16 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.32 0.11 0.07 0.30 0.02 0.35 0.03 0.36 0.29 0.35 0.28 0.38 0.35 0.26 0.10 0.03 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.10 0.09 0.18 0.03 0.21 0.01 0.21 0.18 0.21 0.17 0.22 0.21 0.16 0.10 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00