ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49000

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.064, 0.151, 0.239, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.151 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.069, 0.163, 0.258, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.163 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.090, 0.214, 0.338, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.214 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.089, 0.214, 0.339, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.214 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.098, 0.233, 0.368, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.233 std_dev=0.135
OP1 A 0, 0.081, 0.223, 0.364, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.223 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.087, 0.263, 0.439, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.263 std_dev=0.176
P A 0, 0.121, 0.311, 0.502, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.311 std_dev=0.190
C4' B 0, 0.075, 0.275, 0.474, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.275 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.152, 0.360, 0.567, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.360 std_dev=0.208
O4' B 0, 0.158, 0.379, 0.600, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.379 std_dev=0.221
C2' B 0, 0.108, 0.333, 0.558, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.333 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.167, 0.396, 0.624, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.396 std_dev=0.228
C3' B 0, -0.005, 0.225, 0.455, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.225 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.177, 0.418, 0.659, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.418 std_dev=0.241
P B 0, 0.179, 0.423, 0.667, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.423 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.178, 0.424, 0.670, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.424 std_dev=0.246
OP2 A 0, 0.191, 0.453, 0.715, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.453 std_dev=0.262
O3' B 0, 0.170, 0.464, 0.759, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.464 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.215, 0.517, 0.819, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.517 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.147, 0.453, 0.758, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.453 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.226, 0.539, 0.852, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.539 std_dev=0.313
OP1 B 0, 0.217, 0.536, 0.854, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.536 std_dev=0.319
C8 B 0, 0.258, 0.621, 0.984, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.621 std_dev=0.363
N3 B 0, 0.268, 0.657, 1.045, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.657 std_dev=0.389
C4 B 0, 0.280, 0.671, 1.062, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.671 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.332, 0.785, 1.238, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.785 std_dev=0.453
N7 B 0, 0.333, 0.795, 1.257, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.795 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.355, 0.850, 1.344, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.850 std_dev=0.494
C2 B 0, 0.337, 0.831, 1.326, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.831 std_dev=0.495
C6 B 0, 0.437, 1.051, 1.665, 1.484 max_d=1.484 avg_d=1.051 std_dev=0.614
N1 B 0, 0.427, 1.042, 1.658, 1.501 max_d=1.501 avg_d=1.042 std_dev=0.616
N6 B 0, 0.536, 1.286, 2.036, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.286 std_dev=0.750

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.15 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.11 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.13 0.05
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.03
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.04 0.13 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.14 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.15 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.15 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.14 0.05
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05 0.16 0.04
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.10 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.06 0.05 0.07
O4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.12 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.12 0.05
O5' 0.06 0.09 0.03 0.08 0.13 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.12 0.08 0.04 0.14 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.11 0.04 0.14 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.15 0.11 0.08 0.13 0.07 0.13 0.03 0.15 0.15 0.14 0.16 0.10 0.05 0.12 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.26 0.21 0.09 0.29 0.07 0.31 0.14 0.29 0.35 0.27 0.27 0.30 0.34 0.31 0.25 0.07 0.16 0.17 0.03 0.09 0.04
C2 0.16 0.21 0.16 0.04 0.22 0.06 0.26 0.18 0.27 0.22 0.23 0.20 0.30 0.27 0.20 0.20 0.04 0.02 0.17 0.03 0.10 0.02
C2' 0.29 0.28 0.21 0.11 0.31 0.09 0.32 0.14 0.30 0.37 0.28 0.28 0.30 0.35 0.33 0.24 0.09 0.20 0.17 0.07 0.08 0.07
C3' 0.26 0.27 0.18 0.13 0.29 0.14 0.31 0.15 0.30 0.35 0.29 0.27 0.31 0.34 0.30 0.21 0.14 0.22 0.08 0.02 0.07 0.01
C4 0.07 0.17 0.07 0.02 0.12 0.09 0.16 0.18 0.22 0.08 0.20 0.14 0.29 0.16 0.07 0.10 0.02 0.07 0.17 0.03 0.12 0.03
C4' 0.29 0.27 0.21 0.14 0.29 0.15 0.31 0.15 0.30 0.35 0.28 0.27 0.31 0.35 0.31 0.25 0.13 0.24 0.08 0.06 0.10 0.02
C5 0.10 0.21 0.07 0.02 0.17 0.07 0.21 0.16 0.25 0.12 0.24 0.18 0.30 0.20 0.12 0.10 0.03 0.02 0.16 0.04 0.12 0.04
C5' 0.26 0.25 0.18 0.15 0.27 0.17 0.29 0.17 0.28 0.32 0.26 0.25 0.30 0.32 0.28 0.22 0.16 0.23 0.03 0.16 0.18 0.09
C6 0.15 0.24 0.11 0.02 0.23 0.05 0.27 0.15 0.28 0.22 0.26 0.22 0.32 0.29 0.20 0.13 0.03 0.04 0.14 0.03 0.12 0.02
N1 0.20 0.24 0.16 0.05 0.25 0.05 0.29 0.16 0.28 0.28 0.25 0.23 0.31 0.31 0.24 0.19 0.04 0.06 0.16 0.01 0.11 0.01
N3 0.09 0.17 0.11 0.01 0.15 0.09 0.21 0.19 0.24 0.13 0.21 0.15 0.30 0.20 0.11 0.15 0.01 0.06 0.17 0.03 0.11 0.02
O2 0.19 0.20 0.20 0.07 0.23 0.06 0.26 0.18 0.26 0.24 0.23 0.21 0.29 0.26 0.22 0.24 0.07 0.04 0.17 0.06 0.10 0.03
O2' 0.35 0.28 0.27 0.15 0.32 0.12 0.32 0.10 0.29 0.37 0.28 0.30 0.29 0.33 0.35 0.31 0.10 0.28 0.26 0.16 0.12 0.15
O3' 0.27 0.28 0.20 0.18 0.29 0.20 0.31 0.18 0.31 0.33 0.29 0.28 0.32 0.33 0.30 0.23 0.19 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00
O4 0.04 0.12 0.06 0.04 0.05 0.11 0.10 0.18 0.17 0.07 0.15 0.09 0.26 0.12 0.01 0.08 0.04 0.10 0.17 0.04 0.11 0.04
O4' 0.28 0.25 0.21 0.11 0.29 0.11 0.31 0.14 0.29 0.35 0.27 0.26 0.31 0.35 0.30 0.25 0.10 0.19 0.12 0.03 0.11 0.02
O5' 0.26 0.24 0.20 0.17 0.26 0.19 0.29 0.17 0.27 0.32 0.25 0.24 0.29 0.33 0.28 0.23 0.16 0.24 0.09 0.32 0.28 0.22
OP1 0.19 0.27 0.11 0.09 0.26 0.11 0.31 0.11 0.33 0.28 0.31 0.25 0.37 0.32 0.24 0.14 0.12 0.16 0.04 0.21 0.18 0.10
OP2 0.24 0.33 0.17 0.13 0.31 0.15 0.34 0.14 0.37 0.29 0.36 0.31 0.40 0.34 0.28 0.20 0.14 0.21 0.10 0.21 0.25 0.14
P 0.25 0.28 0.18 0.14 0.29 0.16 0.31 0.15 0.32 0.31 0.30 0.27 0.35 0.34 0.28 0.21 0.14 0.22 0.06 0.26 0.24 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.23 0.14
C2 0.06 0.00 0.20 0.23 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.28 0.05 0.13 0.18 0.37 0.24
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.14 0.05 0.18 0.19 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.12 0.04
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.15 0.00 0.14 0.01 0.18 0.05 0.22 0.20 0.17 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.13 0.15 0.08 0.06
C4 0.03 0.01 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.17 0.02 0.10 0.16 0.34 0.22
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.10 0.09 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03
C5 0.03 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.17 0.01 0.10 0.21 0.37 0.25
C5' 0.03 0.11 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.07 0.12 0.10 0.12 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00
C6 0.04 0.00 0.14 0.18 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.23 0.02 0.12 0.23 0.40 0.27
C8 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.17 0.32 0.23
N1 0.06 0.00 0.18 0.22 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.28 0.03 0.13 0.22 0.40 0.26
N3 0.05 0.01 0.19 0.20 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.24 0.05 0.12 0.15 0.34 0.22
N6 0.04 0.00 0.12 0.17 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.23 0.01 0.13 0.27 0.42 0.29
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.08 0.22 0.36 0.25
N9 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.29 0.19
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.10 0.03 0.14 0.13 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.12 0.04
O3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.17 0.01 0.17 0.02 0.23 0.06 0.28 0.24 0.23 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.16 0.25 0.10 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.10 0.22 0.15
O5' 0.06 0.13 0.06 0.13 0.10 0.01 0.10 0.01 0.12 0.06 0.13 0.12 0.13 0.08 0.07 0.04 0.16 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.18 0.08 0.15 0.16 0.06 0.21 0.05 0.23 0.17 0.22 0.15 0.27 0.22 0.12 0.10 0.25 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.37 0.12 0.08 0.34 0.13 0.37 0.13 0.40 0.32 0.40 0.34 0.42 0.36 0.29 0.12 0.10 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.24 0.04 0.06 0.22 0.03 0.25 0.00 0.27 0.23 0.26 0.22 0.29 0.25 0.19 0.04 0.13 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00