ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49002

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.002, 0.028, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C4 B 0, 0.165, 0.582, 0.998, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.582 std_dev=0.417
O4' A 0, 0.170, 0.589, 1.008, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.589 std_dev=0.419
C2' A 0, 0.175, 0.604, 1.033, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.604 std_dev=0.429
O2' A 0, 0.200, 0.690, 1.179, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.690 std_dev=0.490
N3 B 0, 0.087, 0.586, 1.085, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.586 std_dev=0.499
C5 B 0, 0.176, 0.719, 1.262, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.719 std_dev=0.543
C2 B 0, 0.039, 0.597, 1.154, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.597 std_dev=0.558
N1 B 0, 0.241, 0.827, 1.413, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.827 std_dev=0.586
C4' A 0, 0.243, 0.840, 1.437, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.840 std_dev=0.597
N9 B 0, 0.208, 0.831, 1.454, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.831 std_dev=0.623
C3' A 0, 0.269, 0.929, 1.589, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.929 std_dev=0.660
C6 B 0, 0.222, 0.884, 1.545, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.884 std_dev=0.661
C8 B 0, 0.152, 0.939, 1.725, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.939 std_dev=0.787
N7 B 0, 0.126, 0.937, 1.748, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.937 std_dev=0.811
C1' B 0, 0.259, 1.144, 2.029, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.144 std_dev=0.885
O3' A 0, 0.373, 1.290, 2.207, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.290 std_dev=0.917
O4' B 0, 0.313, 1.291, 2.269, 2.366 max_d=2.366 avg_d=1.291 std_dev=0.978
N6 B 0, 0.225, 1.277, 2.330, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.277 std_dev=1.053
C5' A 0, 0.435, 1.490, 2.545, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.490 std_dev=1.055
C5' B 0, 0.418, 1.648, 2.878, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.648 std_dev=1.230
O5' B 0, 0.444, 1.681, 2.918, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.681 std_dev=1.237
C2' B 0, 0.221, 1.503, 2.785, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.503 std_dev=1.282
C4' B 0, 0.464, 1.754, 3.044, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.754 std_dev=1.290
O5' A 0, 0.500, 1.824, 3.148, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.824 std_dev=1.324
P A 0, 0.524, 1.894, 3.265, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.894 std_dev=1.371
P B 0, 0.613, 2.113, 3.613, 3.337 max_d=3.337 avg_d=2.113 std_dev=1.500
O2' B 0, 0.436, 1.966, 3.496, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.966 std_dev=1.530
C3' B 0, 0.611, 2.174, 3.736, 3.605 max_d=3.605 avg_d=2.174 std_dev=1.562
OP2 B 0, 0.634, 2.370, 4.106, 4.109 max_d=4.109 avg_d=2.370 std_dev=1.736
OP2 A 0, 0.203, 2.061, 3.919, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.061 std_dev=1.858
OP1 B 0, 0.852, 2.915, 4.977, 4.466 max_d=4.466 avg_d=2.915 std_dev=2.063
O3' B 0, 0.934, 3.191, 5.447, 4.808 max_d=4.808 avg_d=3.191 std_dev=2.256
OP1 A 0, 0.929, 3.297, 5.665, 5.456 max_d=5.456 avg_d=3.297 std_dev=2.368

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.46 0.56 0.22
C2 0.04 0.00 0.19 0.24 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.27 0.02 0.13 0.14 0.78 0.51 0.32
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.23 0.01 0.27 0.04 0.11 0.40 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.26 0.28 0.10
C3' 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.00 0.28 0.01 0.19 0.43 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.08 0.10
C4 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.11 0.97 0.55 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.35 0.07
C5 0.01 0.01 0.23 0.22 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.01 0.07 0.08 0.91 0.59 0.28
C5' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.04 0.08 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.22 0.27 0.00
C6 0.00 0.01 0.27 0.28 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.32 0.01 0.10 0.11 0.75 0.60 0.25
N1 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.09 0.68 0.54 0.27
N3 0.03 0.00 0.11 0.19 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.22 0.02 0.09 0.15 0.91 0.52 0.35
O2 0.05 0.01 0.40 0.43 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.51 0.01 0.20 0.17 0.72 0.48 0.32
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.04 0.18 0.03 0.18 0.04 0.05 0.25 0.00 0.03 0.08 0.03 0.04 0.24 0.38 0.10
O3' 0.02 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.01 0.32 0.02 0.22 0.51 0.03 0.00 0.01 0.02 0.14 0.23 0.16 0.17
O4 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.12 1.03 0.55 0.35
O4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.09 0.20 0.03 0.02 0.03 0.00 0.10 0.36 0.65 0.25
O5' 0.07 0.14 0.03 0.10 0.11 0.01 0.08 0.00 0.11 0.09 0.15 0.17 0.04 0.14 0.12 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.46 0.78 0.26 0.13 0.97 0.16 0.91 0.22 0.75 0.68 0.91 0.72 0.24 0.23 1.03 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.51 0.28 0.08 0.55 0.35 0.59 0.27 0.60 0.54 0.52 0.48 0.38 0.16 0.55 0.65 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.32 0.10 0.10 0.34 0.07 0.28 0.00 0.25 0.27 0.35 0.32 0.10 0.17 0.35 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.20 0.15 0.05 0.20 0.09 0.22 0.05 0.23 0.21 0.22 0.19 0.23 0.23 0.19 0.08 0.28 0.11 0.16 0.45 0.52 0.64
C2 0.29 0.22 0.31 0.32 0.20 0.33 0.19 0.30 0.21 0.23 0.23 0.20 0.20 0.19 0.24 0.42 0.58 0.32 0.38 0.28 0.47 0.45
C2' 0.10 0.29 0.09 0.25 0.27 0.27 0.39 0.33 0.43 0.32 0.38 0.23 0.50 0.45 0.20 0.23 0.18 0.19 0.18 0.50 0.37 0.66
C3' 0.53 0.09 0.50 0.89 0.20 0.84 0.13 0.98 0.16 0.32 0.12 0.18 0.26 0.18 0.34 0.59 0.81 0.65 0.98 1.20 1.29 1.54
C4 0.28 0.37 0.30 0.28 0.31 0.27 0.34 0.22 0.41 0.21 0.42 0.33 0.42 0.27 0.26 0.37 0.67 0.26 0.30 0.26 0.60 0.24
C4' 0.42 0.26 0.40 0.68 0.34 0.56 0.38 0.74 0.35 0.48 0.29 0.28 0.38 0.47 0.39 0.47 0.52 0.43 0.89 1.39 1.49 1.62
C5 0.20 0.39 0.21 0.14 0.37 0.16 0.46 0.09 0.51 0.31 0.46 0.33 0.53 0.42 0.30 0.27 0.52 0.17 0.18 0.29 0.72 0.32
C5' 0.67 0.57 0.69 1.01 0.68 0.81 0.77 1.00 0.72 0.87 0.62 0.58 0.76 0.91 0.72 0.66 0.82 0.63 1.25 1.71 2.14 2.02
C6 0.16 0.30 0.19 0.08 0.32 0.12 0.40 0.04 0.41 0.32 0.36 0.27 0.42 0.40 0.28 0.17 0.41 0.14 0.13 0.16 0.72 0.44
N1 0.15 0.25 0.17 0.12 0.24 0.15 0.27 0.12 0.28 0.23 0.27 0.22 0.28 0.25 0.22 0.17 0.40 0.15 0.22 0.17 0.58 0.50
N3 0.36 0.27 0.39 0.37 0.22 0.36 0.21 0.32 0.26 0.21 0.29 0.24 0.26 0.17 0.26 0.49 0.71 0.36 0.38 0.20 0.50 0.33
O2 0.35 0.16 0.41 0.42 0.16 0.44 0.16 0.44 0.14 0.30 0.16 0.14 0.13 0.22 0.26 0.61 0.62 0.42 0.48 0.53 0.37 0.54
O2' 0.30 0.40 0.40 0.24 0.42 0.23 0.50 0.18 0.49 0.52 0.45 0.39 0.53 0.56 0.42 0.22 0.23 0.26 0.27 0.39 0.27 0.27
O3' 0.61 0.08 0.62 1.13 0.20 1.07 0.09 1.27 0.16 0.30 0.10 0.21 0.32 0.14 0.37 0.72 1.20 0.78 1.23 1.64 1.32 1.88
O4 0.32 0.43 0.35 0.34 0.29 0.31 0.32 0.25 0.43 0.18 0.47 0.35 0.47 0.24 0.24 0.45 0.77 0.29 0.32 0.39 0.59 0.16
O4' 0.17 0.18 0.13 0.26 0.21 0.15 0.27 0.32 0.27 0.29 0.22 0.16 0.31 0.33 0.20 0.24 0.01 0.11 0.48 0.94 1.09 1.16
O5' 0.89 0.77 0.94 1.22 0.95 0.97 1.07 1.13 0.96 1.19 0.81 0.80 0.96 1.26 0.99 0.84 0.94 0.80 1.41 1.64 2.37 2.07
OP1 1.19 1.46 1.19 1.32 1.40 1.09 1.42 1.17 1.43 1.24 1.45 1.42 1.29 1.29 1.27 1.08 0.97 1.01 1.34 1.52 2.33 1.93
OP2 1.03 0.96 1.03 1.29 1.06 1.05 1.11 1.13 1.05 1.14 0.97 1.00 1.02 1.18 1.06 0.91 1.05 0.95 1.29 1.47 2.26 1.93
P 0.87 0.94 0.88 1.13 0.98 0.89 1.07 1.00 1.04 1.02 0.97 0.93 1.03 1.10 0.94 0.75 0.85 0.76 1.20 1.34 2.20 1.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.28 0.00 0.21 0.56 0.31 0.19
C2 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.45 0.35 0.10 0.21 0.75 0.74 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.21 0.05 0.08 0.03 0.01 0.06 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.41 0.97 0.30 0.63
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.15 0.00 0.26 0.02 0.24 0.33 0.15 0.02 0.30 0.36 0.20 0.01 0.01 0.01 0.07 0.28 0.23 0.24
C4 0.04 0.01 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.16 0.05 0.20 0.66 0.69 0.04
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.10 0.19 0.04 0.05 0.15 0.19 0.08 0.27 0.02 0.00 0.02 0.07 0.18 0.09
C5 0.03 0.01 0.05 0.26 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.43 0.01 0.03 0.26 0.60 0.92 0.21
C5' 0.07 0.08 0.21 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.11 0.08 0.22 0.23 0.08 0.06 0.16 0.01 0.00 0.28 0.24 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.50 0.04 0.04 0.27 0.63 1.01 0.25
C8 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.19 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.18 0.05 0.25 0.47 0.76 0.20
N1 0.06 0.00 0.03 0.15 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.51 0.21 0.08 0.24 0.71 0.91 0.14
N3 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.39 0.10 0.20 0.74 0.61 0.06
N6 0.04 0.01 0.06 0.30 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.52 0.07 0.03 0.33 0.56 1.16 0.37
N7 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.20 0.03 0.31 0.47 1.01 0.34
N9 0.01 0.03 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.06 0.02 0.18 0.58 0.56 0.03
O2' 0.01 0.45 0.01 0.01 0.37 0.27 0.43 0.06 0.50 0.27 0.51 0.38 0.52 0.37 0.22 0.00 0.02 0.23 0.31 1.03 0.32 0.62
O3' 0.28 0.35 0.02 0.01 0.16 0.02 0.01 0.16 0.04 0.18 0.21 0.39 0.07 0.20 0.06 0.02 0.00 0.20 0.27 0.08 0.31 0.15
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.02 0.23 0.20 0.00 0.10 0.15 0.30 0.11
O5' 0.21 0.21 0.41 0.07 0.20 0.02 0.26 0.00 0.27 0.25 0.24 0.20 0.33 0.31 0.18 0.31 0.27 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.56 0.75 0.97 0.28 0.66 0.07 0.60 0.28 0.63 0.47 0.71 0.74 0.56 0.47 0.58 1.03 0.08 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.74 0.30 0.23 0.69 0.18 0.92 0.24 1.01 0.76 0.91 0.61 1.16 1.01 0.56 0.32 0.31 0.30 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.03 0.63 0.24 0.04 0.09 0.21 0.02 0.25 0.20 0.14 0.06 0.37 0.34 0.03 0.62 0.15 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00