ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.013, 0.049, 0.085, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.024, 0.081, 0.138, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.081 std_dev=0.057
C5' B 0, 0.010, 0.072, 0.135, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.072 std_dev=0.062
C4' A 0, -0.002, 0.073, 0.147, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.073 std_dev=0.074
O5' B 0, 0.009, 0.107, 0.205, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.107 std_dev=0.098
P B 0, 0.004, 0.108, 0.212, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.108 std_dev=0.104
C3' A 0, -0.007, 0.100, 0.207, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.100 std_dev=0.107
O4' B 0, -0.027, 0.084, 0.195, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.084 std_dev=0.111
C5' A 0, -0.009, 0.107, 0.223, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.107 std_dev=0.116
OP1 B 0, -0.003, 0.153, 0.309, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.153 std_dev=0.156
O5' A 0, -0.015, 0.166, 0.348, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.166 std_dev=0.182
OP2 B 0, -0.041, 0.171, 0.383, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.171 std_dev=0.212
C4' B 0, -0.042, 0.172, 0.385, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.172 std_dev=0.213
O3' A 0, -0.040, 0.174, 0.388, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.174 std_dev=0.214
N1 B 0, -0.034, 0.184, 0.401, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.184 std_dev=0.218
C6 B 0, -0.048, 0.203, 0.455, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.203 std_dev=0.251
C5 B 0, -0.047, 0.212, 0.471, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.212 std_dev=0.259
C4 B 0, -0.052, 0.224, 0.500, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.224 std_dev=0.276
C8 B 0, -0.055, 0.237, 0.529, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.237 std_dev=0.292
N9 B 0, -0.057, 0.237, 0.531, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.237 std_dev=0.294
C2 B 0, -0.054, 0.240, 0.535, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.240 std_dev=0.294
N7 B 0, -0.064, 0.260, 0.584, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.260 std_dev=0.324
P A 0, -0.065, 0.278, 0.622, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.278 std_dev=0.344
N3 B 0, -0.069, 0.275, 0.619, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.275 std_dev=0.344
N6 B 0, -0.084, 0.265, 0.614, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.265 std_dev=0.349
OP2 A 0, -0.096, 0.284, 0.664, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.284 std_dev=0.380
C1' B 0, -0.096, 0.324, 0.744, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.324 std_dev=0.420
OP1 A 0, -0.091, 0.364, 0.820, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.364 std_dev=0.455
C3' B 0, -0.108, 0.384, 0.876, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.384 std_dev=0.492
O3' B 0, -0.167, 0.524, 1.215, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.524 std_dev=0.691
C2' B 0, -0.189, 0.664, 1.517, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.664 std_dev=0.853
O2' B 0, -0.341, 1.087, 2.515, 3.105 max_d=3.105 avg_d=1.087 std_dev=1.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.10 0.17 0.13
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.02 0.12 0.09 0.11 0.10
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.24 0.20
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.13 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.14 0.18 0.08 0.13
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.16 0.25 0.12 0.18
C5' 0.00 0.05 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.11 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.18 0.23 0.16 0.20
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.15 0.14 0.15 0.14
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.00 0.02 0.12 0.11 0.08 0.09
O2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.15 0.19 0.26 0.22
O3' 0.09 0.12 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.04 0.08 0.11 0.17 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.00 0.09 0.04
O4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.15 0.20 0.08 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.08 0.02 0.12 0.06
O5' 0.13 0.12 0.15 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.18 0.15 0.12 0.09 0.15 0.01 0.15 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.09 0.17 0.03 0.18 0.03 0.25 0.02 0.23 0.14 0.11 0.02 0.19 0.00 0.20 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.17 0.11 0.24 0.13 0.08 0.09 0.12 0.11 0.16 0.15 0.08 0.10 0.26 0.09 0.08 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.13 0.10 0.20 0.06 0.13 0.01 0.18 0.02 0.20 0.14 0.09 0.06 0.22 0.04 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.10 0.17 0.14 0.09 0.09 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.13 0.15 0.00 0.11 0.22 0.03 0.07 0.08 0.10 0.17 0.11
C2 0.12 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.04 0.16 0.02 0.10 0.05 0.28 0.11 0.04 0.08 0.01 0.07 0.08 0.11 0.18 0.11
C2' 0.17 0.14 0.23 0.16 0.13 0.08 0.08 0.04 0.05 0.10 0.08 0.15 0.03 0.07 0.13 0.26 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.11
C3' 0.22 0.20 0.29 0.21 0.16 0.13 0.09 0.07 0.05 0.10 0.12 0.22 0.06 0.05 0.16 0.36 0.09 0.10 0.05 0.07 0.15 0.09
C4 0.19 0.01 0.14 0.13 0.04 0.11 0.06 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07 0.20 0.07 0.10 0.27 0.09 0.08 0.08 0.10 0.17 0.11
C4' 0.26 0.21 0.32 0.24 0.17 0.16 0.08 0.08 0.03 0.11 0.10 0.24 0.09 0.04 0.18 0.45 0.15 0.12 0.03 0.04 0.14 0.06
C5 0.25 0.08 0.29 0.20 0.14 0.12 0.03 0.03 0.05 0.10 0.03 0.17 0.13 0.02 0.17 0.46 0.13 0.08 0.08 0.08 0.15 0.10
C5' 0.35 0.28 0.46 0.33 0.24 0.22 0.14 0.12 0.08 0.17 0.15 0.32 0.05 0.10 0.26 0.66 0.26 0.17 0.02 0.03 0.08 0.01
C6 0.23 0.13 0.29 0.20 0.15 0.12 0.06 0.04 0.02 0.11 0.02 0.19 0.11 0.04 0.17 0.42 0.11 0.08 0.08 0.08 0.15 0.10
N1 0.17 0.07 0.16 0.14 0.09 0.10 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.12 0.19 0.02 0.11 0.24 0.05 0.07 0.08 0.10 0.17 0.11
N3 0.12 0.03 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.04 0.18 0.04 0.12 0.02 0.27 0.14 0.03 0.09 0.02 0.07 0.08 0.11 0.19 0.12
O2 0.08 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.12 0.05 0.18 0.06 0.12 0.01 0.32 0.15 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.11 0.18 0.11
O2' 0.04 0.01 0.09 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.12 0.03 0.16 0.18 0.22 0.18
O3' 0.10 0.12 0.14 0.09 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.12 0.14 0.07 0.04 0.17 0.03 0.01 0.16 0.19 0.28 0.20
O4 0.20 0.04 0.12 0.14 0.02 0.13 0.07 0.04 0.13 0.02 0.11 0.03 0.18 0.07 0.09 0.28 0.12 0.10 0.07 0.09 0.16 0.10
O4' 0.22 0.15 0.23 0.18 0.13 0.13 0.03 0.05 0.02 0.07 0.05 0.19 0.15 0.01 0.14 0.35 0.10 0.10 0.06 0.07 0.16 0.09
O5' 0.12 0.03 0.21 0.09 0.01 0.02 0.11 0.13 0.17 0.07 0.10 0.07 0.27 0.15 0.01 0.46 0.05 0.07 0.20 0.19 0.30 0.22
OP1 0.03 0.11 0.14 0.02 0.11 0.12 0.20 0.25 0.25 0.15 0.21 0.06 0.32 0.22 0.08 0.47 0.02 0.18 0.27 0.22 0.32 0.26
OP2 0.19 0.03 0.37 0.19 0.03 0.05 0.08 0.07 0.16 0.02 0.11 0.10 0.26 0.10 0.07 0.69 0.16 0.02 0.11 0.06 0.20 0.11
P 0.11 0.04 0.25 0.09 0.04 0.03 0.14 0.14 0.21 0.08 0.16 0.02 0.30 0.16 0.00 0.55 0.06 0.09 0.18 0.14 0.26 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.09 0.17 0.17 0.13
C2 0.01 0.00 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.12 0.22 0.24 0.28 0.24
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.07 0.03 0.16 0.11 0.17 0.00 0.12 0.04 0.00 0.01 0.03 0.19 0.35 0.42 0.32
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.20 0.16 0.14
C4 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.18 0.22 0.26 0.21
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.02 0.18 0.24 0.28 0.23
C5' 0.01 0.11 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.10 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.13 0.05 0.21 0.25 0.29 0.25
C8 0.01 0.01 0.16 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.08 0.07 0.13 0.22 0.25 0.20
N1 0.01 0.00 0.11 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.09 0.22 0.25 0.29 0.25
N3 0.01 0.00 0.17 0.02 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.12 0.20 0.23 0.26 0.22
N6 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.03 0.21 0.25 0.29 0.25
N7 0.01 0.01 0.12 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.09 0.04 0.16 0.24 0.27 0.22
N9 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.01 0.14 0.21 0.23 0.19
O2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.02 0.12 0.15 0.05 0.09 0.31 0.05 0.20 0.15 0.29 0.13 0.00 0.02 0.05 0.00 0.18 0.33 0.15
O3' 0.12 0.16 0.01 0.01 0.13 0.02 0.11 0.10 0.13 0.08 0.15 0.15 0.12 0.09 0.11 0.02 0.00 0.04 0.10 0.04 0.01 0.05
O4' 0.00 0.12 0.03 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.12 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.08 0.11 0.05 0.07
O5' 0.09 0.22 0.19 0.06 0.18 0.02 0.18 0.00 0.21 0.13 0.22 0.20 0.21 0.16 0.14 0.00 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.17 0.24 0.35 0.20 0.22 0.07 0.24 0.08 0.25 0.22 0.25 0.23 0.25 0.24 0.21 0.18 0.04 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.28 0.42 0.16 0.26 0.01 0.28 0.10 0.29 0.25 0.29 0.26 0.29 0.27 0.23 0.33 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.24 0.32 0.14 0.21 0.01 0.23 0.01 0.25 0.20 0.25 0.22 0.25 0.22 0.19 0.15 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00