ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49007

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C2' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O4' B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C3' A 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
C4' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
O3' A 0, 0.000, 0.294, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C8 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C4 B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C5 B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.000, 0.424, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.424 std_dev=0.424
C4' B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.000, 0.476, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C6 B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C2 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
N1 B 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O5' A 0, 0.000, 0.610, 1.220, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.610 std_dev=0.610
N6 B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O3' B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C3' B 0, 0.000, 0.663, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.663 std_dev=0.663
OP2 A 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
C2' B 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842
P A 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
C5' B 0, 0.000, 0.860, 1.721, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.860 std_dev=0.860
O5' B 0, 0.000, 1.182, 2.363, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.182 std_dev=1.182
OP1 A 0, 0.000, 1.216, 2.431, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.216 std_dev=1.216
O2' B 0, 0.000, 1.376, 2.752, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.376 std_dev=1.376
OP2 B 0, 0.000, 1.585, 3.171, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.585 std_dev=1.585
P B 0, 0.000, 1.617, 3.235, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.617 std_dev=1.617
OP1 B 0, 0.000, 1.835, 3.670, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.835 std_dev=1.835

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.12 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.07 0.14 0.20 0.11
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.08 0.15 0.20 0.13
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.07 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.07 0.11 0.15 0.10
N1 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.11 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.05 0.09 0.16 0.07
O2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.00 0.07 0.01 0.12 0.14 0.09 0.13
O4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.08 0.16 0.21 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05
O5' 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.04 0.12 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.02 0.06 0.14 0.04 0.15 0.08 0.11 0.05 0.09 0.01 0.04 0.14 0.16 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.02 0.04 0.20 0.02 0.20 0.00 0.15 0.11 0.16 0.10 0.04 0.09 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.06 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.07 0.01 0.05 0.13 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.30 0.01 0.07 0.26 0.00 0.27 0.09 0.29 0.19 0.30 0.28 0.27 0.23 0.21 0.04 0.04 0.06 0.28 0.56 0.67 0.58
C2 0.24 0.25 0.16 0.13 0.25 0.03 0.19 0.16 0.16 0.16 0.20 0.27 0.09 0.12 0.23 0.26 0.04 0.01 0.35 0.48 0.52 0.52
C2' 0.18 0.29 0.06 0.14 0.26 0.13 0.27 0.11 0.29 0.21 0.29 0.27 0.27 0.26 0.22 0.08 0.13 0.15 0.03 0.34 0.57 0.37
C3' 0.26 0.45 0.03 0.25 0.39 0.22 0.43 0.20 0.48 0.29 0.48 0.41 0.50 0.38 0.31 0.04 0.25 0.22 0.11 0.20 0.38 0.19
C4 0.23 0.29 0.30 0.25 0.22 0.01 0.08 0.08 0.06 0.05 0.18 0.31 0.09 0.04 0.18 0.32 0.13 0.02 0.20 0.26 0.24 0.29
C4' 0.22 0.45 0.01 0.16 0.36 0.09 0.40 0.03 0.47 0.25 0.48 0.39 0.50 0.34 0.28 0.01 0.15 0.13 0.09 0.43 0.54 0.41
C5 0.22 0.36 0.23 0.25 0.25 0.04 0.17 0.03 0.20 0.06 0.31 0.34 0.06 0.02 0.19 0.20 0.15 0.01 0.14 0.25 0.25 0.26
C5' 0.28 0.55 0.10 0.25 0.44 0.15 0.47 0.09 0.57 0.29 0.59 0.48 0.62 0.38 0.33 0.05 0.24 0.16 0.02 0.33 0.39 0.29
C6 0.20 0.36 0.14 0.20 0.27 0.04 0.24 0.04 0.28 0.11 0.34 0.33 0.21 0.11 0.20 0.11 0.12 0.03 0.16 0.33 0.38 0.34
N1 0.21 0.31 0.09 0.14 0.27 0.01 0.24 0.09 0.25 0.16 0.29 0.30 0.20 0.17 0.22 0.13 0.07 0.03 0.26 0.45 0.52 0.47
N3 0.26 0.24 0.27 0.19 0.22 0.02 0.10 0.14 0.07 0.09 0.15 0.28 0.03 0.02 0.21 0.36 0.07 0.02 0.30 0.37 0.36 0.40
O2 0.24 0.20 0.11 0.05 0.22 0.07 0.17 0.23 0.14 0.19 0.16 0.22 0.09 0.15 0.23 0.28 0.02 0.02 0.47 0.61 0.64 0.66
O2' 0.02 0.15 0.30 0.10 0.11 0.03 0.14 0.05 0.17 0.08 0.17 0.11 0.20 0.14 0.07 0.27 0.08 0.03 0.22 0.60 0.91 0.66
O3' 0.22 0.46 0.05 0.23 0.38 0.23 0.44 0.25 0.51 0.28 0.51 0.40 0.55 0.39 0.29 0.14 0.26 0.22 0.20 0.15 0.37 0.12
O4 0.22 0.24 0.37 0.28 0.15 0.01 0.03 0.09 0.08 0.01 0.07 0.27 0.23 0.11 0.13 0.40 0.14 0.04 0.19 0.21 0.15 0.23
O4' 0.20 0.37 0.01 0.09 0.30 0.00 0.32 0.10 0.36 0.20 0.38 0.33 0.37 0.26 0.23 0.05 0.06 0.05 0.26 0.56 0.63 0.56
O5' 0.35 0.63 0.23 0.39 0.50 0.24 0.53 0.19 0.64 0.33 0.67 0.55 0.68 0.41 0.39 0.15 0.36 0.21 0.11 0.13 0.16 0.10
OP1 0.45 0.83 0.37 0.54 0.63 0.35 0.66 0.29 0.81 0.42 0.88 0.72 0.88 0.51 0.50 0.25 0.53 0.29 0.24 0.02 0.05 0.08
OP2 0.46 0.79 0.44 0.57 0.60 0.35 0.58 0.29 0.71 0.36 0.81 0.70 0.72 0.40 0.48 0.32 0.52 0.29 0.22 0.04 0.07 0.07
P 0.39 0.72 0.32 0.46 0.55 0.27 0.57 0.21 0.70 0.35 0.77 0.63 0.75 0.43 0.43 0.23 0.43 0.23 0.14 0.07 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.05 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.28 0.30 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.07 0.19 0.27 0.36 0.28
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.07 0.11 0.15 0.21 0.28 0.07 0.09 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.14 0.22 0.17
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.24 0.00 0.25 0.01 0.30 0.13 0.32 0.26 0.30 0.20 0.15 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.16 0.12
C4 0.00 0.00 0.14 0.24 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.04 0.17 0.17 0.16 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.04 0.12 0.12 0.07 0.19 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.25 0.00 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.01 0.23 0.21 0.16 0.21
C5' 0.00 0.11 0.07 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.19 0.18 0.15 0.08 0.21 0.21 0.11 0.11 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.11 0.30 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.15 0.03 0.25 0.28 0.28 0.29
C8 0.00 0.00 0.15 0.13 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.04 0.06 0.16 0.04 0.18 0.00
N1 0.00 0.00 0.21 0.32 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.15 0.06 0.23 0.31 0.37 0.31
N3 0.01 0.00 0.28 0.26 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.14 0.21 0.27 0.21
N6 0.00 0.00 0.07 0.30 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.18 0.02 0.28 0.30 0.28 0.31
N7 0.00 0.00 0.09 0.20 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.10 0.03 0.23 0.13 0.03 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.19 0.22 0.11 0.20 0.26 0.12 0.01 0.24 0.28 0.15 0.00 0.03 0.13 0.00 0.04 0.22 0.10
O3' 0.14 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.07 0.15 0.04 0.15 0.06 0.18 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.20 0.37 0.43 0.35
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.07 0.02 0.03 0.00 0.13 0.07 0.00 0.10 0.06 0.18 0.13
O5' 0.03 0.19 0.10 0.10 0.17 0.01 0.23 0.01 0.25 0.16 0.23 0.14 0.28 0.23 0.11 0.00 0.20 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.27 0.14 0.08 0.17 0.04 0.21 0.02 0.28 0.04 0.31 0.21 0.30 0.13 0.06 0.04 0.37 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.36 0.22 0.16 0.16 0.01 0.16 0.02 0.28 0.18 0.37 0.27 0.28 0.03 0.04 0.22 0.43 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.28 0.17 0.12 0.17 0.01 0.21 0.01 0.29 0.00 0.31 0.21 0.31 0.12 0.04 0.10 0.35 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00