ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O4' B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2' A 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.000, 0.304, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.000, 0.309, 0.618, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.309 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
N7 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C8 B 0, 0.000, 0.353, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C4' A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C6 B 0, 0.000, 0.401, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C4' B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C2 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
N6 B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
N1 B 0, 0.000, 0.452, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C3' B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C3' A 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O2' A 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C5' B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
P B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
O2' B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
OP2 B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.000, 0.615, 1.230, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.615 std_dev=0.615
O5' A 0, 0.000, 0.641, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.641 std_dev=0.641
OP2 A 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
O3' B 0, 0.000, 0.668, 1.335, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.668 std_dev=0.668
OP1 A 0, 0.000, 0.670, 1.340, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.670 std_dev=0.670
P A 0, 0.000, 0.673, 1.347, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.673 std_dev=0.673
O5' B 0, 0.000, 0.815, 1.631, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.815 std_dev=0.815
O3' A 0, 0.000, 0.817, 1.634, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.817 std_dev=0.817

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.04 0.23 0.29 0.20 0.24
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.18 0.06 0.08
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.01 0.13 0.12 0.19 0.11 0.01 0.00 0.22 0.01 0.01 0.21 0.12 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.20 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.01 0.26 0.35 0.31 0.32
C4' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.15 0.00 0.10 0.00 0.06 0.07 0.16 0.11 0.05 0.01 0.17 0.00 0.00 0.15 0.04 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.01 0.02 0.13 0.27 0.20 0.22
C5' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.23 0.00 0.13 0.00 0.07 0.10 0.27 0.23 0.04 0.01 0.28 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.03 0.05 0.21 0.09 0.13
N1 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.21 0.09 0.13
N3 0.01 0.00 0.02 0.19 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.01 0.03 0.30 0.35 0.29 0.32
O2 0.03 0.01 0.02 0.11 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.23 0.27 0.18 0.23
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.22 0.08 0.11
O3' 0.01 0.14 0.03 0.00 0.26 0.01 0.24 0.01 0.18 0.11 0.21 0.07 0.10 0.00 0.29 0.01 0.08 0.38 0.27 0.26
O4 0.01 0.00 0.04 0.22 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.00 0.02 0.31 0.39 0.39 0.38
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.09 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.07 0.02
O5' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.26 0.00 0.13 0.01 0.05 0.08 0.30 0.23 0.01 0.08 0.31 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.14 0.29 0.18 0.21 0.35 0.15 0.27 0.03 0.21 0.21 0.35 0.27 0.22 0.38 0.39 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.20 0.06 0.12 0.31 0.04 0.20 0.00 0.09 0.09 0.29 0.18 0.08 0.27 0.39 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.24 0.08 0.13 0.32 0.07 0.22 0.00 0.13 0.13 0.32 0.23 0.11 0.26 0.38 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.17 0.03 0.04 0.12 0.05 0.13 0.06 0.15 0.07 0.17 0.14 0.15 0.10 0.07 0.07 0.01 0.05 0.17 0.40 0.25 0.08
C2 0.01 0.20 0.01 0.03 0.14 0.04 0.17 0.08 0.21 0.11 0.22 0.15 0.20 0.14 0.09 0.01 0.01 0.03 0.26 0.38 0.25 0.13
C2' 0.05 0.19 0.02 0.00 0.14 0.01 0.12 0.04 0.13 0.06 0.16 0.18 0.11 0.07 0.09 0.02 0.03 0.01 0.13 0.41 0.19 0.10
C3' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.15 0.26 0.01
C4 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.07 0.11 0.13 0.14 0.08 0.11 0.05 0.16 0.11 0.04 0.02 0.04 0.05 0.38 0.34 0.24 0.17
C4' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.20 0.23 0.01
C5 0.05 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.04 0.14 0.06 0.03 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.08 0.07 0.39 0.31 0.27 0.16
C5' 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.00 0.36 0.09
C6 0.05 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.06 0.12 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.00 0.06 0.07 0.08 0.35 0.32 0.29 0.13
N1 0.03 0.13 0.03 0.06 0.09 0.07 0.12 0.09 0.14 0.07 0.15 0.10 0.14 0.10 0.05 0.05 0.03 0.06 0.27 0.37 0.27 0.12
N3 0.01 0.16 0.01 0.04 0.12 0.05 0.17 0.10 0.21 0.11 0.21 0.11 0.22 0.14 0.08 0.03 0.01 0.04 0.32 0.37 0.24 0.16
O2 0.04 0.24 0.03 0.00 0.17 0.01 0.19 0.04 0.23 0.13 0.26 0.19 0.23 0.16 0.11 0.03 0.05 0.01 0.19 0.38 0.25 0.10
O2' 0.15 0.31 0.11 0.08 0.24 0.07 0.21 0.01 0.23 0.14 0.27 0.30 0.20 0.15 0.18 0.07 0.12 0.08 0.04 0.56 0.04 0.13
O3' 0.04 0.12 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.03 0.10 0.04 0.12 0.08 0.12 0.01 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
O4 0.00 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.11 0.13 0.14 0.09 0.10 0.04 0.18 0.13 0.05 0.06 0.03 0.04 0.39 0.33 0.23 0.18
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.11 0.03 0.12 0.03 0.14 0.07 0.16 0.12 0.14 0.10 0.07 0.07 0.00 0.02 0.13 0.34 0.26 0.05
O5' 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.05 0.00 0.00 0.07 0.04 0.13 0.03 0.45 0.10
OP1 0.14 0.14 0.13 0.12 0.17 0.12 0.21 0.11 0.21 0.21 0.17 0.13 0.23 0.23 0.18 0.16 0.12 0.12 0.32 0.06 0.20 0.08
OP2 0.11 0.13 0.10 0.10 0.15 0.08 0.19 0.08 0.20 0.17 0.16 0.12 0.23 0.21 0.15 0.11 0.10 0.08 0.33 0.02 0.34 0.03
P 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.06 0.16 0.06 0.16 0.15 0.13 0.09 0.20 0.18 0.12 0.10 0.07 0.07 0.27 0.04 0.31 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.25 0.24 0.02
C2 0.04 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.26 0.36 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.21 0.17 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.11 0.01
C4 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.25 0.31 0.02
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.20 0.13 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.23 0.25 0.29 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.11 0.04 0.00 0.09 0.11 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01
C6 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.22 0.26 0.32 0.04
C8 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.27 0.23 0.22 0.09
N1 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.16 0.26 0.35 0.00
N3 0.05 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.26 0.34 0.03
N6 0.03 0.00 0.04 0.08 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.27 0.25 0.30 0.07
N7 0.00 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.29 0.24 0.24 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.18 0.24 0.26 0.04
O2' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.31 0.10 0.07
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.09 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.01 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.12 0.24 0.25 0.02
O5' 0.09 0.09 0.05 0.02 0.16 0.00 0.23 0.01 0.22 0.27 0.16 0.08 0.27 0.29 0.18 0.03 0.08 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.25 0.26 0.21 0.15 0.25 0.20 0.25 0.08 0.26 0.23 0.26 0.26 0.25 0.24 0.24 0.31 0.12 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.36 0.17 0.11 0.31 0.13 0.29 0.07 0.32 0.22 0.35 0.34 0.30 0.24 0.26 0.10 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.07 0.09 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00