ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49009

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C6 B 0, 0.000, 0.457, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.457 std_dev=0.457
C5 B 0, 0.000, 0.481, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.481 std_dev=0.481
N6 B 0, 0.000, 0.492, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.492 std_dev=0.492
N9 B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
N7 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C1' B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
C8 B 0, 0.000, 0.586, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C2' B 0, 0.000, 1.005, 2.010, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.005 std_dev=1.005
O4' A 0, 0.000, 1.258, 2.515, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.258 std_dev=1.258
C2' A 0, 0.000, 1.325, 2.650, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.325 std_dev=1.325
O4' B 0, 0.000, 1.388, 2.776, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.388 std_dev=1.388
C3' B 0, 0.000, 1.418, 2.836, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.418 std_dev=1.418
C4' B 0, 0.000, 1.422, 2.845, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.422 std_dev=1.422
O3' A 0, 0.000, 1.454, 2.908, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.454 std_dev=1.454
O2' B 0, 0.000, 1.490, 2.979, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.490 std_dev=1.490
O3' B 0, 0.000, 1.499, 2.997, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.499 std_dev=1.499
C3' A 0, 0.000, 1.595, 3.190, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.595 std_dev=1.595
C4' A 0, 0.000, 1.649, 3.299, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.649 std_dev=1.649
O2' A 0, 0.000, 1.999, 3.999, 3.999 max_d=3.999 avg_d=1.999 std_dev=1.999
C5' B 0, 0.000, 2.756, 5.511, 5.511 max_d=5.511 avg_d=2.756 std_dev=2.756
C5' A 0, 0.000, 2.899, 5.797, 5.797 max_d=5.797 avg_d=2.899 std_dev=2.899
O5' B 0, 0.000, 3.295, 6.590, 6.590 max_d=6.590 avg_d=3.295 std_dev=3.295
O5' A 0, 0.000, 3.832, 7.665, 7.665 max_d=7.665 avg_d=3.832 std_dev=3.832
P B 0, 0.000, 4.735, 9.470, 9.470 max_d=9.470 avg_d=4.735 std_dev=4.735
P A 0, 0.000, 5.218, 10.435, 10.435 max_d=10.435 avg_d=5.218 std_dev=5.218
OP2 B 0, 0.000, 5.283, 10.565, 10.565 max_d=10.565 avg_d=5.283 std_dev=5.283
OP1 A 0, 0.000, 5.440, 10.879, 10.879 max_d=10.879 avg_d=5.440 std_dev=5.440
OP1 B 0, 0.000, 5.450, 10.899, 10.899 max_d=10.899 avg_d=5.450 std_dev=5.450
OP2 A 0, 0.000, 6.229, 12.458, 12.458 max_d=12.458 avg_d=6.229 std_dev=6.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.00 0.01 0.09 0.18 0.18 0.01
C2 0.00 0.00 0.17 0.14 0.00 0.24 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.24 0.00 0.16 0.33 0.91 0.41 0.54
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.17 0.00 0.13 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.21 0.32 0.01
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.21 0.01 0.42 0.00 0.45 0.12 0.03 0.42 0.02 0.00 0.21 0.02 0.28 0.15 0.56 0.26
C4 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.03 0.00 0.02 0.30 0.34 0.30 0.17
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.07 0.00 0.28 0.00 0.32 0.04 0.15 0.52 0.22 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01
C5 0.00 0.01 0.12 0.42 0.00 0.28 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.18 0.01 0.13 0.73 0.19 0.87 0.70
C5' 0.05 0.47 0.15 0.00 0.01 0.00 0.35 0.00 0.39 0.03 0.34 0.93 0.06 0.17 0.01 0.01 0.00 0.12 0.18 0.00
C6 0.00 0.01 0.17 0.45 0.00 0.32 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.16 0.01 0.17 0.74 0.26 0.87 0.69
N1 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.00 0.01 0.19 0.27 0.22 0.07
N3 0.00 0.00 0.13 0.03 0.00 0.15 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.14 0.01 0.10 0.16 0.86 0.27 0.39
O2 0.00 0.00 0.30 0.42 0.00 0.52 0.01 0.93 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.42 0.01 0.32 0.90 1.51 1.05 1.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.28 0.22 0.29 0.06 0.24 0.15 0.22 0.07 0.00 0.02 0.30 0.14 0.21 0.08 0.46 0.12
O3' 0.22 0.24 0.01 0.00 0.03 0.00 0.18 0.17 0.16 0.08 0.14 0.42 0.02 0.00 0.05 0.14 0.32 0.34 0.80 0.43
O4 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.05 0.00 0.01 0.29 0.40 0.28 0.16
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.10 0.32 0.14 0.14 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.04
O5' 0.09 0.33 0.11 0.28 0.30 0.01 0.73 0.00 0.74 0.19 0.16 0.90 0.21 0.32 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.91 0.21 0.15 0.34 0.04 0.19 0.12 0.26 0.27 0.86 1.51 0.08 0.34 0.40 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.41 0.32 0.56 0.30 0.18 0.87 0.18 0.87 0.22 0.27 1.05 0.46 0.80 0.28 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.54 0.01 0.26 0.17 0.01 0.70 0.00 0.69 0.07 0.39 1.20 0.12 0.43 0.16 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.04 0.61 0.52 0.05 0.23 0.17 0.68 0.23 0.11 0.15 0.02 0.31 0.21 0.01 0.78 0.72 0.51 0.96 1.46 1.80 1.68
C2 0.22 0.07 0.56 0.60 0.12 0.04 0.02 0.22 0.08 0.11 0.03 0.14 0.22 0.01 0.17 0.51 0.63 0.19 0.62 1.06 1.40 1.27
C2' 0.85 0.49 0.33 0.41 0.75 1.20 0.72 1.64 0.56 0.91 0.46 0.62 0.49 0.82 0.87 0.06 0.11 1.48 1.88 2.22 2.64 2.53
C3' 0.59 0.08 0.10 0.16 0.33 0.97 0.39 1.53 0.18 0.76 0.04 0.08 0.20 0.64 0.58 0.17 0.27 1.20 1.81 2.34 2.74 2.64
C4 0.32 0.10 0.38 0.41 0.18 0.09 0.11 0.21 0.00 0.24 0.02 0.17 0.12 0.14 0.26 0.31 0.41 0.01 0.79 1.33 1.71 1.46
C4' 0.14 0.77 0.64 0.65 0.39 0.20 0.26 0.72 0.41 0.08 0.66 0.65 0.30 0.02 0.15 0.81 0.99 0.45 0.95 1.63 1.81 1.79
C5 0.30 0.06 0.34 0.29 0.12 0.03 0.01 0.44 0.08 0.15 0.04 0.13 0.20 0.01 0.21 0.37 0.36 0.07 1.04 1.66 2.10 1.78
C5' 0.24 1.31 0.61 0.67 0.70 0.10 0.61 0.60 0.89 0.05 1.25 1.04 0.79 0.20 0.32 0.72 1.00 0.30 0.91 1.74 1.81 1.79
C6 0.24 0.02 0.41 0.32 0.05 0.13 0.08 0.59 0.16 0.03 0.09 0.09 0.27 0.12 0.13 0.53 0.45 0.23 1.13 1.74 2.20 1.89
N1 0.19 0.02 0.54 0.49 0.05 0.09 0.08 0.48 0.16 0.01 0.09 0.09 0.27 0.11 0.11 0.61 0.60 0.30 0.90 1.42 1.81 1.62
N3 0.28 0.11 0.48 0.54 0.19 0.12 0.12 0.12 0.01 0.22 0.03 0.18 0.13 0.14 0.25 0.39 0.54 0.04 0.60 1.07 1.41 1.24
O2 0.17 0.07 0.61 0.71 0.11 0.08 0.03 0.11 0.06 0.09 0.02 0.13 0.19 0.02 0.14 0.54 0.73 0.22 0.41 0.76 1.06 1.00
O2' 1.21 1.15 0.58 0.82 1.19 1.70 1.01 2.15 0.94 0.97 1.02 1.25 0.77 0.88 1.16 0.18 0.53 1.99 2.20 2.45 2.71 2.72
O3' 0.60 0.03 0.11 0.29 0.32 1.14 0.35 1.86 0.18 0.68 0.00 0.11 0.19 0.56 0.55 0.30 0.23 1.28 2.07 2.63 2.80 2.89
O4 0.34 0.14 0.33 0.38 0.22 0.15 0.17 0.11 0.08 0.30 0.07 0.20 0.03 0.23 0.30 0.20 0.35 0.11 0.72 1.27 1.62 1.37
O4' 0.57 0.82 1.05 1.04 0.66 0.26 0.48 0.22 0.49 0.32 0.67 0.83 0.31 0.27 0.54 1.14 1.25 0.00 0.51 1.16 1.39 1.31
O5' 0.46 1.85 0.71 0.91 1.01 0.28 0.85 0.11 1.23 0.14 1.74 1.50 1.04 0.29 0.52 0.70 1.19 0.08 0.53 1.32 1.51 1.39
OP1 0.88 2.54 0.96 1.09 1.63 0.56 1.64 0.19 2.20 0.79 2.68 2.03 2.16 1.07 1.08 0.90 1.28 0.50 0.31 1.25 1.11 1.14
OP2 0.25 2.26 0.33 0.57 1.08 0.10 0.99 0.21 1.57 0.00 2.23 1.69 1.47 0.29 0.42 0.27 0.87 0.01 0.66 1.51 1.49 1.44
P 0.47 2.20 0.61 0.80 1.18 0.27 1.10 0.09 1.62 0.22 2.20 1.70 1.51 0.47 0.60 0.55 1.08 0.14 0.56 1.42 1.49 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.22 0.00 0.32 0.35 0.45 0.44
C2 0.06 0.00 0.38 0.74 0.00 0.41 0.00 0.78 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.43 0.01 0.64 0.78 0.71 0.52
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.21 0.00 0.11 0.13 0.17 0.19 0.30 0.37 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.46 0.44 0.74 0.59
C3' 0.02 0.74 0.00 0.00 0.43 0.00 0.33 0.00 0.46 0.07 0.63 0.70 0.40 0.09 0.13 0.02 0.00 0.01 0.15 0.07 0.20 0.16
C4 0.03 0.00 0.21 0.43 0.00 0.24 0.01 0.37 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.04 0.01 0.11 0.17
C4' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.24 0.00 0.17 0.00 0.23 0.05 0.33 0.40 0.19 0.03 0.06 0.19 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.11 0.33 0.01 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.16 0.25 0.42 0.44
C5' 0.03 0.78 0.13 0.00 0.37 0.00 0.26 0.00 0.41 0.15 0.63 0.70 0.33 0.02 0.05 0.05 0.14 0.01 0.00 0.11 0.34 0.01
C6 0.04 0.01 0.17 0.46 0.02 0.23 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.01 0.06 0.03 0.12 0.20
C8 0.02 0.01 0.19 0.07 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.34 0.21 0.01 0.69 0.87 1.13 1.01
N1 0.06 0.01 0.30 0.63 0.01 0.33 0.01 0.63 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.35 0.00 0.42 0.50 0.41 0.25
N3 0.06 0.00 0.37 0.70 0.00 0.40 0.01 0.70 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.36 0.02 0.52 0.59 0.52 0.38
N6 0.03 0.02 0.13 0.40 0.02 0.19 0.01 0.33 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.01 0.07 0.15 0.31 0.37
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.09 0.01 0.55 0.74 0.99 0.90
N9 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.00 0.35 0.43 0.60 0.58
O2' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.07 0.19 0.19 0.05 0.15 0.34 0.04 0.08 0.20 0.32 0.17 0.00 0.03 0.12 0.23 0.22 0.66 0.37
O3' 0.22 0.43 0.01 0.00 0.15 0.00 0.09 0.14 0.20 0.21 0.35 0.36 0.17 0.09 0.09 0.03 0.00 0.12 0.30 0.46 0.16 0.31
O4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.19 0.25 0.11 0.27
O5' 0.32 0.64 0.46 0.15 0.04 0.00 0.16 0.00 0.06 0.69 0.42 0.52 0.07 0.55 0.35 0.23 0.30 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.35 0.78 0.44 0.07 0.01 0.04 0.25 0.11 0.03 0.87 0.50 0.59 0.15 0.74 0.43 0.22 0.46 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.71 0.74 0.20 0.11 0.12 0.42 0.34 0.12 1.13 0.41 0.52 0.31 0.99 0.60 0.66 0.16 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.44 0.52 0.59 0.16 0.17 0.02 0.44 0.01 0.20 1.01 0.25 0.38 0.37 0.90 0.58 0.37 0.31 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00