ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N1 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C8 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
N7 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C2' A 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
O4' A 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C4' A 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
N3 B 0, 0.000, 0.579, 1.159, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.000, 0.589, 1.178, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C6 B 0, 0.000, 0.617, 1.234, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C1' B 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C3' A 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
O4' B 0, 0.000, 0.686, 1.373, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.686 std_dev=0.686
C5' A 0, 0.000, 0.694, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.694 std_dev=0.694
O3' B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
C5' B 0, 0.000, 0.718, 1.437, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.718 std_dev=0.718
C4' B 0, 0.000, 0.720, 1.440, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.720 std_dev=0.720
C2 B 0, 0.000, 0.730, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.730 std_dev=0.730
C2' B 0, 0.000, 0.749, 1.497, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.749 std_dev=0.749
N1 B 0, 0.000, 0.770, 1.540, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.770 std_dev=0.770
N6 B 0, 0.000, 0.806, 1.613, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.806 std_dev=0.806
O5' B 0, 0.000, 0.807, 1.614, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.807 std_dev=0.807
OP2 B 0, 0.000, 0.968, 1.936, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.968 std_dev=0.968
P B 0, 0.000, 1.084, 2.168, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.084 std_dev=1.084
O2' B 0, 0.000, 1.099, 2.198, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.099 std_dev=1.099
O3' A 0, 0.000, 1.227, 2.454, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.227 std_dev=1.227
O5' A 0, 0.000, 1.242, 2.484, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.242 std_dev=1.242
OP1 B 0, 0.000, 2.100, 4.200, 4.200 max_d=4.200 avg_d=2.100 std_dev=2.100
P A 0, 0.000, 2.122, 4.245, 4.245 max_d=4.245 avg_d=2.122 std_dev=2.122
OP2 A 0, 0.000, 2.487, 4.974, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.487 std_dev=2.487
OP1 A 0, 0.000, 2.959, 5.918, 5.918 max_d=5.918 avg_d=2.959 std_dev=2.959

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.08 0.51 0.04 0.20
C2 0.00 0.00 0.13 0.18 0.00 0.02 0.02 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.19 0.01 0.07 0.20 0.61 0.13 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.13 0.04 0.08 0.05 0.04 0.06 0.15 0.12 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.23 0.20 0.00
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.27 0.00 0.24 0.01 0.19 0.14 0.24 0.12 0.04 0.00 0.29 0.03 0.27 0.03 0.29 0.19
C4 0.04 0.00 0.13 0.27 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.34 0.00 0.00 0.13 0.31 0.42 0.07
C4' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.20 0.05 0.02 0.01 0.02 0.28 0.13 0.13
C5 0.03 0.02 0.08 0.24 0.00 0.01 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.29 0.01 0.04 0.06 0.12 0.52 0.07
C5' 0.07 0.18 0.05 0.01 0.19 0.00 0.19 0.00 0.18 0.16 0.19 0.17 0.16 0.05 0.20 0.01 0.01 0.14 0.18 0.03
C6 0.03 0.03 0.04 0.19 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.01 0.06 0.05 0.17 0.39 0.03
N1 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.01 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.14 0.03 0.01 0.12 0.44 0.19 0.16
N3 0.01 0.00 0.15 0.24 0.00 0.00 0.02 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.28 0.01 0.05 0.19 0.53 0.25 0.22
O2 0.04 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.03 0.17 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.24 0.78 0.01 0.39
O2' 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.20 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.08 0.18 0.20 0.20 0.04
O3' 0.04 0.19 0.05 0.00 0.34 0.05 0.29 0.05 0.21 0.14 0.28 0.11 0.03 0.00 0.38 0.10 0.29 0.01 0.26 0.18
O4 0.04 0.01 0.14 0.29 0.00 0.02 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.38 0.00 0.00 0.13 0.28 0.48 0.05
O4' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.13 0.08 0.10 0.00 0.00 0.11 0.58 0.12 0.27
O5' 0.08 0.20 0.08 0.27 0.13 0.02 0.06 0.01 0.05 0.12 0.19 0.24 0.18 0.29 0.13 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.61 0.23 0.03 0.31 0.28 0.12 0.14 0.17 0.44 0.53 0.78 0.20 0.01 0.28 0.58 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.13 0.20 0.29 0.42 0.13 0.52 0.18 0.39 0.19 0.25 0.01 0.20 0.26 0.48 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.28 0.00 0.19 0.07 0.13 0.07 0.03 0.03 0.16 0.22 0.39 0.04 0.18 0.05 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.12 0.23 0.21 0.02 0.21 0.08 0.16 0.21 0.14 0.21 0.01 0.27 0.01 0.16 0.27 0.22 0.23 0.34 0.83 0.18 0.43
C2 0.07 0.01 0.11 0.10 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.09 0.10 0.00 0.15 0.48 0.00 0.23
C2' 0.05 0.33 0.02 0.03 0.21 0.09 0.31 0.09 0.41 0.04 0.41 0.24 0.44 0.23 0.05 0.06 0.04 0.10 0.27 0.86 0.11 0.40
C3' 0.04 0.60 0.11 0.09 0.42 0.04 0.59 0.08 0.77 0.20 0.74 0.45 0.88 0.47 0.20 0.03 0.08 0.08 0.22 0.99 0.04 0.39
C4 0.08 0.18 0.05 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04 0.06 0.09 0.07 0.16 0.14 0.14 0.01 0.13 0.01 0.09 0.09 0.46 0.10 0.21
C4' 0.10 0.34 0.05 0.01 0.21 0.08 0.37 0.03 0.52 0.10 0.48 0.21 0.66 0.31 0.05 0.14 0.01 0.13 0.18 0.85 0.02 0.28
C5 0.00 0.26 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.09 0.14 0.24 0.18 0.03 0.15 0.03 0.06 0.04 0.01 0.19 0.66 0.01 0.33
C5' 0.17 0.23 0.11 0.07 0.09 0.13 0.23 0.07 0.39 0.01 0.37 0.10 0.55 0.17 0.05 0.20 0.06 0.18 0.20 0.87 0.04 0.30
C6 0.08 0.23 0.08 0.10 0.04 0.09 0.03 0.10 0.17 0.16 0.27 0.13 0.17 0.11 0.08 0.05 0.10 0.09 0.25 0.76 0.06 0.38
N1 0.14 0.12 0.15 0.15 0.02 0.11 0.00 0.10 0.11 0.16 0.16 0.04 0.13 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.26 0.71 0.10 0.37
N3 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.10 0.06 0.11 0.08 0.05 0.04 0.14 0.12 0.02 0.06 0.03 0.09 0.08 0.39 0.08 0.17
O2 0.13 0.11 0.19 0.13 0.13 0.02 0.08 0.04 0.06 0.08 0.07 0.14 0.04 0.06 0.13 0.18 0.14 0.01 0.13 0.37 0.02 0.18
O2' 0.33 0.07 0.30 0.28 0.04 0.33 0.11 0.27 0.20 0.12 0.17 0.04 0.28 0.10 0.19 0.36 0.29 0.36 0.44 0.91 0.29 0.50
O3' 0.14 0.77 0.26 0.26 0.62 0.04 0.85 0.02 1.02 0.47 0.94 0.61 1.17 0.82 0.38 0.11 0.26 0.02 0.07 0.95 0.15 0.22
O4 0.14 0.16 0.12 0.06 0.05 0.13 0.09 0.08 0.14 0.07 0.02 0.18 0.25 0.16 0.05 0.23 0.07 0.15 0.04 0.38 0.15 0.16
O4' 0.26 0.17 0.24 0.20 0.03 0.23 0.18 0.16 0.34 0.07 0.31 0.03 0.46 0.12 0.13 0.32 0.20 0.26 0.32 0.88 0.13 0.40
O5' 0.09 0.39 0.02 0.04 0.23 0.05 0.42 0.01 0.63 0.12 0.58 0.22 0.85 0.35 0.06 0.14 0.04 0.12 0.08 0.73 0.23 0.16
OP1 0.55 0.21 0.45 0.33 0.01 0.51 0.32 0.39 0.64 0.08 0.55 0.06 1.04 0.28 0.26 0.68 0.33 0.61 0.38 1.01 0.07 0.35
OP2 0.26 1.07 0.40 0.42 0.74 0.21 0.95 0.21 1.29 0.48 1.32 0.80 1.57 0.76 0.47 0.26 0.45 0.13 0.13 0.66 0.49 0.02
P 0.19 0.47 0.10 0.03 0.24 0.17 0.49 0.10 0.78 0.12 0.74 0.24 1.08 0.40 0.03 0.26 0.02 0.25 0.16 0.82 0.22 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.03 0.01 0.14 0.26 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.20 0.18 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.04 0.10 0.09 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.37 0.19 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.16 0.21 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.23 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.24 0.26 0.07
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.32 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03 0.01 0.26 0.28 0.07
C8 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.24 0.18 0.08
N1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.01 0.21 0.28 0.05
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.03 0.00 0.11 0.21 0.04
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.13 0.00 0.01 0.35 0.28 0.10
N7 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.29 0.25 0.07
N9 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.14 0.07
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.08 0.05
O3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.12 0.03 0.14 0.13 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.57 0.21 0.25
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.08 0.10 0.12
O5' 0.05 0.01 0.06 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.18 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.05 0.14 0.20 0.37 0.16 0.23 0.24 0.32 0.26 0.24 0.21 0.11 0.35 0.29 0.16 0.21 0.57 0.08 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.05 0.26 0.18 0.19 0.21 0.08 0.26 0.25 0.28 0.18 0.28 0.21 0.28 0.25 0.14 0.08 0.21 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.04 0.08 0.16 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.04 0.10 0.07 0.07 0.05 0.25 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00