ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 21, 31, 16, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.025, 0.054, 0.082, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.054 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.028, 0.076, 0.123, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.076 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.007, 0.131, 0.270, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.131 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.199, 0.339, 0.479, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.339 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.007, 0.156, 0.305, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.156 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.275, 0.434, 0.593, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.434 std_dev=0.159
C6 B 0, 0.278, 0.443, 0.608, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.443 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.239, 0.404, 0.570, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.404 std_dev=0.166
C2 B 0, 0.250, 0.429, 0.608, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.429 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.237, 0.416, 0.595, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.416 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.307, 0.490, 0.673, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.490 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.014, 0.217, 0.420, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.217 std_dev=0.203
O4' B 0, 0.235, 0.441, 0.647, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.441 std_dev=0.206
O4 B 0, 0.265, 0.496, 0.727, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.496 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.237, 0.469, 0.701, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.469 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.004, 0.237, 0.469, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.237 std_dev=0.233
C3' A 0, 0.004, 0.252, 0.500, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.252 std_dev=0.248
C4' B 0, 0.192, 0.471, 0.749, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.471 std_dev=0.278
O2 B 0, 0.301, 0.622, 0.943, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.622 std_dev=0.321
C5' A 0, 0.040, 0.362, 0.683, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.362 std_dev=0.322
C5' B 0, 0.172, 0.509, 0.846, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.509 std_dev=0.337
C3' B 0, 0.150, 0.502, 0.853, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.502 std_dev=0.351
O2' B 0, 0.278, 0.634, 0.990, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.634 std_dev=0.356
O3' A 0, -0.007, 0.383, 0.772, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.383 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.037, 0.494, 0.950, 3.634 max_d=3.634 avg_d=0.494 std_dev=0.456
P B 0, -0.071, 0.487, 1.045, 4.649 max_d=4.649 avg_d=0.487 std_dev=0.558
O5' A 0, -0.059, 0.514, 1.087, 2.940 max_d=2.940 avg_d=0.514 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.076, 0.666, 1.256, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.666 std_dev=0.590
OP2 B 0, -0.023, 0.578, 1.179, 4.938 max_d=4.938 avg_d=0.578 std_dev=0.601
OP1 B 0, -0.041, 0.634, 1.309, 5.411 max_d=5.411 avg_d=0.634 std_dev=0.675
P A 0, 0.012, 0.743, 1.473, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.743 std_dev=0.731
OP2 A 0, -0.045, 0.919, 1.883, 4.866 max_d=4.866 avg_d=0.919 std_dev=0.964
OP1 A 0, -0.044, 0.944, 1.933, 5.207 max_d=5.207 avg_d=0.944 std_dev=0.988

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.01 0.18 0.18 0.28 0.19
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.04 0.33 0.28 0.45 0.29
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.06 0.01 0.20 0.25 0.27 0.18
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.14 0.08 0.10 0.13 0.03 0.01 0.14 0.02 0.21 0.33 0.22 0.18
C4 0.03 0.02 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.12 0.01 0.04 0.48 0.44 0.68 0.45
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.10 0.02 0.07 0.01 0.03 0.14 0.23 0.08
C5 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.02 0.05 0.50 0.46 0.69 0.48
C5' 0.04 0.08 0.05 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.13 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.14 0.03 0.01 0.22 0.26 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.03 0.05 0.45 0.37 0.53 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.33 0.27 0.41 0.28
N3 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.09 0.02 0.04 0.40 0.36 0.57 0.37
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.16 0.04 0.06 0.26 0.24 0.39 0.24
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.10 0.14 0.00 0.05 0.11 0.08 0.11 0.21 0.26 0.14
O3' 0.07 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.07 0.14 0.06 0.09 0.16 0.05 0.00 0.13 0.05 0.20 0.47 0.33 0.25
O4 0.04 0.03 0.06 0.14 0.01 0.07 0.02 0.14 0.03 0.03 0.02 0.04 0.11 0.13 0.00 0.05 0.50 0.49 0.75 0.49
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05 0.00 0.13 0.21 0.30 0.22
O5' 0.18 0.33 0.20 0.21 0.48 0.03 0.50 0.01 0.45 0.33 0.40 0.26 0.11 0.20 0.50 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.18 0.28 0.25 0.33 0.44 0.14 0.46 0.22 0.37 0.27 0.36 0.24 0.21 0.47 0.49 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.45 0.27 0.22 0.68 0.23 0.69 0.26 0.53 0.41 0.57 0.39 0.26 0.33 0.75 0.30 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.29 0.18 0.18 0.45 0.08 0.48 0.03 0.39 0.28 0.37 0.24 0.14 0.25 0.49 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.22 0.18 0.21 0.22 0.23 0.21 0.32 0.17 0.15 0.23 0.28 0.22 0.22 0.27 0.22 0.34 0.36 0.32 0.34
C2 0.25 0.23 0.23 0.23 0.16 0.26 0.20 0.30 0.21 0.18 0.21 0.32 0.28 0.25 0.21 0.27 0.34 0.29 0.32 0.29
C2' 0.19 0.21 0.16 0.23 0.24 0.23 0.23 0.34 0.18 0.16 0.23 0.25 0.21 0.23 0.28 0.21 0.40 0.40 0.29 0.37
C3' 0.25 0.26 0.20 0.22 0.29 0.18 0.28 0.23 0.25 0.25 0.28 0.28 0.24 0.22 0.32 0.25 0.39 0.51 0.46 0.49
C4 0.25 0.26 0.22 0.24 0.14 0.24 0.23 0.27 0.23 0.22 0.24 0.34 0.28 0.23 0.19 0.26 0.40 0.37 0.44 0.38
C4' 0.21 0.25 0.17 0.20 0.30 0.17 0.29 0.24 0.23 0.21 0.28 0.26 0.21 0.19 0.35 0.21 0.38 0.58 0.52 0.52
C5 0.22 0.25 0.20 0.25 0.19 0.24 0.19 0.28 0.21 0.20 0.26 0.31 0.23 0.24 0.26 0.24 0.44 0.45 0.50 0.45
C5' 0.25 0.31 0.22 0.23 0.39 0.19 0.37 0.22 0.30 0.27 0.36 0.31 0.23 0.23 0.45 0.25 0.42 0.67 0.63 0.59
C6 0.21 0.23 0.19 0.25 0.21 0.24 0.18 0.30 0.18 0.18 0.26 0.29 0.21 0.24 0.28 0.24 0.43 0.44 0.48 0.44
N1 0.22 0.22 0.19 0.22 0.19 0.24 0.19 0.30 0.18 0.17 0.23 0.29 0.23 0.22 0.25 0.24 0.38 0.36 0.37 0.36
N3 0.26 0.25 0.24 0.23 0.13 0.26 0.22 0.28 0.23 0.21 0.21 0.34 0.30 0.25 0.20 0.27 0.35 0.30 0.36 0.31
O2 0.27 0.23 0.27 0.25 0.17 0.30 0.21 0.33 0.21 0.19 0.20 0.33 0.33 0.31 0.21 0.29 0.30 0.25 0.26 0.24
O2' 0.21 0.26 0.21 0.25 0.31 0.27 0.33 0.41 0.28 0.23 0.29 0.28 0.23 0.28 0.34 0.21 0.31 0.30 0.11 0.22
O3' 0.26 0.26 0.21 0.21 0.29 0.19 0.29 0.23 0.26 0.26 0.27 0.27 0.25 0.23 0.31 0.28 0.37 0.58 0.48 0.54
O4 0.25 0.27 0.23 0.24 0.17 0.24 0.26 0.26 0.25 0.23 0.24 0.35 0.29 0.24 0.19 0.25 0.40 0.37 0.46 0.38
O4' 0.19 0.23 0.15 0.17 0.26 0.18 0.24 0.26 0.19 0.17 0.26 0.28 0.20 0.17 0.32 0.19 0.34 0.48 0.45 0.44
O5' 0.36 0.49 0.37 0.37 0.62 0.28 0.57 0.28 0.47 0.44 0.57 0.48 0.33 0.36 0.69 0.32 0.48 0.68 0.68 0.60
OP1 0.46 0.58 0.53 0.57 0.74 0.47 0.69 0.52 0.58 0.53 0.67 0.55 0.49 0.61 0.84 0.43 0.67 0.95 0.90 0.80
OP2 0.54 0.71 0.55 0.51 0.86 0.43 0.75 0.42 0.64 0.63 0.82 0.70 0.53 0.50 0.97 0.47 0.55 0.76 0.71 0.63
P 0.40 0.54 0.44 0.41 0.69 0.33 0.62 0.34 0.51 0.48 0.63 0.52 0.42 0.41 0.78 0.35 0.52 0.76 0.72 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.03 0.01 0.13 0.12 0.24 0.14
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.02 0.05 0.21 0.19 0.33 0.22
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09 0.03 0.09 0.18 0.01 0.03 0.07 0.01 0.15 0.19 0.30 0.17
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.16 0.10 0.16 0.16 0.02 0.01 0.18 0.02 0.13 0.19 0.20 0.12
C4 0.03 0.02 0.06 0.17 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.16 0.01 0.05 0.31 0.32 0.42 0.33
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.08 0.12 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.16 0.05
C5 0.03 0.02 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.02 0.06 0.32 0.33 0.40 0.33
C5' 0.04 0.10 0.08 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.10 0.13 0.10 0.06 0.09 0.17 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.02 0.06 0.29 0.25 0.32 0.26
N1 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.03 0.03 0.21 0.18 0.29 0.20
N3 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.15 0.02 0.04 0.26 0.26 0.38 0.28
O2 0.06 0.01 0.18 0.16 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.21 0.03 0.08 0.18 0.16 0.31 0.20
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.14 0.12 0.14 0.06 0.12 0.08 0.14 0.17 0.00 0.06 0.15 0.09 0.10 0.17 0.31 0.14
O3' 0.10 0.14 0.03 0.01 0.16 0.02 0.18 0.09 0.15 0.07 0.15 0.21 0.06 0.00 0.18 0.08 0.19 0.30 0.24 0.20
O4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.10 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.03 0.15 0.18 0.00 0.06 0.32 0.37 0.45 0.36
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.08 0.09 0.08 0.06 0.00 0.15 0.18 0.24 0.19
O5' 0.13 0.21 0.15 0.13 0.31 0.02 0.32 0.01 0.29 0.21 0.26 0.18 0.10 0.19 0.32 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.19 0.19 0.19 0.32 0.12 0.33 0.16 0.25 0.18 0.26 0.16 0.17 0.30 0.37 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.33 0.30 0.20 0.42 0.16 0.40 0.15 0.32 0.29 0.38 0.31 0.31 0.24 0.45 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.17 0.12 0.33 0.05 0.33 0.02 0.26 0.20 0.28 0.20 0.14 0.20 0.36 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00