ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49020

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 4, 10, 20, 8, 8, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.015, 0.022, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.014, 0.023, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.022, 0.033, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.040, 0.063, 0.086, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.063 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.010, 0.056, 0.102, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.056 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.224, 0.400, 0.575, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.400 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.209, 0.385, 0.561, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.385 std_dev=0.176
O2' A 0, 0.243, 0.446, 0.648, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.446 std_dev=0.202
C5 B 0, 0.557, 0.787, 1.016, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.787 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.632, 0.865, 1.097, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.865 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.542, 0.782, 1.022, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.782 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.626, 0.867, 1.108, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.867 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.337, 0.578, 0.820, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.578 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.392, 0.643, 0.895, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.643 std_dev=0.251
O2 B 0, 0.678, 0.946, 1.213, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.946 std_dev=0.268
O4 B 0, 0.418, 0.694, 0.971, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.694 std_dev=0.276
C3' A 0, 0.353, 0.631, 0.910, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.631 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.361, 0.640, 0.919, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.640 std_dev=0.279
O5' A 0, 0.273, 0.589, 0.905, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.589 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.771, 1.095, 1.419, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.095 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.537, 0.939, 1.341, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.939 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.740, 1.148, 1.555, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.148 std_dev=0.407
C5' A 0, 0.572, 0.991, 1.409, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.991 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.674, 1.101, 1.527, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.101 std_dev=0.426
P B 0, 0.732, 1.161, 1.589, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.161 std_dev=0.429
P A 0, 0.591, 1.025, 1.459, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.025 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.780, 1.221, 1.662, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.221 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.730, 1.189, 1.647, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.189 std_dev=0.459
O2' B 0, 0.840, 1.334, 1.828, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.334 std_dev=0.494
C3' B 0, 0.686, 1.198, 1.711, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.198 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.593, 1.131, 1.669, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.131 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.746, 1.312, 1.878, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.312 std_dev=0.566
OP1 B 0, 0.855, 1.459, 2.064, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.459 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.672, 1.302, 1.932, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.302 std_dev=0.630
C5' B 0, 0.693, 1.420, 2.148, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.420 std_dev=0.727
OP1 A 0, 0.677, 1.493, 2.309, 4.045 max_d=4.045 avg_d=1.493 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.24 0.18 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.03 0.19 0.50 0.25 0.23
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.21 0.14 0.11
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.11 0.06 0.10 0.13 0.03 0.01 0.12 0.02 0.14 0.23 0.16 0.14
C4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.03 0.26 0.73 0.36 0.34
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.14 0.20 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.05 0.26 0.72 0.33 0.34
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.04 0.14 0.02 0.01 0.23 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.05 0.21 0.55 0.23 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.17 0.43 0.20 0.20
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.02 0.03 0.23 0.64 0.32 0.30
O2 0.05 0.01 0.13 0.13 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.17 0.03 0.06 0.16 0.44 0.23 0.20
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.12 0.00 0.05 0.07 0.04 0.07 0.17 0.16 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.13 0.06 0.13 0.17 0.05 0.00 0.16 0.02 0.17 0.34 0.23 0.20
O4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.16 0.00 0.03 0.28 0.80 0.42 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.17 0.27 0.11
O5' 0.09 0.19 0.10 0.14 0.26 0.02 0.26 0.01 0.21 0.17 0.23 0.16 0.07 0.17 0.28 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.50 0.21 0.23 0.73 0.14 0.72 0.23 0.55 0.43 0.64 0.44 0.17 0.34 0.80 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.25 0.14 0.16 0.36 0.20 0.33 0.24 0.23 0.20 0.32 0.23 0.16 0.23 0.42 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.11 0.14 0.34 0.03 0.34 0.02 0.26 0.20 0.30 0.20 0.08 0.20 0.38 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.27 0.20 0.15 0.33 0.15 0.33 0.24 0.24 0.20 0.31 0.32 0.32 0.15 0.39 0.17 0.16 0.06 0.17 0.07
C2 0.21 0.28 0.20 0.17 0.30 0.19 0.26 0.23 0.20 0.18 0.32 0.35 0.27 0.18 0.34 0.19 0.20 0.14 0.27 0.13
C2' 0.19 0.26 0.16 0.17 0.34 0.14 0.35 0.28 0.29 0.22 0.30 0.27 0.25 0.16 0.37 0.16 0.20 0.10 0.22 0.12
C3' 0.16 0.27 0.18 0.26 0.43 0.13 0.44 0.25 0.34 0.24 0.35 0.25 0.18 0.24 0.48 0.14 0.08 0.03 0.09 0.02
C4 0.22 0.26 0.19 0.20 0.28 0.22 0.23 0.25 0.20 0.19 0.32 0.31 0.23 0.20 0.37 0.22 0.28 0.20 0.36 0.21
C4' 0.16 0.26 0.14 0.22 0.44 0.13 0.45 0.28 0.32 0.21 0.35 0.26 0.22 0.21 0.51 0.14 0.08 0.07 0.15 0.05
C5 0.19 0.25 0.16 0.18 0.33 0.21 0.26 0.25 0.19 0.17 0.33 0.29 0.21 0.19 0.44 0.22 0.25 0.21 0.36 0.21
C5' 0.17 0.32 0.20 0.30 0.54 0.15 0.53 0.26 0.38 0.27 0.44 0.29 0.19 0.30 0.64 0.15 0.13 0.16 0.32 0.15
C6 0.19 0.24 0.15 0.14 0.35 0.18 0.28 0.20 0.18 0.15 0.32 0.28 0.22 0.15 0.44 0.19 0.20 0.17 0.30 0.17
N1 0.20 0.26 0.17 0.13 0.33 0.14 0.30 0.18 0.20 0.17 0.32 0.31 0.26 0.13 0.39 0.16 0.16 0.09 0.25 0.10
N3 0.22 0.26 0.20 0.18 0.26 0.21 0.21 0.22 0.18 0.17 0.31 0.33 0.25 0.19 0.33 0.22 0.26 0.18 0.32 0.18
O2 0.27 0.33 0.28 0.24 0.30 0.27 0.27 0.34 0.25 0.25 0.33 0.40 0.34 0.25 0.32 0.25 0.23 0.20 0.26 0.16
O2' 0.30 0.29 0.28 0.25 0.31 0.25 0.33 0.43 0.30 0.27 0.30 0.34 0.40 0.25 0.33 0.26 0.38 0.16 0.22 0.18
O3' 0.19 0.29 0.24 0.34 0.44 0.18 0.46 0.32 0.37 0.27 0.36 0.25 0.20 0.33 0.48 0.18 0.03 0.02 0.02 0.01
O4 0.26 0.29 0.25 0.25 0.25 0.25 0.26 0.29 0.25 0.24 0.32 0.35 0.27 0.25 0.32 0.26 0.33 0.25 0.40 0.25
O4' 0.20 0.26 0.16 0.16 0.39 0.13 0.39 0.25 0.26 0.19 0.33 0.30 0.29 0.15 0.47 0.15 0.11 0.05 0.13 0.03
O5' 0.29 0.45 0.33 0.38 0.64 0.25 0.61 0.27 0.45 0.39 0.56 0.43 0.28 0.38 0.74 0.26 0.29 0.24 0.37 0.24
OP1 0.51 0.75 0.58 0.58 1.00 0.39 0.91 0.37 0.71 0.66 0.90 0.72 0.48 0.58 1.14 0.42 0.43 0.48 0.57 0.41
OP2 0.42 0.61 0.49 0.49 0.80 0.37 0.70 0.36 0.55 0.52 0.73 0.59 0.43 0.50 0.92 0.36 0.40 0.40 0.49 0.34
P 0.34 0.53 0.41 0.44 0.74 0.29 0.68 0.28 0.51 0.45 0.65 0.49 0.33 0.44 0.86 0.29 0.33 0.31 0.43 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.17 0.24 0.24 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.05 0.36 0.31 0.35 0.27
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.18 0.01 0.02 0.06 0.01 0.26 0.33 0.18 0.19
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.13 0.01 0.11 0.03 0.10 0.08 0.15 0.18 0.02 0.01 0.14 0.02 0.36 0.39 0.18 0.27
C4 0.03 0.02 0.05 0.13 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.04 0.52 0.43 0.53 0.45
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.10 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.22 0.28 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.06 0.53 0.44 0.51 0.46
C5' 0.03 0.13 0.03 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.21 0.13 0.18 0.10 0.06 0.05 0.25 0.02 0.01 0.18 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.02 0.07 0.47 0.35 0.38 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.02 0.35 0.29 0.31 0.25
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.17 0.02 0.04 0.45 0.37 0.45 0.37
O2 0.05 0.01 0.18 0.18 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.21 0.03 0.09 0.29 0.29 0.30 0.22
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.14 0.00 0.05 0.07 0.06 0.09 0.33 0.18 0.13
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.15 0.03 0.13 0.05 0.11 0.08 0.17 0.21 0.05 0.00 0.17 0.02 0.29 0.43 0.19 0.27
O4 0.04 0.03 0.06 0.14 0.01 0.12 0.01 0.25 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.17 0.00 0.05 0.54 0.48 0.60 0.50
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.05 0.00 0.09 0.22 0.32 0.14
O5' 0.17 0.36 0.26 0.36 0.52 0.02 0.53 0.01 0.47 0.35 0.45 0.29 0.09 0.29 0.54 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.31 0.33 0.39 0.43 0.22 0.44 0.18 0.35 0.29 0.37 0.29 0.33 0.43 0.48 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.35 0.18 0.18 0.53 0.28 0.51 0.38 0.38 0.31 0.45 0.30 0.18 0.19 0.60 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.27 0.19 0.27 0.45 0.07 0.46 0.02 0.35 0.25 0.37 0.22 0.13 0.27 0.50 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00