ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49021

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 8, 12, 15, 5, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.029, 0.042, 0.056, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.027, 0.042, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.027, 0.042, 0.056, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.028, 0.043, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.031 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.063, 0.099, 0.135, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.099 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.121, 0.183, 0.245, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.183 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.048, 0.141, 0.234, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.141 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.131, 0.244, 0.356, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.244 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.077, 0.223, 0.369, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.223 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.212, 0.380, 0.549, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.380 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.165, 0.337, 0.510, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.337 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.241, 0.419, 0.597, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.419 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.271, 0.465, 0.658, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.465 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.249, 0.465, 0.681, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.465 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.253, 0.472, 0.690, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.472 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.265, 0.493, 0.721, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.493 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.339, 0.574, 0.809, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.574 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.285, 0.530, 0.774, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.530 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.285, 0.536, 0.787, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.536 std_dev=0.251
C5' A 0, 0.138, 0.396, 0.654, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.396 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.267, 0.527, 0.787, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.527 std_dev=0.260
O3' A 0, 0.324, 0.596, 0.867, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.596 std_dev=0.272
O2 B 0, 0.284, 0.567, 0.850, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.567 std_dev=0.283
C3' B 0, 0.347, 0.642, 0.938, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.642 std_dev=0.296
O2' B 0, 0.405, 0.711, 1.017, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.711 std_dev=0.306
P B 0, 0.416, 0.732, 1.048, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.732 std_dev=0.316
O4 B 0, 0.358, 0.679, 1.000, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.679 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.297, 0.620, 0.944, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.620 std_dev=0.324
O5' B 0, 0.361, 0.700, 1.039, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.700 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.415, 0.778, 1.142, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.778 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.545, 0.966, 1.388, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.966 std_dev=0.421
OP2 B 0, 0.370, 0.804, 1.237, 2.642 max_d=2.642 avg_d=0.804 std_dev=0.434
C5' B 0, 0.329, 0.773, 1.217, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.773 std_dev=0.444
O5' A 0, 0.015, 0.467, 0.920, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.467 std_dev=0.453
P A 0, 0.161, 0.666, 1.170, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.666 std_dev=0.504
OP1 A 0, 0.222, 0.831, 1.440, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.831 std_dev=0.609
OP2 A 0, 0.107, 0.782, 1.457, 3.899 max_d=3.899 avg_d=0.782 std_dev=0.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.17 0.28 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.03 0.25 0.33 0.35 0.24
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.23 0.21 0.13
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.07 0.11 0.02 0.01 0.09 0.01 0.23 0.29 0.19 0.18
C4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.37 0.47 0.49 0.36
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.01 0.04 0.39 0.46 0.49 0.37
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.08 0.07 0.04 0.15 0.01 0.01 0.13 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.04 0.34 0.36 0.40 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.24 0.29 0.33 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.01 0.03 0.32 0.41 0.42 0.30
O2 0.04 0.01 0.12 0.11 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.15 0.03 0.05 0.20 0.29 0.32 0.20
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.08 0.14 0.00 0.05 0.07 0.05 0.08 0.16 0.21 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.12 0.05 0.09 0.15 0.05 0.00 0.11 0.02 0.24 0.36 0.26 0.22
O4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.40 0.52 0.53 0.40
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.10 0.13 0.32 0.16
O5' 0.11 0.25 0.16 0.23 0.37 0.02 0.39 0.01 0.34 0.24 0.32 0.20 0.08 0.24 0.40 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.33 0.23 0.29 0.47 0.11 0.46 0.13 0.36 0.29 0.41 0.29 0.16 0.36 0.52 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.35 0.21 0.19 0.49 0.23 0.49 0.25 0.40 0.33 0.42 0.32 0.21 0.26 0.53 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.13 0.18 0.36 0.05 0.37 0.02 0.29 0.22 0.30 0.20 0.06 0.22 0.40 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.18 0.19 0.19 0.29 0.19 0.34 0.28 0.27 0.18 0.22 0.20 0.29 0.19 0.34 0.19 0.15 0.09 0.15 0.06
C2 0.23 0.18 0.23 0.21 0.19 0.21 0.21 0.24 0.20 0.18 0.18 0.23 0.29 0.21 0.23 0.22 0.19 0.15 0.23 0.10
C2' 0.18 0.20 0.17 0.22 0.34 0.19 0.39 0.32 0.33 0.21 0.25 0.18 0.25 0.20 0.37 0.18 0.17 0.13 0.16 0.09
C3' 0.15 0.23 0.16 0.22 0.42 0.14 0.46 0.23 0.36 0.23 0.32 0.18 0.19 0.22 0.47 0.15 0.08 0.04 0.10 0.01
C4 0.21 0.18 0.20 0.20 0.15 0.21 0.16 0.24 0.18 0.18 0.17 0.21 0.22 0.20 0.21 0.22 0.24 0.16 0.33 0.16
C4' 0.15 0.21 0.14 0.21 0.41 0.15 0.45 0.26 0.33 0.20 0.30 0.16 0.20 0.21 0.48 0.15 0.09 0.07 0.14 0.05
C5 0.20 0.17 0.17 0.19 0.23 0.22 0.19 0.26 0.17 0.16 0.21 0.19 0.20 0.19 0.32 0.23 0.24 0.18 0.34 0.19
C5' 0.17 0.26 0.18 0.24 0.48 0.16 0.48 0.23 0.35 0.24 0.37 0.21 0.19 0.25 0.56 0.17 0.16 0.15 0.25 0.12
C6 0.19 0.17 0.16 0.17 0.28 0.20 0.26 0.23 0.18 0.15 0.22 0.18 0.22 0.18 0.36 0.22 0.21 0.16 0.29 0.16
N1 0.21 0.17 0.19 0.18 0.26 0.19 0.28 0.22 0.21 0.16 0.20 0.20 0.26 0.18 0.31 0.20 0.17 0.11 0.22 0.09
N3 0.23 0.18 0.23 0.21 0.14 0.21 0.15 0.22 0.17 0.18 0.16 0.23 0.26 0.21 0.19 0.22 0.22 0.16 0.28 0.13
O2 0.27 0.20 0.28 0.26 0.17 0.28 0.22 0.33 0.22 0.20 0.18 0.27 0.36 0.27 0.20 0.27 0.20 0.22 0.21 0.13
O2' 0.25 0.23 0.25 0.29 0.32 0.29 0.38 0.50 0.35 0.25 0.26 0.24 0.34 0.28 0.35 0.26 0.26 0.16 0.12 0.11
O3' 0.16 0.26 0.20 0.28 0.44 0.16 0.47 0.27 0.38 0.26 0.34 0.20 0.19 0.28 0.48 0.15 0.03 0.02 0.02 0.01
O4 0.23 0.20 0.22 0.23 0.16 0.23 0.23 0.27 0.23 0.21 0.18 0.24 0.24 0.23 0.19 0.24 0.27 0.19 0.35 0.18
O4' 0.18 0.17 0.15 0.18 0.34 0.16 0.38 0.26 0.28 0.17 0.24 0.17 0.25 0.18 0.41 0.17 0.11 0.05 0.13 0.03
O5' 0.38 0.53 0.40 0.40 0.71 0.33 0.69 0.33 0.55 0.48 0.63 0.49 0.38 0.39 0.80 0.34 0.36 0.28 0.42 0.31
OP1 0.51 0.68 0.57 0.60 0.88 0.49 0.82 0.50 0.68 0.62 0.80 0.64 0.52 0.62 0.98 0.45 0.54 0.48 0.61 0.48
OP2 0.44 0.57 0.46 0.44 0.74 0.41 0.65 0.44 0.53 0.50 0.67 0.54 0.44 0.45 0.85 0.41 0.40 0.38 0.43 0.33
P 0.40 0.54 0.44 0.43 0.74 0.35 0.69 0.36 0.55 0.49 0.65 0.51 0.40 0.43 0.84 0.35 0.39 0.31 0.44 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.17 0.27 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.02 0.03 0.35 0.32 0.38 0.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.14 0.00 0.03 0.07 0.01 0.24 0.34 0.22 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.03 0.12 0.09 0.14 0.14 0.03 0.01 0.16 0.02 0.31 0.36 0.18 0.23
C4 0.02 0.02 0.05 0.14 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.17 0.01 0.04 0.50 0.43 0.57 0.46
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.10 0.05 0.07 0.05 0.11 0.03 0.11 0.01 0.02 0.25 0.26 0.10
C5 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.06 0.51 0.43 0.55 0.47
C5' 0.05 0.13 0.03 0.03 0.22 0.01 0.23 0.00 0.20 0.13 0.17 0.10 0.08 0.05 0.24 0.02 0.01 0.18 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.02 0.06 0.44 0.35 0.42 0.36
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.02 0.02 0.33 0.29 0.34 0.25
N3 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.16 0.02 0.03 0.43 0.37 0.48 0.37
O2 0.04 0.01 0.14 0.14 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.16 0.04 0.06 0.29 0.31 0.34 0.23
O2' 0.03 0.10 0.00 0.03 0.10 0.11 0.08 0.08 0.06 0.05 0.11 0.15 0.00 0.07 0.12 0.09 0.10 0.38 0.21 0.17
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.17 0.03 0.16 0.05 0.13 0.08 0.16 0.16 0.07 0.00 0.20 0.03 0.26 0.40 0.17 0.24
O4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.02 0.02 0.04 0.12 0.20 0.00 0.04 0.52 0.47 0.64 0.51
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.06 0.09 0.03 0.04 0.00 0.13 0.26 0.30 0.16
O5' 0.17 0.35 0.24 0.31 0.50 0.02 0.51 0.01 0.44 0.33 0.43 0.29 0.10 0.26 0.52 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.27 0.32 0.34 0.36 0.43 0.25 0.43 0.18 0.35 0.29 0.37 0.31 0.38 0.40 0.47 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.38 0.22 0.18 0.57 0.26 0.55 0.33 0.42 0.34 0.48 0.34 0.21 0.17 0.64 0.30 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.28 0.19 0.23 0.46 0.10 0.47 0.02 0.36 0.25 0.37 0.23 0.17 0.24 0.51 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00