ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49022

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 3, 4, 17, 8, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.021 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.054, 0.091, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.054 std_dev=0.038
O4 A 0, -0.001, 0.068, 0.138, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.068 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.057, 0.142, 0.227, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.142 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.069, 0.161, 0.252, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.161 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.138, 0.257, 0.377, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.257 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.110, 0.246, 0.382, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.246 std_dev=0.136
C3' A 0, 0.148, 0.285, 0.422, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.285 std_dev=0.137
N1 B 0, 0.385, 0.575, 0.764, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.575 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.334, 0.526, 0.718, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.526 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.283, 0.480, 0.677, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.480 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.474, 0.676, 0.878, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.676 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.358, 0.571, 0.785, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.571 std_dev=0.214
C5' A 0, 0.222, 0.445, 0.667, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.445 std_dev=0.222
O4 B 0, 0.373, 0.598, 0.822, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.598 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.398, 0.629, 0.861, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.629 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.226, 0.464, 0.701, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.464 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.459, 0.708, 0.957, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.708 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.486, 0.788, 1.091, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.788 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.394, 0.706, 1.017, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.706 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.385, 0.732, 1.078, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.732 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.344, 0.695, 1.046, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.695 std_dev=0.351
O2 B 0, 0.395, 0.751, 1.108, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.751 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.400, 0.795, 1.189, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.795 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.428, 0.824, 1.220, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.824 std_dev=0.396
P B 0, 0.345, 0.744, 1.144, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.744 std_dev=0.400
O3' B 0, 0.364, 0.860, 1.357, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.860 std_dev=0.497
OP2 B 0, 0.310, 0.817, 1.325, 2.908 max_d=2.908 avg_d=0.817 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.382, 0.921, 1.460, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.921 std_dev=0.539
O5' A 0, 0.053, 0.649, 1.245, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.649 std_dev=0.596
OP1 B 0, 0.489, 1.102, 1.715, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.102 std_dev=0.613
P A 0, 0.240, 0.965, 1.691, 3.872 max_d=3.872 avg_d=0.965 std_dev=0.726
OP1 A 0, 0.348, 1.176, 2.003, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.176 std_dev=0.827
OP2 A 0, 0.270, 1.141, 2.012, 4.646 max_d=4.646 avg_d=1.141 std_dev=0.871

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.20 0.27 0.17 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.02 0.38 0.44 0.37 0.34
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.01 0.02 0.06 0.01 0.20 0.30 0.12 0.17
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.03 0.13 0.07 0.09 0.11 0.03 0.01 0.13 0.01 0.25 0.37 0.13 0.22
C4 0.03 0.03 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.01 0.05 0.55 0.65 0.64 0.57
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.11 0.01 0.02 0.17 0.22 0.09
C5 0.03 0.02 0.06 0.14 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.17 0.02 0.07 0.58 0.67 0.64 0.59
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.20 0.01 0.23 0.00 0.19 0.10 0.14 0.06 0.07 0.05 0.22 0.01 0.01 0.23 0.29 0.03
C6 0.03 0.02 0.07 0.13 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.02 0.07 0.51 0.56 0.44 0.46
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.38 0.43 0.31 0.31
N3 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.02 0.03 0.47 0.55 0.52 0.45
O2 0.06 0.01 0.13 0.11 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.14 0.04 0.06 0.29 0.36 0.30 0.25
O2' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.09 0.16 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.20 0.15 0.13
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.05 0.15 0.06 0.10 0.14 0.06 0.00 0.16 0.02 0.22 0.43 0.20 0.24
O4 0.03 0.03 0.06 0.13 0.01 0.11 0.02 0.22 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.16 0.00 0.06 0.58 0.71 0.73 0.63
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.16 0.25 0.26 0.16
O5' 0.20 0.38 0.20 0.25 0.55 0.02 0.58 0.01 0.51 0.38 0.47 0.29 0.06 0.22 0.58 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.27 0.44 0.30 0.37 0.65 0.17 0.67 0.23 0.56 0.43 0.55 0.36 0.20 0.43 0.71 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.37 0.12 0.13 0.64 0.22 0.64 0.29 0.44 0.31 0.52 0.30 0.15 0.20 0.73 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.34 0.17 0.22 0.57 0.09 0.59 0.03 0.46 0.31 0.45 0.25 0.13 0.24 0.63 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.25 0.21 0.19 0.14 0.21 0.16 0.22 0.18 0.21 0.21 0.32 0.28 0.18 0.18 0.26 0.24 0.28 0.14 0.10
C2 0.27 0.29 0.22 0.19 0.16 0.18 0.19 0.19 0.19 0.23 0.26 0.38 0.28 0.16 0.21 0.22 0.20 0.20 0.28 0.11
C2' 0.25 0.22 0.19 0.18 0.14 0.18 0.16 0.21 0.16 0.20 0.19 0.27 0.24 0.17 0.16 0.25 0.26 0.26 0.12 0.14
C3' 0.24 0.24 0.20 0.14 0.19 0.15 0.18 0.13 0.18 0.22 0.22 0.28 0.21 0.14 0.20 0.25 0.08 0.11 0.16 0.02
C4 0.20 0.25 0.15 0.20 0.16 0.14 0.17 0.17 0.16 0.18 0.25 0.32 0.20 0.15 0.21 0.17 0.21 0.21 0.39 0.18
C4' 0.23 0.24 0.19 0.14 0.19 0.16 0.18 0.15 0.16 0.20 0.22 0.28 0.21 0.13 0.22 0.24 0.10 0.23 0.16 0.08
C5 0.20 0.24 0.15 0.20 0.18 0.16 0.17 0.18 0.17 0.18 0.25 0.30 0.19 0.18 0.23 0.19 0.23 0.23 0.38 0.19
C5' 0.25 0.27 0.23 0.16 0.27 0.16 0.24 0.14 0.22 0.24 0.28 0.30 0.23 0.16 0.30 0.25 0.08 0.21 0.31 0.15
C6 0.21 0.24 0.16 0.19 0.18 0.17 0.16 0.19 0.17 0.19 0.24 0.30 0.20 0.17 0.21 0.21 0.23 0.23 0.32 0.16
N1 0.24 0.26 0.18 0.17 0.15 0.17 0.16 0.19 0.17 0.20 0.23 0.32 0.24 0.14 0.20 0.22 0.21 0.21 0.25 0.10
N3 0.23 0.28 0.19 0.19 0.15 0.16 0.18 0.17 0.17 0.20 0.26 0.36 0.24 0.14 0.22 0.18 0.19 0.19 0.34 0.14
O2 0.32 0.33 0.30 0.24 0.19 0.24 0.21 0.24 0.23 0.27 0.27 0.43 0.38 0.25 0.23 0.26 0.23 0.24 0.26 0.15
O2' 0.30 0.24 0.27 0.28 0.17 0.29 0.20 0.35 0.23 0.24 0.21 0.29 0.35 0.29 0.17 0.30 0.37 0.43 0.17 0.26
O3' 0.24 0.23 0.24 0.17 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19 0.22 0.21 0.26 0.22 0.18 0.21 0.27 0.02 0.02 0.03 0.01
O4 0.20 0.25 0.17 0.24 0.18 0.15 0.19 0.18 0.17 0.18 0.26 0.32 0.19 0.18 0.22 0.16 0.22 0.23 0.42 0.21
O4' 0.25 0.24 0.18 0.16 0.17 0.18 0.15 0.18 0.15 0.20 0.22 0.31 0.24 0.14 0.22 0.25 0.17 0.29 0.16 0.08
O5' 0.41 0.52 0.40 0.35 0.63 0.27 0.61 0.22 0.51 0.48 0.59 0.50 0.36 0.34 0.69 0.36 0.33 0.28 0.48 0.30
OP1 0.53 0.63 0.59 0.57 0.77 0.46 0.75 0.45 0.65 0.60 0.71 0.60 0.53 0.59 0.84 0.48 0.57 0.57 0.77 0.58
OP2 0.46 0.61 0.48 0.45 0.75 0.31 0.69 0.25 0.57 0.54 0.70 0.59 0.45 0.47 0.83 0.38 0.35 0.30 0.54 0.30
P 0.42 0.54 0.44 0.41 0.68 0.30 0.65 0.26 0.54 0.50 0.63 0.52 0.39 0.42 0.76 0.36 0.37 0.32 0.56 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.18 0.05 0.01 0.13 0.16 0.22 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.04 0.05 0.04 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.17 0.04 0.07 0.15 0.15 0.30 0.17
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.11 0.10 0.03 0.08 0.16 0.01 0.03 0.08 0.02 0.24 0.31 0.30 0.26
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.03 0.18 0.11 0.16 0.13 0.03 0.01 0.21 0.02 0.14 0.22 0.13 0.13
C4 0.05 0.04 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.03 0.02 0.04 0.18 0.14 0.01 0.06 0.19 0.21 0.41 0.23
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.15 0.03 0.10 0.01 0.02 0.11 0.10 0.04
C5 0.04 0.04 0.09 0.21 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.04 0.18 0.17 0.03 0.06 0.20 0.21 0.41 0.24
C5' 0.05 0.10 0.11 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.12 0.12 0.07 0.10 0.17 0.02 0.01 0.10 0.15 0.03
C6 0.03 0.03 0.10 0.18 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.04 0.16 0.14 0.03 0.07 0.17 0.16 0.33 0.19
N1 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.05 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.04 0.10 0.10 0.04 0.02 0.14 0.14 0.27 0.16
N3 0.03 0.01 0.08 0.16 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.14 0.02 0.06 0.17 0.17 0.36 0.20
O2 0.07 0.01 0.16 0.13 0.04 0.10 0.04 0.12 0.04 0.04 0.02 0.00 0.13 0.27 0.04 0.13 0.16 0.16 0.27 0.17
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.18 0.15 0.18 0.07 0.16 0.10 0.15 0.13 0.00 0.07 0.19 0.11 0.16 0.26 0.30 0.20
O3' 0.18 0.17 0.03 0.01 0.14 0.03 0.17 0.10 0.14 0.10 0.14 0.27 0.07 0.00 0.17 0.13 0.19 0.31 0.26 0.21
O4 0.05 0.04 0.08 0.21 0.01 0.10 0.03 0.17 0.03 0.04 0.02 0.04 0.19 0.17 0.00 0.07 0.21 0.24 0.46 0.26
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.13 0.11 0.13 0.07 0.00 0.10 0.13 0.19 0.14
O5' 0.13 0.15 0.24 0.14 0.19 0.02 0.20 0.01 0.17 0.14 0.17 0.16 0.16 0.19 0.21 0.10 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.16 0.15 0.31 0.22 0.21 0.11 0.21 0.10 0.16 0.14 0.17 0.16 0.26 0.31 0.24 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.30 0.30 0.13 0.41 0.10 0.41 0.15 0.33 0.27 0.36 0.27 0.30 0.26 0.46 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.26 0.13 0.23 0.04 0.24 0.03 0.19 0.16 0.20 0.17 0.20 0.21 0.26 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00