ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49023

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 3, 2, 9, 4, 2, 4, 4, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.031, 0.059, 0.087, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.059 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.024, 0.073, 0.121, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.073 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.096, 0.230, 0.364, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.230 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.089, 0.231, 0.373, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.231 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.061, 0.234, 0.408, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.234 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.387, 0.602, 0.816, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.602 std_dev=0.214
C3' A 0, 0.192, 0.409, 0.625, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.409 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.156, 0.384, 0.612, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.384 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.349, 0.578, 0.807, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.578 std_dev=0.229
C6 B 0, 0.385, 0.644, 0.904, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.644 std_dev=0.259
O4 B 0, 0.495, 0.768, 1.041, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.768 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.266, 0.602, 0.938, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.602 std_dev=0.336
O3' A 0, 0.264, 0.603, 0.942, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.603 std_dev=0.339
C5' A 0, 0.260, 0.616, 0.972, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.616 std_dev=0.356
N1 B 0, 0.301, 0.658, 1.015, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.658 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.208, 0.615, 1.022, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.615 std_dev=0.407
O5' A 0, 0.231, 0.686, 1.142, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.686 std_dev=0.456
P B 0, 0.359, 0.821, 1.283, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.821 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.471, 0.937, 1.404, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.937 std_dev=0.466
OP2 B 0, 0.424, 0.896, 1.368, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.896 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.416, 0.893, 1.369, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.893 std_dev=0.477
O5' B 0, 0.427, 0.908, 1.389, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.908 std_dev=0.481
O2 B 0, 0.270, 0.778, 1.285, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.778 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.504, 1.059, 1.614, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.059 std_dev=0.555
C5' B 0, 0.430, 0.988, 1.545, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.988 std_dev=0.558
C2' B 0, 0.509, 1.071, 1.633, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.071 std_dev=0.562
C3' B 0, 0.544, 1.112, 1.681, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.112 std_dev=0.568
OP1 B 0, 0.421, 1.065, 1.708, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.065 std_dev=0.644
O3' B 0, 0.669, 1.372, 2.074, 2.605 max_d=2.605 avg_d=1.372 std_dev=0.703
O2' B 0, 0.579, 1.283, 1.988, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.283 std_dev=0.704
P A 0, 0.158, 0.994, 1.829, 4.168 max_d=4.168 avg_d=0.994 std_dev=0.836
OP2 A 0, 0.087, 1.046, 2.005, 5.968 max_d=5.968 avg_d=1.046 std_dev=0.959
OP1 A 0, 0.200, 1.393, 2.587, 5.232 max_d=5.232 avg_d=1.393 std_dev=1.193

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.27 0.16 0.17
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.37 0.42 0.46 0.37
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.16 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.29 0.10 0.11
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.12 0.05 0.13 0.17 0.02 0.01 0.12 0.01 0.15 0.28 0.12 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.00 0.03 0.46 0.54 0.73 0.55
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.20 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.44 0.49 0.70 0.54
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.22 0.01 0.22 0.00 0.19 0.13 0.18 0.10 0.04 0.04 0.24 0.01 0.01 0.20 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.05 0.40 0.37 0.52 0.42
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.34 0.34 0.38 0.32
N3 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.01 0.03 0.43 0.50 0.62 0.47
O2 0.03 0.01 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.01 0.05 0.33 0.43 0.39 0.32
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.15 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06 0.33 0.15 0.12
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.04 0.13 0.05 0.14 0.20 0.05 0.00 0.13 0.01 0.18 0.32 0.26 0.17
O4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.03 0.48 0.61 0.82 0.61
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.19 0.27 0.14 0.19
O5' 0.21 0.37 0.15 0.15 0.46 0.01 0.44 0.01 0.40 0.34 0.43 0.33 0.06 0.18 0.48 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.42 0.29 0.28 0.54 0.20 0.49 0.20 0.37 0.34 0.50 0.43 0.33 0.32 0.61 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.46 0.10 0.12 0.73 0.17 0.70 0.21 0.52 0.38 0.62 0.39 0.15 0.26 0.82 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.37 0.11 0.12 0.55 0.08 0.54 0.02 0.42 0.32 0.47 0.32 0.12 0.17 0.61 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.26 0.17 0.17 0.41 0.21 0.39 0.25 0.24 0.17 0.34 0.31 0.23 0.18 0.51 0.20 0.20 0.07 0.13 0.06
C2 0.23 0.26 0.23 0.24 0.33 0.30 0.28 0.30 0.22 0.17 0.32 0.33 0.29 0.25 0.43 0.29 0.26 0.17 0.19 0.14
C2' 0.18 0.27 0.16 0.18 0.41 0.20 0.41 0.26 0.30 0.21 0.34 0.28 0.21 0.19 0.48 0.18 0.22 0.12 0.16 0.11
C3' 0.16 0.30 0.15 0.18 0.52 0.14 0.53 0.19 0.39 0.27 0.41 0.25 0.16 0.18 0.59 0.16 0.10 0.03 0.09 0.01
C4 0.35 0.27 0.33 0.29 0.21 0.32 0.19 0.25 0.26 0.28 0.26 0.34 0.38 0.29 0.35 0.36 0.31 0.15 0.22 0.15
C4' 0.16 0.32 0.15 0.18 0.58 0.14 0.57 0.19 0.40 0.27 0.45 0.27 0.16 0.18 0.69 0.16 0.08 0.09 0.18 0.07
C5 0.28 0.24 0.26 0.25 0.27 0.28 0.17 0.22 0.22 0.22 0.28 0.29 0.30 0.24 0.43 0.33 0.30 0.16 0.22 0.16
C5' 0.24 0.44 0.25 0.26 0.72 0.17 0.69 0.17 0.49 0.37 0.59 0.38 0.21 0.25 0.85 0.20 0.13 0.20 0.30 0.16
C6 0.22 0.21 0.20 0.21 0.35 0.25 0.24 0.22 0.14 0.14 0.31 0.26 0.24 0.21 0.50 0.29 0.28 0.15 0.21 0.16
N1 0.19 0.24 0.18 0.18 0.37 0.23 0.31 0.23 0.18 0.14 0.32 0.29 0.23 0.18 0.48 0.23 0.23 0.09 0.16 0.08
N3 0.33 0.25 0.32 0.30 0.26 0.35 0.21 0.31 0.23 0.24 0.28 0.33 0.38 0.31 0.37 0.36 0.31 0.19 0.22 0.17
O2 0.24 0.29 0.26 0.28 0.34 0.35 0.32 0.39 0.26 0.21 0.34 0.38 0.30 0.30 0.42 0.31 0.27 0.24 0.22 0.19
O2' 0.28 0.30 0.27 0.26 0.39 0.28 0.40 0.34 0.31 0.25 0.33 0.35 0.33 0.29 0.46 0.26 0.30 0.17 0.15 0.14
O3' 0.18 0.31 0.18 0.22 0.51 0.15 0.53 0.21 0.42 0.29 0.41 0.24 0.18 0.23 0.58 0.17 0.02 0.03 0.02 0.01
O4 0.42 0.35 0.41 0.36 0.19 0.37 0.27 0.28 0.35 0.37 0.26 0.42 0.47 0.36 0.28 0.41 0.34 0.19 0.24 0.18
O4' 0.16 0.27 0.14 0.15 0.49 0.17 0.47 0.21 0.30 0.19 0.39 0.28 0.19 0.16 0.62 0.18 0.13 0.05 0.16 0.03
O5' 0.43 0.62 0.44 0.40 0.87 0.30 0.81 0.23 0.62 0.55 0.76 0.58 0.41 0.38 0.99 0.35 0.25 0.28 0.30 0.21
OP1 0.83 1.05 0.93 0.90 1.26 0.70 1.19 0.61 1.02 0.97 1.18 1.01 0.86 0.90 1.36 0.68 0.72 0.58 0.83 0.60
OP2 0.62 0.92 0.65 0.54 1.17 0.40 0.96 0.28 0.74 0.76 1.09 0.91 0.62 0.52 1.35 0.46 0.37 0.37 0.33 0.28
P 0.59 0.84 0.64 0.59 1.09 0.42 0.99 0.33 0.78 0.73 0.99 0.80 0.59 0.57 1.23 0.46 0.42 0.35 0.48 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.12 0.27 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.29 0.28 0.44 0.31
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.12 0.00 0.03 0.07 0.01 0.17 0.18 0.24 0.14
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.03 0.11 0.06 0.08 0.11 0.02 0.01 0.09 0.03 0.22 0.23 0.19 0.17
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.03 0.44 0.47 0.61 0.50
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.04 0.05 0.02 0.10 0.00 0.02 0.11 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.13 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.04 0.46 0.48 0.59 0.51
C5' 0.04 0.14 0.03 0.03 0.27 0.01 0.30 0.00 0.26 0.16 0.21 0.08 0.06 0.04 0.29 0.02 0.01 0.13 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.05 0.39 0.37 0.45 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.28 0.25 0.38 0.28
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.01 0.03 0.37 0.38 0.54 0.41
O2 0.03 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.06 0.23 0.21 0.40 0.25
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.10 0.14 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08 0.12 0.22 0.08
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.12 0.05 0.09 0.13 0.05 0.00 0.11 0.02 0.21 0.26 0.18 0.18
O4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.11 0.00 0.03 0.46 0.53 0.67 0.55
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.10 0.09 0.27 0.11
O5' 0.13 0.29 0.17 0.22 0.44 0.02 0.46 0.01 0.39 0.28 0.37 0.23 0.08 0.21 0.46 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.28 0.18 0.23 0.47 0.11 0.48 0.13 0.37 0.25 0.38 0.21 0.12 0.26 0.53 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.44 0.24 0.19 0.61 0.22 0.59 0.24 0.45 0.38 0.54 0.40 0.22 0.18 0.67 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.31 0.14 0.17 0.50 0.05 0.51 0.02 0.39 0.28 0.41 0.25 0.08 0.18 0.55 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00