ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 2, 2, 3, 3, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.015, 0.058, 0.102, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.058 std_dev=0.043
O4 A 0, 0.015, 0.065, 0.116, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.065 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.019, 0.141, 0.262, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.141 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.039, 0.164, 0.289, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.164 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.085, 0.258, 0.430, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.258 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.052, 0.257, 0.463, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.257 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.011, 0.229, 0.448, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.229 std_dev=0.219
C2 B 0, 0.186, 0.440, 0.694, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.440 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.194, 0.453, 0.712, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.453 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.309, 0.569, 0.829, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.569 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.261, 0.521, 0.782, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.521 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.340, 0.612, 0.885, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.612 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.133, 0.406, 0.679, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.406 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.177, 0.451, 0.726, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.451 std_dev=0.275
O2 B 0, 0.211, 0.490, 0.769, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.490 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.296, 0.578, 0.860, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.578 std_dev=0.282
P B 0, 0.177, 0.460, 0.743, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.460 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.168, 0.457, 0.745, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.457 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.187, 0.486, 0.786, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.486 std_dev=0.299
O4 B 0, 0.240, 0.540, 0.840, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.540 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.179, 0.480, 0.780, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.480 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.336, 0.652, 0.967, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.652 std_dev=0.315
OP2 B 0, 0.213, 0.534, 0.854, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.534 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.224, 0.560, 0.895, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.560 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.230, 0.576, 0.922, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.576 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.260, 0.654, 1.048, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.654 std_dev=0.394
O2' B 0, 0.325, 0.721, 1.117, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.721 std_dev=0.396
C5' A 0, 0.032, 0.441, 0.851, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.441 std_dev=0.409
P A 0, 0.193, 0.603, 1.012, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.603 std_dev=0.409
O5' A 0, 0.050, 0.534, 1.018, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.534 std_dev=0.484
O3' B 0, 0.286, 0.776, 1.267, 2.432 max_d=2.432 avg_d=0.776 std_dev=0.491
OP2 A 0, 0.084, 0.702, 1.320, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.702 std_dev=0.618
OP1 A 0, 0.159, 0.866, 1.572, 3.146 max_d=3.146 avg_d=0.866 std_dev=0.706

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.18 0.25 0.33 0.14
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.03 0.32 0.46 0.36 0.19
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.22 0.28 0.21 0.12
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.03 0.12 0.06 0.09 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.31 0.36 0.19 0.21
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.11 0.01 0.03 0.41 0.65 0.48 0.27
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.03 0.10 0.00 0.02 0.18 0.33 0.04
C5 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.05 0.42 0.63 0.48 0.26
C5' 0.05 0.16 0.03 0.03 0.25 0.01 0.26 0.00 0.22 0.15 0.21 0.13 0.07 0.06 0.27 0.02 0.01 0.28 0.41 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.05 0.37 0.49 0.41 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.30 0.40 0.35 0.17
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.08 0.02 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.03 0.37 0.57 0.42 0.23
O2 0.06 0.01 0.14 0.15 0.02 0.07 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.17 0.02 0.06 0.28 0.42 0.33 0.19
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.06 0.08 0.06 0.06 0.20 0.25 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.03 0.15 0.06 0.14 0.05 0.10 0.17 0.06 0.00 0.13 0.02 0.30 0.50 0.27 0.29
O4 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.13 0.00 0.04 0.43 0.71 0.52 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.19 0.23 0.41 0.23
O5' 0.18 0.32 0.22 0.31 0.41 0.02 0.42 0.01 0.37 0.30 0.37 0.28 0.06 0.30 0.43 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.46 0.28 0.36 0.65 0.18 0.63 0.28 0.49 0.40 0.57 0.42 0.20 0.50 0.71 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.36 0.21 0.19 0.48 0.33 0.48 0.41 0.41 0.35 0.42 0.33 0.25 0.27 0.52 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.12 0.21 0.27 0.04 0.26 0.02 0.21 0.17 0.23 0.19 0.05 0.29 0.29 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.23 0.25 0.26 0.25 0.21 0.34 0.17 0.17 0.26 0.24 0.32 0.23 0.31 0.22 0.33 0.08 0.09 0.08
C2 0.23 0.19 0.24 0.22 0.19 0.23 0.12 0.27 0.15 0.14 0.23 0.24 0.34 0.21 0.24 0.22 0.31 0.11 0.14 0.11
C2' 0.22 0.23 0.21 0.26 0.30 0.25 0.28 0.38 0.22 0.19 0.27 0.24 0.30 0.25 0.33 0.21 0.39 0.16 0.10 0.17
C3' 0.29 0.24 0.23 0.22 0.30 0.23 0.27 0.21 0.23 0.23 0.27 0.25 0.31 0.23 0.34 0.31 0.12 0.03 0.09 0.02
C4 0.27 0.12 0.26 0.27 0.09 0.25 0.22 0.25 0.28 0.21 0.12 0.14 0.32 0.24 0.16 0.27 0.33 0.18 0.23 0.19
C4' 0.26 0.25 0.21 0.21 0.33 0.20 0.31 0.21 0.26 0.23 0.30 0.25 0.29 0.22 0.38 0.25 0.09 0.19 0.29 0.14
C5 0.26 0.12 0.24 0.27 0.13 0.26 0.20 0.27 0.28 0.20 0.15 0.14 0.30 0.25 0.23 0.28 0.34 0.21 0.27 0.22
C5' 0.38 0.39 0.34 0.33 0.48 0.32 0.48 0.28 0.43 0.39 0.44 0.37 0.37 0.35 0.53 0.37 0.19 0.36 0.50 0.30
C6 0.25 0.14 0.22 0.26 0.20 0.25 0.16 0.27 0.22 0.17 0.20 0.16 0.29 0.24 0.28 0.27 0.33 0.17 0.23 0.19
N1 0.24 0.18 0.23 0.23 0.22 0.24 0.15 0.28 0.17 0.15 0.23 0.21 0.32 0.21 0.28 0.23 0.32 0.10 0.14 0.11
N3 0.25 0.14 0.26 0.24 0.13 0.24 0.14 0.24 0.21 0.17 0.18 0.19 0.34 0.22 0.19 0.24 0.31 0.14 0.17 0.14
O2 0.21 0.24 0.26 0.22 0.22 0.24 0.15 0.30 0.14 0.16 0.26 0.29 0.38 0.25 0.25 0.22 0.33 0.16 0.15 0.14
O2' 0.28 0.29 0.31 0.37 0.32 0.38 0.31 0.55 0.29 0.27 0.31 0.30 0.37 0.37 0.33 0.30 0.48 0.25 0.14 0.23
O3' 0.30 0.24 0.24 0.25 0.28 0.27 0.27 0.24 0.22 0.23 0.25 0.25 0.32 0.28 0.31 0.34 0.03 0.02 0.02 0.01
O4 0.29 0.17 0.29 0.30 0.18 0.27 0.31 0.26 0.34 0.27 0.14 0.15 0.33 0.27 0.16 0.28 0.35 0.22 0.26 0.22
O4' 0.23 0.20 0.19 0.20 0.29 0.19 0.24 0.25 0.19 0.17 0.26 0.22 0.29 0.19 0.35 0.21 0.19 0.12 0.23 0.07
O5' 0.36 0.48 0.39 0.39 0.62 0.31 0.59 0.35 0.49 0.43 0.56 0.45 0.34 0.39 0.69 0.32 0.38 0.32 0.38 0.31
OP1 0.50 0.72 0.53 0.42 0.90 0.36 0.78 0.42 0.62 0.61 0.84 0.70 0.52 0.47 1.02 0.39 0.42 0.57 0.50 0.47
OP2 0.44 0.38 0.38 0.46 0.43 0.43 0.41 0.43 0.42 0.40 0.41 0.38 0.42 0.52 0.50 0.47 0.37 0.49 0.54 0.41
P 0.36 0.41 0.38 0.36 0.54 0.30 0.52 0.33 0.44 0.39 0.48 0.39 0.37 0.40 0.62 0.32 0.33 0.36 0.42 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.12 0.11 0.24 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.09 0.03 0.04 0.22 0.18 0.26 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.09 0.03 0.06 0.15 0.01 0.02 0.07 0.01 0.15 0.20 0.22 0.11
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.23 0.12 0.14 0.14 0.02 0.01 0.21 0.02 0.24 0.30 0.19 0.19
C4 0.03 0.02 0.06 0.19 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.20 0.01 0.04 0.31 0.28 0.32 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.07 0.06 0.13 0.03 0.11 0.00 0.03 0.10 0.22 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.27 0.01 0.04 0.33 0.29 0.31 0.29
C5' 0.08 0.15 0.10 0.03 0.24 0.01 0.26 0.00 0.24 0.16 0.19 0.13 0.07 0.09 0.25 0.02 0.02 0.15 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.23 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.24 0.01 0.05 0.30 0.23 0.26 0.22
N1 0.02 0.01 0.03 0.12 0.02 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.02 0.21 0.17 0.25 0.17
N3 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.03 0.15 0.12 0.02 0.04 0.27 0.23 0.29 0.23
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.03 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.22 0.18 0.04 0.06 0.18 0.15 0.26 0.16
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.12 0.13 0.09 0.07 0.07 0.07 0.15 0.22 0.00 0.04 0.14 0.09 0.13 0.19 0.21 0.11
O3' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.20 0.03 0.27 0.09 0.24 0.09 0.12 0.18 0.04 0.00 0.23 0.05 0.26 0.41 0.29 0.27
O4 0.04 0.03 0.07 0.21 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.03 0.02 0.04 0.14 0.23 0.00 0.04 0.33 0.31 0.35 0.31
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.09 0.05 0.04 0.00 0.13 0.11 0.30 0.19
O5' 0.12 0.22 0.15 0.24 0.31 0.03 0.33 0.02 0.30 0.21 0.27 0.18 0.13 0.26 0.33 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.18 0.20 0.30 0.28 0.10 0.29 0.15 0.23 0.17 0.23 0.15 0.19 0.41 0.31 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.26 0.22 0.19 0.32 0.22 0.31 0.28 0.26 0.25 0.29 0.26 0.21 0.29 0.35 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.11 0.19 0.28 0.07 0.29 0.02 0.22 0.17 0.23 0.16 0.11 0.27 0.31 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00