ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49025

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.006, 0.059, 0.112, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.059 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.132, 0.274, 0.416, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.274 std_dev=0.142
O4' A 0, 0.176, 0.330, 0.484, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.330 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.119, 0.298, 0.476, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.298 std_dev=0.178
C4 B 0, 0.174, 0.362, 0.550, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.362 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.081, 0.300, 0.519, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.300 std_dev=0.219
C4' A 0, 0.307, 0.541, 0.776, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.541 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.210, 0.445, 0.680, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.445 std_dev=0.235
O4 B 0, 0.242, 0.482, 0.722, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.482 std_dev=0.240
C3' A 0, 0.275, 0.537, 0.799, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.537 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.084, 0.391, 0.698, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.391 std_dev=0.307
C5' A 0, 0.487, 0.857, 1.227, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.857 std_dev=0.370
C2 B 0, 0.095, 0.466, 0.837, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.466 std_dev=0.371
N1 B 0, 0.098, 0.469, 0.840, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.469 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.188, 0.604, 1.019, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.604 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.336, 0.759, 1.181, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.759 std_dev=0.422
P B 0, 0.359, 0.791, 1.222, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.791 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.250, 0.701, 1.152, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.701 std_dev=0.451
O3' A 0, 0.322, 0.794, 1.265, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.794 std_dev=0.471
O2 B 0, 0.150, 0.625, 1.101, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.625 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.208, 0.705, 1.202, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.705 std_dev=0.497
OP2 B 0, 0.489, 0.997, 1.505, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.997 std_dev=0.508
O5' A 0, 0.581, 1.089, 1.598, 1.678 max_d=1.678 avg_d=1.089 std_dev=0.509
C4' B 0, 0.285, 0.812, 1.340, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.812 std_dev=0.527
C2' B 0, 0.457, 1.030, 1.603, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.030 std_dev=0.573
OP1 B 0, 0.407, 1.001, 1.595, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.001 std_dev=0.594
C3' B 0, 0.467, 1.068, 1.669, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.068 std_dev=0.601
P A 0, 0.684, 1.340, 1.995, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.340 std_dev=0.655
O2' B 0, 0.654, 1.351, 2.048, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.351 std_dev=0.697
OP2 A 0, 0.687, 1.390, 2.092, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.390 std_dev=0.702
O3' B 0, 0.658, 1.446, 2.234, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.446 std_dev=0.788
OP1 A 0, 0.800, 1.736, 2.673, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.736 std_dev=0.936

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.19 0.27 0.41 0.20
C2 0.02 0.00 0.04 0.13 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.04 0.43 0.64 0.52 0.45
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.09 0.00 0.05 0.03 0.02 0.28 0.38 0.32 0.28
C3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.05 0.18 0.13 0.17 0.10 0.04 0.02 0.20 0.02 0.41 0.48 0.25 0.37
C4 0.03 0.02 0.02 0.19 0.00 0.14 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.29 0.00 0.09 0.56 0.92 0.65 0.63
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.10 0.04 0.08 0.05 0.15 0.01 0.02 0.17 0.35 0.05
C5 0.02 0.02 0.03 0.20 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.29 0.02 0.09 0.55 0.88 0.64 0.62
C5' 0.02 0.10 0.03 0.05 0.22 0.01 0.24 0.00 0.20 0.11 0.17 0.06 0.08 0.05 0.24 0.01 0.01 0.30 0.41 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.18 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.02 0.08 0.46 0.67 0.56 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.05 0.38 0.54 0.49 0.39
N3 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.23 0.01 0.06 0.51 0.81 0.60 0.55
O2 0.03 0.01 0.09 0.10 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.13 0.03 0.05 0.37 0.56 0.48 0.39
O2' 0.02 0.09 0.00 0.04 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.03 0.07 0.15 0.00 0.15 0.06 0.09 0.10 0.20 0.28 0.12
O3' 0.03 0.16 0.05 0.02 0.29 0.05 0.29 0.05 0.23 0.14 0.23 0.13 0.15 0.00 0.31 0.04 0.37 0.52 0.27 0.38
O4 0.03 0.02 0.03 0.20 0.00 0.15 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.31 0.00 0.09 0.59 1.02 0.69 0.68
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.09 0.00 0.14 0.12 0.47 0.14
O5' 0.19 0.43 0.28 0.41 0.56 0.02 0.55 0.01 0.46 0.38 0.51 0.37 0.10 0.37 0.59 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.27 0.64 0.38 0.48 0.92 0.17 0.88 0.30 0.67 0.54 0.81 0.56 0.20 0.52 1.02 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.52 0.32 0.25 0.65 0.35 0.64 0.41 0.56 0.49 0.60 0.48 0.28 0.27 0.69 0.47 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.45 0.28 0.37 0.63 0.05 0.62 0.02 0.49 0.39 0.55 0.39 0.12 0.38 0.68 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.11 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.13 0.16 0.15 0.09 0.13 0.11 0.13 0.51 0.32 0.08
C2 0.12 0.13 0.12 0.14 0.08 0.16 0.13 0.18 0.14 0.10 0.13 0.17 0.13 0.15 0.08 0.16 0.18 0.38 0.47 0.12
C2' 0.14 0.16 0.12 0.09 0.16 0.10 0.18 0.10 0.19 0.15 0.16 0.17 0.15 0.09 0.16 0.13 0.13 0.49 0.23 0.09
C3' 0.16 0.25 0.14 0.10 0.32 0.12 0.31 0.15 0.26 0.22 0.29 0.24 0.15 0.08 0.33 0.14 0.07 0.27 0.29 0.05
C4 0.12 0.17 0.12 0.16 0.14 0.14 0.14 0.16 0.12 0.11 0.19 0.22 0.13 0.17 0.16 0.14 0.19 0.32 0.58 0.17
C4' 0.15 0.20 0.13 0.10 0.27 0.10 0.26 0.08 0.22 0.18 0.24 0.20 0.15 0.09 0.29 0.14 0.07 0.51 0.16 0.13
C5 0.09 0.15 0.09 0.14 0.13 0.10 0.09 0.14 0.08 0.07 0.18 0.20 0.10 0.16 0.17 0.11 0.19 0.36 0.57 0.19
C5' 0.15 0.25 0.13 0.10 0.33 0.10 0.29 0.10 0.22 0.20 0.30 0.24 0.14 0.08 0.38 0.14 0.05 0.33 0.22 0.07
C6 0.08 0.14 0.07 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.06 0.06 0.16 0.18 0.10 0.12 0.15 0.10 0.18 0.40 0.51 0.17
N1 0.09 0.13 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.07 0.14 0.17 0.11 0.10 0.11 0.11 0.16 0.42 0.46 0.11
N3 0.14 0.17 0.14 0.17 0.12 0.16 0.16 0.18 0.16 0.13 0.17 0.21 0.14 0.17 0.11 0.17 0.19 0.33 0.53 0.14
O2 0.18 0.14 0.18 0.21 0.10 0.23 0.17 0.25 0.21 0.16 0.12 0.17 0.18 0.22 0.08 0.23 0.23 0.40 0.44 0.16
O2' 0.19 0.15 0.18 0.16 0.13 0.17 0.17 0.15 0.19 0.17 0.13 0.17 0.18 0.17 0.13 0.18 0.19 0.69 0.10 0.21
O3' 0.16 0.28 0.14 0.11 0.41 0.14 0.42 0.21 0.33 0.25 0.35 0.25 0.15 0.08 0.45 0.14 0.02 0.03 0.03 0.01
O4 0.13 0.18 0.14 0.17 0.16 0.14 0.16 0.16 0.13 0.13 0.20 0.24 0.14 0.19 0.18 0.15 0.19 0.29 0.61 0.18
O4' 0.13 0.16 0.12 0.09 0.17 0.10 0.16 0.08 0.15 0.13 0.17 0.17 0.15 0.09 0.19 0.12 0.09 0.56 0.26 0.10
O5' 0.40 0.54 0.45 0.48 0.69 0.35 0.67 0.35 0.56 0.49 0.63 0.50 0.39 0.49 0.75 0.34 0.54 0.44 0.76 0.50
OP1 0.64 0.86 0.72 0.74 1.08 0.54 1.00 0.51 0.84 0.78 1.00 0.82 0.64 0.75 1.19 0.52 0.72 0.57 0.97 0.68
OP2 0.41 0.57 0.46 0.46 0.70 0.32 0.61 0.28 0.50 0.49 0.66 0.57 0.41 0.47 0.79 0.34 0.40 0.22 0.60 0.28
P 0.44 0.60 0.51 0.54 0.76 0.39 0.71 0.38 0.59 0.54 0.70 0.57 0.44 0.55 0.85 0.37 0.55 0.41 0.76 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.17 0.26 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.01 0.04 0.13 0.17 0.48 0.20
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.05 0.12 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.18 0.07
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.10 0.09 0.04 0.01 0.14 0.02 0.06 0.09 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.05 0.22 0.29 0.68 0.33
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.07 0.06 0.09 0.03 0.12 0.01 0.03 0.13 0.06 0.03
C5 0.04 0.02 0.07 0.16 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.19 0.01 0.08 0.23 0.29 0.64 0.32
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.18 0.01 0.20 0.00 0.16 0.08 0.13 0.08 0.09 0.04 0.20 0.03 0.01 0.13 0.09 0.02
C6 0.04 0.02 0.08 0.15 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.16 0.01 0.07 0.16 0.20 0.49 0.22
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.11 0.15 0.41 0.16
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.10 0.02 0.04 0.18 0.23 0.59 0.27
O2 0.06 0.01 0.12 0.09 0.02 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.00 0.20 0.11 0.02 0.06 0.13 0.16 0.45 0.18
O2' 0.03 0.11 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.04 0.10 0.20 0.00 0.09 0.07 0.07 0.09 0.13 0.14 0.09
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.04 0.16 0.07 0.10 0.11 0.09 0.00 0.17 0.03 0.08 0.19 0.14 0.07
O4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.17 0.00 0.06 0.26 0.36 0.76 0.38
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.06 0.00 0.09 0.24 0.20 0.09
O5' 0.06 0.13 0.06 0.06 0.22 0.03 0.23 0.01 0.16 0.11 0.18 0.13 0.09 0.08 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.17 0.06 0.09 0.29 0.13 0.29 0.13 0.20 0.15 0.23 0.16 0.13 0.19 0.36 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.48 0.18 0.08 0.68 0.06 0.64 0.09 0.49 0.41 0.59 0.45 0.14 0.14 0.76 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.20 0.07 0.05 0.33 0.03 0.32 0.02 0.22 0.16 0.27 0.18 0.09 0.07 0.38 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00