ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.002, 0.017, 0.037, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.017 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.029, 0.076, 0.124, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.076 std_dev=0.048
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.060, 0.216, 0.371, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.216 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.190, 0.351, 0.511, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.351 std_dev=0.160
C2' A 0, 0.078, 0.248, 0.417, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.248 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.138, 0.354, 0.569, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.354 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.117, 0.344, 0.571, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.344 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.140, 0.393, 0.647, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.393 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.148, 0.402, 0.656, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.402 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.223, 0.482, 0.741, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.482 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.240, 0.524, 0.807, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.524 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.189, 0.505, 0.821, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.505 std_dev=0.316
O2 B 0, 0.290, 0.636, 0.982, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.636 std_dev=0.346
N3 B 0, 0.134, 0.482, 0.830, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.482 std_dev=0.348
O5' A 0, 0.214, 0.581, 0.948, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.367
C5' A 0, 0.227, 0.598, 0.969, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.598 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.083, 0.458, 0.833, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.458 std_dev=0.375
O3' A 0, 0.216, 0.602, 0.988, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.602 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.248, 0.654, 1.060, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.654 std_dev=0.406
C2' B 0, 0.205, 0.642, 1.078, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.642 std_dev=0.436
P A 0, 0.351, 0.828, 1.305, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.828 std_dev=0.477
O4 B 0, 0.071, 0.622, 1.173, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.622 std_dev=0.551
OP2 A 0, 0.461, 1.045, 1.629, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.045 std_dev=0.584
P B 0, 0.212, 0.820, 1.427, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.820 std_dev=0.607
OP1 A 0, 0.470, 1.100, 1.729, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.100 std_dev=0.630
O2' B 0, 0.316, 0.946, 1.576, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.946 std_dev=0.630
O5' B 0, 0.266, 0.918, 1.571, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.918 std_dev=0.653
C5' B 0, 0.232, 0.888, 1.543, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.888 std_dev=0.656
C4' B 0, 0.198, 0.875, 1.553, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.875 std_dev=0.677
OP2 B 0, 0.245, 0.951, 1.657, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.951 std_dev=0.706
OP1 B 0, 0.193, 0.932, 1.671, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.932 std_dev=0.739
C3' B 0, 0.149, 0.989, 1.829, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.989 std_dev=0.840
O3' B 0, 0.078, 1.434, 2.790, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.434 std_dev=1.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.11 0.04
C2 0.04 0.00 0.11 0.08 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.02 0.04 0.12 0.15 0.28 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.03 0.09 0.21 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.16 0.16 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.18 0.02 0.19 0.06 0.07 0.16 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.23 0.23 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.12 0.00 0.04 0.22 0.26 0.47 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.05 0.08 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.10 0.12 0.02
C5 0.02 0.02 0.11 0.18 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.22 0.00 0.05 0.24 0.27 0.45 0.25
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.17 0.09 0.13 0.06 0.04 0.02 0.20 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.06 0.19 0.20 0.30 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.11 0.14 0.22 0.10
N3 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.08 0.02 0.03 0.17 0.20 0.39 0.19
O2 0.08 0.00 0.21 0.16 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.25 0.21 0.04 0.08 0.10 0.13 0.24 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.12 0.25 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05 0.16 0.16 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.21 0.06 0.08 0.21 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.36 0.39 0.23
O4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.12 0.00 0.04 0.24 0.30 0.54 0.29
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.17 0.15 0.12
O5' 0.04 0.12 0.07 0.11 0.22 0.02 0.24 0.01 0.19 0.11 0.17 0.10 0.05 0.15 0.24 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.15 0.16 0.23 0.26 0.10 0.27 0.10 0.20 0.14 0.20 0.13 0.16 0.36 0.30 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.28 0.16 0.23 0.47 0.12 0.45 0.17 0.30 0.22 0.39 0.24 0.16 0.39 0.54 0.15 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.13 0.10 0.15 0.25 0.02 0.25 0.01 0.16 0.10 0.19 0.11 0.07 0.23 0.29 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.24 0.20 0.18 0.14 0.14 0.25 0.16 0.25 0.19 0.20 0.34 0.29 0.14 0.15 0.20 0.29 0.07 0.10 0.07
C2 0.25 0.31 0.22 0.18 0.16 0.19 0.25 0.19 0.22 0.19 0.26 0.45 0.29 0.26 0.20 0.20 0.22 0.06 0.21 0.07
C2' 0.21 0.20 0.18 0.15 0.16 0.12 0.26 0.16 0.26 0.17 0.17 0.28 0.26 0.12 0.17 0.18 0.29 0.13 0.07 0.11
C3' 0.22 0.26 0.30 0.11 0.30 0.13 0.33 0.13 0.26 0.22 0.28 0.28 0.23 0.11 0.32 0.20 0.15 0.03 0.07 0.02
C4 0.21 0.34 0.22 0.31 0.29 0.17 0.33 0.19 0.23 0.20 0.35 0.47 0.22 0.25 0.36 0.18 0.36 0.17 0.24 0.19
C4' 0.20 0.25 0.27 0.10 0.31 0.12 0.33 0.13 0.25 0.20 0.28 0.29 0.22 0.10 0.35 0.18 0.12 0.12 0.12 0.05
C5 0.23 0.31 0.24 0.40 0.21 0.23 0.30 0.27 0.26 0.22 0.31 0.40 0.23 0.32 0.23 0.22 0.47 0.27 0.31 0.30
C5' 0.24 0.31 0.36 0.13 0.40 0.15 0.38 0.15 0.27 0.26 0.36 0.32 0.32 0.16 0.46 0.21 0.06 0.26 0.20 0.13
C6 0.24 0.28 0.23 0.36 0.15 0.22 0.24 0.25 0.24 0.21 0.27 0.37 0.23 0.29 0.16 0.23 0.46 0.24 0.27 0.27
N1 0.24 0.28 0.20 0.23 0.12 0.14 0.24 0.17 0.23 0.20 0.24 0.38 0.24 0.17 0.14 0.19 0.33 0.09 0.16 0.11
N3 0.23 0.35 0.22 0.21 0.25 0.17 0.28 0.17 0.19 0.18 0.33 0.50 0.26 0.26 0.32 0.19 0.25 0.08 0.22 0.09
O2 0.29 0.28 0.29 0.24 0.16 0.31 0.25 0.31 0.24 0.19 0.23 0.44 0.40 0.44 0.21 0.28 0.18 0.15 0.28 0.16
O2' 0.26 0.20 0.22 0.15 0.15 0.15 0.27 0.18 0.28 0.20 0.16 0.30 0.42 0.14 0.15 0.22 0.26 0.21 0.07 0.14
O3' 0.26 0.27 0.38 0.16 0.31 0.19 0.33 0.18 0.27 0.25 0.29 0.29 0.29 0.16 0.33 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01
O4 0.22 0.37 0.24 0.34 0.36 0.19 0.35 0.20 0.23 0.22 0.40 0.50 0.25 0.28 0.48 0.19 0.36 0.18 0.24 0.19
O4' 0.21 0.24 0.20 0.13 0.23 0.11 0.27 0.13 0.22 0.17 0.25 0.32 0.24 0.11 0.27 0.18 0.20 0.07 0.13 0.02
O5' 0.30 0.34 0.43 0.25 0.39 0.22 0.33 0.21 0.26 0.29 0.38 0.36 0.46 0.29 0.45 0.27 0.21 0.32 0.27 0.22
OP1 0.47 0.48 0.62 0.43 0.55 0.42 0.49 0.41 0.45 0.46 0.52 0.48 0.69 0.49 0.62 0.44 0.47 0.55 0.54 0.48
OP2 0.38 0.44 0.48 0.50 0.50 0.40 0.39 0.46 0.37 0.38 0.50 0.46 0.60 0.63 0.60 0.37 0.53 0.66 0.63 0.56
P 0.34 0.36 0.47 0.35 0.40 0.29 0.33 0.28 0.30 0.33 0.40 0.38 0.55 0.42 0.48 0.32 0.34 0.41 0.43 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.25 0.05 0.01 0.12 0.15 0.45 0.23
C2 0.03 0.00 0.17 0.21 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.02 0.10 0.20 0.21 0.47 0.26
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.03 0.10 0.15 0.14 0.03 0.14 0.29 0.00 0.03 0.08 0.02 0.33 0.34 0.63 0.43
C3' 0.03 0.21 0.00 0.00 0.35 0.01 0.36 0.01 0.32 0.21 0.28 0.17 0.02 0.01 0.37 0.02 0.11 0.14 0.20 0.12
C4 0.04 0.02 0.07 0.35 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.25 0.24 0.01 0.05 0.32 0.30 0.47 0.31
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.08 0.07 0.08 0.26 0.03 0.14 0.00 0.01 0.16 0.17 0.05
C5 0.03 0.02 0.10 0.36 0.01 0.19 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.29 0.01 0.10 0.33 0.27 0.43 0.30
C5' 0.05 0.05 0.15 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.19 0.07 0.09 0.08 0.13 0.18 0.17 0.01 0.01 0.20 0.08 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.32 0.01 0.19 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.22 0.02 0.13 0.26 0.18 0.40 0.22
N1 0.02 0.01 0.03 0.21 0.03 0.08 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.12 0.03 0.02 0.17 0.16 0.44 0.22
N3 0.03 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.17 0.02 0.07 0.26 0.27 0.49 0.29
O2 0.05 0.01 0.29 0.17 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.27 0.03 0.16 0.18 0.21 0.48 0.26
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.25 0.26 0.32 0.13 0.30 0.15 0.19 0.30 0.00 0.09 0.27 0.18 0.24 0.29 0.66 0.37
O3' 0.25 0.16 0.03 0.01 0.24 0.03 0.29 0.18 0.22 0.12 0.17 0.27 0.09 0.00 0.28 0.17 0.25 0.47 0.30 0.28
O4 0.05 0.02 0.08 0.37 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.03 0.02 0.03 0.27 0.28 0.00 0.05 0.35 0.35 0.49 0.35
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.07 0.16 0.18 0.17 0.05 0.00 0.13 0.14 0.30 0.14
O5' 0.12 0.20 0.33 0.11 0.32 0.01 0.33 0.01 0.26 0.17 0.26 0.18 0.24 0.25 0.35 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.21 0.34 0.14 0.30 0.16 0.27 0.20 0.18 0.16 0.27 0.21 0.29 0.47 0.35 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.47 0.63 0.20 0.47 0.17 0.43 0.08 0.40 0.44 0.49 0.48 0.66 0.30 0.49 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.26 0.43 0.12 0.31 0.05 0.30 0.01 0.22 0.22 0.29 0.26 0.37 0.28 0.35 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00