ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.037, 0.070, 0.104, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.070 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.074, 0.129, 0.184, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.129 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.046, 0.116, 0.186, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.116 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.083, 0.182, 0.282, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.182 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.097, 0.200, 0.304, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.200 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.109, 0.228, 0.346, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.228 std_dev=0.119
O5' A 0, 0.175, 0.355, 0.534, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.355 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.160, 0.341, 0.522, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.341 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.151, 0.334, 0.516, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.334 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.171, 0.362, 0.552, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.362 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.240, 0.434, 0.628, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.434 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.142, 0.341, 0.541, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.341 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.210, 0.421, 0.632, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.421 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.301, 0.544, 0.786, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.544 std_dev=0.242
C5' B 0, 0.262, 0.517, 0.772, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.517 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.305, 0.563, 0.822, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.563 std_dev=0.259
P A 0, 0.287, 0.546, 0.805, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.546 std_dev=0.259
P B 0, 0.185, 0.457, 0.728, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.457 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.303, 0.578, 0.853, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.578 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.345, 0.623, 0.902, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.623 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.354, 0.648, 0.942, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.648 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.243, 0.543, 0.843, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.543 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.299, 0.612, 0.924, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.612 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.401, 0.719, 1.038, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.719 std_dev=0.318
OP1 A 0, 0.392, 0.717, 1.041, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.717 std_dev=0.324
OP2 A 0, 0.326, 0.673, 1.020, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.673 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.369, 0.719, 1.070, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.719 std_dev=0.351
N3 B 0, 0.359, 0.727, 1.095, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.727 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.403, 0.783, 1.164, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.783 std_dev=0.381
O2' B 0, 0.467, 0.865, 1.264, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.865 std_dev=0.399
O4 B 0, 0.305, 0.736, 1.168, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.736 std_dev=0.432
OP1 B 0, 0.218, 0.658, 1.097, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.658 std_dev=0.440
O2 B 0, 0.437, 0.909, 1.382, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.909 std_dev=0.472

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.22 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.08 0.08 0.29 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.14 0.11 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.11 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.09 0.01 0.06 0.21 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.16 0.20 0.35 0.24
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.08 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.02 0.18 0.21 0.34 0.25
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.07 0.09 0.02 0.07 0.03 0.14 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.02 0.14 0.14 0.30 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.08 0.27 0.18
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.12 0.14 0.32 0.21
O2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.03 0.05 0.05 0.27 0.17
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.21 0.07 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.01 0.13 0.03 0.12 0.03 0.05 0.09 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.35 0.19 0.16
O4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.18 0.23 0.37 0.26
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.25 0.19
O5' 0.02 0.08 0.05 0.06 0.16 0.00 0.18 0.00 0.14 0.08 0.12 0.05 0.04 0.08 0.18 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.14 0.21 0.20 0.10 0.21 0.08 0.14 0.08 0.14 0.05 0.21 0.35 0.23 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.29 0.11 0.08 0.35 0.08 0.34 0.01 0.30 0.27 0.32 0.27 0.07 0.19 0.37 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.18 0.06 0.07 0.24 0.05 0.25 0.01 0.21 0.18 0.21 0.17 0.03 0.16 0.26 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.18 0.21 0.15 0.13 0.20 0.16 0.12 0.12 0.16 0.13 0.24 0.27 0.15 0.17 0.24 0.08 0.05 0.12 0.03
C2 0.27 0.23 0.27 0.20 0.14 0.21 0.14 0.15 0.12 0.18 0.18 0.30 0.32 0.21 0.16 0.23 0.14 0.12 0.14 0.05
C2' 0.24 0.18 0.22 0.17 0.12 0.21 0.14 0.13 0.13 0.17 0.14 0.23 0.26 0.16 0.14 0.25 0.08 0.08 0.09 0.03
C3' 0.18 0.14 0.14 0.09 0.14 0.15 0.16 0.11 0.14 0.14 0.13 0.16 0.17 0.08 0.17 0.20 0.05 0.01 0.08 0.01
C4 0.33 0.31 0.33 0.27 0.16 0.27 0.13 0.19 0.16 0.27 0.24 0.36 0.36 0.28 0.19 0.29 0.12 0.10 0.28 0.12
C4' 0.19 0.15 0.14 0.09 0.19 0.16 0.20 0.12 0.15 0.14 0.15 0.18 0.19 0.08 0.24 0.22 0.05 0.03 0.08 0.02
C5 0.27 0.26 0.25 0.21 0.13 0.22 0.11 0.17 0.14 0.23 0.22 0.30 0.28 0.21 0.13 0.25 0.10 0.16 0.34 0.18
C5' 0.19 0.20 0.14 0.08 0.27 0.15 0.26 0.10 0.19 0.18 0.23 0.21 0.17 0.05 0.33 0.21 0.06 0.09 0.09 0.05
C6 0.23 0.19 0.20 0.16 0.12 0.20 0.12 0.15 0.11 0.18 0.16 0.23 0.23 0.16 0.16 0.23 0.07 0.14 0.30 0.16
N1 0.24 0.19 0.22 0.16 0.12 0.19 0.14 0.12 0.12 0.17 0.14 0.25 0.26 0.16 0.14 0.23 0.08 0.04 0.19 0.05
N3 0.32 0.27 0.33 0.27 0.16 0.27 0.13 0.20 0.14 0.23 0.22 0.35 0.37 0.28 0.19 0.28 0.14 0.11 0.19 0.07
O2 0.24 0.24 0.25 0.17 0.17 0.17 0.15 0.16 0.12 0.16 0.21 0.33 0.32 0.19 0.18 0.18 0.19 0.21 0.09 0.11
O2' 0.28 0.20 0.28 0.23 0.12 0.27 0.13 0.17 0.13 0.19 0.15 0.26 0.34 0.24 0.13 0.29 0.06 0.12 0.07 0.05
O3' 0.16 0.12 0.12 0.10 0.12 0.15 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.15 0.15 0.10 0.14 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01
O4 0.35 0.33 0.36 0.30 0.20 0.29 0.16 0.21 0.17 0.28 0.26 0.41 0.40 0.32 0.26 0.30 0.13 0.12 0.30 0.14
O4' 0.20 0.15 0.16 0.10 0.18 0.17 0.21 0.11 0.14 0.13 0.14 0.20 0.23 0.10 0.25 0.22 0.08 0.02 0.10 0.02
O5' 0.25 0.28 0.20 0.15 0.33 0.20 0.29 0.15 0.23 0.25 0.31 0.28 0.22 0.11 0.39 0.26 0.09 0.17 0.19 0.13
OP1 0.17 0.23 0.14 0.22 0.36 0.27 0.22 0.36 0.13 0.15 0.33 0.23 0.16 0.29 0.51 0.24 0.31 0.62 0.49 0.46
OP2 0.30 0.43 0.22 0.17 0.46 0.22 0.29 0.22 0.25 0.33 0.50 0.46 0.24 0.17 0.56 0.28 0.20 0.44 0.50 0.34
P 0.23 0.34 0.16 0.11 0.39 0.18 0.26 0.19 0.20 0.25 0.40 0.35 0.18 0.12 0.49 0.24 0.14 0.38 0.39 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.06 0.14 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.09 0.06
C4 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.09 0.16 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.07 0.09 0.15 0.10
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.07 0.13 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.06 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.07 0.16 0.09
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.06 0.06 0.07 0.14 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.12 0.07 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.19 0.15 0.10
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.07 0.11 0.17 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.11 0.07
O5' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.11 0.13 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.12 0.19 0.11 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.08 0.09 0.16 0.04 0.15 0.02 0.13 0.13 0.16 0.14 0.07 0.15 0.17 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.05 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.09 0.08 0.05 0.10 0.11 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00